HNRNPC - HNRNPC

HNRNPC
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1TXP, 1WF2, 2MXY, 2МЗ1, 3LN4
Идентификаторы
Псевдонимы	HNRNPC, C1, C2, HNRNP, HNRPC, SNRPC, гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин C (C1 / C2), гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин C
Внешние идентификаторы	OMIM: 164020 MGI: 107795 ГомолоГен: 74524 Генные карты: HNRNPC
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 14 (человек)[1] Группа 14q11.2 Начните 21,209,136 бп[1] Конец 21,269,494 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 14 (мышь)[2] Группа 14 C2 | 14 26,79 см Начните 52,073,377 бп[2] Конец 52,104,028 бп[2]
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0000980 Связывание ДНК, специфичное для последовательности цис-регуляторной области РНК-полимеразы II • Связывание с N6-метиладенозин-содержащей РНК • связывание поли (U) РНК • Связывание мРНК 3'-UTR • GO: 0001948 связывание с белками • идентичное связывание с белками • связывание нуклеосомной ДНК • связывание нуклеиновой кислоты • связывание теломеразной РНК • Связывание РНК Сотовый компонент • цитозоль • каталитическая стадия 2 сплайсосомы • мембрана • нуклеоплазма • теломеразный холоферментный комплекс • ядерный хроматин • внеклеточная экзосома • сплайсосомальный комплекс • ядро клетки • актиновый цитоскелет • внеклеточная область • макромолекулярный комплекс Биологический процесс • отрицательная регуляция поддержания теломер через теломеразу • обработка мРНК • АТФ-зависимое ремоделирование хроматина • дифференцировка остеобластов • 3'-UTR-опосредованная стабилизация мРНК • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • Сплайсинг РНК • Метаболический процесс РНК Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	3183	15381
Ансамбль	ENSG00000092199	ENSMUSG00000060373
UniProt	P07910	Q9Z204
RefSeq (мРНК)	NM_001077442 NM_001077443 NM_004500 NM_031314	NM_001170981 NM_001170982 NM_001170983 NM_001170984 NM_016884 NM_001360172 NM_001360173 NM_001360174 NM_001360175 NM_001360176 NM_001360177 NM_001360178 NM_001360179 NM_001360180 NM_001360181 NM_001360182 NM_001360183 NM_001360184
RefSeq (белок)	NP_001070910 NP_001070911 NP_004491 NP_112604	NP_001164452 NP_001164453 NP_001164454 NP_001164455 NP_058580 NP_001347101 NP_001347102 NP_001347103 NP_001347104 NP_001347105 NP_001347106 NP_001347107 NP_001347108 NP_001347109 NP_001347110 NP_001347111 NP_001347112 NP_001347113
Расположение (UCSC)	Chr 14: 21.21 - 21.27 Мб	Chr 14: 52.07 - 52,1 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Гетерогенные ядерные рибонуклеопротеиды C1 / C2 это белок что у людей кодируется HNRNPC ген.^[5][6]

Он аномально выражен у плодов обоих ЭКО и ИКСИ, что может способствовать увеличению риска врожденных дефектов у этих ИСКУССТВО.^[7]

Функция

Этот ген принадлежит к подсемейству повсеместно выраженных гетерогенные ядерные рибонуклеопротеиды (hnRNPs). HnRNPs являются белками, связывающими РНК, и они образуют комплекс с гетерогенной ядерной РНК (hnRNA). Эти белки связаны с пре-мРНК в ядре и, по-видимому, влияют на процессинг пре-мРНК (ссылка: Koenig J. Nature структурная и молекулярная биология 2010: iCLIP) и другие аспекты метаболизма и транспорта мРНК. В то время как все hnRNP присутствуют в ядре, некоторые, кажется, перемещаются между ядром и цитоплазмой. Белки hnRNP обладают отчетливыми свойствами связывания нуклеиновых кислот. Регуляция транскрипции гормональным 1,25-дигидроксивитамином D (3) (кальцитриол ) включает в себя загрузку элементов реакции витамина D. (VDRE) с помощью HNRNPC или 1,25 (OH) (2) D (3) -связанного рецептора витамина D (VDR).^[8][9][10] Эти отношения нарушаются повышенным уровнем HNRNPC, вызывая форму наследственного витаминно-резистентного рахита (HVDRR) у обоих людей.^[8] и нечеловеческие приматы.^[11] Белок, кодируемый этим геном, может действовать как тетрамер и участвовать в сборке 40S hnRNP частиц. Видоспецифическая тетрамеризация субъединиц HNRNPC важна для связывания с ней нуклеиновых кислот, в результате чего сверхэкспрессия основных субъединиц HNRNPC человека в остеобластических клетках мыши придает устойчивость к витамину D.^[12] Для этого гена описано множество вариантов транскриптов, кодирующих по крайней мере две разные изоформы.^[6]

Взаимодействия

HNRNPC был показан взаимодействовать с участием Grb2.^[13]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000092199 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000060373 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Накагава Т.Ю., Суонсон М.С., Уолд Б.Дж., Дрейфус Г. (май 1986 г.). «Молекулярное клонирование кДНК для ядерных рибонуклеопротеиновых частиц C белков: консервативное семейство генов». Proc Natl Acad Sci U S A. 83 (7): 2007–11. Bibcode:1986ПНАС ... 83.2007Н. Дои:10.1073 / пнас.83.7.2007. ЧВК  323219. PMID  3457372.
6. «Ген Entrez: гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин C (C1 / C2) HNRPC».
7. Чжан Ю., Чжан Ю.Л., Фэн Ц., Ву Ю.Т., Лю А.Х., Шэн Дж.З., Цай Дж., Хуанг Х.Ф. (сентябрь 2008 г.). «Сравнительный протеомный анализ плаценты человека, полученной с помощью вспомогательных репродуктивных технологий». Протеомика. 8 (20): 4344–56. Дои:10.1002 / pmic.200800294. PMID  18792929.
8. Лиссе Т.С., Лю Т., Ирмлер М., Бекерс Дж., Чен Х., Адамс Дж. С., Хьюисон М. (март 2011 г.). «Нацеливание на ген с помощью связывающего белка элемента ответа витамина D показывает роль витамина D в передаче сигналов mTOR остеобластов». FASEB J. 25 (3): 937–47. Дои:10.1096 / fj.10-172577. ЧВК  3042839. PMID  21123297.
9. Чен Х, Хьюисон М, Адамс Дж. С. (декабрь 2006 г.). «Функциональная характеристика гетерогенного ядерного рибонуклеарного белка C1 / C2 на устойчивость к витамину D: новый белок, связывающий элемент ответа». J Biol Chem. 281 (51): 39114–20. Дои:10.1074 / jbc.m608006200. PMID  17071612.
10. Лиссе Т.С., Хьюисон М., Адамс Дж.С. (март 2011 г.). «Белки, связывающие элементы гормонального ответа: новые регуляторы передачи сигналов витамина D и эстрогена». Стероиды. 76 (4): 331–9. Дои:10.1016 / j.steroids.2011.01.002. ЧВК  3042887. PMID  21236284.
11. Адамс Дж.С., Чен Х., Чун Р.Ф., Нгуен Л., Ву С., Рен С.Ю., Барсони Дж., Гакад М.А. (февраль 2003 г.). «Новые регуляторы действия и метаболизма витамина D: уроки, полученные в зоопарке Лос-Анджелеса». J Cell Biochem. 88 (2): 308–14. Дои:10.1002 / jcb.10333. PMID  12520531.
12. Лиссе Т.С., Вадивел К., Баджадж С.П., Чун Р.Ф., Хьюисон М., Адамс Дж.С. (июль 2014 г.). «Гетеродимерная структура гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина C1 / C2 диктует 1,25-дигидроксивитамин D-направленные транскрипционные события в остеобластах». Костные исследования. 2: 14011. Дои:10.1038 / boneres.2014.11. ЧВК  4261231. PMID  25506471.
13. Ромеро Ф., Рамос-Моралес Ф., Домингес А., Риос Р. М., Швайгоффер Ф., Токке Б., Пинтор-Торо Дж. А., Фишер С., Тортолеро М. (март 1998 г.). «Grb2 и его апоптотическая изоформа Grb3-3 связываются с гетерогенным ядерным рибонуклеопротеином C, и эти взаимодействия модулируются поли (U) РНК». J. Biol. Chem. 273 (13): 7776–81. Дои:10.1074 / jbc.273.13.7776. PMID  9516488.

дальнейшее чтение

• Герлах М., Виттекинд М., Бекман Р.А., Мюллер Л., Дрейфус Г. (1992). «Взаимодействие РНК-связывающего домена белков hnRNP C с РНК». EMBO J. 11 (9): 3289–95. ЧВК  556863. PMID  1380452.
• Виттекинд М., Герлах М., Фридрихс М., Дрейфус Г., Мюллер Л. (1992). «Отнесения ЯМР 1H, 13C и 15N и глобальный паттерн фолдинга РНК-связывающего домена белков C hnRNP человека». Биохимия. 31 (27): 6254–65. Дои:10.1021 / bi00142a013. PMID  1385725.
• Бурд К. Г., Суонсон М. С., Гёрлах М., Дрейфус Г. (1990). «Первичные структуры гетерогенных ядерных рибонуклеопротеиновых белков A2, B1 и C2: разнообразие белков, связывающих РНК, создается небольшими пептидными вставками». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 86 (24): 9788–92. Bibcode:1989PNAS ... 86.9788B. Дои:10.1073 / пнас.86.24.9788. ЧВК  298587. PMID  2557628.
• Merrill BM, Barnett SF, LeStourgeon WM, Williams KR (1989). «Первичные структурные различия между белками C1 и C2 ядерных рибонуклеопротеиновых частиц HeLa 40S». Нуклеиновые кислоты Res. 17 (21): 8441–9. Дои:10.1093 / nar / 17.21.8441. ЧВК  335017. PMID  2587210.
• Суонсон М.С., Накагава Т.Ю., Леван К., Дрейфус Г. (1987). «Первичная структура белков ядерных рибонуклеопротеиновых частиц C человека: сохранение структуры последовательностей и доменов в гетерогенных ядерных РНК, мРНК и пре-рРНК-связывающих белках». Мол. Cell. Биол. 7 (5): 1731–9. ЧВК  365274. PMID  3110598.
• Sébillon P, Beldjord C, Kaplan JC, Brody E, Marie J (1995). «Мутация A T в G в полипиримидиновом тракте второго интрона гена бета-глобина человека снижает эффективность сплайсинга in vitro: свидетельство повышенного взаимодействия hnRNP C». Нуклеиновые кислоты Res. 23 (17): 3419–25. Дои:10.1093 / nar / 23.17.3419. ЧВК  307219. PMID  7567451.
• Като С., Секин С., О SW, Ким Н. С., Умедзава И., Абэ Н., Ёкояма-Кобаяси М., Аоки Т. (1995). «Строительство банка полноразмерных кДНК человека». Ген. 150 (2): 243–50. Дои:10.1016/0378-1119(94)90433-2. PMID  7821789.
• Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• Хуанг М., Реч Дж. Э., Нортингтон С. Дж., Фликер П. Ф., Майеда А., Крайнер А. Р., ЛеСтуржон В. М. (1994). «Тетрамер C-белка связывает от 230 до 240 нуклеотидов пре-мРНК и образует ядро ​​сборки 40S гетерогенных ядерных рибонуклеопротеиновых частиц». Мол. Cell. Биол. 14 (1): 518–33. ЧВК  358402. PMID  8264621.
• Гамильтон Б.Дж., Надь Э., Мальтер Дж.С., Аррик Б.А., Ригби В.Ф. (1993). «Ассоциация гетерогенных ядерных рибонуклеопротеинов A1 и C белков с повторяющимися последовательностями AUUUA». J. Biol. Chem. 268 (12): 8881–7. PMID  8473331.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К., Суяма А., Сугано С. (1997). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
• Ромеро Ф., Рамос-Моралес Ф., Домингес А., Риос Р. М., Швайгоффер Ф., Токке Б., Пинтор-Торо Дж. А., Фишер С., Тортолеро М. (1998). «Grb2 и его апоптотическая изоформа Grb3-3 связываются с гетерогенным ядерным рибонуклеопротеином C, и эти взаимодействия модулируются поли (U) РНК». J. Biol. Chem. 273 (13): 7776–81. Дои:10.1074 / jbc.273.13.7776. PMID  9516488.
• Нойбауэр Г., Кинг А., Раппсилбер Дж., Кальвио С., Уотсон М., Аджу П., Слиман Дж., Ламонд А., Манн М. (1998). «Масс-спектрометрия и поиск в базе данных EST позволяют охарактеризовать мультибелковый сплайсосомный комплекс». Nat. Genet. 20 (1): 46–50. Дои:10.1038/1700. PMID  9731529.
• Селла О, Герлитц Дж, Ле SY, Элрой-Стейн О (1999). «Индуцированная дифференцировкой внутренняя трансляция c-sis мРНК: анализ цис-элементов и их связывание, связанное с дифференцировкой, с белком hnRNP C». Мол. Cell. Биол. 19 (8): 5429–40. Дои:10.1128 / mcb.19.8.5429. ЧВК  84385. PMID  10409733.
• Ван В., Фурно Х., Ченг Х., Колдуэлл М.С., Хаттер Д., Лю Ю., Холбрук Н., Горосп М. (2000). «HuR регулирует стабилизацию мРНК p21 УФ-светом». Мол. Cell. Биол. 20 (3): 760–9. Дои:10.1128 / MCB.20.3.760-769.2000. ЧВК  85192. PMID  10629032.
• Спонгберг К., Виклунд Л., Шварц С. (2000). «HuR, белок, участвующий в распаде мРНК онкогена и фактора роста, связывается с 3'-концами РНК вируса гепатита С обеих полярностей». Вирусология. 274 (2): 378–90. Дои:10.1006 / viro.2000.0461. PMID  10964780.
• Шахид Л., Брасуэлл EH, LeStourgeon WM, Krezel AM (2001). «Антипараллельный четырехспиральный пучок ориентирует сайты связывания высокоаффинной РНК в hnRNP C: механизм активности РНК шаперонина». J. Mol. Биол. 305 (4): 817–28. Дои:10.1006 / jmbi.2000.4331. PMID  11162094.
• Андерсен Дж. С., Лион CE, Фокс А. Х., Люнг А. К., Лам Ю. В., Стин Х, Манн М., Ламонд А. И. (2002). «Направленный протеомный анализ ядрышка человека». Curr. Биол. 12 (1): 1–11. Дои:10.1016 / S0960-9822 (01) 00650-9. PMID  11790298.
• Стоун Дж. Р., Коллинз Т. (2002). «Быстрое фосфорилирование гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина C1 / C2 в ответ на физиологические уровни перекиси водорода в эндотелиальных клетках человека». J. Biol. Chem. 277 (18): 15621–8. Дои:10.1074 / jbc.M112153200. PMID  11877401.