HDAC6 - HDAC6

HDAC6
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 3C5K, 3GV4, 3PHD, 5EDU, 5Х7
Идентификаторы
Псевдонимы	HDAC6, CPBHM, HD6, PPP1R90, JM21, гистондеацетилаза 6
Внешние идентификаторы	OMIM: 300272 MGI: 1333752 ГомолоГен: 31353 Генные карты: HDAC6
Расположение гена (человек) Chr. Х-хромосома (человек)[1] Группа Xp11.23 Начинать 48,801,377 бп[1] Конец 48,824,982 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Х-хромосома (мышь)[2] Группа X A1.1 | X 3.58 см Начинать 7,930,120 бп[2] Конец 7,947,889 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание гистондеацетилазы • неправильно свернутый белок • связывание ионов металлов • связывание ферментов • НАД-зависимая активность гистондеацетилазы (специфическая для H3-K14) • связывание бета-катенина • связывание ионов цинка • связывание с белками, зависящее от модификации полиубиквитина • GO: 0001948 связывание с белками • связывание тау-белка • связывание динеинового комплекса • Связывание с белком Hsp90 • активность гистондеацетилазы • связывание микротрубочек • связывание альфа-тубулина • связывание убиквитина • связывание бета-тубулина • связывание актина • гидролазная активность • связывание убиквитин-протеин-лигазы • активность тубулиндеацетилазы • GO: 0000980 Связывание ДНК, специфичное для последовательности цис-регуляторной области РНК-полимеразы II • активность протеиндеацетилазы • активность ацетилспермидиндеацетилазы Сотовый компонент • цитозоль • перинуклеарная область цитоплазмы • Caveola • микротрубочки • ядро клетки • мультивезикулярное тело • проекция клетки • комплекс, связанный с микротрубочками • агрессивный • динеиновый комплекс • гистондеацетилазный комплекс • перикарион • аксон • тело включения • дендрит • передний край ячейки • цитоплазматическая микротрубочка • Тело клетки • проекция нейрона • нуклеоплазма • цитоплазма • макромолекулярный комплекс Биологический процесс • Деацетилирование Hsp90 • контроль качества белков для неправильно свернутых или неполностью синтезированных белков • реакция на органическое вещество • клеточный ответ на топологически неправильный белок • деацетилирование тубулина • регуляция установления локализации белка • убиквитин-зависимый катаболический процесс белка через мультивезикулярный путь сортировки тела • реакция на фактор роста • внутриклеточный транспорт белка • агрессивная сборка • отрицательная регуляция протеолиза • деацетилирование гистона H3 • положительное регулирование передачи сигнала • деацетилирование пептидил-лизина • ответ на неправильно свернутый белок • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • регулирование стабильности белка • убиквитин-зависимый белковый катаболический процесс • локализация митохондрий • положительная регуляция миграции эпителиальных клеток • регулирование дифференцировки жировых клеток • транскрипция, ДНК-шаблон • регуляция аутофагии митохондрии • транспорт полиубиквитинированного неправильно свернутого белка • реакция на токсичное вещество • положительное регулирование запрограммированной гибели клеток, опосредованной перекисью водорода • регуляция движения микротрубочек • регуляция рецепторной активности • полиубиквитинирование белков • деацетилирование белков • отрицательная регуляция процесса обмена перекиси водорода • регулирование аутофагии • отрицательная регуляция активности оксидоредуктазы • регуляция сигнального пути рецептора андрогенов • отрицательная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • клеточный ответ на неправильно свернутый белок • положительная регуляция сборки белковых комплексов, опосредованной шаперонами • эпигенетическая регуляция экспрессии генов • отрицательная регуляция разборки белкового комплекса • аутофагия • отрицательная регуляция деполимеризации микротрубочек • локализация лизосом • деацетилирование гистонов • клеточный ответ на перекись водорода • ковалентная модификация хроматина • побочное прорастание • морфогенез дендритного позвоночника • морфогенез ресничек • регуляция макроаутофагии • Паркин-опосредованная стимуляция митофагии в ответ на деполяризацию митохондрий • положительная регуляция митофагии в ответ на митохондриальную деполяризацию • организация хроматина • положительное регулирование олигомеризации белков • разборка макромолекулярного комплекса • положительная регуляция фосфорилирования пептидил-серина • деацетилирование полиаминов • деацетилирование спермидина Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	10013	15185
Ансамбль	ENSG00000094631	ENSMUSG00000031161
UniProt	Q9UBN7	Q9Z2V5
RefSeq (мРНК)	NM_006044 NM_001321225 NM_001321226 NM_001321227 NM_001321228 NM_001321229 NM_001321230 NM_001321231	NM_001130416 NM_010413
RefSeq (белок)	NP_001308154 NP_001308155 NP_001308156 NP_001308157 NP_001308158 NP_001308159 NP_001308160 NP_006035	NP_001123888 NP_034543
Расположение (UCSC)	Chr X: 48,8 - 48,82 Мб	Chr X: 7.93 - 7.95 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Гистоновая деацетилаза 6 является фермент что у людей кодируется HDAC6 ген.^[5][6]

Функция

Гистоны играют решающую роль в регуляции транскрипции, прогрессии клеточного цикла и событиях развития. Ацетилирование / деацетилирование гистонов изменяет структуру хроматина и влияет на транскрипцию. Белок, кодируемый этим геном, принадлежит к классу II семейства гистондеацетилазы / acuc / apha. Он содержит внутреннее дублирование двух каталитических доменов, которые, по-видимому, функционируют независимо друг от друга. Этот белок обладает гистондеацетилазной активностью и подавляет транскрипцию.^[7]

Клиническая значимость

Мутации в этом гене были связаны с Болезнь Альцгеймера.^[8]

Избыточная экспрессия этого белка коррелирует с туморогенез и выживаемость клеток. HDAC6 также поощряет метастаз раковых клеток.^[9]

Функции

Убирает Ресничка ячейки, что необходимо перед митоз ячейки.^[10]

HDAC также поощряет подвижность клеток и катализирует α-тубулин деацетилирование.^[11] В результате фермент также способствует метастазированию раковых клеток.^[9]
HDAC6 также влияет на транскрипцию и трансляцию, регулируя белок теплового шока 90 (Hsp90) и стрессовые гранулы (SG), соответственно.^[9]

HDAC6 также известен своей высокой аффинностью к убиквитинированный белки.^[12] HDAC6 также требуется при образовании SG (Гранула стресса белки и способствует образованию SG; Фармакологическое ингибирование или генетическое удаление HDAC6 отменяет образование SG.

Взаимодействия

HDAC6 был показан взаимодействовать с HDAC11^[13] и Цинковый палец и белок, содержащий домен BTB 16.^[14]

HDAC6 взаимодействует с SG (Гранула стресса ) белок G3BP1.^[12]

Смотрите также

• Гистоновая деацетилаза

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000094631 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000031161 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Grozinger CM, Hassig CA, Schreiber SL (июнь 1999 г.). «Три белка определяют класс гистоновых деацетилаз человека, родственных дрожжевому Hda1p». Proc Natl Acad Sci U S A. 96 (9): 4868–73. Bibcode:1999PNAS ... 96.4868G. Дои:10.1073 / пнас.96.9.4868. ЧВК  21783. PMID  10220385.
6. Нагасе Т., Исикава К., Суяма М., Кикуно Р., Хиросава М., Миядзима Н., Танака А., Котани Н., Номура Н., Охара О. (май 1999 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. XII. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые кодируют большие белки in vitro». ДНК Res. 5 (6): 355–64. Дои:10.1093 / днарес / 5.6.355. PMID  10048485.
7. «Энтрез Ген: гистондеацетилаза 6 HDAC6».
8. Кук С., Гендрон Т.Ф., Шеффель К., Карломаньо Ю., Данмор Дж., ДеТюр М., Петручелли Л. (5 апреля 2012 г.). «Потеря HDAC6, нового субстрата CHIP, снижает аномальное накопление тау». Молекулярная генетика человека. 21 (13): 2936–45. Дои:10.1093 / hmg / dds125. ЧВК  3373241. PMID  22492994.
9. Алдана-Масангкай Г.И., Сакамото К.М. (2011). «Роль HDAC6 при раке». J. Biomed. Биотехнология. 2011: 1–10. Дои:10.1155/2011/875824. ЧВК  2975074. PMID  21076528.
10. Кришнамурти К., Ван Г., Сильва Дж., Конди Б.Г., Биберих Э. (февраль 2007 г.). «Керамид регулирует полярность атипичных PKCzeta / лямбда-опосредованных клеток в примитивных клетках эктодермы. Новая функция сфинголипидов в морфогенезе». J. Biol. Chem. 282 (5): 3379–90. Дои:10.1074 / jbc.M607779200. PMID  17105725. Сложить резюме – Phys.org/news.
11. Гао Ю.С., Хабберт С.К., Лу Дж., Ли Ю.С., Ли Дж.Й., Яо Т.П. (2007). «Гистоновая деацетилаза 6 регулирует индуцированное фактором роста ремоделирование актина и эндоцитоз». Мол. Клетка. Биол. 27 (24): 8637–47. Дои:10.1128 / MCB.00393-07. ЧВК  2169396. PMID  17938201.
12. Квон С., Чжан Ю., Матиас П. (декабрь 2007 г.). «Деацетилаза HDAC6 - новый критический компонент стрессовых гранул, участвующих в стрессовой реакции». Genes Dev. 21 (24): 3381–94. Дои:10.1101 / gad.461107. ЧВК  2113037. PMID  18079183.
13. Гао Л., Куэто М.А., Ассельбергс Ф., Атаджа П. (июль 2002 г.). «Клонирование и функциональная характеристика HDAC11, нового члена семейства гистондеацетилаз человека». J. Biol. Chem. 277 (28): 25748–55. Дои:10.1074 / jbc.M111871200. PMID  11948178.
14. Chauchereau A, Mathieu M, de Saintignon J, Ferreira R, Pritchard LL, Mishal Z, Dejean A, Harel-Bellan A (ноябрь 2004 г.). «HDAC4 опосредует репрессию транскрипции белком PLZF, ассоциированным с острым промиелоцитарным лейкозом». Онкоген. 23 (54): 8777–84. Дои:10.1038 / sj.onc.1208128. PMID  15467736.

дальнейшее чтение

• Пазин MJ, Кадонага JT (1997). «Что вверх и вниз с деацетилированием и транскрипцией гистонов?». Клетка. 89 (3): 325–8. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80211-1. PMID  9150131. S2CID  11488594.
• Вольф А.П. (1997). «Транскрипционный контроль. Греховное подавление». Природа. 387 (6628): 16–7. Дои:10.1038 / 387016a0. PMID  9139815. S2CID  29803420.
• Huynh KD, Fischle W, Verdin E, Bardwell VJ (2000). «BCoR, новый корепрессор, участвующий в репрессии BCL-6». Genes Dev. 14 (14): 1810–23. Дои:10.1101 / gad.14.14.1810 (неактивно 10.09.2020). ЧВК  316791. PMID  10898795.
• Mahlknecht U, Schnittger S, Landgraf F, Schoch C, Ottmann OG, Hiddemann W, Hoelzer D (2001). «Присвоение гена гистондеацетилазы 6 человека (HDAC6) Х-хромосоме p11.23 путем гибридизации in situ». Cytogenet. Cell Genet. 93 (1–2): 135–6. Дои:10.1159/000056967. PMID  11474198. S2CID  41821644.
• Као Х.Й., Ли СН, Комаров А, Хан СС, Эванс Р.М. (2002). «Выделение и характеристика HDAC10 млекопитающих, новой гистоновой деацетилазы». J. Biol. Chem. 277 (1): 187–93. Дои:10.1074 / jbc.M108931200. PMID  11677242.
• Сеньорэн-Берни Д., Вердел А., Курте С., Лемерсье С., Гарин Дж., Руссо С., Хохбин С. (2001). «Идентификация компонентов комплекса деацетилазы 6 мышиного гистона: связь между сигнальными путями ацетилирования и убиквитинирования». Мол. Клетка. Биол. 21 (23): 8035–44. Дои:10.1128 / MCB.21.23.8035-8044.2001. ЧВК  99970. PMID  11689694.
• Тонг Дж.Дж., Лю Дж., Бертос Н.Р., Ян XJ (2002). «Идентификация HDAC10, новой гистондеацетилазы человека класса II, содержащей домен, богатый лейцином». Нуклеиновые кислоты Res. 30 (5): 1114–23. Дои:10.1093 / nar / 30.5.1114. ЧВК  101247. PMID  11861901.
• Гао Л., Куэто М.А., Ассельбергс Ф., Атаджа П. (2002). «Клонирование и функциональная характеристика HDAC11, нового члена семейства гистондеацетилазы человека». J. Biol. Chem. 277 (28): 25748–55. Дои:10.1074 / jbc.M111871200. PMID  11948178.
• Хабберт С., Гвардиола А., Шао Р., Кавагути Ю., Ито А., Никсон А., Йошида М., Ван XF, Яо Т.П. (2002). «HDAC6 представляет собой деацетилазу, ассоциированную с микротрубочками». Природа. 417 (6887): 455–8. Bibcode:2002Натурал.417..455Н. Дои:10.1038 / 417455a. PMID  12024216. S2CID  4373254.
• Кирш О., Зеелер Дж. С., Пихлер А., Гаст А., Мюллер С., Миска Е., Матье М., Харель-Беллан А., Кузаридес Т., Мельхиор Ф, Дежан А. (2002). «Лигаза SUMO E3 RanBP2 способствует модификации деацетилазы HDAC4». EMBO J. 21 (11): 2682–91. Дои:10.1093 / emboj / 21.11.2682. ЧВК  125385. PMID  12032081.
• Крюк С.С., Ориан А., Коули С.М., Эйзенман Р.Н. (2002). «Гистондеацетилаза 6 связывает полиубиквитин через свой цинковый палец (домен PAZ) и очищается с деубиквитинирующими ферментами». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (21): 13425–30. Bibcode:2002PNAS ... 9913425H. Дои:10.1073 / pnas.172511699. ЧВК  129689. PMID  12354939.
• Вестендорф Дж. Дж., Зайди С. К., Кашино Дж. Э., Калер Р., ван Вейнен А. Дж., Лиан Дж. Б., Йошида М., Стейн Г. С., Ли Х (2002). «Runx2 (Cbfa1, AML-3) взаимодействует с гистон-деацетилазой 6 и репрессирует промотор p21CIP1 / WAF1». Мол. Клетка. Биол. 22 (22): 7982–92. Дои:10.1128 / MCB.22.22.7982-7992.2002. ЧВК  134736. PMID  12391164.
• North BJ, Marshall BL, Borra MT, Denu JM, Verdin E (2003). «Ортолог Sir2 человека, SIRT2, представляет собой НАД + -зависимую тубулиндеацетилазу». Мол. Клетка. 11 (2): 437–44. Дои:10.1016 / S1097-2765 (03) 00038-8. PMID  12620231.
• Voelter-Mahlknecht S, Mahlknecht U (2004). «Клонирование и структурная характеристика гена гистондеацетилазы 6 человека». Int. J. Mol. Med. 12 (1): 87–93. Дои:10.3892 / ijmm.12.1.87. PMID  12792815.
• Кисть MH, Гвардиола A, Коннор JH, Яо Т.П., Шеноликар S (2004). «Ингибиторы деактилазы разрушают клеточные комплексы, содержащие протеинфосфатазы и деацетилазы». J. Biol. Chem. 279 (9): 7685–91. Дои:10.1074 / jbc.M310997200. PMID  14670976.
• Панди У. Б., Батлеви Ю., Бэреке Э. Х., Тейлор Дж. П. (ноябрь – декабрь 2007 г.). «HDAC6 на пересечении аутофагии, убиквитин-протеасомной системы и нейродегенерации». Аутофагия. 3 (6): 643–5. Дои:10.4161 / авто.5050. PMID  17912024.
• Панди У.Б., Не З., Батлеви Й., МакКрей Б.А., Ритсон Г.П., Недельски Н.Б., Шварц С.Л., ДиПросперо Н.А., Найт М.А., Шульдинер О., Падманабхан Р., Хильд М., Берри Д.Л., Гарза Д., Хабберт С.Ч., Яо Т.П., Бэреке Э. , Тейлор JP (14 июня 2007 г.). «HDAC6 спасает нейродегенерацию и обеспечивает важную связь между аутофагией и ИБП». Природа. 447 (7146): 859–63. Bibcode:2007Натура.447..860П. Дои:10.1038 / природа05853. PMID  17568747. S2CID  4365061.

внешняя ссылка

• HDAC6 + белок, + человеческий в Национальной медицинской библиотеке США Рубрики медицинской тематики (MeSH)
• HDAC6 расположение человеческого гена в Браузер генома UCSC.
• HDAC6 детали человеческого гена в Браузер генома UCSC.

Эта статья включает текст из Национальная медицинская библиотека США, который находится в всеобщее достояние.