Список секвенированных геномов грибов - List of sequenced fungi genomes - Wikipedia

Этот список секвенированных геномов грибов содержит все виды грибов, которые, как известно, имеют общедоступные полные последовательности генома, которые были собраны, аннотированы и опубликованы; проекты геномов не включены, как и последовательности только органелл.

Этот список неполный; вы можете помочь добавление недостающих предметов с надежные источники.

Аскомикота

Дотидеомицеты

Евротиомицеты

Леотиомицеты

Пезизомицеты

Сахаромицеты

Шизосахаромицеты

Сордариомицеты

Базидиомицеты

Агарикомицеты

Пуччиниомицеты (ранее Урединиомицеты )

Тремелломицеты

Устилагиномицеты

Валлемиомицеты

Chytridiomycota

Chytridiomycota включает грибы со спорами, имеющими жгутики (зооспоры ) и являются сестринской группой по отношению к более развитым наземным грибам, у которых отсутствуют жгутики. Некоторые виды хитридов являются патогенами, но их геномы еще не секвенированы.

Blastocladiomycota

Neocallimastigomycota

Микроспоридии

Мукоромикота

Мукоромикотина

Гломеромикотина

Mortierellomycotina

Зоопагомикоты

Kickxellomycotina

Энтомофторомикотина

Зоопагомикотина

Смотрите также

внешняя ссылка

Рекомендации

  1. ^ Gostinčar C, Ohm RA, Kogej T., Sonjak S, Turk M, Zajc J, et al. (Июль 2014 г.). «Секвенирование генома четырех сортов Aureobasidium pullulans: биотехнологический потенциал, стрессоустойчивость и описание новых видов». BMC Genomics. 15 (1): 549. Дои:10.1186/1471-2164-15-549. ЧВК  4227064. PMID  24984952.
  2. ^ Ленасси М., Гостинчар С., Джекман С., Терк М., Садовски И., Нислоу С. и др. (2013). «Дублирование всего генома и обогащение переносчиков катионов металлов, выявленное путем секвенирования de novo генома чрезвычайно галотолерантных черных дрожжей Hortaea werneckii». PLOS ONE. 8 (8): e71328. Bibcode:2013PLoSO ... 871328L. Дои:10.1371 / journal.pone.0071328. ЧВК  3744574. PMID  23977017.
  3. ^ Нислоу, Кори; Stajich, Jason E .; Гостинчар, Цене; Ленасси, Метка; Цимерман, Нина Гунде; Племениташ, Ана; Формби, Шон; Нейра, Маурисио; Флибот, Стефан (2017-07-01). «Понимание недавнего дублирования генома галофильных дрожжей Hortaea werneckii: сочетание улучшенного генома с экспрессией генов и структурой хроматина». G3: гены, геномы, генетика. 7 (7): 2015–2022. Дои:10.1534 / g3.117.040691. ISSN  2160-1836. ЧВК  5499112. PMID  28500048.
  4. ^ Rouxel T., Grandaubert J, Hane JK, Hoede C., van de Wouw AP, Couloux A, et al. (Февраль 2011 г.). «Диверсификация эффекторов в компартментах генома Leptosphaeria maculans, подверженная повторяющимся точечным мутациям». Nature Communications. 2 (2): 202. Bibcode:2011НатКо ... 2..202R. Дои:10.1038 / ncomms1189. ЧВК  3105345. PMID  21326234.
  5. ^ Ислам М.С., Хак М.С., Ислам М.М., Эмдад Е.М., Халим А., Хоссен К.М. и др. (Сентябрь 2012 г.). «Инструменты для уничтожения: геном одного из самых разрушительных патогенных грибов растений Macrophomina phaseolina». BMC Genomics. 13 (1): 493. Дои:10.1186/1471-2164-13-493. ЧВК  3477038. PMID  22992219.
  6. ^ "На главную - Псевдоцеркоспора (Mycosphaerella) fijiensis v2.0". genome.jgi-psf.org. Получено 24 ноября 2018.
  7. ^ Goodwin SB, M'barek SB, Dhillon B., Wittenberg AH, Crane CF, Hane JK, et al. (Июнь 2011 г.). «Готовый геном грибкового патогена пшеницы Mycosphaerella graminicola раскрывает диспенсомную структуру, хромосомную пластичность и скрытый патогенез». PLoS Genetics. 7 (6): e1002070. Дои:10.1371 / journal.pgen.1002070. ЧВК  3111534. PMID  21695235.
  8. ^ Hane JK, Lowe RG, Solomon PS, Tan KC, Schoch CL, Spatafora JW и др. (Ноябрь 2007 г.). «Взаимодействия дотидеомицетов с растениями освещены секвенированием генома и анализом EST патогена пшеницы Stagonospora nodorum». Растительная клетка. 19 (11): 3347–68. Дои:10.1105 / tpc.107.052829. ЧВК  2174895. PMID  18024570.
  9. ^ Команда, diArk. "diArk - список_видов". www.diark.org. Получено 24 ноября 2018.
  10. ^ "JGI GOLD | Проект".
  11. ^ "JGI GOLD | Проект".
  12. ^ http://genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/bin/GOLDCards.cgi?goldstamp=Gc01529
  13. ^ а б Мартинес Д.А., Оливер Б.Г., Грэзер Ю., Голдберг Дж. М., Ли В., Мартинес-Росси Н. М. и др. (2012). «Сравнительный анализ генома Trichophyton rubrum и родственных дерматофитов выявил гены-кандидаты, участвующие в инфекции». мБио. 3 (5): e00259-12. Дои:10.1128 / mBio.00259-12. ЧВК  3445971. PMID  22951933.
  14. ^ «На главную - Aspergillus aculeatus ATCC16872 v1.1». genome.jgi-psf.org. Получено 24 ноября 2018.
  15. ^ «На главную - Aspergillus carbonarius ITEM 5010 v3». genome.jgi-psf.org. Получено 24 ноября 2018.
  16. ^ а б c Федорова Н.Д., Халди Н., Джоардар В.С., Маити Р., Амедео П., Андерсон М.Дж. и др. (Апрель 2008 г.). «Геномные островки патогенного мицелиального гриба Aspergillus fumigatus». PLoS Genetics. 4 (4): e1000046. Дои:10.1371 / journal.pgen.1000046. ЧВК  2289846. PMID  18404212.
  17. ^ Nierman WC, Pain A, Anderson MJ, Wortman JR, Kim HS, Arroyo J, et al. (Декабрь 2005 г.). «Геномная последовательность патогенного и аллергенного мицелиальных грибов Aspergillus fumigatus». Природа. 438 (7071): 1151–6. Bibcode:2005Натура.438.1151Н. Дои:10.1038 / природа04332. PMID  16372009.
  18. ^ Футагами Т., Мори К., Ямасита А., Вада С., Кадзивара Ю., Такашита Н. и др. (Ноябрь 2011 г.). «Последовательность генома белой плесени коджи Aspergillus kawachii IFO 4308, используемой для пивоварения японского дистиллированного спирта сётю». Эукариотическая клетка. 10 (11): 1586–7. Дои:10.1128 / EC.05224-11. ЧВК  3209066. PMID  22045919.
  19. ^ Галаган Дж. Э., Кальво С. Е., Куомо С., Ма Л. Дж., Вортман Дж. Р., Батцоглу С. и др. (Декабрь 2005 г.). «Секвенирование Aspergillus nidulans и сравнительный анализ с A. fumigatus и A. oryzae». Природа. 438 (7071): 1105–15. Bibcode:2005 Натур.438.1105Г. Дои:10.1038 / природа04341. PMID  16372000.
  20. ^ Пел Х.Дж., де Винде Дж. Х., Арчер Д. Б., Дайер П. С., Хофманн Г., Шаап П. Дж. И др. (Февраль 2007 г.). «Секвенирование генома и анализ универсальной фабрики клеток Aspergillus niger CBS 513.88». Природа Биотехнологии. 25 (2): 221–31. Дои:10.1038 / nbt1282. PMID  17259976.
  21. ^ Мачида М., Асаи К., Сано М., Танака Т., Кумагаи Т., Тераи Г. и др. (Декабрь 2005 г.). «Секвенирование генома и анализ Aspergillus oryzae» (PDF). Природа. 438 (7071): 1157–61. Bibcode:2005Натура.438.1157М. Дои:10.1038 / природа04300. PMID  16372010.
  22. ^ "ДиАрк | список_видов".
  23. ^ а б c Шарптон TJ, Stajich JE, Rounsley SD, Gardner MJ, Wortman JR, Jordar VS, et al. (Октябрь 2009 г.). «Сравнительный геномный анализ возбудителей грибковых заболеваний человека Coccidioides и их родственников». Геномные исследования. 19 (10): 1722–31. Дои:10.1101 / гр.087551.108. ЧВК  2765278. PMID  19717792.
  24. ^ Desjardins CA, Champion MD, Holder JW, Muszewska A, Goldberg J, Bailão AM, et al. (Октябрь 2011 г.). «Сравнительный геномный анализ грибковых патогенов человека, вызывающих паракокцидиоидомикоз». PLoS Genetics. 7 (10): e1002345. Дои:10.1371 / journal.pgen.1002345. ЧВК  3203195. PMID  22046142.
  25. ^ ван ден Берг М.А., Албанг Р., Альберманн К., Бэджер Дж. Х., Даран Дж. М., Дриссен А. Дж. и др. (Октябрь 2008 г.). «Секвенирование генома и анализ мицелиального гриба Penicillium chrysogenum» (PDF). Природа Биотехнологии. 26 (10): 1161–8. Дои:10.1038 / nbt.1498. PMID  18820685.
  26. ^ а б Марсет-Хубен М., Баллестер А.Р., де ла Фуэнте Б., Харрис Э., Маркос Дж. Ф., Гонсалес-Канделас Л., Габальдон Т. (ноябрь 2012 г.). «Последовательность генома некротрофного гриба Penicillium digitatum, основного послеуборочного патогена цитрусовых». BMC Genomics. 13: 646. Дои:10.1186/1471-2164-13-646. ЧВК  3532085. PMID  23171342.
  27. ^ Woo PC, Lau SK, Liu B, Cai JJ, Chong KT, Tse H и др. (Декабрь 2011 г.). «Проект последовательности генома штамма Penicillium marneffei PM1». Эукариотическая клетка. 10 (12): 1740–1. Дои:10.1128 / EC.05255-11. ЧВК  3232717. PMID  22131218.
  28. ^ а б Амселем Дж., Куомо К.А., ван Кан Дж. А., Виуд М., Бенито Е. П., Кулу А. и др. (Август 2011 г.). «Геномный анализ некротрофных грибковых патогенов Sclerotinia sclerotiorum и Botrytis cinerea». PLoS Genetics. 7 (8): e1002230. Дои:10.1371 / journal.pgen.1002230. ЧВК  3158057. PMID  21876677.
  29. ^ Юссар Л., Грюнинг Б.А., Эркслебен А., Гюнтер С., Хюттель В. (февраль 2012 г.). «Последовательность генома гриба Glarea lozoyensis: первая последовательность генома вида из семейства Helotiaceae». Эукариотическая клетка. 11 (2): 250. Дои:10.1128 / EC.05302-11. ЧВК  3272893. PMID  22302591.
  30. ^ Gianoulis TA, Griffin MA, Spakowicz DJ, Dunican BF, Alpha CJ, Sboner A и др. (2012). «Геномный анализ углеводородпродуцирующего, целлюлолитического, эндофитного гриба Ascocoryne sarcoides». PLoS Genetics. 8 (3): e1002558. Дои:10.1371 / journal.pgen.1002558. ЧВК  3291568. PMID  22396667.
  31. ^ Сосса Флорида, Лю З., Ян Ц., Окорли Б.А., Сунь Л., Фу И, Ли И (февраль 2019 г.). «Cladobotryum protrusum обеспечивает понимание эволюции и патогенных механизмов возбудителя болезни паутины на культивируемых грибах». Гены. 10 (2): 124. Дои:10.3390 / genes10020124. ЧВК  6409746. PMID  30744046.
  32. ^ Мартин Ф., Колер А., Мурат С., Балестрини Р., Коутиньо П.М., Джайон О. и др. (Апрель 2010 г.). «Геном черного трюфеля Перигор раскрывает эволюционное происхождение и механизмы симбиоза». Природа. 464 (7291): 1033–8. Bibcode:2010Натура.464.1033M. Дои:10.1038 / природа08867. PMID  20348908.
  33. ^ Дитрих Ф.С., Фогели С., Брахат С., Лерх А., Гейтс К., Штайнер С. и др. (Апрель 2004 г.). «Геном Ashbya gossypii как инструмент для картирования древнего генома Saccharomyces cerevisiae». Наука. 304 (5668): 304–7. Bibcode:2004Научный ... 304..304D. Дои:10.1126 / science.1095781. PMID  15001715.
  34. ^ Джонс Т., Федершпиль Н.А., Чибана Х., Дунган Дж., Калман С., Маги Б.Б. и др. (Май 2004 г.). «Диплоидная последовательность генома Candida albicans». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 101 (19): 7329–34. Bibcode:2004PNAS..101.7329J. Дои:10.1073 / pnas.0401648101. ЧВК  409918. PMID  15123810.
  35. ^ а б c d е ж Батлер Г., Расмуссен, доктор медицины, Лин М.Ф., Сантос М.А., Сактикумар С., Мунро, Калифорния и др. (Июнь 2009 г.). «Эволюция патогенности и полового размножения в восьми геномах Candida». Природа. 459 (7247): 657–62. Bibcode:2009Натура.459..657Б. Дои:10.1038 / природа08064. ЧВК  2834264. PMID  19465905.
  36. ^ Страница проекта EBI
  37. ^ а б c d Dujon B, Sherman D, Fischer G, Durrens P, Casaregola S, Lafontaine I, et al. (Июль 2004 г.). «Эволюция генома дрожжей». Природа. 430 (6995): 35–44. Bibcode:2004Натура 430 ... 35Д. Дои:10.1038 / природа02579. PMID  15229592.
  38. ^ Riccombeni A, Vidanes G, Proux-Wéra E, Wolfe KH, Butler G (2012). «Последовательность и анализ генома патогенного дрожжевого грибка Candida orthopsilosis». PLOS ONE. 7 (4): e35750. Bibcode:2012PLoSO ... 735750R. Дои:10.1371 / journal.pone.0035750. ЧВК  3338533. PMID  22563396.
  39. ^ Кумар С., Рандхава А., Ганесан К., Рагхава Г.П., Мондал А.К. (июль 2012 г.). «Проект последовательности генома солеустойчивых дрожжей Debaryomyces hansenii var. Hansenii MTCC 234». Эукариотическая клетка. 11 (7): 961–2. Дои:10.1128 / EC.00137-12. ЧВК  3416502. PMID  22744717.
  40. ^ Пишкур Дж., Линг З., Марсет-Хубен М., Ищук О. П., Аэртс А., ЛаБутти К. и др. (Июль 2012 г.). «Геном винных дрожжей Dekkera bruxellensis предоставляет инструмент для изучения его пищевых свойств». Международный журнал пищевой микробиологии. 157 (2): 202–9. Дои:10.1016 / j.ijfoodmicro.2012.05.008. PMID  22663979.
  41. ^ "На главную - Ogataea polymorpha NCYC 495 leu1.1 v2.0". genome.jgi-psf.org. Получено 24 ноября 2018.
  42. ^ http://genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/bin/GOLDCards.cgi?goldstamp=Gc01520
  43. ^ http://genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/bin/GOLDCards.cgi?goldstamp=Gc01521
  44. ^ Souciet JL, Dujon B, Gaillardin C, Johnston M, Baret PV, Cliften P, et al. (Октябрь 2009 г.). «Сравнительная геномика протоплоидов Saccharomycetaceae». Геномные исследования. 19 (10): 1696–709. Дои:10.1101 / гр.091546.109. ЧВК  2765284. PMID  19525356.
  45. ^ а б c d Клифтен П., Сударсанам П., Десикан А., Фултон Л., Фултон Б., Майорс Дж. И др. (Июль 2003 г.). «Обнаружение функциональных особенностей геномов Saccharomyces с помощью филогенетического следа». Наука. 301 (5629): 71–6. Bibcode:2003Наука ... 301 ... 71C. Дои:10.1126 / science.1084337. PMID  12775844.
  46. ^ а б c d Гордон Дж. Л., Армисен Д., Про-Вера Е., Эгейгарт СС, Бирн К. П., Вулф К. Х. (декабрь 2011 г.). «Эволюционная эрозия половых хромосом дрожжей из-за несчастных случаев с переключением типа спаривания». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 108 (50): 20024–9. Bibcode:2011PNAS..10820024G. Дои:10.1073 / pnas.1112808108. ЧВК  3250169. PMID  22123960.
  47. ^ а б c Келлис М., Паттерсон Н., Эндриззи М., Биррен Б., Ландер Э.С. (май 2003 г.). «Секвенирование и сравнение видов дрожжей для идентификации генов и регуляторных элементов». Природа. 423 (6937): 241–54. Bibcode:2003Натура.423..241K. Дои:10.1038 / природа01644. PMID  12748633.
  48. ^ а б c Сканнелл Д.Р., Зилл О.А., Рокас А., Пайен С., Данэм М.Дж., Эйзен М.Б. и др. (Июнь 2011 г.). «Потрясающая сила эволюционной генетики дрожжей: новые последовательности генома и ресурсы штамма для рода Saccharomyces sensu stricto». G3. 1 (1): 11–25. Дои:10.1534 / g3.111.000273. ЧВК  3276118. PMID  22384314.
  49. ^ Liti G, Nguyen Ba AN, Blythe M, Müller CA, Bergström A, Cubillos FA и др. (Январь 2013). «Высокое качество de novo секвенирования и сборки генома Saccharomyces arboricolus». BMC Genomics. 14 (1): 69. Дои:10.1186/1471-2164-14-69. ЧВК  3599269. PMID  23368932.
  50. ^ Argueso JL, Carazzolle MF, Mieczkowski PA, Duarte FM, Netto OV, Missawa SK и др. (Декабрь 2009 г.). «Структура генома штамма Saccharomyces cerevisiae, широко используемого в производстве биоэтанола». Геномные исследования. 19 (12): 2258–70. Дои:10.1101 / гр.091777.109. ЧВК  2792172. PMID  19812109.
  51. ^ Гоффо А., Баррелл Б.Г., Бусси Х., Дэвис Р.В., Дуйон Б., Фельдманн Х. и др. (Октябрь 1996 г.). «Жизнь с 6000 генами». Наука. 274 (5287): 546, 563–7. Bibcode:1996Sci ... 274..546G. Дои:10.1126 / science.274.5287.546. PMID  8849441.
  52. ^ Доуэлл Р.Д., Райан О., Янсен А., Чунг Д., Агарвала С., Дэнфорд Т. и др. (Апрель 2010 г.). «Генотип к фенотипу: сложная проблема». Наука. 328 (5977): 469. Bibcode:2010Sci ... 328..469D. Дои:10.1126 / science.1189015. ЧВК  4412269. PMID  20413493.
  53. ^ Liti G, Carter DM, Moses AM, Warringer J, Parts L, James SA и др. (Март 2009 г.). «Популяционная геномика домашних и диких дрожжей». Природа. 458 (7236): 337–41. Bibcode:2009Натура.458..337L. Дои:10.1038 / природа07743. ЧВК  2659681. PMID  19212322.
  54. ^ Накао Ю., Канамори Т., Ито Т., Кодама Ю., Райниери С., Накамура Н. и др. (Апрель 2009 г.). «Последовательность генома лагерных пивоваренных дрожжей, межвидовой гибрид». ДНК исследования. 16 (2): 115–29. Дои:10.1093 / dnares / dsp003. ЧВК  2673734. PMID  19261625.
  55. ^ Джеффрис Т.В., Григорьев И.В., Гримвуд Дж., Лаплаза Дж. М., Аэртс А., Саламов А. и др. (Март 2007 г.). «Последовательность генома дрожжей Pichia stipitis, превращающих лигноцеллюлозу и ферментирующих ксилозу». Природа Биотехнологии. 25 (3): 319–26. Дои:10.1038 / nbt1290. PMID  17334359.
  56. ^ "На главную - Spathaspora passalidarum NRRL Y-27907 v2.0". genome.jgi-psf.org. Получено 24 ноября 2018.
  57. ^ Сканнелл Д.Р., Фрэнк А.С., Конант Г.С., Бирн К.П., Вулфит М., Вулф К.Х. (май 2007 г.). «Независимый отбор тысяч пар дуплицированных генов у двух видов дрожжей, произошедших от дупликации всего генома». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 104 (20): 8397–402. Bibcode:2007ПНАС..104.8397С. Дои:10.1073 / pnas.0608218104. ЧВК  1895961. PMID  17494770.
  58. ^ Страница проекта EBI
  59. ^ Риндер Н., Чен З., Яссур М., Томпсон Д.А., Хаас Б.Дж., Хабиб Н. и др. (Май 2011 г.). «Сравнительная функциональная геномика делящихся дрожжей». Наука. 332 (6032): 930–6. Bibcode:2011Научный ... 332..930р. Дои:10.1126 / science.1203357. ЧВК  3131103. PMID  21511999.
  60. ^ Вуд В., Гвиллиам Р., Раджандрим М.А., Лайн М., Лайн Р., Стюарт А. и др. (Февраль 2002 г.). «Последовательность генома Schizosaccharomyces pombe». Природа. 415 (6874): 871–80. Дои:10.1038 / природа724. PMID  11859360.
  61. ^ а б О'Коннелл Р.Дж., Тон М.Р., Хаккард С., Амиотта С.Г., Климанн Дж., Торрес М.Ф. и др. (Сентябрь 2012 г.). «Изменения образа жизни у растительных патогенных грибов Colletotrichum, расшифрованные с помощью анализа генома и транскриптома». Природа Генетика. 44 (9): 1060–5. Дои:10.1038 / ng.2372. PMID  22885923.
  62. ^ Zámocký M, Tafer H, Chovanová K, Lopandic K, Kamlárová A, Obinger C (сентябрь 2016 г.). «Последовательность генома нитчатого почвенного гриба Chaetomium cochliodes показывает изобилие генов гемовых ферментов из всех суперсемейств пероксидазы и каталазы». BMC Genomics. 17 (1): 763. Дои:10.1186 / s12864-016-3111-6. ЧВК  5041501. PMID  27681232.
  63. ^ "Проект генома Chaetomium globosum". broadinstitute.org. 15 мая 2015. Получено 24 ноября 2018.
  64. ^ Амлахер С., Сарджес П., Флемминг Д., ван Ноорт В., Кунце Р., Девос Д. П. и др. (Июль 2011 г.). «Понимание структуры и сборки комплекса ядерных пор путем использования генома эукариотического термофила». Клетка. 146 (2): 277–89. Дои:10.1016 / j.cell.2011.06.039. PMID  21784248.
  65. ^ а б Ма Л.Дж., ван дер Доус Х.С., Боркович К.А., Коулман Дж. Дж., Дабусси М.Дж., Ди Пьетро А. и др.(Март 2010 г.). «Сравнительная геномика выявила мобильные хромосомы патогенности у Fusarium». Природа. 464 (7287): 367–73. Bibcode:2010Натура.464..367М. Дои:10.1038 / природа08850. ЧВК  3048781. PMID  20237561.
  66. ^ Страница проекта EBI
  67. ^ http://genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/bin/GOLDCards.cgi?goldstamp=Gc01519
  68. ^ «Геном синего пятнистого гриба эволюционировал, чтобы обойти защиту деревьев во время эпидемии горного соснового жука: исследование UBC». ubc.ca. 24 января 2011 г.. Получено 24 ноября 2018.
  69. ^ Дин Р.А., Талбот Нью-Джерси, Эббол Д.Дж., Фарман М.Л., Митчелл Т.К., Орбах М.Дж. и др. (Апрель 2005 г.). «Последовательность генома рисового грибка Magnaporthe grisea». Природа. 434 (7036): 980–6. Bibcode:2005Натура.434..980D. Дои:10.1038 / природа03449. PMID  15846337.
  70. ^ Гао Q, Jin K, Ying SH, Zhang Y, Xiao G, Shang Y и др. (Январь 2011 г.). «Секвенирование генома и сравнительная транскриптомика модельных энтомопатогенных грибов Metarhizium anisopliae и M. acridum». PLoS Genetics. 7 (1): e1001264. Дои:10.1371 / journal.pgen.1001264. ЧВК  3017113. PMID  21253567.
  71. ^ Галаган Дж. Э., Кальво С. Е., Боркович К. А., Селкер ЕС, Рид Н. Д., Джаффе Д. и др. (Апрель 2003 г.). «Последовательность генома мицелиального гриба Neurospora crassa». Природа. 422 (6934): 859–68. Bibcode:2003Натура.422..859Г. Дои:10.1038 / природа01554. PMID  12712197.
  72. ^ «На главную - Neurospora tetrasperma FGSC 2508 mat A v2.0». genome.jgi-psf.org. Получено 24 ноября 2018.
  73. ^ Коулман Дж. Дж., Рунсли С. Д., Родригес-Каррес М., Куо А., Васманн С. К., Гримвуд Дж и др. (Август 2009 г.). «Геном Nectria haematococca: вклад дополнительных хромосом в расширение генов». PLoS Genetics. 5 (8): e1000618. Дои:10.1371 / journal.pgen.1000618. ЧВК  2725324. PMID  19714214.
  74. ^ Espagne E, Lespinet O, Malagnac F, Da Silva C, Jaillon O, Porcel BM и др. (2008). «Последовательность генома модели аскомицетного гриба Podospora anserina». Геномная биология. 9 (5): R77. Дои:10.1186 / gb-2008-9-5-r77. ЧВК  2441463. PMID  18460219.
  75. ^ «На главную - Myceliophthora thermophila (Sporotrichum thermophile) v2.0». genome.jgi-psf.org. Получено 24 ноября 2018.
  76. ^ "Главная - Thielavia terrestris v2.0". genome.jgi-psf.org. Получено 24 ноября 2018.
  77. ^ «На главную - Trichoderma atroviride v2.0». genome.jgi-psf.org. Получено 24 ноября 2018.
  78. ^ а б Мартинес Д., Берка Р. М., Хенриссат Б., Салохеймо М., Арвас М., Бейкер С. Е. и др. (Май 2008 г.). «Секвенирование генома и анализ гриба Trichoderma reesei, разлагающего биомассу (син. Hypocrea jecorina)». Природа Биотехнологии. 26 (5): 553–60. Дои:10.1038 / nbt1403. PMID  18454138.
  79. ^ "На главную - Trichoderma virens Gv29-8 v2.0". genome.jgi-psf.org. Получено 24 ноября 2018.
  80. ^ Команда, diArk. "diArk - список_видов". www.diark.org. Получено 24 ноября 2018.
  81. ^ "На главную - Agaricus bisporus var bisporus (H97) v2.0". genome.jgi-psf.org. Получено 24 ноября 2018.
  82. ^ Гупта Д.К., Рюль М., Мишра Б., Клеофас В., Хофрихтер М., Херцог Р. и др. (Январь 2018). «Последовательность генома коммерчески культивируемого гриба Agrocybe aegerita показывает консервативный репертуар генов, связанных с плодоношением, и разнообразный набор ферментов, разлагающих биополимеры». BMC Genomics. 19 (1): 48. Дои:10.1186 / s12864-017-4430-л. ЧВК  5769442. PMID  29334897.
  83. ^ а б c d е ж грамм час я j k л Флудас Д., Биндер М., Райли Р., Барри К., Бланшетт Р.А., Хенриссат Б. и др. (Июнь 2012 г.). «Палеозойское происхождение ферментативного разложения лигнина реконструировано на основе 31 генома грибов». Наука. 336 (6089): 1715–9. Bibcode:2012Наука ... 336.1715F. Дои:10.1126 / science.1221748. HDL:10261/60626. PMID  22745431.
  84. ^ Юань Ю., Ву Ф, Си Дж, Чжао Ю.Ф., Дай Ю.С. (январь 2019 г.). «Последовательность полного генома Auricularia heimuer (Basidiomycota, Fungi), третьего по значимости культивируемого гриба в мире». Геномика. 111 (1): 50–58. Дои:10.1016 / j.ygeno.2017.12.013. PMID  29288711.
  85. ^ Стайич Дж. Э., Вилке С. К., Арен Д., Ау СН, Биррен Б. В., Бородовский М. и др. (Июнь 2010 г.). «Понимание эволюции многоклеточных грибов из собранных хромосом гриба Coprinopsis cinerea (Coprinus cinereus)». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 107 (26): 11889–94. Bibcode:2010PNAS..10711889S. Дои:10.1073 / pnas.1003391107. ЧВК  2900686. PMID  20547848.
  86. ^ Тан Дж. Д., Перкинс А. Д., Сонстегард Т. С., Шредер С. Г., Берджесс С. К., Диль С. В. (апрель 2012 г.). «Краткосрочное секвенирование для геномного анализа грибка бурой гнили Fibroporia radiculosa». Прикладная и экологическая микробиология. 78 (7): 2272–81. Дои:10.1128 / AEM.06745-11. ЧВК  3302605. PMID  22247176.
  87. ^ «Главная - Heterobasidion annosum v2.0». genome.jgi-psf.org. Получено 24 ноября 2018.
  88. ^ Martin F, Aerts A, Ahrén D, Brun A, Danchin EG, Duchaussoy F, et al. (Март 2008 г.). «Геном Laccaria bicolor дает представление о микоризном симбиозе». Природа. 452 (7183): 88–92. Bibcode:2008Натура.452 ... 88М. Дои:10.1038 / природа06556. PMID  18322534.
  89. ^ Шим Д., Пак С.Г., Ким К., Бэ У, Ли Г.В., Ха Б.С. и др. (Апрель 2016 г.). «Секвенирование всего генома de novo и аннотация генома всемирно популярного культурного съедобного гриба Lentinula edodes». Журнал биотехнологии. 223: 24–5. Дои:10.1016 / j.jbiotec.2016.02.032. PMID  26924240.
  90. ^ Mondego JM, Carazzolle MF, Costa GG, Formighieri EF, Parizzi LP, Rincones J и др. (Ноябрь 2008 г.). "Исследование генома Moniliophthora perniciosa дает новое понимание болезни какао ведьм". BMC Genomics. 9: 548. Дои:10.1186/1471-2164-9-548. ЧВК  2644716. PMID  19019209.
  91. ^ Мартинес Д., Ларрондо Л.Ф., Патнэм Н., Гелпке М.Д., Хуанг К., Чепмен Дж. И др. (Июнь 2004 г.). «Последовательность генома гриба, разрушающего лигноцеллюлозу, штамм RP78 Phanerochaete chrysosporium». Природа Биотехнологии. 22 (6): 695–700. Дои:10.1038 / nbt967. PMID  15122302.
  92. ^ Zuccaro A, Lahrmann U, Güldener U, Langen G, Pfiffi S, Biedenkopf D, et al. (Октябрь 2011 г.). «Стратегии эндофитной жизни, расшифрованные с помощью анализа генома и транскриптома мутуалистического корневого симбионта Piriformospora indica». PLoS Патогены. 7 (10): e1002290. Дои:10.1371 / journal.ppat.1002290. ЧВК  3192844. PMID  22022265.
  93. ^ "На главную - Pleurotus ostreatus PC15 v2.0". genome.jgi-psf.org. Получено 24 ноября 2018.
  94. ^ Лам К.Л., Си К., Ву Х, Тан С., Сан Икс, Кван Х.С., Чунг П.С. (октябрь 2018 г.). «Диплоидный геном единственного вида дикого типа, образующего склероций, в роду Pleurotus -Pleurotus tuber-regium - дает представление о механизме преобразования его биомассы из субстратов лигноцеллюлозы». Журнал биотехнологии. 283: 22–27. Дои:10.1016 / j.jbiotec.2018.07.009. PMID  30003974.
  95. ^ «На главную - Постия плаценты MAD 698-R v1.0». genome.jgi-psf.org. Получено 24 ноября 2018.
  96. ^ Ом Р.А., де Йонг Дж. Ф., Лугонес Л. Г., Аэртс А., Коте Е., Стаджич Дж. Э. и др. (Сентябрь 2010 г.). «Последовательность генома модельного гриба Schizophyllum commune». Природа Биотехнологии. 28 (9): 957–63. Дои:10.1038 / nbt.1643. PMID  20622885.
  97. ^ Иствуд Д.К., Флаудас Д., Биндер М., Майчерчик А., Шнайдер П., Аэртс А. и др. (Август 2011 г.). «Механизм разрушения клеточной стенки растений лежит в основе функционального разнообразия лесных грибов». Наука (Представлена ​​рукопись). 333 (6043): 762–5. Bibcode:2011Научный ... 333..762E. Дои:10.1126 / science.1205411. PMID  21764756.
  98. ^ "Главная - Melampsora larici-populina v1.0". genome.jgi.doe.gov. Получено 24 ноября 2018.
  99. ^ Duplessis S, Cuomo CA, Lin YC, Aerts A, Tisserant E, Veneault-Fourrey C и др. (Май 2011 г.). «Облигатные особенности биотрофии, выявленные геномным анализом ржавчинных грибов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 108 (22): 9166–71. Bibcode:2011PNAS..108.9166D. Дои:10.1073 / pnas.1019315108. ЧВК  3107277. PMID  21536894.
  100. ^ Льюис CM, Persoons A, Беббер Д.П., Кигати Р.Н., Майнц Дж., Финдли К. и др. (2018-02-08). «Возможность повторного появления стеблевой ржавчины пшеницы в Соединенном Королевстве». Биология коммуникации. 1 (1): 13. Дои:10.1038 / с42003-018-0013-у. ЧВК  6053080. PMID  30271900.
  101. ^ а б [1] Broad Institute
  102. ^ «На главную - штамм Rhodotorula graminis WP1 v1.1». genome.jgi-psf.org. Получено 24 ноября 2018.
  103. ^ "Запись JGI". jgi-psf.gov. Получено 24 ноября 2018.
  104. ^ Лофтус Б.Дж., Фунг Э., Ронкалья П., Роули Д., Амедео П., Бруно Д. и др. (Февраль 2005 г.). «Геном базидиомицетовых дрожжей и возбудителя человека Cryptococcus neoformans». Наука. 307 (5713): 1321–4. Bibcode:2005Научный ... 307.1321Л. Дои:10.1126 / science.1103773. ЧВК  3520129. PMID  15653466.
  105. ^ "JGI GOLD | Проект".
  106. ^ а б Xu J, Saunders CW, Hu P, Grant RA, Boekhout T., Kuramae EE, et al. (Ноябрь 2007 г.). «Связанные с перхотью геномы Malassezia обнаруживают конвергентные и дивергентные черты вирулентности, общие с грибковыми патогенами растений и человека». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 104 (47): 18730–5. Bibcode:2007PNAS..10418730X. Дои:10.1073 / pnas.0706756104. ЧВК  2141845. PMID  18000048.
  107. ^ Schirawski J, Mannhaupt G, Münch K, Brefort T, Schipper K, Doehlemann G и др. (Декабрь 2010 г.). «Детерминанты патогенности головневых грибов, выявленные при сравнении геномов». Наука. 330 (6010): 1546–8. Bibcode:2010Sci ... 330.1546S. Дои:10.1126 / science.1195330. PMID  21148393.
  108. ^ Кемпер Дж., Каманн Р., Бёлькер М., Ма Л. Дж., Брефорт Т., Сэвилл Б. Дж. И др. (Ноябрь 2006 г.). "Выводы из генома биотрофного грибкового патогена растений Ustilago maydis". Природа. 444 (7115): 97–101. Bibcode:2006Натура.444 ... 97K. Дои:10.1038 / природа05248. PMID  17080091.
  109. ^ Zajc J, Liu Y, Dai W., Yang Z, Hu J, Gostinčar C., Gunde-Cimerman N (сентябрь 2013 г.). «Секвенирование генома и транскриптома галофильного гриба Wallemia ichthyophaga: наличие и отсутствие галоадаптации». BMC Genomics. 14: 617. Дои:10.1186/1471-2164-14-617. ЧВК  3849046. PMID  24034603.
  110. ^ Падамси М., Кумар Т.К., Райли Р., Биндер М., Бойд А., Кальво А.М. и др. (Март 2012 г.). «Геном ксеротолерантной плесени Wallemia sebi показывает адаптацию к осмотическому стрессу и предполагает загадочное половое размножение». Грибковая генетика и биология (Представлена ​​рукопись). 49 (3): 217–26. Дои:10.1016 / j.fgb.2012.01.007. PMID  22326418.
  111. ^ "Проект генома Batrachochytrium". broadinstitute.org. 25 августа 2016 г.. Получено 24 ноября 2018.
  112. ^ "На главную - Batrachochytrium dendrobatidis JAM81 v1.0". genome.jgi.doe.gov. Получено 24 ноября 2018.
  113. ^ а б «Обновление для пользователей нашего веб-сайта о микробных эукариотах». broadinstitute.org. 29 февраля 2016 г.. Получено 24 ноября 2018.
  114. ^ «На главную - Gonapodya prolifera v1.0». genome.jgi.doe.gov. Получено 24 ноября 2018.
  115. ^ "На главную - Catenaria anguillulae PL171 v1.0". genome.jgi.doe.gov. Получено 24 ноября 2018.
  116. ^ «Главная - Piromyces sp. E2 v1.0». genome.jgi-psf.org. Получено 24 ноября 2018.
  117. ^ Katinka MD, Duprat S, Cornillot E, Méténier G, Thomarat F, Prensier G, et al. (Ноябрь 2001 г.). «Последовательность генома и уплотнение генов паразита эукариотов Encephalitozoon cuniculi». Природа. 414 (6862): 450–3. Bibcode:2001Натура.414..450K. Дои:10.1038/35106579. PMID  11719806.
  118. ^ Корради Н., Помберт Дж. Ф., Фаринелли Л., Дидье Э. С., Килинг П. Дж. (Сентябрь 2010 г.). «Полная последовательность наименьшего известного ядерного генома микроспоридий Encephalitozoon Кишечник». Nature Communications. 1 (6): 77. Bibcode:2010 НатКо ... 1 ... 77C. Дои:10.1038 / ncomms1082. ЧВК  4355639. PMID  20865802.
  119. ^ Akiyoshi DE, Morrison HG, Lei S, Feng X, Zhang Q, Corradi N, et al. (Январь 2009 г.). «Геномное исследование некультивируемого условно-патогенного микроорганизма человека, Enterocytozoon bieneusi». PLoS Патогены. 5 (1): e1000261. Дои:10.1371 / journal.ppat.1000261. ЧВК  2607024. PMID  19132089.
  120. ^ Килинг П.Дж., Корради Н., Моррисон Х.Г., Хааг К.Л., Эберт Д., Вайс Л.М. и др. (Июль 2010 г.). «В редуцированном геноме паразитарных микроспоридий Enterocytozoon bieneusi отсутствуют гены, отвечающие за метаболизм углерода». Геномная биология и эволюция. 2: 304–9. Дои:10.1093 / gbe / evq022. ЧВК  2942035. PMID  20624735.
  121. ^ Корнман Р.С., Чен Ю.П., Шац М.С., Улица С, Чжао Ю., Десани Б. и др. (Июнь 2009 г.). «Геномный анализ микроспоридий Nosema ceranae, нового патогена медоносных пчел». PLoS Патогены. 5 (6): e1000466. Дои:10.1371 / journal.ppat.1000466. ЧВК  2685015. PMID  19503607.
  122. ^ Корради Н., Хааг К.Л., Помберт Дж. Ф., Эберт Д., Килинг П. Дж. (2009). «Проект последовательности генома патогена дафнии Octosporea bayeri: понимание генного состава большого генома микроспоридий и модель взаимодействия паразита и хозяина». Геномная биология. 10 (10): R106. Дои:10.1186 / gb-2009-10-10-r106. ЧВК  2784321. PMID  19807911.
  123. ^ Ма Л.Дж., Ибрагим А.С., Скори С., Грабхер М.Г., Бургер Дж., Батлер М. и др. (Июль 2009 г.). «Геномный анализ грибов основной линии Rhizopus oryzae обнаруживает дупликацию всего генома». PLoS Genetics. 5 (7): e1000549. Дои:10.1371 / journal.pgen.1000549. ЧВК  2699053. PMID  19578406.
  124. ^ Ван Л., Чен В., Фэн Й, Рен Й, Гу З, Чен Х и др. (2011). «Геномная характеристика маслянистого гриба Mortierella alpina». PLOS ONE. 6 (12): e28319. Bibcode:2011PLoSO ... 628319W. Дои:10.1371 / journal.pone.0028319. ЧВК  3234268. PMID  22174787.