SHLD1 - SHLD1
SHLD1 или же субъединица 1 щитинового комплекса это ген на 20 хромосоме.[5] Ген C20orf196 кодирует мРНК длиной 1763 пары оснований и белок длиной 205 аминокислот.[5]
Функция
C20orf196 участвует в сети репарации ДНК. Gupta et al. идентифицировал C20orf196 как часть специфичного для позвоночных белкового комплекса, называемого щитином.[6] Shieldin нанимается для двухцепочечных разрывов (DSB) для продвижения негомологичный ремонт, зависимый от стыковки концов (NHEJ), рекомбинация с переключением класса иммуноглобулинов (CSR) и слияние незащищенных теломеры.[6] Анализ указывает на субстехиометрическое взаимодействие или более слабое сродство взаимодействия SHLD1 с комплексом щитина.[6]
Ген
Locus
C20orf196 расположен на коротком плече хромосома 20 в 20p12.3, от 5,750,286 пар оснований до 5,864,407 на прямой цепи.[5] Он содержит 11 экзоны.[7]
Псевдонимы
Его псевдонимы - RINN3[6] и SHLD1.
Выражение
мРНК
Альтернативная сварка
C20orf196 производит 9 различных мРНК, из которых 7 альтернативно сращенный варианты и 2 несвязанные формы.[7] Есть 3 возможных альтернативы промоутеры, 3 неперекрывающихся альтернативных последних экзона и 2 альтернативных сайты полиаденилирования.[7] МРНК различаются усечением 5'-конца, усечением 3'-конца, наличием или отсутствием 2 экзонов кассеты и перекрытием экзонов с разными границами.[7]
Изоформы
C20orf196 имеет шесть стыков изоформы.[7]
Промоутер
В промоутер область находится в пределах от 5749286 до 5750555, всего 1270 пар оснований.[5] Сайт начала транскрипции расположен внутри оснований 5750382 и 5750409, всего 28 пар оснований.[5]
Выражение
РНК-Seq анализ показал повсеместную экспрессию c20orf196 в 26 тканях человека: надпочечники, аппендикс, костный мозг, мозг, толстая кишка, двенадцатиперстная кишка, эндометрий, пищевод, жир, желчный пузырь, сердце, почки, печень, легкие, лимфатический узел, яичник, поджелудочная железа, плацента. , простата, слюнная железа, кожа, тонкий кишечник, селезенка, желудок, яички, щитовидная железа и мочевой пузырь.[5] Самые высокие уровни мРНК C20orf196 были обнаружены в лимфатическом узле, миндалинах, щитовидной железе, надпочечниках, простате, глотке, паращитовидной железе, соединительной ткани и костном мозге.[8]
Было обнаружено, что C20orf196 экспрессируется в опухолях мягкой ткани / мышечной ткани, опухолях лимфомы и опухолях поджелудочной железы.[9] Представление C20orf196 было смещено в сторону стадии развития плода.[9] Данные по экспрессии EBI показали высокую экспрессию C20orf196 в промежуточный мозг и кора головного мозга в развивающемся мозге.[9]
Протеин
Общие особенности
Наиболее распространенный транскрипт кодирует белок длиной 205 аминокислот с молекулярная масса 23 кДа.[10] Он предсказал изоэлектрическая точка из 4,72.[11] Прогнозируется, что период полураспада около 30 часов.[12] C20orf196 содержит 19 положительных остатков (9,3%), 32 отрицательных остатка (15,6%) и 46 гидрофобных остатков (22,4%).[13]
Сотовая локализация
C20orf196, по прогнозам, будет локализоваться в ядро.[7]
Домены
C20orf196 содержит один домен, DUF4521, возникший в Амниот.[5] DUF4521 охватывает от 3 до 201 аминокислоты.[5] Некоторые области этого домена консервативны в ортологах c20orf196, обнаруженных у млекопитающих, амфибий и рыб. Белки этого семейства функционально не охарактеризованы.
Посттрансляционные модификации
Есть много сайты фосфорилирования нацелены на неуказанный сериновые киназы.[14] C20orf196, как ожидается, будет иметь один СУМОилирование сайт на аминокислоте 203 и один N-гликозилирование сайт у аминокислоты 69.[15][16] C20orf196, по прогнозам, будет иметь два убиквитинирование сайты в аминокислотах 84 и 139.[17]
Вторичная структура
Несколько программ моделирования предсказали вторичную структуру, содержащую альфа спираль, бета-лист, и области катушки.[18][19] CFSSP предсказал, что вторичная структура C20orf196 состоит на 57,1% из альфа-спиралей, на 48,8% из бета-цепей и на 16,6% из бета-витков.[20]
Белковые взаимодействия
Несколько баз данных, цитирующих дрожжевые двухгибридные скрининги нашли C20orf196 для взаимодействия с PRMT1, QARS, MAD2L2, и CUL3.[21][22][23][24] C20orf196 функционально взаимодействует с REV7, SHLD2 и SHLD3 в комплексе щитина внутри Ремонт ДНК сеть.[6]
Гомология и эволюция
Ортологи
Ортологи гена C20orf196 обнаружены у видов, включая млекопитающие, птицы, рептилии, и амфибии.[6][25] C20orf196 имеет далекие ортологи в костлявая рыба и хрящевые рыбы.[6][25] Нет беспозвоночный ортологи.[6] Ортологи обнаружены у 163 организмов.[5]
| Учебный класс | Разновидность | Распространенное имя | Дата расхождения (MYA) | Регистрационный номер | Идентичность последовательности (%) | Сходство последовательностей (%) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Млекопитающие (Marsupialia) | Sarcophilus harrisii | Тасманский дьявол | 159 | XP_012395605.1 | 55 | 68 |
| Phascolarctos cinereus | Коала | 159 | XP_020841153.1 | 54 | 67 | |
| Авес | Gallus gallus | Красная джунглевая птица | 312 | XP_015139412.1 | 33 | 49 |
| Aptenodytes forsteri | Императорский пингвин | 312 | XP_009280865.1 | 35 | 47 | |
| Рептилии | Crocodylus porosus | Морской крокодил | 312 | XP_019404613.1 | 36 | 50 |
| Погона виттицепс | Центральный бородатый дракон | 312 | XP_020649300.1 | 30 | 46 | |
| Тамнофис сирталис | Подвязочная змея обыкновенная | 312 | XP_013911941.1 | 33 | 51 | |
| Амфибия | Nanorana parkeri | Высокая гималайская лягушка | 352 | XP_018422019.1 | 39 | 57 |
| Osteichthyes | Monopterus albus | Азиатский болотный угорь | 435 | XP_020455013.1 | 46 | 73 |
| Chondrichthyes | Ринкодон тип | Китовая акула | 473 | XP_020391945.1 | 30 | 55 |
Паралоги
Скорость эволюции
C20orf196 имеет высокую скорость расхождения последовательностей белков. Это быстро развивающийся белок. Он развивается быстрее, чем фибриноген, как показано на рисунке справа.
Фенотип
Полногеномные исследования ассоциации идентифицировали SNP, обнаруженные в гене C20orf196, которые связаны с долголетием родителей, скорость обработки информации, и рак груди вхождение.[26]
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000171984 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000044991 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ а б c d е ж грамм час я j «Открытая рамка считывания 196 хромосомы 20 C20orf196 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-02-05.
- ^ а б c d е ж грамм час Гупта Р., Сомяджит К., Нарита Т., Маски Е., Стэнли А., Кремер М., Типас Д., Ламмерс М., Майланд Н., Нуссенцвейг А., Лукас Дж., Чоудхари К. (май 2018 г.). «Анализ сети восстановления ДНК показывает, что Shieldin является ключевым регулятором чувствительности к ингибиторам NHEJ и PARP». Клетка. 173 (4): 972–988.e23. Дои:10.1016 / j.cell.2018.03.050. PMID 29656893. S2CID 4886733.
- ^ а б c d е ж [email protected], Даниэль Тьерри-Миг и Жан Тьерри-Миег, NCBI / NLM / NIH. «AceView: Gene: C20orf196, исчерпывающая аннотация генов человека, мыши и червя с мРНК или ESTsAceView». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-02-05.
- ^ Улен М., Фагерберг Л., Халльстрём Б.М., Линдског К., Оксволд П., Мардиноглу А., Сивертссон А., Кампф С., Шёстедт Е., Асплунд А., Олссон И., Эдлунд К., Лундберг Е., Навани С., Сигьярто Д. К., Одеберг Дж., Д. , Таканен Дж.О., Хобер С., Альм Т., Эдквист П.Х., Берлинг Х, Тегель Х, Малдер Дж., Рокберг Дж., Нильссон П., Швенк Дж. М., Хамстен М., фон Фейлитцен К., Форсберг М., Перссон Л., Йоханссон Ф, Цвален М., фон Хейне Г., Нильсен Дж., Понтен Ф. (январь 2015 г.). «Протеомика. Тканевая карта протеома человека». Наука. 347 (6220): 1260419. Дои:10.1126 / science.1260419. PMID 25613900. S2CID 802377.
- ^ а б c «Европейский институт биоинформатики
- ^ База данных, генокарты Human Gene. «Ген C20orf196 - Генные карты | Белок CT196 | Антитело CT196». www.genecards.org. Получено 2018-02-20.
- ^ «Вычислить pI / Mw». ExPASy. 2018.
- ^ Бахмар А, Финли Д., Варшавский А (октябрь 1986 г.). «Время полужизни протеина in vivo зависит от его аминоконцевого остатка». Наука. 234 (4773): 179–86. Дои:10.1126 / science.3018930. PMID 3018930.
- ^ «Статистический анализ белковых последовательностей». EMBL-EBI. 2018.
- ^ Блом Н., Гаммельтофт С., Брунак С. (декабрь 1999 г.). «Последовательность и предсказание на основе структуры сайтов фосфорилирования эукариотических белков». Журнал молекулярной биологии. 294 (5): 1351–62. Дои:10.1006 / jmbi.1999.3310. PMID 10600390.
- ^ Чжао Цюй, Се И, Чжэн И, Цзян С., Лю В, Му В, Лю З, Чжао И, Сюэ И, Рен Дж (июль 2014 г.). «GPS-SUMO: инструмент для предсказания сайтов сумоилирования и мотивов SUMO-взаимодействия». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (Проблема с веб-сервером): W325-30. Дои:10.1093 / нар / gku383. ЧВК 4086084. PMID 24880689.
- ^ Гупта Р., Юнг Э., Брунак С. "Прогнозирование сайтов N-гликозилирования в человеческих белках". ДТУ Биоинформатика. 46: 203–206.
- ^ Хуанг СН, Су М.Г., Као Х.Дж., Чжон Дж.Х., Вен С.Л., Ли Т.Й. (январь 2016 г.). «UbiSite: использование двухуровневого метода машинного обучения с использованием мотивов субстрата для прогнозирования сайта конъюгации убиквитина на лизинах». BMC Systems Biology. 10 Дополнение 1 (1): 6. Дои:10.1186 / s12918-015-0246-z. ЧВК 4895383. PMID 26818456.
- ^ Чжан И (январь 2008 г.). «Сервер I-TASSER для предсказания трехмерной структуры белков». BMC Биоинформатика. 9: 40. Дои:10.1186/1471-2105-9-40. ЧВК 2245901. PMID 18215316.
- ^ Рагхава, Г. П. С. (2000). «APSSP: усовершенствованный сервер прогнозирования вторичной структуры белка».
- ^ Т., Ашок Кумар (1 апреля 2013 г.). "CFSSP: сервер прогнозирования вторичной структуры Чоу и Фасмана". Зенодо. Дои:10.5281 / zenodo.50733.
- ^ Шкларчик Д., Франческини А., Вайдер С., Форслунд К., Хеллер Д., Уэрта-Сепас Дж., Симонович М., Рот А., Сантос А., Цафу К. П., Кун М., Борк П., Йенсен Л. Дж., Фон Меринг С. (январь 2015 г.). «STRING v10: сети белок-белкового взаимодействия, интегрированные в древо жизни». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (Проблема с базой данных): D447-52. Дои:10.1093 / нар / gku1003. ЧВК 4383874. PMID 25352553.
- ^ Licata L, Briganti L, Peluso D, Perfetto L, Iannuccelli M, Galeota E, Sacco F, Palma A, Nardozza AP, Santonico E, Castagnoli L, Cesareni G (январь 2012 г.). «MINT, база данных молекулярных взаимодействий: обновление 2012 г.». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Выпуск базы данных): D857-61. Дои:10.1093 / nar / gkr930. ЧВК 3244991. PMID 22096227.
- ^ Hermjakob H, Montecchi-Palazzi L, Lewington C, Mudali S, Kerrien S, Orchard S, Vingron M, Roechert B, Roepstorff P, Valencia A, Margalit H, Armstrong J, Bairoch A, Cesareni G, Sherman D, Apweiler R ( Январь 2004 г.). «IntAct: база данных молекулярных взаимодействий с открытым исходным кодом». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (Проблема с базой данных): D452-5. Дои:10.1093 / нар / gkh052. ЧВК 308786. PMID 14681455.
- ^ Кальдероне А., Кастаньоли Л., Чезарени Г. (август 2013 г.). "Мента: ресурс для просмотра интегрированных сетей взаимодействия белков". Природные методы. 10 (8): 690–1. Дои:10.1038 / nmeth.2561. PMID 23900247. S2CID 9733108.
- ^ а б Альтшул С.Ф., Гиш В., Миллер В., Майерс Е. В., Липман Д. Д. (октябрь 1990 г.). «Базовый инструмент поиска локального выравнивания». Журнал молекулярной биологии. 215 (3): 403–10. Дои:10.1016 / с0022-2836 (05) 80360-2. PMID 2231712.
- ^ "Каталог GWAS". 2018.