Kazal домен - Kazal domain

Домен ингибитора сериновой протеазы Kazal-типа
PDB 2b0u EBI.jpg
структура комплекса фоллистатин: активин
Идентификаторы
СимволКазал_1
PfamPF00050
ИнтерПроIPR002350
PROSITEPDOC00254
SCOP23гб / Объем / СУПФАМ
Домен ингибитора сериновой протеазы Kazal-типа
PDB 1lr9 EBI.jpg
структура fs1, гепарин-связывающего домена фоллистатина
Идентификаторы
СимволКазал_2
PfamPF07648
ИнтерПроIPR011497
PROSITEPDOC00254
SCOP23гб / Объем / СУПФАМ

В Kazal домен это эволюционно сохраненный белковый домен обычно указывает на сериновая протеаза ингибиторы. Однако казалеподобные домены также наблюдаются во внеклеточной части Агринс, которые, как известно, не являются ингибиторами протеаз.

У животных ингибиторы сериновой протеазы, которые действуют через их домен Kazal, сгруппированы под МЕРОПЫ семейство ингибиторов I1, клан IA.[1][2]

Казал 1

Kazal домены часто встречаются в тандемных массивах. Маленький альфа + бета складка содержащий три дисульфидные связи. Выравнивание также включает один домен от транспортеров семейства OATP / PGT. P46721.

Пептид ингибиторы протеиназ можно найти как одиночный домен белки или как один или несколько домены внутри белков; они называются либо простыми, либо сложными ингибиторами соответственно. Во многих случаях они синтезируются как часть более крупного предшественник белок, либо в виде препропептида, либо в виде N-концевого домена, связанного с неактивным пептидаза или же зимоген. Этот домен предотвращает доступ субстрат к активный сайт. Удаление N-концевого домена ингибитора путем взаимодействия со второй пептидазой или путем автокаталитический расщепление активирует зимоген. Другие ингибиторы взаимодействовать напрямую с протеиназы с использованием простого нековалентного механизма замка и ключа; в то время как другие используют конформационный захват на основе изменений механизм это зависит от их структурный и термодинамический характеристики.

Это семейство ингибиторов Kazal принадлежит к семейству ингибиторов MEROPS I1, клан IA. Они подавлять серин пептидазы семейства S1 (ИНТЕРПРО ).[3] Члены в основном являются многоклеточными животными, но включают исключения в альвеолах (apicomplexa), stramenopiles, высшие растения и бактерии.

Ингибиторы Kazal, которые ингибируют ряд сериновых протеаз (таких как трипсин и эластаза), относятся к семейство белков который включает секреторный трипсин ингибитор; птичий овомукоид; ингибитор акрозина; и ингибитор эластазы. Эти белки содержат от 1 до 7 ингибиторов Казала повторяет.[4][5]

В структура Казальского повтора включает большое количество удлиненных цепочек, 2 коротких альфа-спирали и трехцепочечный антипараллельный бета-лист.[4] Ингибитор совершает 11 контактов со своим фермент субстрат: необычно, 8 из этих важных остатки гипервариабельны.[5] Изменение остатков, контактирующих с ферментом, и особенно остатков связи активного центра, влияет на силу ингибирования и специфичность ингибитора конкретного серина протеазы.[5][6] Присутствие этого домена Pfam обычно указывает на серин. протеаза ингибиторы, однако, казал-подобные домены также видны в внеклеточный часть агринов, которые, как известно, не являются ингибиторами протеиназ.

Белки человека с доменами Kazal 1:

Казал 2

Этот домен обычно указывает на сериновую протеазу ингибиторы которые принадлежат Merops ингибитор семейства: I1, I2, I17 и I31. Однако казалоподобный домены также видны в внеклеточный часть агринов, которые, как известно, не ингибиторы протеазы. Казал домены часто встречается в тандемные массивы и имеют центральную альфа-спираль, короткую двухцепочечную антипараллельный бета-лист и несколько дисульфидных облигации.[7][8][9] Аминоконцевой сегмент этого домена связывает к активный сайт его протеаз-мишеней, тем самым подавляя их функцию.

Белки человека с доменами Kazal 2:

Рекомендации

  1. ^ Семейство MEROPS I1
  2. ^ ИнтерПро: IPR001239
  3. ^ Роулингс Н.Д., Толле Д.П., Барретт А.Дж. (март 2004 г.). «Эволюционные семейства ингибиторов пептидазы». Biochem. J. 378 (Pt 3): 705–16. Дои:10.1042 / BJ20031825. ЧВК  1224039. PMID  14705960.
  4. ^ а б Уильямсон член парламента; Марион Д; Вютрих К. (март 1984 г.). «Вторичная структура в растворе конформации ингибитора протеиназы IIA из семенной плазмы быка с помощью ядерного магнитного резонанса». J. Mol. Биол. 173 (3): 341–59. Дои:10.1016/0022-2836(84)90125-6. PMID  6699915.
  5. ^ а б c Laskowski M, Kato I., Ardelt W., Cook J, Denton A, Empie MW, Kohr WJ, Park SJ, Parks K, Schatzley BL (январь 1987 г.). «Третьи овомукоидные домены от 100 видов птиц: выделение, последовательности и гипервариабельность контактных остатков фермент-ингибитор». Биохимия. 26 (1): 202–21. Дои:10.1021 / bi00375a028. PMID  3828298.
  6. ^ Empie MW, Laskowski M (май 1982). «Термодинамика и кинетика замены одиночных остатков в третьих доменах овомукоида птиц: влияние на взаимодействие ингибиторов с сериновыми протеиназами». Биохимия. 21 (10): 2274–84. Дои:10.1021 / bi00539a002. PMID  7046785.
  7. ^ Schlott B, Wöhnert J, Icke C, Hartmann M, Ramachandran R, Gührs KH, Glusa E, Flemming J, Görlach M, Grosse F, Ohlenschläger O (апрель 2002 г.). «Взаимодействие доменов ингибиторов Kazal-типа с сериновыми протеиназами: биохимические и структурные исследования». J. Mol. Биол. 318 (2): 533–46. Дои:10.1016 / S0022-2836 (02) 00014-1. PMID  12051857.
  8. ^ Стаббс М.Т., Моренвайзер Р., Штюрцебехер Дж., Бауэр М., Боде В., Хубер Р., Пехоттка Г. П., Матшинер Г., Зоммерхофф С. П., Фриц Х., Ауэрсвальд Е. А. (август 1997 г.). «Трехмерная структура рекомбинантного ингибитора триптазы, полученного из пиявки, в комплексе с трипсином. Влияние на структуру триптазы тучных клеток человека и ее ингибирование». J. Biol. Chem. 272 (32): 19931–7. Дои:10.1074 / jbc.272.32.19931. PMID  9242660.
  9. ^ ван де Лохт А., Ламба Д., Бауэр М., Хубер Р., Фридрих Т., Крегер Б., Хёффкен В., Боде В. (ноябрь 1995 г.). «Две головы лучше, чем одна: кристаллическая структура производного насекомого двухдоменного ингибитора казала родниина в комплексе с тромбином». EMBO J. 14 (21): 5149–57. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1995.tb00199.x. ЧВК  394622. PMID  7489704.
Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и ИнтерПро: IPR002350
Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и ИнтерПро: IPR011497