SNRPB - SNRPB

SNRPB
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1D3B, 3CW1, 3PGW, 4PJO, 4WZJ, 3JCR
Идентификаторы
Псевдонимы	SNRPB, COD, SNRPB1, Sm-B / B ', SmB / B', SmB / SmB ', snRNP-B, CCMS, полипептиды B и B1 малых ядерных рибонуклеопротеидов
Внешние идентификаторы	OMIM: 182282 MGI: 98342 ГомолоГен: 134543 Генные карты: SNRPB
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 20 (человек)[1] Группа 20p13 Начинать 2,461,634 бп[1] Конец 2,470,853 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 2 (мышь)[2] Группа 2 F1 | 2 63,19 см Начинать 130,171,414 бп[2] Конец 130,179,403 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание пре-мРНК гистонов с ДКП • Связывание U2 мяРНК • GO: 0001948 связывание с белками • связывание теломеразной РНК • Связывание РНК • Связывание U1 snRNP • Связывание U2 snRNP Сотовый компонент • цитоплазма • Белковый комплекс SMN-Sm • цитозоль • каталитическая стадия 2 сплайсосомы • Три-snRNP комплекс U4 / U6 x U5 • 3'-концевой процессинговый комплекс гистоновых пре-мРНК • U5 snRNP • Сплайсосомальный комплекс типа U12 • U2 snRNP • U1 snRNP • метилосома • U7 snRNP • малый ядерный рибонуклеопротеидный комплекс • теломеразный холоферментный комплекс • сплайсосомальный комплекс • U4 snRNP • внеклеточная экзосома • Пресплицеосома U2-типа • ядро клетки • нуклеоплазма • Предкаталитическая сплайсосома типа U2 • Каталитическая сплайсосома 2-го типа U2 Биологический процесс • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • прекращение транскрипции РНК-полимеразы II • обработка мРНК • сплайсосомная сборка snRNP • Сплайсинг РНК • метаболический процесс мРНК гистонов • метилирование белков • ядерный импорт • развитие мозга Источники:Амиго / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	6628	20638
Ансамбль	ENSG00000125835	ENSMUSG00000027404
UniProt	P14678	P27048
RefSeq (мРНК)	NM_198216 NM_003091	NM_009225
RefSeq (белок)	NP_003082 NP_937859	NP_033251
Расположение (UCSC)	Chr 20: 2,46 - 2,47 Мб	Chr 2: 130.17 - 130.18 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Малые ядерные рибонуклеопротеин-ассоциированные белки B и B ' это белок что у людей кодируется SNRPB ген.^[5][6]

Функция

Белок, кодируемый этим геном, является одним из нескольких ядерных белков, которые являются общими для малых рибонуклеопротеиновых частиц (snRNP) U1, U2, U4 / U6 и U5. Эти snRNP участвуют в сплайсинге пре-мРНК, и кодируемый белок также может играть роль в сплайсинге пре-мРНК или структуре snRNP. Аутоантитела пациентов с системной красной волчанкой часто распознают эпитопы на кодируемом белке. Для этого гена были обнаружены два варианта транскрипта, кодирующие разные изоформы (B и B ').^[6]

Взаимодействия

SNRPB был показан взаимодействовать с DDX20^[7] и Coilin.^[8]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000125835 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000027404 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Гриффит AJ, Schmauss C, Craft J (июль 1992 г.). «Мышиный ген, кодирующий высококонсервативный белок Sm B, содержит нефункциональный альтернативный 3'-сайт сплайсинга». Ген. 114 (2): 195–201. Дои:10.1016/0378-1119(92)90574-9. PMID  1376292.
6. «Ген Entrez: полипептиды B и B1 малых ядерных рибонуклеопротеидов SNRPB».
7. Шарру Б., Пеллиццони Л., Перкинсон Р.А., Шевченко А., Манн М., Дрейфус Г. (декабрь 1999 г.). «Gemin3: новый белок DEAD box, который взаимодействует с SMN, продуктом гена мышечной атрофии позвоночника, и является компонентом драгоценных камней». J. Cell Biol. 147 (6): 1181–94. Дои:10.1083 / jcb.147.6.1181. ЧВК  2168095. PMID  10601333.
8. Hebert MD, Szymczyk PW, Shpargel KB, Matera AG (октябрь 2001 г.). «Коилин образует мост между тельцами Кахаля и SMN, белком спинальной мышечной атрофии». Genes Dev. 15 (20): 2720–9. Дои:10.1101 / gad.908401. ЧВК  312817. PMID  11641277.

дальнейшее чтение

• Будет CL, Lührmann R (2001). «Сплайсосомный биогенез, структура и функция UsnRNP». Curr. Мнение. Cell Biol. 13 (3): 290–301. Дои:10.1016 / S0955-0674 (00) 00211-8. HDL:11858 / 00-001M-0000-0012-F770-0. PMID  11343899.
• Шмаусс К., Лернер М.Р. (1990). «Близкородственные полипептиды N и B / B 'малых ядерных рибонуклеопротеидов различимы по антителам, а также по различиям в их мРНК и структурах генов». J. Biol. Chem. 265 (18): 10733–9. PMID  1693924.
• Элкон КБ, Хайнс Дж. Дж., Чу Дж. Л., Парнасса А (1990). «Картирование эпитопов рекомбинантных пептидов HeLa SmB и B ', полученных с помощью полимеразной цепной реакции». J. Immunol. 145 (2): 636–43. PMID  1694885.
• Чу JL, Элкон КБ (1991). «Малые ядерные рибонуклеопротеины SmB и B 'являются продуктами одного гена». Ген. 97 (2): 311–2. Дои:10.1016 / 0378-1119 (91) 90069-Н. PMID  1825643.
• Шарп Н.Г., Уильямс Д.Г., Лачман Д.С. (1990). «Регулируемая экспрессия белка малых ядерных рибонуклеопротеиновых частиц SmN при дифференцировке эмбриональных стволовых клеток». Мол. Клетка. Биол. 10 (12): 6817–20. Дои:10.1128 / mcb.10.12.6817. ЧВК  362965. PMID  2174118.
• Шмаусс К., Макаллистер Дж., Охосон И., Хардин Дж. А., Лернер М. Р. (1989). "Сравнение snRNP-ассоциированных Sm-аутоантигенов: человеческий N, крысиный N и человеческий B / B'". Нуклеиновые кислоты Res. 17 (4): 1733–43. Дои:10.1093 / nar / 17.4.1733. ЧВК  331831. PMID  2522186.
• Фини Р. Дж., Сотерер Р. А., Фини Дж. Л., Зиве Г. В. (1989). «Сборка цитоплазмы и накопление ядер зрелых малых ядерных рибонуклеопротеиновых частиц». J. Biol. Chem. 264 (10): 5776–83. PMID  2522439.
• Охосон Ю., Мимори Т., Гриффит А., Акизуки М., Хомма М., Крафт Дж., Хардин Дж. А. (1989). «Молекулярное клонирование кДНК, кодирующей аутоантиген Sm: получение кДНК для полипептида B серии U малых ядерных рибонуклеопротеиновых частиц». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 86 (11): 4249–53. Bibcode:1989PNAS ... 86.4249O. Дои:10.1073 / пнас.86.11.4249. ЧВК  287428. PMID  2524838.
• ван Дам А., Винкель И., Зийлстра-Баальберген Дж., Сминк Р., Кайперс Х.Т. (1989). «Клонированные человеческие белки snRNP B и B 'отличаются только своей карбокси-концевой частью». EMBO J. 8 (12): 3853–60. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1989.tb08563.x. ЧВК  402073. PMID  2531083.
• Хантрисс Дж. Д., Лачман Д. С., Уильямс Д. Г. (1993). «Аутоантитела к волчанке различают высокогомологичные полипептиды Sm B / B 'и SmN путем связывания эпитопа, ограниченного B / B'". Clin. Exp. Иммунол. 92 (2): 263–7. Дои:10.1111 / j.1365-2249.1993.tb03390.x. ЧВК  1554819. PMID  7683587.
• Геррелли Д., Гримальди К., Хорн Д., Махадева Ю., Шарп Н., Латчман Д. С. (1993). «Сердечная форма тканеспецифического белка SmN идентична мозговым и эмбриональным формам белка». J. Mol. Клетка. Кардиол. 25 (3): 321–9. Дои:10.1006 / jmcc.1993.1038. PMID  8510173.
• Саймонс А., Меламед-Бессудо С., Волкович Р., Сперлинг Дж., Сперлинг Р., Айзенбах Л., Роттер В. (1997). «PACT: клонирование и характеристика клеточного белка, связывающего p53, который взаимодействует с Rb». Онкоген. 14 (2): 145–55. Дои:10.1038 / sj.onc.1200825. PMID  9010216.
• Лю Кью, Фишер У., Ван Ф., Дрейфус Дж. (1997). «Продукт гена мышечной атрофии позвоночника, SMN, и связанный с ним белок SIP1 находятся в комплексе со сплайсосомными белками snRNP». Клетка. 90 (6): 1013–21. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80367-0. PMID  9323129. S2CID  10855404.
• Ярость М.Г., Чжан В., Христодулопулос И., Зиеве Г.В. (1997). «Множественный белок: белковые взаимодействия между общими коровыми белками snRNP». Exp. Cell Res. 237 (1): 63–9. Дои:10.1006 / excr.1997.3750. PMID  9417867.
• Бедфорд М. Т., Рид Р., Ледер П. (1998). «Взаимодействия, опосредованные доменом WW, выявляют белок, связанный со сплайсосомами, который связывает третий класс мотивов, богатых пролином: пролинглицин и мотив, богатый метионином». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 95 (18): 10602–7. Bibcode:1998PNAS ... 9510602B. Дои:10.1073 / пнас.95.18.10602. ЧВК  27941. PMID  9724750.
• Kambach C, Walke S, Young R, Avis JM, de la Fortelle E, Raker VA, Lührmann R, Li J, Nagai K (1999). «Кристаллические структуры двух белковых комплексов Sm и их значение для сборки spliceosomal snRNPs». Клетка. 96 (3): 375–87. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80550-4. PMID  10025403. S2CID  17379935.
• Gray TA, Smithwick MJ, Schaldach MA, Martone DL, Graves JA, McCarrey JR, Nicholls RD (1999). «Согласованная регуляция и молекулярная эволюция дублированных локусов SNRPB '/ B и SNRPN». Нуклеиновые кислоты Res. 27 (23): 4577–84. Дои:10.1093 / nar / 27.23.4577. ЧВК  148745. PMID  10556313.
• Шарру Б., Пеллиццони Л., Перкинсон Р.А., Шевченко А., Манн М., Дрейфусс Г. (1999). «Gemin3: новый белок DEAD box, который взаимодействует с SMN, продуктом гена мышечной атрофии позвоночника, и является компонентом драгоценных камней». J. Cell Biol. 147 (6): 1181–94. Дои:10.1083 / jcb.147.6.1181. ЧВК  2168095. PMID  10601333.
• Шарру Б., Пеллиццони Л., Перкинсон Р.А., Йонг Дж., Шевченко А., Манн М., Дрейфус Г. (2000). «Gemin4. Новый компонент комплекса SMN, который содержится как в драгоценных камнях, так и в ядрышках». J. Cell Biol. 148 (6): 1177–86. Дои:10.1083 / jcb.148.6.1177. ЧВК  2174312. PMID  10725331.