KDM2A - KDM2A

KDM2A
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2Ю1, 2Ю2, 4BBQ
Идентификаторы
Псевдонимы	KDM2A, CXXC8, FBL11, FBL7, FBXL11, JHDM1A, LILINA, лизиндеметилаза 2A
Внешние идентификаторы	OMIM: 605657 MGI: 1354736 ГомолоГен: 56564 Генные карты: KDM2A
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 11 (человек)[1] Группа 11q13.2 Начните 67,119,263 бп[1] Конец 67,258,082 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 19 (мышь)[2] Группа 19 | 19 А Начните 4,314,419 бп[2] Конец 4,398,285 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • Связывание ДНК • оксидоредуктазная активность • связывание ионов цинка • активность диоксигеназы • связывание ионов металлов • гистоновая деметилаза активность • GO: 0001948 связывание с белками • активность гистон-деметилазы (специфическая для H3-K36) • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II Сотовый компонент • нуклеоплазма • ядро клетки Биологический процесс • восстановление двухниточного разрыва за счет негомологичного соединения концов • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • окислительно-восстановительный процесс • деметилирование гистона H3-K36 • транскрипция, ДНК-шаблон • организация хроматина • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • отрицательная регуляция транскрипции за счет конкурентного связывания промотора • циркадная регуляция экспрессии генов • регулирование циркадного ритма • ритмический процесс Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	22992	225876
Ансамбль	ENSG00000173120	ENSMUSG00000054611
UniProt	Q9Y2K7	P59997
RefSeq (мРНК)	NM_001256405 NM_012308	NM_001001984
RefSeq (белок)	NP_001243334 NP_036440	NP_001001984
Расположение (UCSC)	Chr 11: 67.12 - 67.26 Мб	Chr 19: 4.31 - 4.4 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Лизинспецифическая деметилаза 2А (KDM2A), также известный как F-бокс и белок с высоким содержанием лейцина 11 (FBXL11) - это фермент что у людей кодируется KDM2A ген.^[5][6][7] KDM2A является членом суперсемейства альфа-кетоглутарат-зависимые гидроксилазы, которые не являются железосодержащими белками, не содержащими гем.

Функция

Этот ген кодирует член F-бокс протеин семейство, которое характеризуется мотивом приблизительно из 40 аминокислот, F-боксом. Белки F-бокса составляют одну из четырех субъединиц убиквитин протеинлигаза комплекс называется СКФ (SKP1-cullin-F-box), которые работают в фосфорилирование -зависимый убиквитинирование. Белки F-бокса делятся на 3 класса: Fbws, содержащие WD-40 домены, Fbls содержащие богатые лейцином повторы, и Fbxs, содержащие либо разные модули белок-белкового взаимодействия, либо не распознаваемые мотивы. Белок, кодируемый этим геном, принадлежит к классу Fbls и, помимо F-бокса, содержит по меньшей мере 6 сильно вырожденных повторов, богатых лейцином.^[7]

FBXL11 / KDM2A - это гистон H3 лизин 36 деметилаза фермент. Ферментативная активность FBXL11 / KDM2A зависит от консервативного домена JmjC в N-конец белка, который координирует железо и альфакетоглутарат катализировать деметилирование через механизм, основанный на гидроксилировании.^[8] Недавно было продемонстрировано, что ДНК-связывающий домен ZF-CxxC в FBXL11 / KDM2A обладает способностью взаимодействовать с неметилированной ДНК, и этот домен нацелен на FBXL11 / KDM2A в области CpG-островков генома, где он специфически удаляет метилирование гистона H3 лизина 36. .^[9] Этот механизм действует, чтобы создать хроматин окружающая среда на островках CpG, которая выделяет эти регуляторные элементы и отличает их от нерегулирующих областей в больших сложных геномах млекопитающих. В исследовании гепатоцитов мышей было показано, что этот ген регулирует глюконеогенез в печени.^[10]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000173120 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000054611 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Нагасе Т., Исикава К., Суяма М., Кикуно Р., Хиросава М., Миядзима Н., Танака А., Котани Н., Номура Н., Охара О. (июль 1999 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. XIII. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые кодируют большие белки in vitro». ДНК Res. 6 (1): 63–70. Дои:10.1093 / днарес / 6.1.63. PMID  10231032.
6. Winston JT, Koepp DM, Zhu C, Elledge SJ, Harper JW (декабрь 1999 г.). «Семейство белков F-бокса млекопитающих». Curr Biol. 9 (20): 1180–2. Дои:10.1016 / S0960-9822 (00) 80021-4. PMID  10531037. S2CID  14341845.
7. «Ген Entrez: FBXL11 F-box и богатый лейцином повторяющийся белок 11».
8. Цукада Ю., Фанг Дж., Эрдджумент-Бромаж Х., Уоррен М.Э., Борчерс С.Х., Темпст П., Чжан Ю. (февраль 2006 г.). «Деметилирование гистонов семейством белков, содержащих домен JmjC». Природа. 439 (7078): 811–6. Дои:10.1038 / природа04433. PMID  16362057. S2CID  4415889.
9. Блэкледж Н.П., Чжоу Дж.С., Толсторуков М.Ю., Фаркас А.М., Парк П.Дж., Клозе Р.Дж. (апрель 2010 г.). «CpG-островки привлекают гистон H3 лизин 36 деметилазу». Молекулярная клетка. 38 (2): 179–90. Дои:10.1016 / j.molcel.2010.04.009. ЧВК  3098377. PMID  20417597.
10. Пан Д., Мао Ц., Цзоу Т., Яо А.Ю., Купер М.П., ​​Боярчук В., Ван YX (2012). «Гистоновая деметилаза Jhdm1a регулирует глюконеогенез в печени». PLOS Genetics. 8 (6): e1002761. Дои:10.1371 / journal.pgen.1002761. ЧВК  3375226. PMID  22719268.

дальнейшее чтение

• Накадзима Д., Окадзаки Н., Ямакава Н., Кикуно Р., Охара О, Нагасе Т. (2003). «Конструирование готовых к экспрессии клонов кДНК для генов KIAA: ручное культивирование 330 клонов кДНК KIAA». ДНК Res. 9 (3): 99–106. Дои:10.1093 / днарес / 9.3.99. PMID  12168954.
• Cenciarelli C, Chiaur DS, Guardavaccaro D, Parks W, Vidal M, Pagano M (1999). «Идентификация семейства человеческих белков F-бокса». Curr. Биол. 9 (20): 1177–9. Дои:10.1016 / S0960-9822 (00) 80020-2. PMID  10531035. S2CID  7467493.
• Ильин Г.П., Риалланд М, Голубь С., Гуген-Гийозо С. (2001). «Клонирование кДНК и анализ экспрессии новых членов семейства белков F-бокса млекопитающих». Геномика. 67 (1): 40–7. Дои:10.1006 / geno.2000.6211. PMID  10945468.
• Хаттори А., Окумура К., Нагасе Т., Кикуно Р., Хиросава М., Охара О. (2001). «Характеристика длинных клонов кДНК из селезенки взрослого человека». ДНК Res. 7 (6): 357–66. Дои:10.1093 / dnares / 7.6.357. PMID  11214971.
• Ватанабэ Н., Араи Х., Нишихара Й., Танигучи М., Ватанабэ Н., Хантер Т., Осада Х. (2004). «Киназы M-фазы индуцируют фосфо-зависимое убиквитинирование соматического Wee1 с помощью SCFbeta-TrCP». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (13): 4419–24. Дои:10.1073 / pnas.0307700101. ЧВК  384762. PMID  15070733.
• Колланд Ф., Жак Икс, Троплин В., Мужен С., Грозело С., Гамбург А, Мейл А., Войчик Дж., Легрен П., Готье Дж. М. (2004). «Функциональное протеомное картирование сигнального пути человека». Genome Res. 14 (7): 1324–32. Дои:10.1101 / гр. 2334104. ЧВК  442148. PMID  15231748.
• Андерсен Дж. С., Лам Ю. В., Леунг А. К., Онг С. Е., Лион CE, Ламонд А. И., Манн М. (2005). «Динамика нуклеолярного протеома». Природа. 433 (7021): 77–83. Дои:10.1038 / природа03207. PMID  15635413. S2CID  4344740.
• Tsukada Y, Fang J, Erdjument-Bromage H, Warren ME, Borchers CH, Tempst P, Zhang Y (2006). «Деметилирование гистонов семейством белков, содержащих домен JmjC». Природа. 439 (7078): 811–6. Дои:10.1038 / природа04433. PMID  16362057. S2CID  4415889.
• Олсен Дж. В., Благоев Б., Гнад Ф, Мацек Б., Кумар С., Мортенсен П., Манн М. (2006). «Глобальная, in vivo и сайт-специфическая динамика фосфорилирования в сигнальных сетях». Клетка. 127 (3): 635–48. Дои:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID  17081983. S2CID  7827573.