Бета-артеривирус suid 1 - Betaarterivirus suid 1 - Wikipedia

Для супергероя Marvel Comics см. Синее ухо.
Бета-артеривирус suid 1
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Область:Рибовирия
Королевство:Орторнавиры
Тип:Писувирикота
Учебный класс:Pisoniviricetes
Заказ:Нидовиралес
Семья:Arteriviridae
Род:Бета-артеривирус
Подрод:Eurpobartevirus
Разновидность:
Бета-артеривирус suid 1
Синонимы
  • Вирус репродуктивного и респираторного синдрома свиней 1[1]
  • Вирус репродуктивного и респираторного синдрома свиней[2]
  • Вирус респираторно-репродуктивного синдрома свиней[3]
  • Вирус бесплодия свиней и респираторного синдрома[4]

Бета-артеривирус suid 1, ранее Вирус репродуктивного и респираторного синдрома свиней (РРСС), это вирус что вызывает болезнь из свиньи, называется репродуктивно-респираторный синдром свиней (РРСС), также известный как болезнь голубых свиней (в Китайский, Zhū ​​Láněr Bìng 豬 藍 耳 病). Это экономически важный, панзоотический заболевание вызывает репродуктивную недостаточность племенного поголовья и заболевания дыхательных путей у молодых свиней. Первоначально называвшаяся «загадочной болезнью свиней» и «загадочным репродуктивным синдромом», о ней впервые сообщили в 1987 г. Северная Америка (2) и центральный Европа (3). Заболевание обходится свиноводству США примерно в 644 миллиона долларов в год, а по последним оценкам в Европе, оно обходится почти в 1,5 миллиарда евро в год.

Классификация

РРСС - небольшой, обволакивающий РНК-вирус.[5] Он содержит одноцепочечную положительно-смысловую РНК. геном размером примерно 15 килобазы.[6] В геноме девять открытые рамки для чтения.[7][8]

PRRSV является представителем рода Артеривирус, семья Arteriviridae, порядок Нидовиралес.[9] Другие представители рода Артеривирус включают: вирус конского артериита, вирус обезьяньей геморрагической лихорадки, вирус болезни опоссума, и вирус, повышающий уровень лактатдегидрогеназы.[6]

Штаммы

PRRSV подразделяется на два основных типа: европейский (также известный как тип 1) и вирус Североамериканский (также известный как тип 2). Были определены последовательности прототипов для каждого типа вируса РРСС. Для европейского вируса РРСС это вирус Лелистад (LV), а для североамериканского вируса РРСС - это VR-2332. Штаммы вируса РРСС в Европе и Северной Америке вызывают схожие клинические симптомы, но представляют собой два разных вирусных вируса. генотипы чьи геномы расходятся примерно на 40%, что создает завесу тайны относительно происхождения этого вируса. Генетическая изменчивость вирусов, выделенных из разных мест [10][11] увеличивает сложность разработки вакцин против него. Точно так же проведение диагностических тестов обнаружения ПЦР затруднено из-за высокой скорости мутаций этого вируса, см. Риск пропуска обнаружения ПЦР PRRS.

В начале 2000-х годов в Китае появился высокопатогенный штамм североамериканского генотипа. Этот штамм, HP-PRRSV, более вирулентен, чем все другие штаммы, и вызывает большие потери в азиатских странах по всему миру. Позже исследование показало, что эволюция группы штаммов в Китае ускорилась.[12]

Клинические признаки

Свинья с РРСС

Часто наблюдаются субклинические инфекции, клинические признаки которых спорадически возникают в стаде. Клинические признаки включают репродуктивную недостаточность свиноматок, такую ​​как аборты и рождение мертворожденных или мумифицированных плодов, а также цианоз уха и вульвы. У новорожденных свиней заболевание вызывает респираторный дистресс с повышенной восприимчивостью к респираторным инфекциям, таким как болезнь Глассера.

Лабораторная диагностика

Лабораторные диагностические тесты претерпели значительные изменения с момента открытия вируса PRRS в конце 1980-х годов. Первоначально вирусная культура был использован для подтверждения вируса РРСС в образцах сыворотки или ткани. Этот процесс включает выращивание вируса in vitro на клеточных линиях в течение 3–14 дней или дольше. Если цитопатический эффект наблюдается во время посева, культура подтверждается как вирус PRRS прямое флуоресцентное антитело или другой метод подтверждения, прежде чем сообщать, что образец положительный на наличие вируса РРСС.

В конце 1990-х гг. вложенная ПЦР был использован для обнаружения вируса, поскольку он показал улучшенную чувствительность по сравнению с не вложенной ПЦР.[13] Сейчас же, количественная ПЦР тесты предлагали такую ​​же хорошую или лучшую чувствительность, чем вложенная ПЦР, быстрое время обработки в лаборатории и более низкие уровни перекрестного загрязнения при амплификации в закрытых пробирках.

Как РНК-вирус с геномом 15 т.п.н., PRRS мутирует с относительно высокой скоростью, поскольку со временем передается от свиньи к свинье.[14] Расчетная скорость нуклеотидного замещения вируса РРСС составляет самый высокий зарегистрированный до сих пор для РНК-вируса. Он оценивается как 4,7-9,8 x 10−2 / сайт / год.[15]

Хотя количественная ПЦР используемые сейчас тесты имеют высокий чувствительность и специфичность эти улучшения были внесены опасности также. Количественная ПЦР использование химии Taq-man склонно к ложноотрицательный возникает, когда вирус мутирует.[16][17][18] Ложноотрицательный результат возникает, когда тест не может определить присутствие вируса. Исследования показали, что даже изменение одной пары оснований в вирусной РНК под меченым зондом может вызвать сбой обнаружения.[16] Этот конкретный источник ложноотрицательных результатов не связан с ошибкой оператора со стороны лаборатории и неизвестен во время тестирования.

Следующий сценарий демонстрирует, как эта опасность может привести к риску для производителей свинины и лабораторий:

→ Штамм вируса PRRS мутирует во время циркуляции в стаде. Этот штамм распространяется и становится преобладающим штаммом в стаде.

→ Ветеринар берет случайную статистическую выборку (скажем, 30) животных в стаде либо в ответ на клинические признаки, либо во время обычного наблюдения за здоровьем. Несмотря на то, что отобрано 30 животных, мутантный штамм составляет большую часть вируса РРСС во всех образцах. Образцы отправляются в ветеринарную диагностическую лабораторию на РРСС. количественная ПЦР тестирование для быстрой диагностики.
→ Мутация вирусной РНК произошла в небольшом участке (ах) вируса, с которым связывается зонд, поэтому лаборатория не обнаруживает сигнала и сообщает образцы как «отрицательные» из-за отсутствия вируса PRRS.
→ Ветеринар обнаружил доказательства других этиологических агентов в связанных образцах, отправленных в лабораторию, и предполагает, что они должны быть причиной клинических признаков на ферме. Владельцам животных сообщают, что они могут возобновить отгрузку поросят с фермы, отобранной для исследования, на другое место, где проживают 5000 животных, не инфицированных РРСС.
→ По мере того как вирус циркулирует в новом стаде, циркулирует больше копий мутантного вируса. Дальнейший отбор проб продолжает приводить к отрицательным результатам в отношении вируса РРСС, и в конечном итоге клинические признаки побуждают ветеринара исследовать другие методы тестирования на вирус РРСС. В лабораторию связываются, когда другие методы подтверждают, что вирус РРСС вызывает признаки на ферме.
→ На этом этапе лаборатория может попытаться выделить вирус (в лучшем случае 1 неделя), секвенировать РНК из него (1 неделя) и проанализировать последовательность на отсутствие совпадений с зондами TaqMan, используемыми в анализе обнаружения (1 неделя ). Теперь необходимо изменить дизайн зонда для анализа, чтобы он мог обнаруживать этот новый вариант, оставаясь при этом чувствительным ко всем другим известным штаммам. Оптимизация и проверка заново спроектированного анализа может занять значительное время.
→ Между тем индексный случай Стадо больше не может использовать ПЦР для определения того, какие варианты управления использовать для контроля распространения вируса. Пока тест не будет обновлен и внедрен, ветеринар не может продолжать использовать диагностическую лабораторию для тестирования, поэтому образцы отправляются в другое место, и доверие к лаборатории снижается.

Эта серия мероприятий - разочаровывающее и дорогое мероприятие для ветеринаров, диагностических лабораторий и владельцев животных. Многие лаборатории в США используют собственные количественная ПЦР метод и передачу сообщений о неудачных тестах из-за новых штаммов другим диагностическим лабораториям. В результате информация, полученная о новых штаммах, не используется во многих диагностических лабораториях. Из-за стоимости тестирования и быстрого обнаружения появления новых вирусов только ПЦР часто используется в качестве основного инструмента скрининга. Эта чрезмерная зависимость от одного диагностического теста (ни один из которых не является 100% чувствительным и специфичным) приводит к более длительному интервалу распространения вируса, пока проблема решается.

Ветеринарный врач и продюсер

Ветеринары могут уменьшить влияние этого риска, уделяя пристальное внимание клиническим признакам и используя более одного диагностического теста PRRS. Своевременное общение с лабораторией имеет важное значение, поскольку часто для существующих образцов можно быстро применить другие методы. Учитывая скорость мутации вируса PRRS, следует разработать планы действий в чрезвычайных ситуациях для ложноотрицательных событий, которые включают выбор альтернативных лабораторий и тестов. С другой стороны, чтобы уменьшить влияние инфекции PRRS на фермах, генетические маркеры, такие как SGK1 и TAP1 может быть реализован в схемах скрещивания и / или селекции, благоприятствующих репродуктивно-устойчивым фенотипам у свиноматок, так как они способствуют поддержанию стабильного числа живущих и потерянных поросят, особенно мумий, несмотря на вспышку; как описано недавно в Лаплана и др., 2020.[19]

Диагностическая лаборатория

Некоторые лаборатории перешли на использование коммерчески разработанных и обслуживаемых количественная ПЦР Assays, который передает работу по обновлению анализов третьей стороне, хотя и за значительную дополнительную плату по сравнению с анализами собственной разработки. В последние годы эта стратегия позволила быстрее реагировать на новые варианты, чем это было возможно ранее (не опубликовано). За счет того, что коммерческие производители используют обновления анализов в нескольких лабораториях, возможно, улучшатся возможности обнаружения для всех клиентских лабораторий. Обратной стороной этого подхода является то, что если все лаборатории проводят один и тот же анализ, у ветеринаров есть ограниченные возможности, когда быстро требуется альтернативный анализ.

Более ранние технологии, такие как вложенная ПЦР, часто используются во время расследования. если лаборатория сохранила возможность их выполнения. Используя эти более ранние методы, сотрудники лаборатории могут быстрее идентифицировать новый штамм благодаря более надежным возможностям обнаружения.

Контроль

Репродуктивный и респираторный синдром свиней (PRRS) - сложное заболевание. Модифицированные живые вакцины (МЖВ) вакцины являются основным иммунологическим инструментом для борьбы с ними.[20][21]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ «2017.012-015С» (XLSX). Международный комитет по таксономии вирусов. Получено 23 сентября 2019. Нидовиралес Arteriviridae Порартевирус Вирус репродуктивного и респираторного синдрома свиней 1 0 M96262.2 Нидовиралес Arnidovirineae Arteriviridae Вариартеривирины Бета-артеривирус Eurpobartevirus Бета-артеривирус suid 1 0 M96262.2 PRRSV-1 переименование и перемещение видов
  2. ^ Бринтон, М. А .; и другие. (10 ноября 2015 г.). "В семье Arteriviridae создать 10 видов (1 не назначен, 9 в роде Артеривирус) и переименовать один вид " (PDF). Международный комитет по таксономии вирусов. Получено 23 сентября 2019.
  3. ^ ICTV 8th Report Fauquet, C., Mayo, M.A., Maniloff, J., Desselberger, U. and Ball, L.A., Eds. (2005). Таксономия вирусов: Восьмой отчет Международного комитета по таксономии вирусов. Elsevier Academic Press. https://talk.ictvonline.org/ictv/proposals/ICTV%208th%20Report.pdf
  4. ^ 7-й отчет ICTV ван Регенмортель, MHV, Фоке, CM, Бишоп, DHL, Карстенс, EB, Эстес, МК, Лимон, С.М., Манилофф, Дж., Мэйо, Массачусетс, МакГеоч, DJ, Прингл, CR и Викнер, РБ (2000 г. ). Таксономия вирусов. Седьмой отчет Международного комитета по таксономии вирусов. Academic Press, Сан-Диего, 1162 с. https://talk.ictvonline.org/ictv/proposals/ICTV%207th%20Report.pdf
  5. ^ Пилери, Э; Матеу, Э (28 октября 2016 г.). «Обзор передачи вируса репродуктивного и респираторного синдрома свиней между свиньями и фермами и влияние на вакцинацию». Ветеринарные исследования. 47 (1): 108. Дои:10.1186 / s13567-016-0391-4. ЧВК  5086057. PMID  27793195.
  6. ^ а б Каппес, Массачусетс; Faaberg, KS (май 2015 г.). «Структура вируса РРСС, репликация и рекомбинация: происхождение фенотипа и генотипического разнообразия». Вирусология. 479–480: 475–86. Дои:10.1016 / j.virol.2015.02.012. PMID  25759097.
  7. ^ Meulenberg, J. J .; Hulst, M. M .; de Meijer, E.J .; Moonen, P. L .; den Besten, A .; de Kluyver, E.P .; Wensvoort, G .; Мурманн, Р. Дж. (Январь 1993 г.). «Вирус Лелистад, возбудитель эпидемического аборта у свиней и респираторного синдрома (PEARS), связан с LDV и EAV». Вирусология. 192 (1): 62–72. Дои:10.1006 / viro.1993.1008. ЧВК  7173055. PMID  8517032.
  8. ^ Lee, C .; Ю, Д. (ноябрь 2005 г.). «Остатки цистеина в белке малой оболочки вируса репродуктивного и респираторного синдрома свиней не являются необходимыми для инфицирования вируса». Журнал общей вирусологии. 86 (11): 3091–6. Дои:10.1099 / vir.0.81160-0. PMID  16227232.
  9. ^ Баласурия и Снейдер (2008). «Артеривирусы». Вирусы животных: молекулярная биология. Caister Academic Press. ISBN  978-1-904455-22-6.
  10. ^ Ши М., Лам Т.Т., Хон КК, Мурто М.П., ​​Дэвис П.Р., Хуэй Р.К., Ли Дж., Вонг Л.Т., Ип К.В., Цзян Дж.В., Леунг ФК (сентябрь 2010 г.). «Филогенетическое эволюционное, демографическое и географическое рассечение вирусов репродуктивного и респираторного синдрома свиней типа 2 в Северной Америке». Журнал вирусологии. 84 (17): 8700–8711. Дои:10.1128 / JVI.02551-09. ЧВК  2919017. PMID  20554771.
  11. ^ Паплоски И.А., Корсо С., Ровира А., Мурто М. П., Сануэза Дж. М., Вилалта С., Шредер, округ Колумбия, Вандервал К. (ноябрь 2019 г.). «Временная динамика совместно циркулирующих линий вируса репродуктивного и респираторного синдрома свиней». Границы микробиологии. 1 (10): 2486. Дои:10.3389 / fmicb.2019.02486. ЧВК  6839445. PMID  31736919.
  12. ^ Сон Дж., Шен Д., Цуй Дж., Чжао Б. (октябрь 2010 г.). «Ускоренная эволюция вируса РРСС во время недавних вспышек в Китае». Гены вирусов. 41 (2): 241–5. Дои:10.1007 / s11262-010-0507-2. PMID  20652733.
  13. ^ Кристофер-Хеннингс, Джейн; и другие. (Июль 1995 г.). «Обнаружение вируса репродуктивного и респираторного синдрома свиней в семени хряка с помощью ПЦР». Журнал клинической микробиологии. 33 (7): 1730–1734. Дои:10.1128 / JCM.33.7.1730-1734.1995. ЧВК  228258. PMID  7665637.
  14. ^ Ши, Ман; и другие. (2010). «Молекулярная эпидемиология вируса РРСС: филогенетическая перспектива». Вирусные исследования. 154 (1–2): 7–17. Дои:10.1016 / j.virusres.2010.08.014. PMID  20837072.
  15. ^ Мерто, Майкл; и другие. (2010). «Постоянно расширяющееся разнообразие вируса репродуктивного и респираторного синдрома свиней». Вирусные исследования. 154 (1–2): 18–30. Дои:10.1016 / j.virusres.2010.08.015. PMID  20801173.
  16. ^ а б Клунтхонг, Чонтича; и другие. (2010). «Влияние несовпадения праймера и зонда-матрицы на чувствительность обнаружения вируса пандемического гриппа A / H1N1 / 2009 с помощью ОТ-ПЦР в реальном времени». Журнал клинической вирусологии. 48 (2): 91–95. Дои:10.1016 / j.jcv.2010.03.012. PMID  20413345.
  17. ^ Пайн, Майкл; и другие. (Август 2010 г.). «Оценка теста Roche Cobas AmpliPrep / Cobas TaqMan на ВИЧ-1 и определение редких полиморфизмов, потенциально влияющих на эффективность анализа». Журнал клинической микробиологии. 48 (8): 2852–2858. Дои:10.1128 / JCM.00776-10. ЧВК  2916612. PMID  20573864.
  18. ^ Топлак, И .; и другие. (2011). «Идентификация генетически разнообразной последовательности вируса РРСС в Словении и влияние на чувствительность четырех молекулярных тестов». Журнал вирусологических методов. 179 (1): 51–56. Дои:10.1016 / j.jviromet.2011.09.019. PMID  22001545.
  19. ^ Лаплана, Марина. «Эффекты устойчивости маркеров ДНК SGK1 и TAP1 во время вспышек вируса РРСС у репродуктивных свиноматок». Животные. 10 (5): 902. Дои:10.3390 / ani10050902. PMID  32456052.
  20. ^ Cruz, Jazmina L.G .; Зунига, Соня; Бекарес, Мартина; Сола, Изабель; Ceriani, Juan E .; Плана, Хуан; Энжуанес, Луис (2010). «Векторные вакцины для защиты от вируса РРСС». Вирусные исследования. 154 (1–2): 150–160. Дои:10.1016 / j.virusres.2010.06.017. ЧВК  7114413. PMID  20600388.
  21. ^ Renukaradhya, GJ; Мэн, XJ; Calvert, JG; Крыша, м; Лагер, КМ (2015). «Живые вакцины против вируса репродуктивного и респираторного синдрома свиней: текущее состояние и будущее направление». Вакцина. 33 (33): 4069–80. Дои:10.1016 / j.vaccine.2015.06.092. PMID  26148878.

внешняя ссылка