Список секвенированных эукариотических геномов - List of sequenced eukaryotic genomes

Saccharomyces cerevisiae был первым эукариотическим организмом, у которого была определена полная последовательность генома.

Этот список «секвенированных» геномов эукариот содержит все эукариоты известно как общедоступный полный ядерный и органелла последовательности генома которые были упорядочены, собраны, аннотированы и опубликованы; проекты геномов не включены, как и последовательности, состоящие только из органелл.

ДНК была впервые секвенирована в 1977 году. Первым свободноживущим организмом, геном которого был полностью секвенирован, была бактерия Haemophilus influenzae, в 1995 г. В 1996 г. Saccharomyces cerevisiae (пекарские дрожжи) были первой последовательностью генома эукариота, которая была выпущена, а в 1998 году первой последовательностью генома для многоклеточного эукариота, Caenorhabditis elegans, был выпущен.

Протисты

Ниже приведены шесть самых ранних секвенированных геномов протистов. Для более полного списка см. Список секвенированных геномов протистов.

ОрганизмТипАктуальностьРазмер геномаКоличество прогнозируемых геновОрганизацияГод окончания
Гиллардия тетаКриптомонадыМодельный организм0.551 МБ
(нуклеоморф только геном)
465,[1] 513, 598 (UniProt)Канадский институт перспективных исследований, Филиппский университет Марбург и Университет Британской Колумбии2001[1]
Плазмодий falciparum
Клон: 3D7
АпикомплексанПатоген человека (малярия )22.9 Мб5,268[2]Консорциум проекта генома малярии2002[2]
Плазмодий yoelii yoelii
Штамм: 17XNL
АпикомплексанВозбудитель грызунов (малярия)23,1 Мб5,878[3]TIGR и NMRC2002[3]
Cryptosporidium hominis
Штамм: TU502
АпикомплексанЧеловеческий патоген10,4 Мб3,994[4]Университет Содружества Вирджинии2004[4]
Криптоспоридиум парвум
Изолят С- или генотипа 2
АпикомплексанЧеловеческий патоген16,5 Мб3,807[5]UCSF и Университет Миннесоты2004[5]
Thalassiosira pseudonana
Штамм: CCMP 1335
ДиатомовыйМодельный организм34,5 Мб11,242[6]Объединенный институт генома и Вашингтонский университет2004[6]

Растения

Ниже приведены пять наиболее ранних секвенированных геномов растений. Для более полного списка см. Список секвенированных геномов растений.

ОрганизмТипАктуальностьРазмер геномаКоличество хромосомКоличество прогнозируемых геновОрганизацияГод окончания
Arabidopsis thaliana
Экотип: Колумбия
Дикий горчица Thale CressМодель растение135 Мб[7]525,498,[8] 27,400,[9] 31 670 (UniProt)Инициатива по геному арабидопсиса[10]2000[8]
Cyanidioschyzon merolae
Напряжение: 10D
Красные водорослиПростой эукариот16,5 Мб205,331[11]Токийский университет, университет Рикке, университет Сайтама и университет Кумамото2004[11]
Oryza sativa
ssp индика
РисКультура и модельный организм420 Мб1232-50,000[12]Пекинский институт геномики, Чжэцзянский университет и Китайская академия наук2002[12]
Остреококк таврЗеленые водорослиПростой эукариот, небольшой геном12,6 Мб7 969 (UniProt)Laboratoire Arago2006[13]
Populus trichocarpaТополь бальзам или черный топольСвязывание углерода, модельное дерево, коммерческое использование (древесина) и сравнение с A. thaliana550 Мб1945,555[14]Международный консорциум по геному тополя2006[14]

Грибы

Ниже приведены пять самых ранних секвенированных геномов грибов. Для более полного списка см. Список секвенированных геномов грибов.

ОрганизмТипАктуальностьРазмер геномаКоличество прогнозируемых геновОрганизацияГод окончания
Saccharomyces cerevisiae
Штамм: S288C
СахаромицетыПекарские дрожжи; Модель эукариот12,1 Мб6,294[15]Международное сотрудничество по секвенированию генома дрожжей[16]1996[15]
Encephalitozoon cuniculiМикроспоридиумЧеловеческий патоген2.9 Мб1,997[17]Геноскоп и Université Blaise Pascal2001[17]
Schizosaccharomyces pombe
Штамм: 972h-
ШизосахаромицетыМодель эукариот14 Мб4,824[18]Институт Сэнгера и Лаборатория Колд-Спринг-Харбор2002[18]
Neurospora crassaСордариомицетыМодель эукариот40 Мб10,082[19]Broad Institute, Орегонский университет здоровья и науки, Университет Кентукки, а Канзасский университет2003[19]
Phanerochaete chrysosporium
Штамм: RP78 Представлять себе!
АгарикомицетыГрибок древесной гнили, использование в mycoremediation30 Мб11,777[20]Объединенный институт генома2004[20]

Животные

Ниже приведены пять самых ранних секвенированных геномов животных. Для более полного списка см. Список секвенированных геномов животных.

ОрганизмТипАктуальностьРазмер геномаКоличество прогнозируемых геновОрганизацияГод окончания
Caenorhabditis elegans
Штамм: Bristol N2
НематодаМодельное животное100 Мб19,000[21]Вашингтонский университет и Институт Сэнгера1998[21]
Drosophila melanogasterПлодовая мухаМодельное животное165 Мб13,600[22]Селера, Калифорнийский университет в Беркли, Медицинский колледж Бейлора, European DGP2000[22]
Anopheles gambiae
Штамм: PEST
КомарВектор из малярия278 МБ13,683[23]Celera Genomics и Геноскоп2002[23]
Такифугу рубрипсрыба фугуПозвоночное животное с небольшим геномом390 Мб22–29,000[24]Международный консорциум генома фугу[25]2002[26]
Homo sapiensЧеловек3,2 Гб[27]18 826 (консорциум CCDS)Консорциум проекта "Геном человека" и Celera GenomicsПроект 2001 г.[28][29]
Завершить 2006 год[30]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б Дуглас С., Заунер С., Фраунхольц М. и др. (Апрель 2001 г.). «Сильно восстановленный геном порабощенного ядра водорослей». Природа. 410 (6832): 1091–6. Bibcode:2001 Натур.410.1091D. Дои:10.1038/35074092. PMID  11323671.
  2. ^ а б Гарднер М.Дж., Холл Н., Фунг Э. и др. (Октябрь 2002 г.). "Последовательность генома малярийного паразита человека Плазмодий falciparum". Природа. 419 (6906): 498–511. Bibcode:2002Натура.419..498Г. Дои:10.1038 / природа01097. ЧВК  3836256. PMID  12368864.
  3. ^ а б Карлтон JM, Angiuoli SV, Suh BB, et al. (Октябрь 2002 г.). «Последовательность генома и сравнительный анализ модельного паразита малярии грызунов» Плазмодий yoelii yoelii". Природа. 419 (6906): 512–9. Bibcode:2002Натура. 419..512C. Дои:10.1038 / природа01099. PMID  12368865.
  4. ^ а б Xu P, Widmer G, Wang Y, et al. (Октябрь 2004 г.). "Геном Cryptosporidium hominis". Природа. 431 (7012): 1107–12. Bibcode:2004 Натур.431.1107X. Дои:10.1038 / природа02977. PMID  15510150.
  5. ^ а б Абрахамсен М.С., Темплтон Т.Дж., Эномото С. и др. (Апрель 2004 г.). "Полная последовательность генома апикомплексана, Криптоспоридиум парвум". Наука. 304 (5669): 441–5. Bibcode:2004Наука ... 304..441A. Дои:10.1126 / science.1094786. PMID  15044751. S2CID  26434820.
  6. ^ а б Армбраст Э.В., Бергес Дж. А., Боулер С. и др. (Октябрь 2004 г.). «Геном диатомовой водоросли Thalassiosira pseudonana: экология, эволюция и метаболизм». Наука. 306 (5693): 79–86. Bibcode:2004 Наука ... 306 ... 79А. CiteSeerX  10.1.1.690.4884. Дои:10.1126 / science.1101156. PMID  15459382. S2CID  8593895.
  7. ^ https://www.arabidopsis.org/portals/genAnnotation/gene_structural_annotation/agicomplete.jsp
  8. ^ а б Инициатива по геному арабидопсиса (декабрь 2000 г.). «Анализ последовательности генома цветкового растения. Arabidopsis thaliana". Природа. 408 (6814): 796–815. Bibcode:2000Натура 408..796Т. Дои:10.1038/35048692. PMID  11130711.
  9. ^ Ensembl entry
  10. ^ Инициатива по геному арабидопсиса В архиве 2006-02-07 на Wayback Machine
  11. ^ а б Мацузаки М., Мисуми О, Шин-И Т. и др. (Апрель 2004 г.). "Последовательность генома сверхмалой одноклеточной красной водоросли Cyanidioschyzon merolae 10D ". Природа. 428 (6983): 653–7. Bibcode:2004Натура 428..653М. Дои:10.1038 / природа02398. PMID  15071595.
  12. ^ а б Гофф С.А., Рике Д., Лан Т.Х. и др. (Апрель 2002 г.). "Черновая последовательность генома риса (Oryza sativa L. ssp. японика)". Наука. 296 (5565): 92–100. Bibcode:2002Наука ... 296 ... 92Г. Дои:10.1126 / science.1068275. PMID  11935018. S2CID  2960202.
  13. ^ Derelle E, Ferraz C, Rombauts S и др. (Август 2006 г.). «Анализ генома самого маленького свободноживущего эукариота Ostreococcus tauri выявил множество уникальных особенностей». PNAS. 103 (31): 11647–52. Bibcode:2006PNAS..10311647D. Дои:10.1073 / pnas.0604795103. ЧВК  1544224. PMID  16868079.
  14. ^ а б Тускан Г.А., Дифазио С., Янссон С. и др. (Сентябрь 2006 г.). «Геном черного тополя, Populus trichocarpa (Торр и Грей) ". Наука. 313 (5793): 1596–604. Bibcode:2006Научный ... 313.1596Т. Дои:10.1126 / science.1128691. PMID  16973872. S2CID  7717980.
  15. ^ а б Гоффо А., Баррелл Б.Г., Бусси Н. и др. (Октябрь 1996 г.). «Жизнь с 6000 генами». Наука. 274 (5287): 546, 563–7. Bibcode:1996Наука ... 274..546G. Дои:10.1126 / science.274.5287.546. PMID  8849441. S2CID  16763139.
  16. ^ Международное сотрудничество по секвенированию генома дрожжей В архиве 2007-09-27 на Wayback Machine
  17. ^ а б Катинка М.Д., Дюпра С., Корнильо Э. и др. (Ноябрь 2001 г.). «Последовательность генома и уплотнение генов паразита эукариот» Encephalitozoon cuniculi". Природа. 414 (6862): 450–3. Bibcode:2001Натура.414..450K. Дои:10.1038/35106579. PMID  11719806.
  18. ^ а б Вуд В., Гвиллиам Р., Раджандрим М.А. и др. (Февраль 2002 г.). "Последовательность генома Schizosaccharomyces pombe". Природа. 415 (6874): 871–80. Дои:10.1038 / природа724. PMID  11859360.
  19. ^ а б Галаган Ю.Е., Кальво С.Е., Боркович К.А. и др. (Апрель 2003 г.). "Последовательность генома мицелиальных грибов Neurospora crassa". Природа. 422 (6934): 859–68. Bibcode:2003Натура.422..859Г. Дои:10.1038 / природа01554. PMID  12712197.
  20. ^ а б Мартинес, Диего; Ларрондо, Луис Ф; Патнэм, Ник; Гелпке, Маартен Д Соллевейн; Хуанг, Кэтрин; Чепмен, Джаррод; Helfenbein, Kevin G; Рамайя, Прити; и другие. (2004). «Последовательность генома гриба, разрушающего лигноцеллюлозу, штамм RP78 Phanerochaete chrysosporium». Природа Биотехнологии. 22 (6): 695–700. Дои:10.1038 / nbt967. PMID  15122302.
  21. ^ а б Консорциум по секвенированию C. elegans (декабрь 1998 г.). "Последовательность генома нематоды C. elegans: платформа для изучения биологии ». Наука. 282 (5396): 2012–8. Bibcode:1998На ... 282.2012.. Дои:10.1126 / science.282.5396.2012. PMID  9851916.
  22. ^ а б Адамс, доктор медицины, Сельникер С.Е., Холт Р.А. и др. (Март 2000 г.). "Последовательность генома Drosophila melanogaster". Наука. 287 (5461): 2185–95. Bibcode:2000Sci ... 287.2185.. CiteSeerX  10.1.1.549.8639. Дои:10.1126 / science.287.5461.2185. PMID  10731132.
  23. ^ а б Холт Р.А., Субраманиан Г.М., Халперн А. и др. (Октябрь 2002 г.). "Последовательность генома малярийного комара Anopheles gambiae". Наука. 298 (5591): 129–49. Bibcode:2002Наука ... 298..129H. CiteSeerX  10.1.1.149.9058. Дои:10.1126 / science.1076181. PMID  12364791. S2CID  4512225.ЧАС
  24. ^ Международный консорциум генома фугу. Четвертая сборка генома В архиве 2012-02-05 в Wayback Machine
  25. ^ Международный консорциум генома фугу В архиве 2012-02-05 в Wayback Machine
  26. ^ Aparicio S, Chapman J, Stupka E, et al. (Август 2002 г.). "Сборка полногеномного ружья и анализ генома Fugu rubripes". Наука. 297 (5585): 1301–10. Bibcode:2002Научный ... 297.1301A. Дои:10.1126 / science.1072104. PMID  12142439. S2CID  10310355.
  27. ^ Консорциум по секвенированию генома человека, международный (октябрь 2004 г.). «Завершение эухроматической последовательности генома человека». Природа. 431 (7011): 931–45. Bibcode:2004Натура.431..931H. Дои:10.1038 / природа03001. PMID  15496913.
  28. ^ Макферсон Дж. Д., Марра М., Хиллиер Л. и др. (Февраль 2001 г.). «Физическая карта генома человека». Природа. 409 (6822): 934–41. Bibcode:2001Натура.409..934М. Дои:10.1038/35057157. PMID  11237014.
  29. ^ Вентер Дж. К., Адамс, доктор медицины, Майерс Э. У. и др. (Февраль 2001 г.). «Последовательность генома человека». Наука. 291 (5507): 1304–51. Bibcode:2001Научный ... 291.1304V. Дои:10.1126 / science.1058040. PMID  11181995.
  30. ^ Грегори С.Г., Барлоу К.Ф., Маклей К.Э. и др. (Май 2006 г.). «Последовательность ДНК и биологическая аннотация хромосомы 1 человека». Природа. 441 (7091): 315–21. Bibcode:2006Натура.441..315Г. Дои:10.1038 / природа04727. PMID  16710414.

внешняя ссылка