DDX3X - DDX3X

DDX3X
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2I4I, 2JGN, 3JRV, 4O2C, 4O2E, 4O2F, 4PX9, 4PXA, 5E7J, 5Э7М, 5E7I
Идентификаторы
Псевдонимы	DDX3X, DBX, DDX14, DDX3, HLP2, CAP-Rf, MRX102, DEAD-box геликаза 3, X-связанная, DEAD-box геликаза 3, X-связанная, MRXSSB
Внешние идентификаторы	OMIM: 300160 MGI: 103064 ГомолоГен: 3425 Генные карты: DDX3X
Расположение гена (человек) Chr. Х-хромосома (человек)[1] Группа Xp11.4 Начните 41,333,284 бп[1] Конец 41,364,472 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Х-хромосома (мышь)[2] Группа X A1.1 | X 8.17 см Начните 13,280,970 бп[2] Конец 13,294,052 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • Связывание ДНК • связывание нуклеотидов • нуклеозид-трифосфатазная активность • CTPase активность • GO: 0008026 геликазная активность • поли (А) переплет • связывание малых субъединиц рибосом • Связывание стебель-петля РНК • GO: 0004003 ДНК-геликазная активность • связывание фактора транскрипции • АТФазная активность • GO: 0001948 связывание с белками • ГТФазная активность • связывание эукариотического фактора инициации 4E • Связывание РНК • связывание нуклеиновой кислоты • Связывание мРНК 5'-UTR • связывание фактора инициации трансляции • гидролазная активность • Связывание АТФ • Активность отжига цепи РНК • связывание кадгерина • активность активатора протеин-серин / треонинкиназы Сотовый компонент • цитоплазма • фактор инициации трансляции эукариот 3 • ядерное пятнышко • мембрана • митохондриальная наружная мембрана • цитозольная малая рибосомная субъединица • митохондрия • Гранула стресса • внеклеточная экзосома • ядро клетки • внеклеточная область • цитозоль • просвет секреторной гранулы • Просвет гранул, богатых фиколином-1 • ядрышко Биологический процесс • сборка гранул напряжения • апоптотический процесс • отрицательное регулирование перевода • отрицательная регуляция активности эндопептидазы цистеинового типа, участвующей в апоптотическом процессе • GO: 0007243 внутриклеточная передача сигнала • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • биогенез рибосом • отрицательная регуляция внутреннего апоптотического сигнального пути • иммунная система • сегрегация хромосом • отрицательная регуляция сборки белкового комплекса • ответ на вирус • отрицательная регуляция апоптотического процесса • Сигнальный путь Wnt • положительное регулирование перевода • локализация белка в цитоплазматической стрессовой грануле • транскрипция, ДНК-шаблон • клеточный ответ на осмотический стресс • положительная регуляция перехода G1 / S митотического клеточного цикла • внутренний апоптотический сигнальный путь • положительная регуляция активности эндопептидазы цистеинового типа, участвующей в апоптотическом процессе • положительное регулирование роста клеток • положительная регуляция экспрессии генов • сборка зрелых рибосом • клеточный ответ на вещество, содержащее мышьяк • отрицательная регуляция роста клеток • положительное регулирование продукции лиганда 5 хемокина (мотив C-C) • Раскрутка вторичной структуры РНК • положительная регуляция апоптотического процесса • положительная регуляция репликации вирусного генома • GO: 0022415 вирусный процесс • врожденная иммунная система • положительное регулирование инициации трансляции • регулирование перевода • внешний апоптотический сигнальный путь через рецепторы домена смерти • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • положительное регулирование выработки интерферона-бета • Раскрутка дуплекса ДНК • дегрануляция нейтрофилов • положительная регуляция активности протеин-серин / треонинкиназы • положительная регуляция канонического сигнального пути Wnt • трансляционная инициация Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	1654	13205
Ансамбль	ENSG00000215301	ENSMUSG00000000787
UniProt	O00571	Q62167
RefSeq (мРНК)	NM_001193416 NM_001193417 NM_001356 NM_024005 NM_001363819	NM_010028
RefSeq (белок)	NP_001180345 NP_001180346 NP_001347 NP_001350748	NP_034158
Расположение (UCSC)	Chr X: 41.33 - 41.36 Мб	Chr X: 13.28 - 13.29 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

АТФ-зависимый РНК-геликаза DDX3X является фермент что у людей кодируется DDX3X ген.^[5][6][7]

Функция

Белки DEAD box, характеризующиеся консервативным мотивом Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), являются предполагаемыми РНК геликасы. Они вовлечены в ряд клеточных процессов, включающих изменение вторичной структуры РНК, таких как инициирование перевода, ядерные и митохондриальные сращивание, и рибосома и сплайсосома сборка. Основываясь на паттернах их распространения, считается, что некоторые члены этого семейства участвуют в эмбриогенезе, сперматогенезе, а также росте и делении клеток. Этот ген кодирует DEAD-бокс-белок, который специфически взаимодействует с коровым белком вируса гепатита С, что приводит к изменению внутриклеточного положения. Этот ген имеет гомолог, расположенный в нерекомбинирующейся области Y-хромосомы. Последовательность белка идентична на 91% между этим геном и Y-связанным гомологом.^[7]

Субклеточный трафик

DDX3X выполняет свои функции в ячейке ядро и цитоплазма, покидая ядро ​​через Путь ядерного экспорта exportin-1 / CRM1. Первоначально сообщалось, что для этого взаимодействия необходим домен геликазы DDX3X, в то время как канонические особенности пути трафика, а именно наличие сигнал ядерного экспорта (NES) на DDX3X и Ран-ГТП связывание с экспортином-1 было необязательным.^[8] С тех пор было показано, что связывание DDX3X с exportin-1 и его транспортировка не требует домена геликазы DDX3X и явно зависят от NES и Ran-GTP.^[9]

Роль в раке

DDX3X участвует во многих различных типах рака. Например, он аномально экспрессируется в эпителиальных раковых клетках молочной железы, в которых его экспрессия активируется HIF1A в течение гипоксия.^[10] Повышенная экспрессия DDX3X посредством HIF1A при гипоксии инициируется прямым связыванием HIF1A с HIF1A. элемент ответа,^[10] как подтверждено с иммунопреципитация хроматина и репортерный анализ люциферазы. Поскольку на экспрессию DDX3X влияет активность HIF1A, совместная локализация этих белков также была продемонстрирована в MDA-MB-231 ксенотрансплантат образцы опухолей.^[10]

В Клетки HeLa Сообщается, что DDX3X контролирует развитие клеточного цикла через Циклин Е1.^[11] В частности, было показано, что DDX3X напрямую связывается с 5´ UTR циклина E1 и тем самым облегчая трансляцию белка. Было продемонстрировано, что повышенные уровни белка Cyclin E1 опосредуют переход Фаза S вход.^[11]

Активность DDX3X влияет на выживание, миграцию и распространение меланомы.^[12] Клетки меланомы с низкой экспрессией DDX3X демонстрируют высокую миграционную способность, низкую скорость пролиферации и пониженную вемурафениб чувствительность. В то время как клетки с высокой экспрессией DDX3X являются чувствительными к лекарствам, более пролиферативными и менее мигрирующими. Эти фенотипы можно объяснить трансляционным воздействием на фактор транскрипции меланомы. MITF.^[12] 5 'UTR MITF мРНК содержит сложный РНК-регулон (IRES ), который связывается и активируется DDX3X. Активация IRES приводит к трансляции мРНК MITF. Мыши, которым вводили клетки меланомы с удаленным IRES, демонстрируют более агрессивное прогрессирование опухоли, включая увеличение количества легких. метастаз.^[12] Интересно, что DDX3X при меланоме зависит от вемурафениба через неизвестный механизм. Неизвестно как DDX3X подавляется наличием вемурафениба. Однако снижение уровня DDX3X во время медикаментозного лечения объясняет развитие устойчивых к лекарствам клеток, которые часто обнаруживаются MITF выражение.^[12][13][14]

Клиническое значение

Мутации DDX3X ген связаны с медуллобластома.^[15][16][17] При меланоме низкая экспрессия гена связана с плохой отдаленное выживание без метастазов.^[12] Кроме того, уровень мРНК DDX3X ниже в сопоставленных биоптатах после рецидива меланомы у пациентов, получавших вемурафениб и в прогрессирующих опухолях.

Смотрите также

• Эукариотический перевод
• Белки DExD / H-бокса
• DHX29

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000215301 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000000787 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Лан Б.Т., Пейдж, округ Колумбия (октябрь 1997 г.). «Функциональная когерентность Y-хромосомы человека». Наука. 278 (5338): 675–80. Дои:10.1126 / наука.278.5338.675. PMID  9381176.
6. Пак Ш., Ли С.Г., Ким Й., Сон К. (октябрь 1998 г.). «Отнесение гена предполагаемой РНК-геликазы человека, DDX3, к полосам Х-хромосомы человека p11.3 → p11.23». Цитогенетика и клеточная генетика. 81 (3–4): 178–9. Дои:10.1159/000015022. PMID  9730595.
7. «Ген Entrez: DDX3X DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) бокс-полипептид 3, Х-связанный».
8. Yedavalli VS, Neuveut C, Chi YH, Kleiman L, Jeang KT (октябрь 2004 г.). «Требование DDX3 DEAD box РНК-геликазы для функции экспорта Rev-RRE ВИЧ-1». Ячейка. 119 (3): 381–92. Дои:10.1016 / j.cell.2004.09.029. PMID  15507209.
9. Хитон С.М., Аткинсон СК, Суини М.Н., Ян С.Н., Янс Д.А., Борг Н.А. (сентябрь 2019 г.). "Экспортин-1-зависимый ядерный экспорт DEAD-box Helicase DDX3X является центральным для ее роли в противовирусном иммунитете". Клетки. 8 (10): 1181. Дои:10.3390 / ячеек8101181. PMID  31575075.
10. Ботлагунта М., Кришнамачари Б., Везуна Ф., Виннард П. Т., Бол Г. М., Патель А. Х., Раман V (март 2011 г.). «Экспрессия DDX3 напрямую модулируется индуцируемым гипоксией фактором-1 альфа в эпителиальных клетках молочной железы». PLOS ONE. 6 (3): e17563. Дои:10.1371 / journal.pone.0017563. ЧВК  3063174. PMID  21448281.
11. Лай М.К., Чанг В.К., Ши Си, Тарн, Вайоминг (ноябрь 2010 г.). «DDX3 регулирует рост клеток посредством контроля трансляции циклина E1». Молекулярная и клеточная биология. 30 (22): 5444–53. Дои:10.1128 / MCB.00560-10. ЧВК  2976371. PMID  20837705.
12. Фунг Б., Цесла М., Санна А., Гуцци Н., Беневенти Дж., Цао Тхи Нгок П. и др. (Июнь 2019). «Х-связанная DDX3X РНК-геликаза диктует репрограммирование трансляции и метастазирование при меланоме». Отчеты по ячейкам. 27 (12): 3573–3586.e7. Дои:10.1016 / j.celrep.2019.05.069. PMID  31216476.
13. Мюллер Дж., Крайгсман О., Цой Дж., Роберт Л., Хьюго В., Сонг С. и др. (Декабрь 2014 г.). «Низкое соотношение MITF / AXL предсказывает раннюю резистентность к нескольким целевым лекарствам при меланоме». Nature Communications. 5 (1): 5712. Дои:10.1038 / ncomms6712. ЧВК  4428333. PMID  25502142.
14. Konieczkowski DJ, Johannessen CM, Abudayyeh O, Kim JW, Cooper ZA, Piris A, et al. (Июль 2014 г.). «Различие состояний клеток меланомы влияет на чувствительность к ингибиторам пути MAPK». Открытие рака. 4 (7): 816–27. Дои:10.1158 / 2159-8290.CD-13-0424. ЧВК  4154497. PMID  24771846.
15. Робинсон Г., Паркер М., Краненбург Т.А., Лу С., Чен Х, Динг Л. и др. (Август 2012 г.). «Новые мутации нацелены на отдельные подгруппы медуллобластомы». Природа. 488 (7409): 43–8. Дои:10.1038 / природа11213. ЧВК  3412905. PMID  22722829.
16. Джонс Д. Т., Джегер Н., Кул М., Зихнер Т., Хаттер Б., Султан М. и др. (Август 2012 г.). «Рассмотрение геномной сложности, лежащей в основе медуллобластомы». Природа. 488 (7409): 100–5. Дои:10.1038 / природа11284. ЧВК  3662966. PMID  22832583.
17. Пью Т.Дж., Вираратне С.Д., Арчер Т.К., Померанц Краммель Д.А., Оклер Д., Бочиччио Дж. И др. (Август 2012 г.). «Секвенирование экзома медуллобластомы выявляет соматические мутации, специфичные для подтипа». Природа. 488 (7409): 106–10. Дои:10.1038 / природа11329. ЧВК  3413789. PMID  22820256.

дальнейшее чтение

• Li L, Li HS, Pauza CD, Bukrinsky M, Zhao RY (2006). «Роль вспомогательных белков ВИЧ-1 в вирусном патогенезе и взаимодействиях хозяин-патоген». Клеточные исследования. 15 (11–12): 923–34. Дои:10.1038 / sj.cr.7290370. PMID  16354571.
• Овсянка А.М., Патель А.Х. (май 1999 г.). «Корневой белок вируса гепатита С взаимодействует с человеческим DEAD-бокс-белком DDX3». Вирусология. 257 (2): 330–40. Дои:10.1006 / viro.1999.9659. PMID  10329544.
• Мамия Н., Ворман Х. Дж. (Май 1999 г.). «Основной белок вируса гепатита С связывается с DEAD-бокс-РНК-геликазой». Журнал биологической химии. 274 (22): 15751–6. Дои:10.1074 / jbc.274.22.15751. PMID  10336476.
• Ягуэ Дж., Альварес И., Рогнан Д., Рамос М., Васкес Дж., Де Кастро Дж. А. (июнь 2000 г.). «N-ацетилированный природный лиганд лейкоцитарного антигена гистосовместимости человека (HLA) -B39. Классические белки класса I главного комплекса гистосовместимости связывают пептиды с заблокированным NH (2) концом in vivo». Журнал экспериментальной медицины. 191 (12): 2083–92. Дои:10.1084 / jem.191.12.2083. ЧВК  2193201. PMID  10859333.
• Ким И.С., Ли С.Г., Пак С.Х., Сон К. (октябрь 2001 г.). «Генная структура DDX3 человека и хромосомное картирование его родственных последовательностей». Молекулы и клетки. 12 (2): 209–14. PMID  11710523.
• Ли Дж., Хокинс И.С., Харви К.Д., Дженнингс Дж. Л., Линк А. Дж., Паттон Дж. Г. (ноябрь 2003 г.). «Регулирование альтернативного сплайсинга с помощью SRrp86 и взаимодействующих с ним белков». Молекулярная и клеточная биология. 23 (21): 7437–47. Дои:10.1128 / MCB.23.21.7437-7447.2003. ЧВК  207616. PMID  14559993.
• Шу Х, Чен С., Би К., Мамби М., Бреккен Д.Л. (март 2004 г.). «Идентификация фосфопротеинов и их сайтов фосфорилирования в клеточной линии лимфомы WEHI-231 B». Молекулярная и клеточная протеомика. 3 (3): 279–86. Дои:10.1074 / mcp.D300003-MCP200. PMID  14729942.
• Bouwmeester T, Bauch A, Ruffner H, Angrand PO, Bergamini G, Croughton K, Cruciat C, Eberhard D, Gagneur J, Ghidelli S, Hopf C, Huhse B, Mangano R, Michon AM, Schirle M, Schlegl J, Schwab M , Stein MA, Bauer A, Casari G, Drewes G, Gavin AC, Jackson DB, Joberty G, Neubauer G, Rick J, Kuster B, Superti-Furga G (февраль 2004 г.). «Физическая и функциональная карта пути передачи сигнала TNF-альфа / NF-каппа B человека». Природа клеточной биологии. 6 (2): 97–105. Дои:10.1038 / ncb1086. PMID  14743216.
• Yedavalli VS, Neuveut C, Chi YH, Kleiman L, Jeang KT (октябрь 2004 г.). «Требование DDX3 DEAD box РНК-геликазы для функции экспорта Rev-RRE ВИЧ-1». Ячейка. 119 (3): 381–92. Дои:10.1016 / j.cell.2004.09.029. PMID  15507209.
• Dayton AI (октябрь 2004 г.). «Внутри тебя, без тебя: ВИЧ-1 Rev и экспорт РНК». Ретровирология. 1: 35. Дои:10.1186/1742-4690-1-35. ЧВК  526764. PMID  15516266.
• Кришнан В., Цайхнер С.Л. (декабрь 2004 г.). «Изменения в экспрессии DEAD-бокса и других связывающих РНК белков во время репликации ВИЧ-1». Ретровирология. 1: 42. Дои:10.1186/1742-4690-1-42. ЧВК  543576. PMID  15588285.
• Раш Дж., Мориц А., Ли К.А., Го А., Госс В.Л., Спек Э.Д., Чжан Х., Чжа Х.М., Полакевич Р.Д., Гребень М.Дж. (январь 2005 г.). «Иммуноаффинное профилирование фосфорилирования тирозина в раковых клетках». Природа Биотехнологии. 23 (1): 94–101. Дои:10.1038 / nbt1046. PMID  15592455.
• Тао В.А., Вольшайд Б., О'Брайен Р., Энг Дж. К., Ли XJ, Боденмиллер Б., Уоттс Д. Д., Худ Л., Эберсолд Р. (август 2005 г.). «Количественный анализ фосфопротеома с использованием химии конъюгации дендримеров и тандемной масс-спектрометрии». Природные методы. 2 (8): 591–8. Дои:10.1038 / nmeth776. PMID  16094384.
• Gevaert K, Staes A, Van Damme J, De Groot S, Hugelier K, Demol H, Martens L, Goethals M, Vandekerckhove J (сентябрь 2005 г.). «Глобальный анализ фосфопротеома гепатоцитов человека HepG2 с использованием обращенно-фазовой диагональной ЖК». Протеомика. 5 (14): 3589–99. Дои:10.1002 / pmic.200401217. PMID  16097034.
• Chang PC, Chi CW, Chau GY, Li FY, Tsai YH, Wu JC, Wu Lee YH (март 2006 г.). «DDX3, DEAD-бокс-РНК-геликаза, не регулируется при гепатоцеллюлярной карциноме, связанной с вирусом гепатита, и участвует в контроле роста клеток». Онкоген. 25 (14): 1991–2003. Дои:10.1038 / sj.onc.1209239. PMID  16301996.