Малый ядерный рибонуклеопротеин D1 - Small nuclear ribonucleoprotein D1

SNRPD1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1B34, 3CW1, 3PGW, 3С6Н, 4F7U, 4PJO, 4V98, 4WZJ, 3JCR
Идентификаторы
Псевдонимы	SNRPD1, HsT2456, SMD1, SNRPD, Sm-D1, малый ядерный рибонуклеопротеин D1, малый ядерный полипептид рибонуклеопротеина D1
Внешние идентификаторы	OMIM: 601063 MGI: 98344 ГомолоГен: 107532 Генные карты: SNRPD1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 18 (человек)[1] Группа 18q11.2 Начинать 21,612,314 бп[1] Конец 21,633,524 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 18 (мышь)[2] Группа 18 | 18 A1 Начинать 10,617,775 бп[2] Конец 10,642,079 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • Связывание U1 snRNP • Связывание РНК Сотовый компонент • цитоплазма • Белковый комплекс SMN-Sm • цитозоль • пресплицеосома • каталитическая стадия 2 сплайсосомы • сплайсосомный три-мяРНП • U5 snRNP • Сплайсосомальный комплекс типа U12 • U2 snRNP • нуклеоплазма • метилосома • прекаталитическая сплайсосома • малый ядерный рибонуклеопротеидный комплекс • Белковый комплекс pICln-Sm • сплайсосомальный комплекс • комплекс обязательств • U4 snRNP • ядро клетки • U1 snRNP • Три-snRNP комплекс U4 / U6 x U5 • Предкаталитическая сплайсосома типа U2 • Каталитическая сплайсосома 2-го типа U2 Биологический процесс • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • Обработка РНК • обработка мРНК • сборка сплайсосомального комплекса • Сплайсинг РНК • ядерный импорт • сплайсосомная сборка snRNP Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	6632	20641
Ансамбль	ENSG00000167088	ENSMUSG00000002477
UniProt	P62314	P62315
RefSeq (мРНК)	NM_006938 NM_001291916	NM_009226
RefSeq (белок)	NP_001278845 NP_008869	NP_033252
Расположение (UCSC)	Chr 18: 21.61 - 21.63 Мб	Chr 18: 10,62 - 10,64 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Малый ядерный рибонуклеопротеин Sm D1 это белок что у людей кодируется SNRPD1 ген.^[5][6]

Функция

Этот ген кодирует небольшой ядерный рибонуклеопротеин, который принадлежит к семейству ядерных белков SNRNP. Белок может действовать как заряженный белковый каркас, способствуя сборке SNRNP или усиливая взаимодействия SNRNP-SNRNP посредством неспецифических электростатических контактов с РНК.^[7]

Взаимодействия

Было показано, что малый ядерный рибонуклеопротеин D1 взаимодействовать с:

• CDC5L,^[8]
• CLNS1A,^[9]
• DDX20,^[10]
• SMN1,^[11][12][13] и
• Малый ядерный рибонуклеопротеин D2^[14][15]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000167088 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000002477 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Лемайер Т., Рейкер В., Германн Х., Люрманн Р. (декабрь 1994 г.). «Клонирование кДНК белков D2 и D3 Sm из малых ядерных рибонуклеопротеинов человека: доказательства прямого взаимодействия D1-D2». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 91 (25): 12317–21. Дои:10.1073 / пнас.91.25.12317. ЧВК  45428. PMID  7527560.
6. Lehmeier T, Foulaki K, Lührmann R (ноябрь 1990 г.). «Доказательства трех различных белков D, которые по-разному реагируют с аутоантителами против Sm, в ядрах основных snRNPs U1, U2, U4 / U6 и U5». Исследования нуклеиновых кислот. 18 (22): 6475–84. Дои:10.1093 / nar / 18.22.6475. ЧВК  332598. PMID  1701240.
7. «Ген Entrez: малый ядерный рибонуклеопротеин D1 SNRPD1, полипептид 16 кДа».
8. Ajuh P, Kuster B, Panov K, Zomerdijk JC, Mann M, Lamond AI (декабрь 2000 г.). «Функциональный анализ человеческого комплекса CDC5L и идентификация его компонентов с помощью масс-спектрометрии». Журнал EMBO. 19 (23): 6569–81. Дои:10.1093 / emboj / 19.23.6569. ЧВК  305846. PMID  11101529.
9. Friesen WJ, Paushkin S, Wyce A, Massenet S, Pesiridis GS, Van Duyne G, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (декабрь 2001 г.). «Метилосома, комплекс 20S, содержащий JBP1 и pICln, производит диметиларгинин-модифицированные белки Sm». Молекулярная и клеточная биология. 21 (24): 8289–300. Дои:10.1128 / MCB.21.24.8289-8300.2001. ЧВК  99994. PMID  11713266.
10. Шарру Б., Пеллиццони Л., Перкинсон Р.А., Шевченко А., Манн М., Дрейфус Г. (декабрь 1999 г.). «Gemin3: новый белок DEAD box, который взаимодействует с SMN, продуктом гена мышечной атрофии позвоночника, и является компонентом драгоценных камней». Журнал клеточной биологии. 147 (6): 1181–94. Дои:10.1083 / jcb.147.6.1181. ЧВК  2168095. PMID  10601333.
11. Meister G, Bühler D, Laggerbauer B, Zobawa M, Lottspeich F, Fischer U (август 2000 г.). «Характеристика ядерного 20S комплекса, содержащего белок выживания моторных нейронов (SMN) и специфическую подгруппу сплайсосомных белков Sm». Молекулярная генетика человека. 9 (13): 1977–86. Дои:10.1093 / hmg / 9.13.1977. PMID  10942426.
12. Лю Кью, Фишер Ю., Ван Ф., Дрейфус Дж. (Сентябрь 1997 г.). «Продукт гена мышечной атрофии позвоночника, SMN, и связанный с ним белок SIP1 находятся в комплексе со сплайсосомными белками snRNP». Клетка. 90 (6): 1013–21. Дои:10.1016 / s0092-8674 (00) 80367-0. PMID  9323129. S2CID  10855404.
13. Friesen WJ, Dreyfuss G (август 2000 г.). «Конкретные последовательности Sm и Sm-подобных (Lsm) белков опосредуют их взаимодействие с продуктом гена мышечной атрофии позвоночника (SMN)». Журнал биологической химии. 275 (34): 26370–5. Дои:10.1074 / jbc.M003299200. PMID  10851237.
14. Fury MG, Чжан В., Христодулопулос И., Зиеве Г.В. (ноябрь 1997 г.). «Множественный белок: белковые взаимодействия между общими коровыми белками snRNP». Экспериментальные исследования клеток. 237 (1): 63–9. Дои:10.1006 / excr.1997.3750. PMID  9417867.
15. Kambach C, Walke S, Young R, Avis JM, de la Fortelle E, Raker VA, Lührmann R, Li J, Nagai K (февраль 1999 г.). «Кристаллические структуры двух белковых комплексов Sm и их значение для сборки spliceosomal snRNPs». Клетка. 96 (3): 375–87. Дои:10.1016 / s0092-8674 (00) 80550-4. PMID  10025403. S2CID  17379935.

дальнейшее чтение

• Ренц М., Хайм С., Бройнлинг О., Чихос А., Виланд С., Силиг ХП (сентябрь 1989 г.). «Экспрессия основных аутоантигенов человеческого рибонуклеопротеина (RNP) в Escherichia coli и их использование в EIA для скрининга сывороток пациентов с аутоиммунными заболеваниями». Клиническая химия. 35 (9): 1861–3. Дои:10.1093 / Clinchem / 35.9.1861. PMID  2528429.
• Рокич Л.А., Хазелби Дж. А., Хох С. О. (июль 1988 г.). «Молекулярное клонирование кДНК, кодирующей аутоантиген Sm-D человека». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 85 (13): 4832–6. Дои:10.1073 / pnas.85.13.4832. ЧВК  280530. PMID  3260384.
• Sun D, ​​Ou YC, Hoch SO (апрель 1997 г.). «Анализ генов человеческого белка snRNP Sm-D1 и идентификация промоторной последовательности, которая демонстрирует сегментарную гомологию с промоторами генов snRNA Sm-E и U1». Ген. 189 (2): 245–54. Дои:10.1016 / S0378-1119 (96) 00858-X. PMID  9168134.
• Лю Кью, Фишер Ю., Ван Ф., Дрейфус Дж. (Сентябрь 1997 г.). «Продукт гена мышечной атрофии позвоночника, SMN, и связанный с ним белок SIP1 находятся в комплексе со сплайсосомными белками snRNP». Клетка. 90 (6): 1013–21. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80367-0. PMID  9323129. S2CID  10855404.
• Fury MG, Чжан В., Христодулопулос И., Зиеве Г.В. (ноябрь 1997 г.). «Множественный белок: белковые взаимодействия между общими коровыми белками snRNP». Экспериментальные исследования клеток. 237 (1): 63–9. Дои:10.1006 / excr.1997.3750. PMID  9417867.
• Kambach C, Walke S, Young R, Avis JM, de la Fortelle E, Raker VA, Lührmann R, Li J, Nagai K (февраль 1999 г.). «Кристаллические структуры двух белковых комплексов Sm и их значение для сборки spliceosomal snRNPs». Клетка. 96 (3): 375–87. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80550-4. PMID  10025403. S2CID  17379935.
• Шарру Б., Пеллиццони Л., Перкинсон Р.А., Шевченко А., Манн М., Дрейфус Г. (декабрь 1999 г.). «Gemin3: новый белок DEAD box, который взаимодействует с SMN, продуктом гена мышечной атрофии позвоночника, и является компонентом драгоценных камней». Журнал клеточной биологии. 147 (6): 1181–94. Дои:10.1083 / jcb.147.6.1181. ЧВК  2168095. PMID  10601333.
• Шарру Б., Пеллиццони Л., Перкинсон Р.А., Йонг Дж., Шевченко А., Манн М., Дрейфус Г. (март 2000 г.). «Gemin4. Новый компонент комплекса SMN, который содержится как в драгоценных камнях, так и в ядрышках». Журнал клеточной биологии. 148 (6): 1177–86. Дои:10.1083 / jcb.148.6.1177. ЧВК  2174312. PMID  10725331.
• Маммото А., Сасаки Т., Ким Й., Такай Й. (май 2000 г.). «Физическое и функциональное взаимодействие рабфилина-11 с белком Sec13 млекопитающих. Участие в переносе везикул». Журнал биологической химии. 275 (18): 13167–70. Дои:10.1074 / jbc.C000096200. PMID  10747849.
• Брамс Х., Раймакерс Дж., Юнион А., де Кейзер Ф., Мехеус Л., Люрманн Р. (июнь 2000 г.). «С-концевые дипептидные повторы RG сплайсосомных белков Sm D1 и D3 содержат симметричные диметиларгинины, которые образуют главный B-клеточный эпитоп для аутоантител против Sm». Журнал биологической химии. 275 (22): 17122–9. Дои:10.1074 / jbc.M000300200. PMID  10747894.
• Meister G, Bühler D, Laggerbauer B, Zobawa M, Lottspeich F, Fischer U (август 2000 г.). «Характеристика ядерного 20S комплекса, содержащего белок выживания моторных нейронов (SMN) и специфическую подгруппу сплайсосомных белков Sm». Молекулярная генетика человека. 9 (13): 1977–86. Дои:10.1093 / hmg / 9.13.1977. PMID  10942426.
• Ajuh P, Kuster B, Panov K, Zomerdijk JC, Mann M, Lamond AI (декабрь 2000 г.). «Функциональный анализ человеческого комплекса CDC5L и идентификация его компонентов с помощью масс-спектрометрии». Журнал EMBO. 19 (23): 6569–81. Дои:10.1093 / emboj / 19.23.6569. ЧВК  305846. PMID  11101529.
• Селенко П., Спранджерс Р., Стир Дж., Бюлер Д., Фишер Ю., Саттлер М. (январь 2001 г.). «Структура tudor домена SMN и ее взаимодействие с белками Sm». Структурная биология природы. 8 (1): 27–31. Дои:10.1038/83014. PMID  11135666. S2CID  27071310.
• Урлауб Х., Рейкер В.А., Костка С., Люрманн Р. (январь 2001 г.). «Взаимодействие РНК белка Sm и сайта Sm внутри внутреннего кольца сплайсосомной основной структуры snRNP». Журнал EMBO. 20 (1–2): 187–96. Дои:10.1093 / emboj / 20.1.187. ЧВК  140196. PMID  11226169.
• Friesen WJ, Massenet S, Paushkin S, Wyce A, Dreyfuss G (май 2001 г.). «SMN, продукт гена спинальной мышечной атрофии, связывается преимущественно с диметиларгинин-содержащими белками-мишенями». Молекулярная клетка. 7 (5): 1111–7. Дои:10.1016 / S1097-2765 (01) 00244-1. PMID  11389857.
• Пак Дж. В., Фосс П. Г., Грабски С., Ван Дж. Л., Паттерсон Р. Дж. (Сентябрь 2001 г.). «Ассоциация галектина-1 и галектина-3 с Gemin4 в комплексах, содержащих белок SMN». Исследования нуклеиновых кислот. 29 (17): 3595–602. Дои:10.1093 / nar / 29.17.3595. ЧВК  55878. PMID  11522829.
• Friesen WJ, Paushkin S, Wyce A, Massenet S, Pesiridis GS, Van Duyne G, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (декабрь 2001 г.). «Метилосома, комплекс 20S, содержащий JBP1 и pICln, производит диметиларгинин-модифицированные белки Sm». Молекулярная и клеточная биология. 21 (24): 8289–300. Дои:10.1128 / MCB.21.24.8289-8300.2001. ЧВК  99994. PMID  11713266.
• Губиц А.К., Мурелатос З., Абель Л., Раппсилбер Дж., Манн М., Дрейфус Дж. (Февраль 2002 г.). «Gemin5, новый компонент белка с повторами WD в комплексе SMN, который связывает белки Sm». Журнал биологической химии. 277 (7): 5631–6. Дои:10.1074 / jbc.M109448200. PMID  11714716.