Дефицит белка RbAp48 и потеря памяти - Deficiency of RbAp48 protein and memory loss - Wikipedia

объем памяти обычно называют способностью кодировать, хранить, сохранять и впоследствии вспоминать информацию и прошлый опыт в человеческий мозг. В этом процессе участвует множество белков, одним из которых является связывающий гистон белок RbAp48 (также известный как RBBP4 или же NURF55 ), закодированный RBBP4 ген в людях.[1]

Белок RBBP4
Структура белка RBBP4

Функция

Мультфильм представление молекулярной структуры белок с 1p22, принадлежит WD40 повторить

RbAp48, также известный как RBBP4 ген, кодирует ядерный белок, который принадлежит к высококонсервативному семейству WD40 повторить. Этот ген присутствует во многих белок комплексы, которые участвуют в гистон ацетилирование и деацетилирование процессы, а также хроматин сборка.[2] Этот ген также принадлежит к Комплекс Ми-2 / NuRD, также известный как ремоделирование нуклеосом деацетилазный комплекс что играет роль в обоих АТФ -зависимое ремоделирование хроматина и гистоновая деацетилаза виды деятельности.[3] Этот белок также является частью корепрессорного комплекса, который является важным компонентом подавления транскрипции. Этот ген широко доступен и может быть обнаружен в нескольких клеточных белках, которые напрямую связываются с белком ретинобластомы для регулирования роста и пролиферации клеток.[4] Этот белок также обнаруживается в репрессии транскрипции E2F -чувствительные гены, которые представляют собой группу генов, которые кодируют семейство факторы транскрипции.[2]

Биохимия

Экспериментальный процесс

Чтобы дополнительно различать возрастная потеря памяти из Болезнь Альцгеймера (AD), субрегион образование гиппокампа называется зубчатые извилины (DG) был дополнительно изучен, поскольку считается, что он нацелен на старение. Человеческое вскрытие ткань собирали как из DG, так и из энторинальной коры (EC). Энторинальная кора - это соседняя подобласть, не подверженная старению и, как известно, вовлеченная в возрастную потерю памяти. После нормализации экспрессии ЭК 17 генов проявились за счет возрастных изменений ДГ. Мышей использовали в качестве экспериментальных субъектов, чтобы проверить, связано ли снижение RbAp48 с возрастной потерей памяти. Результаты согласуются с исследованиями на людях, где уровень белка RbAp48 был намного ниже у взрослых по сравнению с молодыми. Чтобы закрепить эти выводы, магнитно-резонансная томография (МРТ) показало, что дисфункция в ДГ, что соответствует регионально-селективному уменьшению ацетилирование гистонов.[4]

Механизм

В гиппокамп это область мозга, которая имеет множество взаимосвязанных субрегионов, каждая из которых имеет свои собственные нейрон популяции, играющие важную роль в кодировании объем памяти. Многие исследования показали, что болезнь Альцгеймера (БА) улучшает память, сначала воздействуя на энторинальная кора (EC), которая является областью, обеспечивающей главный входной канал от внешних датчиков к гиппокампу. Первоначально ученые идентифицировали потерю памяти, связанную со старением, как раннее проявление болезни Альцгеймера; однако более свежие данные свидетельствуют о том, что отдельный процесс влияет на зубчатые извилины (DG), который является частью гиппокампа и вызывает ухудшение памяти.[5] В образование гиппокампа состоит из множества взаимосвязанных субрегионов и играет жизненно важную роль в сохранении памяти. Каждая подобласть содержит определенную популяцию нейронов, которые имеют различную молекулярную экспрессию и физиологические свойства. В результате эти регионы уязвимы для различных патогенных механизмов.[6] Хотя и БА, и нормальный процесс старения влияют на гиппокамп, исследования показали, что эти два процесса можно различить по двум анатомическим паттернам дисфункции гиппокампа. Патологоанатомические исследования показывают, что энторинальная кора (ЭК) и субикулум являются субрегионами гиппокампа, наиболее подверженными БА,[7] тогда как зубчатая извилина в большинстве случаев относительно сохранена. В отличие от БА, нормальный процесс старения не вызывает гибели клеток или других патогномоничных аномалий, которые приводят к потере памяти. Скорее, возрастная потеря памяти характеризуется дисфункцией нейронов.[4] Эти результаты МРТ и других исследований показывают, что первичной начальной целью нормального старения является DG, тогда как EC относительно сохраняется.[6]

Клиническое исследование на людях

Руководствуясь закономерностью, различающей возрастные дисфункция гиппокампа из нашей эры, ученые из Медицинский центр Колумбийского университета собрал зубчатую извилину (DG) от посмертного человека мозги. У этих DG не было обнаруживаемого мозга патология. Возраст этих экспериментальных субъектов, от которых был взят DG, составлял от 33 до 88 лет. Ученый также собрал ЭК из каждого мозга и произвел экспрессия гена профили с Affymetrix микрочипы, где каждый микрочип был адаптирован к области мозга каждого человека.[8] Их гипотеза была основана на анализе того, что на DG преимущественно влияет старение, а не AD. Экспрессия генов в DG была нормализована до их экспрессии в EC; Затем были проанализированы нормализованные значения DG, чтобы найти корреляцию между возрастом испытуемых. Ученые обнаружили, что 17 нормализованных профилей показывают увеличение и уменьшение в зависимости от возраста. При P ≤ 0,005 ученые подтвердили, что наблюдаемые изменения были не продуктом возрастных изменений, а скорее продуктом их относительной численности в ЕС. Одним из самых больших изменений с точки зрения экспрессии генов была экспрессия гена RbAp48, где значение p соответствовало паттерну нормальной возрастной дисфункции гиппокампа. Чтобы продолжить свои исследования, ученые собрали ЭК и ДГ еще у 10 здоровых человеческих мозгов в возрасте от 49 до 81 года. После уровня RbAp48 и актин в каждой ткани было измерено с использованием Вестерн-блоттинг они обнаружили, что уровень RbAp48 снижается с возрастом. Уровень мРНК также уменьшалась по мере увеличения возраста испытуемого в DG; однако уровень RbAp48 в ЕС не изменился.[4]

Клиническое исследование на животных

У мышей RbAp48 белок является ключевым компонентом ацетилирования гистонов, транскрипционная регуляция И в циклический аденозинмонофосфат (лагерь)-протеинкиназа элемент-связывающий белок CREB1 путь путь.[9] Поскольку ацетилирование гистонов и путь cAMP-PKA-CREB1 чрезвычайно важны для нормальной функции гиппокампа и старения у мышей,[10] ученые дополнительно исследуют RbAp48, чтобы проверить, является ли его модуляция причиной возрастной потери памяти у животных, особенно мышей. Изучая мышей дикого типа, ученые обнаружили, что RbAp48 экспрессируется на гораздо более высоком уровне в гиппокампе, особенно в зубчатой ​​извилине (DG). Это открытие согласуется с тем, что они обнаружили в тканях мышей, потому что белок RbAp48 был менее распространен в DG взрослых мышей по сравнению с более низким уровнем экспрессии у взрослых. Кроме того, возрастное снижение RbAp48 было обнаружено только в DG, тогда как область EC сохранилась.[4] Это открытие еще раз подтверждает предыдущее открытие, что старение влияет только на DG и не вызывает дисфункцию EC.

Взаимодействие ДНК

Кристаллическая структура нуклеосома основная частица, где H3 и H4 окрашены в синий и зеленый цвета соответственно, ДНК окрашена в серый цвет

В эукариотический клетки, ДНК обернут вокруг октамер гистона белки с образованием нуклеосом, которые складываются в структуры хроматина более высокого порядка. Нуклеосома состоит из двух копий гистон H3 и гистон H4. Эти нуклеосомы образуют гетеротетрамер и связываются с ДНК на первом этапе нуклеосома сборка. Когда ДНК реплицируется, нуклеосомы необходимо разобрать перед вилкой, а затем гистоны должны быть перенесены на вновь продублированные нити для повторной сборки. Исследования состава комплексов гистона H3 in vivo, а также структуры комплекса ASF1-H3-H4 показали, что комплексы гистонов H3-H4 рассматриваются как димер белка.[11]

Белки RbAp48 играет ключевую роль в сборке нуклеосом.[12] Белок RbAp48 представляет собой подразделение из фактор сборки хроматина-1 (CAF-1) комплекс, который собирает гистоны H3 и H4 на вновь реплицированной ДНК, чтобы инициировать сборку нуклеосом.[13] Белок RbAp48 также обнаружен во многих других белковых комплексах, регулирующих структуру хроматина. Исследования показывают, что RbAp48 взаимодействует с H3-H4. димеры и подразумевают, что функция RbAp48 участвует во многих процессах, таких как сборка, ремоделирование и модификации хроматина; следовательно, во многих др. связанных с хроматином процессах гистоны H3-H4 могут обрабатываться как димеры. В более общем плане кажется вероятным, что присутствие RbAp48 может отражать посттрансляционные модификации нуклеосомы. В результате это может повлиять на активность нейронов и в конечном итоге повлиять на способность кодирования памяти.[12]

Клеточная функция

  • Ацетилирование гистонов и регуляция транскрипции
Уже давно известно, что ацетилирование гистонов тесно связано с регуляцией транскрипции.[14]
  • Функция хроматина и ацетилирование
Прямая связь между функцией хроматина и ацетилированием была установлена ​​благодаря открытию того, что комплексы соактиваторов необходимы для функции активации транскрипции, как ацетилтрансферазы гистонов, тогда как ко-репрессоры, содержащие гистоновые деацетилазы совещаться транскрипционный подавление. Гистоны локально изменяются на мишени промоутеры.[14]

CREB комплекс

CREB (вверху) - это фактор транскрипции способный привязать к ДНК (внизу) и регулирующий экспрессия гена

CREB-связывающий белок, также известный как CREBBP или же CBP, представляет собой белок, который кодируется CREBBP ген в людях.[15][16]Белок CREB выполняет свою функцию, активируя транскрипцию, при этом взаимодействие с факторами транскрипции регулируется одним или несколькими доменами CREB: ядерный рецептор домен взаимодействия (RID), CREB и MYB домен взаимодействия (KIX), цистеин /гистидин регионы (TAZ1 / CH1 и TAZ2 / CH3) и интерферон связывающий домен ответа (IBiD). Белковые домены CREB, KIX, TAZ1 и TAZ2, каждый прочно связываются с последовательностью, охватывающей оба домена трансактивации 9aaTADs фактора транскрипции p53.[17][18][19][20][21][22]

Белковое взаимодействие

Рекомендации

  1. ^ Nicolas, E .; Айт-Си-Али, S; Trouche, D (2001). «Гистондеацетилаза HDAC3 нацеливает RbAp48 на белок ретинобластомы». Исследования нуклеиновых кислот. 29 (15): 3131–6. Дои:10.1093 / nar / 29.15.3131. ЧВК  55834. PMID  11470869.
  2. ^ а б EntrezGene 5928
  3. ^ Сюэ, Ютонг; Вонг, Джиемин; Морено, Дж. Тони; Янг, Мэри К .; Коте, Жак; Ван, Вэйдун (1998). «NURD, новый комплекс с АТФ-зависимым ремоделированием хроматина и гистон-деацетилазной активностью». Молекулярная клетка. 2 (6): 851–61. Дои:10.1016 / S1097-2765 (00) 80299-3. PMID  9885572.
  4. ^ а б c d е Pavlopoulos, E .; Jones, S .; Kosmidis, S .; Близко, М .; Kim, C .; Ковалерчик, О .; Смолл, С. А .; Кандел, Э. Р. (2013). «Молекулярный механизм потери памяти, связанной с возрастом: гистон-связывающий белок RbAp48». Научная трансляционная медицина. 5 (200): 200ра115. Дои:10.1126 / scitranslmed.3006373. ЧВК  4940031. PMID  23986399.
  5. ^ Pavlopoulos, E .; Jones, S .; Kosmidis, S .; Близко, М .; Kim, C .; Ковалерчик, О .; Смолл, С. А .; Кандел, Э. Р. (2013). «Молекулярный механизм потери памяти, связанной с возрастом: гистон-связывающий белок RbAp48». Научная трансляционная медицина. 5 (200): 200ра115. Дои:10.1126 / scitranslmed.3006373. ЧВК  4940031. PMID  23986399. Сложить резюме – ScienceDaily (28 августа 2013 г.).
  6. ^ а б Смолл, Скотт А.; Schobel, Scott A .; Бакстон, Ричард Б .; Witter, Menno P .; Барнс, Кэрол А. (2011). «Патофизиологические основы дисфункции гиппокампа при старении и болезнях». Обзоры природы Неврология. 12 (10): 585–601. Дои:10.1038 / номер 3085. ЧВК  3312472. PMID  21897434.
  7. ^ Браак, Хейко; Алафузова Ирина; Арцбергер, Томас; Крецшмар, Ганс; Дель Тредичи, Келли (2006). «Определение стадии нейрофибриллярной патологии, связанной с болезнью Альцгеймера, с использованием парафиновых срезов и иммуноцитохимии». Acta Neuropathologica. 112 (4): 389–404. Дои:10.1007 / s00401-006-0127-z. ЧВК  3906709. PMID  16906426.
  8. ^ Левандовски, Н. М .; Смолл, С. А. (2005). "Микроматрица мозга: поиск иголок в молекулярных стогах сена". Журнал неврологии. 25 (45): 10341–6. Дои:10.1523 / JNEUROSCI.4006-05.2005. PMID  16280569.
  9. ^ Zhang, Q .; Во, Н .; Гудман, Р. Х. (2000). «Гистон-связывающий белок RbAp48 взаимодействует с комплексом CREB-связывающего белка и фосфорилированного CREB». Молекулярная и клеточная биология. 20 (14): 4970–8. Дои:10.1128 / MCB.20.14.4970-4978.2000. ЧВК  85947. PMID  10866654.
  10. ^ Аларкон, Хуан М.; Маллерет, Гаэль; Тузани, Халид; Вронская, Светлана; Исии, Сюнсуке; Кандел, Эрик Р.; Барко, Ангел (2004). «Ацетилирование хроматина, память и LTP нарушены у CBP +/- мышей». Нейрон. 42 (6): 947–59. Дои:10.1016 / j.neuron.2004.05.021. PMID  15207239.
  11. ^ Аннунциато, А. Т. (2005). «Раздельное решение: что происходит с нуклеосомами во время репликации ДНК?». Журнал биологической химии. 280 (13): 12065–8. Дои:10.1074 / jbc.R400039200. PMID  15664979.
  12. ^ а б Чжан, Вэй; Тил, Марек; Уорд, Ричард; Соботт, Откровенный; Маман, Джозеф; Мурти, Андал С; Уотсон, Александра А; Федоров Олег; Боуман, Эндрю; Оуэн-Хьюз, Том; Эль Мками, Хассан; Мурзина Наталья В; Норман, Дэвид G; Лауэ, Эрнест Д. (2012). «Структурная пластичность гистонов H3 – H4 способствует их аллостерическому обмену между RbAp48 и ASF1». Структурная и молекулярная биология природы. 20 (1): 29–35. Дои:10.1038 / nsmb.2446. ЧВК  3538076. PMID  23178455.
  13. ^ Смит, Сьюзен; Стиллман, Брюс (1989). «Очистка и характеристика CAF-I, фактора клеток человека, необходимого для сборки хроматина во время репликации ДНК in vitro». Клетка. 58 (1): 15–25. Дои:10.1016 / 0092-8674 (89) 90398-х. PMID  2546672.
  14. ^ а б Wolffe, A.P .; Урнов, Ф.Д .; Гущин, Д. (2000). «Корепрессорные комплексы и ремоделирование хроматина для репрессии». Сделки Биохимического Общества. 28 (4): 379–86. Дои:10.1042/0300-5127:0280379. PMID  10961924.
  15. ^ Chrivia, John C .; Kwok, Roland P. S .; Агнец, Нед; Хагивара, Масатоши; Montminy, Marc R .; Гудман, Ричард Х. (1993). «Фосфорилированный CREB специфически связывается с ядерным белком CBP». Природа. 365 (6449): 855–9. Bibcode:1993Натура.365..855C. Дои:10.1038 / 365855a0. PMID  8413673.
  16. ^ Wydner, K. L .; Бхаттачарья, S; Экнер, Р; Lawrence, J. B .; Ливингстон, Д. М. (1995). «Локализация гена человеческого CREB-связывающего белка (CREBBP) на 16p13.2-p13.3 путем флуоресцентной гибридизации in situ». Геномика. 30 (2): 395–6. PMID  8586450.
  17. ^ Teufel, D. P .; Freund, S.M .; Bycroft, M .; Фершт, А. Р. (2007). «Четыре домена p300 каждый прочно связываются с последовательностью, охватывающей оба субдомена трансактивации p53». Труды Национальной академии наук. 104 (17): 7009–14. Bibcode:2007ПНАС..104.7009Т. Дои:10.1073 / pnas.0702010104. ЧВК  1855428. PMID  17438265.
  18. ^ Пискачек, Симона; Грегор, Мартин; Неметхова Мария; Грабнер, Мартин; Коварик, Павел; Пискачек, Мартин (2007). «Домен трансактивации девяти аминокислот: Утилиты создания и прогнозирования». Геномика. 89 (6): 756–68. Дои:10.1016 / j.ygeno.2007.02.003. PMID  17467953.
  19. ^ Пискачек, Мартин (2009). «Общий мотив трансактивации 9aaTAD привлекает несколько общих коактиваторов TAF9, MED15, CBP и p300». Природа предшествует. Дои:10.1038 / npre.2009.3488.2.
  20. ^ Пискачек, Мартин (2009). «9aaTADs имитируют ДНК для взаимодействия с псевдо-ДНК-связывающим доменом KIX Med15 (молекулярные хамелеоны)». Природа предшествует. Дои:10.1038 / npre.2009.3939.1.
  21. ^ Пискачек, Мартин; Пискачек, Мартин (2009). «Результат прогноза 9aaTAD (2006 г.)». Природа предшествует. Дои:10.1038 / npre.2009.3984.1.
  22. ^ Прогноз для 9aaTAD (как для кислых, так и для гидрофильных доменов трансактивации) доступен в Интернете на сайте ExPASy. http://us.expasy.org/tools/ и EMBnet Испания http://www.es.embnet.org/Services/EMBnetAT/htdoc/9aatad/[постоянная мертвая ссылка ][требуется полная цитата ]
  23. ^ Feng, Q .; Cao, R .; Xia, L .; Erdjument-Bromage, H .; Tempst, P .; Чжан, Ю. (2002). «Идентификация и функциональная характеристика компонентов p66 / p68 комплекса MeCP1». Молекулярная и клеточная биология. 22 (2): 536–46. Дои:10.1128 / MCB.22.2.536-546.2002. ЧВК  139742. PMID  11756549.

внешняя ссылка