Малый ядерный рибонуклеопротеиновый полипептид F - Small nuclear ribonucleoprotein polypeptide F

SNRPF
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 3CW1, 3PGW, 3С6Н, 4F7U, 4PJO, 4V98, 4WZJ, 3JCR
Идентификаторы
Псевдонимы	SNRPF, SMF, Sm-F, snRNP-F, Малый ядерный рибонуклеопротеиновый полипептид F
Внешние идентификаторы	OMIM: 603541 MGI: 1917128 ГомолоГен: 130366 Генные карты: SNRPF
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 12 (человек)[1] Группа 12q23.1 Начните 95,858,928 бп[1] Конец 95,903,828 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 10 (мышь)[2] Группа 10 | 10 C2 Начните 93,583,029 бп[2] Конец 93,589,706 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • Связывание РНК Сотовый компонент • U4 snRNP • Белковый комплекс SMN-Sm • Белковый комплекс pICln-Sm • ядро клетки • U7 snRNP • каталитическая стадия 2 сплайсосомы • U1 snRNP • цитоплазма • малый ядрышковый рибонуклеопротеидный комплекс • нуклеоплазма • малый ядерный рибонуклеопротеидный комплекс • Сплайсосомальный комплекс типа U12 • метилосома • цитозоль • сплайсосомальный комплекс • Каталитическая сплайсосома 2-го типа U2 • Три-snRNP комплекс U4 / U6 x U5 • Предкаталитическая сплайсосома типа U2 Биологический процесс • прекращение транскрипции РНК-полимеразы II • метаболический процесс мРНК гистонов • обработка мРНК • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • Сплайсинг РНК • ядерный импорт • сплайсосомальная сборка snRNP Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	6636	69878
Ансамбль	ENSG00000139343	ENSMUSG00000020018
UniProt	P62306	P62307
RefSeq (мРНК)	NM_003095	NM_027246
RefSeq (белок)	NP_003086	NP_081522
Расположение (UCSC)	Chr 12: 95,86 - 95,9 Мб	Chr 10: 93,58 - 93,59 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Малый ядерный рибонуклеопротеин F это белок что у людей кодируется SNRPF ген.^[5][6]

Взаимодействия

Было показано, что полипептид F малого ядерного рибонуклеопротеина взаимодействовать с участием DDX20,^[7] Малый ядерный рибонуклеопротеин D2^[8] и Малый ядерный рибонуклеопротеиновый полипептид E.^[8]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000139343 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000020018 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Германн Х., Фабрицио П., Рейкер В.А., Фулаки К., Хорниг Х., Брамс Х., Люрманн Р. (май 1995 г.). «Белки snRNP Sm разделяют два эволюционно консервативных мотива последовательности, которые участвуют во взаимодействиях белок-белок Sm». Журнал EMBO. 14 (9): 2076–88. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1995.tb07199.x. ЧВК  398308. PMID  7744013.
6. «Ген Entrez: полипептид F малого ядерного рибонуклеопротеина SNRPF».
7. Шарру Б., Пеллиццони Л., Перкинсон Р.А., Шевченко А., Манн М., Дрейфус Г. (декабрь 1999 г.). «Gemin3: новый белок DEAD box, который взаимодействует с SMN, продуктом гена мышечной атрофии позвоночника, и является компонентом драгоценных камней». Журнал клеточной биологии. 147 (6): 1181–94. Дои:10.1083 / jcb.147.6.1181. ЧВК  2168095. PMID  10601333.
8. Ярость М.Г., Чжан В., Христодулопулос И., Зиеве Г.В. (ноябрь 1997 г.). «Множественный белок: белковые взаимодействия между общими коровыми белками snRNP». Экспериментальные исследования клеток. 237 (1): 63–9. Дои:10.1006 / excr.1997.3750. PMID  9417867.

дальнейшее чтение

• Саутерер Р.А., Гоял А., Зиеве Г.В. (январь 1990 г.). «Цитоплазматическая сборка малых ядерных рибонуклеопротеиновых частиц из промежуточных продуктов, не содержащих 6 S и 20 S РНК, в фибробластах мышей L929». Журнал биологической химии. 265 (2): 1048–58. PMID  1688550.
• Фини Р. Дж., Сотерер Р. А., Фини Дж. Л., Зиве Г. В. (апрель 1989 г.). «Сборка цитоплазмы и накопление ядер зрелых малых ядерных рибонуклеопротеиновых частиц». Журнал биологической химии. 264 (10): 5776–83. PMID  2522439.
• Воппманн А., Ринке Дж., Люрманн Р. (декабрь 1988 г.). «Прямое перекрестное связывание белков snRNP F и 70K с мяРНК ультрафиолетовым излучением in situ». Исследования нуклеиновых кислот. 16 (23): 10985–1004. Дои:10.1093 / nar / 16.23.10985. ЧВК  338992. PMID  2974540.
• Боналдо М.Ф., Леннон Г., Соарес МБ (сентябрь 1996 г.). «Нормализация и вычитание: два подхода для облегчения открытия генов». Геномные исследования. 6 (9): 791–806. Дои:10.1101 / гр.6.9.791. PMID  8889548.
• Plessel G, Lührmann R, Kastner B (январь 1997 г.). «Электронная микроскопия промежуточных продуктов сборки ядра мяРНП: морфологические сходства между гетеромером белка без РНК (E.F.G) и интактным ядром мяРНП». Журнал молекулярной биологии. 265 (2): 87–94. Дои:10.1006 / jmbi.1996.0713. PMID  9020971.
• Ярость М.Г., Чжан В., Христодулопулос И., Зиеве Г.В. (ноябрь 1997 г.). «Множественный белок: белковые взаимодействия между общими коровыми белками snRNP». Экспериментальные исследования клеток. 237 (1): 63–9. Дои:10.1006 / excr.1997.3750. PMID  9417867.
• Kambach C, Walke S, Young R, Avis JM, de la Fortelle E, Raker VA, Lührmann R, Li J, Nagai K (февраль 1999 г.). «Кристаллические структуры двух белковых комплексов Sm и их значение для сборки spliceosomal snRNPs». Ячейка. 96 (3): 375–87. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80550-4. PMID  10025403. S2CID  17379935.
• Бюлер Д., Ракер В., Люрманн Р., Фишер Ю. (декабрь 1999 г.). «Важная роль tudor домена SMN в сплайсосомной сборке U snRNP: последствия для спинальной мышечной атрофии». Молекулярная генетика человека. 8 (13): 2351–7. Дои:10.1093 / hmg / 8.13.2351. PMID  10556282.
• Шарру Б., Пеллиццони Л., Перкинсон Р.А., Шевченко А., Манн М., Дрейфус Г. (декабрь 1999 г.). «Gemin3: новый белок DEAD box, который взаимодействует с SMN, продуктом гена мышечной атрофии позвоночника, и является компонентом драгоценных камней». Журнал клеточной биологии. 147 (6): 1181–94. Дои:10.1083 / jcb.147.6.1181. ЧВК  2168095. PMID  10601333.
• Шарру Б., Пеллиццони Л., Перкинсон Р.А., Йонг Дж., Шевченко А., Манн М., Дрейфус Г. (март 2000 г.). «Gemin4. Новый компонент комплекса SMN, который содержится как в драгоценных камнях, так и в ядрышках». Журнал клеточной биологии. 148 (6): 1177–86. Дои:10.1083 / jcb.148.6.1177. ЧВК  2174312. PMID  10725331.
• Урлауб Х., Рейкер В.А., Костка С., Люрманн Р. (январь 2001 г.). «Взаимодействие РНК белка Sm и сайта Sm внутри внутреннего кольца сплайсосомной основной структуры snRNP». Журнал EMBO. 20 (1–2): 187–96. Дои:10.1093 / emboj / 20.1.187. ЧВК  140196. PMID  11226169.
• Пеллиццони Л., Баккон Дж., Раппсилбер Дж., Манн М., Дрейфус Дж. (Март 2002 г.). «Очистка естественного выживания комплексов мотонейронов и идентификация Gemin6 как нового компонента». Журнал биологической химии. 277 (9): 7540–5. Дои:10.1074 / jbc.M110141200. PMID  11748230.
• Friesen WJ, Wyce A, Paushkin S, Abel L, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (март 2002 г.). «Новый компонент повторяющегося белка WD метилосомы связывает белки Sm». Журнал биологической химии. 277 (10): 8243–7. Дои:10.1074 / jbc.M109984200. PMID  11756452.
• Юрица М.С., Ликлайдер Л.Дж., Гиги С.Р., Григорьев Н., Мур М.Дж. (апрель 2002 г.). «Очистка и характеристика нативных сплайсосом, пригодных для трехмерного структурного анализа». РНК. 8 (4): 426–39. Дои:10.1017 / S1355838202021088. ЧВК  1370266. PMID  11991638.
• Will CL, Schneider C, Hossbach M, Urlaub H, Rauhut R, Elbashir S, Tuschl T, Lührmann R (июнь 2004 г.). "18S U11 / U12 snRNP человека содержит набор новых белков, не обнаруженных в U2-зависимой сплайсосоме". РНК. 10 (6): 929–41. Дои:10.1261 / rna.7320604. ЧВК  1370585. PMID  15146077.
• Ленер Б., Сандерсон К.М. (июль 2004 г.). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Геномные исследования. 14 (7): 1315–23. Дои:10.1101 / gr.2122004. ЧВК  442147. PMID  15231747.
• Ма И, Дости Дж, Дрейфус Дж, Ван Дайн Джи (июнь 2005 г.). «Гетеродимер Gemin6-Gemin7, полученный в результате выживания комплекса двигательных нейронов, имеет структуру, подобную белку Sm». Структура. 13 (6): 883–92. Дои:10.1016 / j.str.2005.03.014. PMID  15939020.