Список секвенированных эукариотических геномов - List of sequenced eukaryotic genomes
Этот список «секвенированных» геномов эукариот содержит все эукариоты известно как общедоступный полный ядерный и органелла последовательности генома которые были упорядочены, собраны, аннотированы и опубликованы; проекты геномов не включены, как и последовательности, состоящие только из органелл.
ДНК была впервые секвенирована в 1977 году. Первым свободноживущим организмом, геном которого был полностью секвенирован, была бактерия Haemophilus influenzae, в 1995 г. В 1996 г. Saccharomyces cerevisiae (пекарские дрожжи) были первой последовательностью генома эукариота, которая была выпущена, а в 1998 году первой последовательностью генома для многоклеточного эукариота, Caenorhabditis elegans, был выпущен.
Протисты
Ниже приведены шесть самых ранних секвенированных геномов протистов. Для более полного списка см. Список секвенированных геномов протистов.
Организм | Тип | Актуальность | Размер генома | Количество прогнозируемых генов | Организация | Год окончания |
---|---|---|---|---|---|---|
Гиллардия тета | Криптомонады | Модельный организм | 0.551 МБ (нуклеоморф только геном) | 465,[1] 513, 598 (UniProt) | Канадский институт перспективных исследований, Филиппский университет Марбург и Университет Британской Колумбии | 2001[1] |
Плазмодий falciparum Клон: 3D7 | Апикомплексан | Патоген человека (малярия ) | 22.9 Мб | 5,268[2] | Консорциум проекта генома малярии | 2002[2] |
Плазмодий yoelii yoelii Штамм: 17XNL | Апикомплексан | Возбудитель грызунов (малярия) | 23,1 Мб | 5,878[3] | TIGR и NMRC | 2002[3] |
Cryptosporidium hominis Штамм: TU502 | Апикомплексан | Человеческий патоген | 10,4 Мб | 3,994[4] | Университет Содружества Вирджинии | 2004[4] |
Криптоспоридиум парвум Изолят С- или генотипа 2 | Апикомплексан | Человеческий патоген | 16,5 Мб | 3,807[5] | UCSF и Университет Миннесоты | 2004[5] |
Thalassiosira pseudonana Штамм: CCMP 1335 | Диатомовый | Модельный организм | 34,5 Мб | 11,242[6] | Объединенный институт генома и Вашингтонский университет | 2004[6] |
Растения
Ниже приведены пять наиболее ранних секвенированных геномов растений. Для более полного списка см. Список секвенированных геномов растений.
Организм | Тип | Актуальность | Размер генома | Количество хромосом | Количество прогнозируемых генов | Организация | Год окончания |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Arabidopsis thaliana Экотип: Колумбия | Дикий горчица Thale Cress | Модель растение | 135 Мб[7] | 5 | 25,498,[8] 27,400,[9] 31 670 (UniProt) | Инициатива по геному арабидопсиса[10] | 2000[8] |
Cyanidioschyzon merolae Напряжение: 10D | Красные водоросли | Простой эукариот | 16,5 Мб | 20 | 5,331[11] | Токийский университет, университет Рикке, университет Сайтама и университет Кумамото | 2004[11] |
Oryza sativa ssp индика | Рис | Культура и модельный организм | 420 Мб | 12 | 32-50,000[12] | Пекинский институт геномики, Чжэцзянский университет и Китайская академия наук | 2002[12] |
Остреококк тавр | Зеленые водоросли | Простой эукариот, небольшой геном | 12,6 Мб | 7 969 (UniProt) | Laboratoire Arago | 2006[13] | |
Populus trichocarpa | Тополь бальзам или черный тополь | Связывание углерода, модельное дерево, коммерческое использование (древесина) и сравнение с A. thaliana | 550 Мб | 19 | 45,555[14] | Международный консорциум по геному тополя | 2006[14] |
Грибы
Ниже приведены пять самых ранних секвенированных геномов грибов. Для более полного списка см. Список секвенированных геномов грибов.
Организм | Тип | Актуальность | Размер генома | Количество прогнозируемых генов | Организация | Год окончания |
---|---|---|---|---|---|---|
Saccharomyces cerevisiae Штамм: S288C | Сахаромицеты | Пекарские дрожжи; Модель эукариот | 12,1 Мб | 6,294[15] | Международное сотрудничество по секвенированию генома дрожжей[16] | 1996[15] |
Encephalitozoon cuniculi | Микроспоридиум | Человеческий патоген | 2.9 Мб | 1,997[17] | Геноскоп и Université Blaise Pascal | 2001[17] |
Schizosaccharomyces pombe Штамм: 972h- | Шизосахаромицеты | Модель эукариот | 14 Мб | 4,824[18] | Институт Сэнгера и Лаборатория Колд-Спринг-Харбор | 2002[18] |
Neurospora crassa | Сордариомицеты | Модель эукариот | 40 Мб | 10,082[19] | Broad Institute, Орегонский университет здоровья и науки, Университет Кентукки, а Канзасский университет | 2003[19] |
Phanerochaete chrysosporium Штамм: RP78 Представлять себе! | Агарикомицеты | Грибок древесной гнили, использование в mycoremediation | 30 Мб | 11,777[20] | Объединенный институт генома | 2004[20] |
Животные
Ниже приведены пять самых ранних секвенированных геномов животных. Для более полного списка см. Список секвенированных геномов животных.
Организм | Тип | Актуальность | Размер генома | Количество прогнозируемых генов | Организация | Год окончания |
---|---|---|---|---|---|---|
Caenorhabditis elegans Штамм: Bristol N2 | Нематода | Модельное животное | 100 Мб | 19,000[21] | Вашингтонский университет и Институт Сэнгера | 1998[21] |
Drosophila melanogaster | Плодовая муха | Модельное животное | 165 Мб | 13,600[22] | Селера, Калифорнийский университет в Беркли, Медицинский колледж Бейлора, European DGP | 2000[22] |
Anopheles gambiae Штамм: PEST | Комар | Вектор из малярия | 278 МБ | 13,683[23] | Celera Genomics и Геноскоп | 2002[23] |
Такифугу рубрипс | рыба фугу | Позвоночное животное с небольшим геномом | 390 Мб | 22–29,000[24] | Международный консорциум генома фугу[25] | 2002[26] |
Homo sapiens | Человек | 3,2 Гб[27] | 18 826 (консорциум CCDS) | Консорциум проекта "Геном человека" и Celera Genomics | Проект 2001 г.[28][29] Завершить 2006 год[30] |
Смотрите также
- Геномный проект, Человеческий геном
- Геномная организация
- История генетики
- Список секвенированных геномов животных
- Список секвенированных геномов архей
- Список секвенированных бактериальных геномов
- Список секвенированных геномов грибов
- Список секвенированных геномов растений
- Список секвенированных пластомов
- Список секвенированных геномов протистов
Рекомендации
- ^ а б Дуглас С., Заунер С., Фраунхольц М. и др. (Апрель 2001 г.). «Сильно восстановленный геном порабощенного ядра водорослей». Природа. 410 (6832): 1091–6. Bibcode:2001 Натур.410.1091D. Дои:10.1038/35074092. PMID 11323671.
- ^ а б Гарднер М.Дж., Холл Н., Фунг Э. и др. (Октябрь 2002 г.). "Последовательность генома малярийного паразита человека Плазмодий falciparum". Природа. 419 (6906): 498–511. Bibcode:2002Натура.419..498Г. Дои:10.1038 / природа01097. ЧВК 3836256. PMID 12368864.
- ^ а б Карлтон JM, Angiuoli SV, Suh BB, et al. (Октябрь 2002 г.). «Последовательность генома и сравнительный анализ модельного паразита малярии грызунов» Плазмодий yoelii yoelii". Природа. 419 (6906): 512–9. Bibcode:2002Натура. 419..512C. Дои:10.1038 / природа01099. PMID 12368865.
- ^ а б Xu P, Widmer G, Wang Y, et al. (Октябрь 2004 г.). "Геном Cryptosporidium hominis". Природа. 431 (7012): 1107–12. Bibcode:2004 Натур.431.1107X. Дои:10.1038 / природа02977. PMID 15510150.
- ^ а б Абрахамсен М.С., Темплтон Т.Дж., Эномото С. и др. (Апрель 2004 г.). "Полная последовательность генома апикомплексана, Криптоспоридиум парвум". Наука. 304 (5669): 441–5. Bibcode:2004Наука ... 304..441A. Дои:10.1126 / science.1094786. PMID 15044751. S2CID 26434820.
- ^ а б Армбраст Э.В., Бергес Дж. А., Боулер С. и др. (Октябрь 2004 г.). «Геном диатомовой водоросли Thalassiosira pseudonana: экология, эволюция и метаболизм». Наука. 306 (5693): 79–86. Bibcode:2004 Наука ... 306 ... 79А. CiteSeerX 10.1.1.690.4884. Дои:10.1126 / science.1101156. PMID 15459382. S2CID 8593895.
- ^ https://www.arabidopsis.org/portals/genAnnotation/gene_structural_annotation/agicomplete.jsp
- ^ а б Инициатива по геному арабидопсиса (декабрь 2000 г.). «Анализ последовательности генома цветкового растения. Arabidopsis thaliana". Природа. 408 (6814): 796–815. Bibcode:2000Натура 408..796Т. Дои:10.1038/35048692. PMID 11130711.
- ^ Ensembl entry
- ^ Инициатива по геному арабидопсиса В архиве 2006-02-07 на Wayback Machine
- ^ а б Мацузаки М., Мисуми О, Шин-И Т. и др. (Апрель 2004 г.). "Последовательность генома сверхмалой одноклеточной красной водоросли Cyanidioschyzon merolae 10D ". Природа. 428 (6983): 653–7. Bibcode:2004Натура 428..653М. Дои:10.1038 / природа02398. PMID 15071595.
- ^ а б Гофф С.А., Рике Д., Лан Т.Х. и др. (Апрель 2002 г.). "Черновая последовательность генома риса (Oryza sativa L. ssp. японика)". Наука. 296 (5565): 92–100. Bibcode:2002Наука ... 296 ... 92Г. Дои:10.1126 / science.1068275. PMID 11935018. S2CID 2960202.
- ^ Derelle E, Ferraz C, Rombauts S и др. (Август 2006 г.). «Анализ генома самого маленького свободноживущего эукариота Ostreococcus tauri выявил множество уникальных особенностей». PNAS. 103 (31): 11647–52. Bibcode:2006PNAS..10311647D. Дои:10.1073 / pnas.0604795103. ЧВК 1544224. PMID 16868079.
- ^ а б Тускан Г.А., Дифазио С., Янссон С. и др. (Сентябрь 2006 г.). «Геном черного тополя, Populus trichocarpa (Торр и Грей) ". Наука. 313 (5793): 1596–604. Bibcode:2006Научный ... 313.1596Т. Дои:10.1126 / science.1128691. PMID 16973872. S2CID 7717980.
- ^ а б Гоффо А., Баррелл Б.Г., Бусси Н. и др. (Октябрь 1996 г.). «Жизнь с 6000 генами». Наука. 274 (5287): 546, 563–7. Bibcode:1996Наука ... 274..546G. Дои:10.1126 / science.274.5287.546. PMID 8849441. S2CID 16763139.
- ^ Международное сотрудничество по секвенированию генома дрожжей В архиве 2007-09-27 на Wayback Machine
- ^ а б Катинка М.Д., Дюпра С., Корнильо Э. и др. (Ноябрь 2001 г.). «Последовательность генома и уплотнение генов паразита эукариот» Encephalitozoon cuniculi". Природа. 414 (6862): 450–3. Bibcode:2001Натура.414..450K. Дои:10.1038/35106579. PMID 11719806.
- ^ а б Вуд В., Гвиллиам Р., Раджандрим М.А. и др. (Февраль 2002 г.). "Последовательность генома Schizosaccharomyces pombe". Природа. 415 (6874): 871–80. Дои:10.1038 / природа724. PMID 11859360.
- ^ а б Галаган Ю.Е., Кальво С.Е., Боркович К.А. и др. (Апрель 2003 г.). "Последовательность генома мицелиальных грибов Neurospora crassa". Природа. 422 (6934): 859–68. Bibcode:2003Натура.422..859Г. Дои:10.1038 / природа01554. PMID 12712197.
- ^ а б Мартинес, Диего; Ларрондо, Луис Ф; Патнэм, Ник; Гелпке, Маартен Д Соллевейн; Хуанг, Кэтрин; Чепмен, Джаррод; Helfenbein, Kevin G; Рамайя, Прити; и другие. (2004). «Последовательность генома гриба, разрушающего лигноцеллюлозу, штамм RP78 Phanerochaete chrysosporium». Природа Биотехнологии. 22 (6): 695–700. Дои:10.1038 / nbt967. PMID 15122302.
- ^ а б Консорциум по секвенированию C. elegans (декабрь 1998 г.). "Последовательность генома нематоды C. elegans: платформа для изучения биологии ». Наука. 282 (5396): 2012–8. Bibcode:1998На ... 282.2012.. Дои:10.1126 / science.282.5396.2012. PMID 9851916.
- ^ а б Адамс, доктор медицины, Сельникер С.Е., Холт Р.А. и др. (Март 2000 г.). "Последовательность генома Drosophila melanogaster". Наука. 287 (5461): 2185–95. Bibcode:2000Sci ... 287.2185.. CiteSeerX 10.1.1.549.8639. Дои:10.1126 / science.287.5461.2185. PMID 10731132.
- ^ а б Холт Р.А., Субраманиан Г.М., Халперн А. и др. (Октябрь 2002 г.). "Последовательность генома малярийного комара Anopheles gambiae". Наука. 298 (5591): 129–49. Bibcode:2002Наука ... 298..129H. CiteSeerX 10.1.1.149.9058. Дои:10.1126 / science.1076181. PMID 12364791. S2CID 4512225.ЧАС
- ^ Международный консорциум генома фугу. Четвертая сборка генома В архиве 2012-02-05 в Wayback Machine
- ^ Международный консорциум генома фугу В архиве 2012-02-05 в Wayback Machine
- ^ Aparicio S, Chapman J, Stupka E, et al. (Август 2002 г.). "Сборка полногеномного ружья и анализ генома Fugu rubripes". Наука. 297 (5585): 1301–10. Bibcode:2002Научный ... 297.1301A. Дои:10.1126 / science.1072104. PMID 12142439. S2CID 10310355.
- ^ Консорциум по секвенированию генома человека, международный (октябрь 2004 г.). «Завершение эухроматической последовательности генома человека». Природа. 431 (7011): 931–45. Bibcode:2004Натура.431..931H. Дои:10.1038 / природа03001. PMID 15496913.
- ^ Макферсон Дж. Д., Марра М., Хиллиер Л. и др. (Февраль 2001 г.). «Физическая карта генома человека». Природа. 409 (6822): 934–41. Bibcode:2001Натура.409..934М. Дои:10.1038/35057157. PMID 11237014.
- ^ Вентер Дж. К., Адамс, доктор медицины, Майерс Э. У. и др. (Февраль 2001 г.). «Последовательность генома человека». Наука. 291 (5507): 1304–51. Bibcode:2001Научный ... 291.1304V. Дои:10.1126 / science.1058040. PMID 11181995.
- ^ Грегори С.Г., Барлоу К.Ф., Маклей К.Э. и др. (Май 2006 г.). «Последовательность ДНК и биологическая аннотация хромосомы 1 человека». Природа. 441 (7091): 315–21. Bibcode:2006Натура.441..315Г. Дои:10.1038 / природа04727. PMID 16710414.
внешняя ссылка
- Diark - ресурс для исследования генома эукариот
- EMBL-EBL Эукариотические геномы
- Браузер генома UCSC
- Международный консорциум секвенирования - база данных крупномасштабных проектов секвенирования
- Ансамбль В Ансамбль Браузер генома (включает черновые геномы и геномы с низким уровнем покрытия)
- ЗОЛОТО: База данных Genomes OnLine v 3.0
- База данных сравнительной геномики SUPERFAMILY Включает в себя геномы всех полностью секвенированных эукариот, а также сложную систему сбора данных и инструменты визуализации для анализа
- База данных генома крысы