KRBA1 - KRBA1
| KRBA1 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | KRBA1, Домен KRAB-A, содержащий 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | MGI: 1925077 ГомолоГен: 15880 Генные карты: KRBA1 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ортологи | |||||||||||||||||||||||||
| Разновидность | Человек | Мышь | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ансамбль | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (мРНК) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (белок) | |||||||||||||||||||||||||
| Расположение (UCSC) | Chr 7: 149.71 - 149.73 Мб | Chr 6: 48,4 - 48,42 Мб | |||||||||||||||||||||||
| PubMed поиск | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
KRBA1 это белок что у человека кодируется KRBA1 ген. Он расположен на плюсовой цепи хромосомы 7 от 149,411,872 до 149,431,664 ..[5] Он также широко известен под двумя другими псевдонимами: KIAA1862 и KRAB A-домен, содержащий ген 1 и кодирующий белок KRBA1 у человека.[6] Предполагается, что семейство генов KRBA кодирует различные белки-репрессоры транскрипции.[7]
Ген
Ген KRBA1 расположен на хромосома 7 на 7q36 у человека. Это 3786 пар оснований в длину с 17 экзоны всего, однако длина кодирующей последовательности составляет всего 3196 пар оснований, что дает белок с 1064 парами оснований. аминокислоты.[8]
Протеин
Белок KRBA1 предсказал изоэлектрическая точка 7,8 pI и прогнозируемая молекулярная масса 112 кДа, что делает его относительно большим и нейтральным белком.[9] Этот белок в основном состоит из четырех аминокислот. Четыре основных из них: Пролин на 15,7%, Глицин на 11,2%, Серин на 10,9%, и Лейцин на 10,2%.[9] Пролин присутствует в количествах, значительно превышающих средние. Однако он был единственным как таковой, и все аминокислоты M, N, Y, I и F присутствовали в пропорциях чуть ниже среднего.
Изоформы
Есть две изоформы этого белка, известные просто как изоформа 1 и 2. Изоформа 1 является меньшей изоформ, так как она имеет более короткий N-конец. Кроме того, его 5'-UTR отличается, и его стартовый кодон расположен дальше по течению.[8]
Домены и мотивы
Область действия - это Коробка КРБА который предположительно начинается с пары оснований 7 и заканчивается пар оснований 47. Для мотивов существует лейциновая молния и два сигналы ядерной локализации (NLS) были найдены.[10] Кроме того, по направлению к C-конец белка.[11]
Лейциновая молния присутствует в паре оснований 837: LHSLGAALAEKLDRLATALAGL
Обнаружены один 4 паттерна и один 7 паттернов NLS.
pat4: KRPR @ 763bp
pat7: ПСРРКШ @ 217bp
Вторичная и третичная структура
С использованием GOR4 программы, можно сделать вывод, что KRBA1 имеет очень мало специфических вторичная структура состоит в основном из случайных участков катушки. Области случайной спирали составляют 75,00% белка, в то время как альфа-спирали составляют 16,26%, а протяженные цепи - 8,74%.[12] Альфа-спирали разбиты на множество участков по всему белку.
Регулирование уровня ДНК
Промоутер
Промоторная область была выбрана с использованием ElDorado в Genomatix, который оценил локус гена KRBA1 на предмет возможных промоторных областей. Из девяти возможных наборов промоторов был выбран набор промоторов 2 (GXP_660502), поскольку его транскрипты имели гораздо большее количество тегов CAGE, чем любой другой набор. Использовали кодирующий транскрипт GXT_27212195, поскольку он имел наибольшее количество экзонов (17/17 возможных) и соответствовал номеру доступа NM_001290187 в NCBI для мРНК KRBA1.[13]
Сайты связывания факторов транскрипции
| Семья Матрицы | Подробная информация о семье | Матрица | Подробная информация о матрице | Стартовый бп | Окончание bp | Якорь бп | Strand | Сходство | Последовательность |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| V $ ZTRE | Регулятор транскрипции цинка | V $ ZTRE.03 | 5 'половина сайта мотива ZTRE | 1141 | 1157 | 1149 | (+) | 0.993 | ccCTCCccctcggccca |
| V $ ZTRE | Регулятор транскрипции цинка | V $ ZTRE.03 | 5 'половина сайта мотива ZTRE | 898 | 914 | 906 | (-) | 0.989 | ccCTCCcctcgtccccg |
| V $ ZTRE | Регулятор транскрипции цинка | V $ ZTRE.04 | 3 'половина сайта мотива ZTRE | 1133 | 1149 | 1141 | (-) | 0.984 | gggGGAGgggcgggggt |
| V $ ZTRE | Регулятор транскрипции цинка | V $ ZTRE.04 | 3 'половина сайта мотива ZTRE | 906 | 922 | 914 | (+) | 0.983 | agGGAGggggcgggga |
| V $ PLAG | Ген плеоморфной аденомы | V $ PLAG1.01 | Ген плеоморфной аденомы (PLAG) 1, белок цинкового пальца C2H2, регулируемый развитием | 66 | 88 | 77 | (+) | 0.951 | cgGAGGccgggacgaggggttgt |
| V $ PLAG | Ген плеоморфной аденомы | V $ PLAG1.02 | Ген 1 плеоморфной аденомы | 307 | 329 | 318 | (-) | 1 | aaGGGGgcctgcggggctaagcc |
| V $ PLAG | Ген плеоморфной аденомы | V $ PLAG1.02 | Ген 1 плеоморфной аденомы | 459 | 481 | 470 | (+) | 1 | caGGGGgaggcagaggagagtgg |
| V $ PLAG | Ген плеоморфной аденомы | V $ PLAG1.02 | Ген 1 плеоморфной аденомы | 30 | 52 | 41 | (+) | 1 | gaGGGGgctttgcccgagtgggc |
| V $ SMAD | Семейство транскрипционных факторов SMAD позвоночных | V $ SMAD3.01 | Фактор транскрипции Smad3, участвующий в передаче сигналов TGF-бета | 199 | 209 | 204 | (+) | 0.994 | gctGTCTgggc |
| V $ SMAD | Семейство транскрипционных факторов SMAD позвоночных | V $ SMAD3.01 | Фактор транскрипции Smad3, участвующий в передаче сигналов TGF-бета | 213 | 223 | 218 | (+) | 0.996 | aagGTCTggac |
| V $ SMAD | Семейство транскрипционных факторов SMAD позвоночных | V $ SMAD3.01 | Фактор транскрипции Smad3, участвующий в передаче сигналов TGF-бета | 428 | 438 | 433 | (-) | 0.994 | ctgGTCTgggc |
| V $ SMAD | Семейство транскрипционных факторов SMAD позвоночных | V $ SMAD3.02 | Фактор транскрипции Smad3, участвующий в сигнальном факторе TGF-beta PU.1 | 363 | 373 | 368 | (-) | 0.993 | cctGTCTggag |
| V $ AHRR | Гетеродимеры AHR-arnt и факторы, связанные с AHR | V $ AHRARNT.03 | DRE (элементы ответа диоксина), XRE (элементы ответа ксенобиотиков), связанные гетеродимерами AHR / ARNT | 41 | 65 | 53 | (+) | 0.971 | gcccgagtggGCGTgcgcctttcct |
| V $ AHRR | Гетеродимеры AHR-arnt и факторы, связанные с AHR | V $ AHRARNT.03 | DRE (элементы ответа диоксина), XRE (элементы ответа ксенобиотиков), связанные гетеродимерами AHR / ARNT | 246 | 270 | 258 | (+) | 0.952 | agtctcctctGCGTgggaccacagc |
| V $ AHRR | Гетеродимеры AHR-arnt и факторы, связанные с AHR | V $ AHRARNT.01 | Арилуглеводородный рецептор / гетеродимеры Arnt | 556 | 580 | 568 | (-) | 0.97 | gtcacattttgCGTGcctgtttgct |
| V $ AHRR | Гетеродимеры AHR-arnt и факторы, связанные с AHR | V $ AHRARNT.03 | DRE (элементы ответа диоксина), XRE (элементы ответа ксенобиотиков), связанные гетеродимерами AHR / ARNT | 658 | 682 | 670 | (-) | 0.956 | gtccggccggGCGTgggtgggacag |
Образец выражения
У людей этот ген повсеместно экспрессируется на довольно низком уровне, примерно в 0,6 раза больше экспрессии среднего гена.[8] Имея это в виду, этот ген наиболее выражен в сердце. Есть некоторое выражение в других областях, таких как репродуктивные органы и мозг, но гораздо меньше. Что касается обычной мыши Mus musculus, экспрессия гена KRBA1 происходит в разных частях тела по сравнению с людьми. У мышей наибольшая экспрессия наблюдается не в сердце, а в репродуктивных органах, а также в надпочечниках и тимусе.[8]
Регулирование уровня протеина
Локализация
Этот белок локализован в ядре.[5] Предполагается, что ген будет содержать два сигнала ядерной локализации (NLS): образец из 4 остатков и сигнал образца из 7 остатков.[10]
Пост-трансляционные модификации
Было обнаружено не так много различных типов посттрансляционных модификаций. Однако те немногие, которые были обнаружены, присутствуют во всем белке на высоких уровнях. Были обнаружены: O-GlcNAc,[14] О-гликозилирование,[15] и чистое фосфорилирование,[16] и гликирование.[17] Все четыре из них имеют множество сайтов по всему белку.
Гомология и эволюция
Ортологи KRBA1 имеют относительно высокую частоту мутаций, как видно на графике ниже, сравнивающем KRBA1 с фибринопептидами, гемоглобином и цитохромом C. Ортологи в таблице ниже отсортированы по идентичности и сходству последовательностей.[8]
| Род и вид | Распространенное имя | Таксономическая группа | Дата расхождения (MYA) | Регистрационный номер | Длина последовательности (аа) | Идентичность последовательности% | Сходство последовательностей |
| Homo sapiens | Люди | приматы | н / д | NP_001277116.1 | 1064 | 100% | 100% |
| Equus asinus | Asinus | Лошадиные | 96 | XP_014686007.1 | 1179 | 63% | 69% |
| Leptonychotes weddellii | Печать Уэдделла | Ластоногие | 96 | XP_030881320.1 | 1142 | 63% | 69% |
| Phoca vitulina | Морской тюлень | Ластоногие | 96 | XP_032257255.1 | 1184 | 63% | 69% |
| Nannospalax galili | Большой землекоп | Rodentia | 90 | XP_008832018.1 | 1103 | 62% | 69% |
| Felis catus | Кот | Felidae | 96 | XP_011278956.2 | 1159 | 62% | 67% |
| Mus musculus | Мышь | Rodentia | 90 | NP_001334081.1 | 1078 | 58% | 67% |
| Мус Пахари | Мышка Гариднера | Rodentia | 90 | XP_029390880.1 | 1086 | 57% | 66% |
| Gallus gallus | Курица | Авес | 312 | XP_025003155.1 | 555 | 40% | 52% |
| Погона виттицепс | Центральный бородатый дракон | Рептилии | 312 | XP_020655832.1 | 1697 | 36% | 51% |
Функция и биохимия
Функциональный домен этого гена известен как домен KRAB (Kruppel-associated box) - A-бокс и простирается от аминокислоты 7 до 47. Это домен репрессии транскрипции в подгруппе белков цинкового пальца семейства KRAB-ZFPs. .[7] Домен KRAB взаимодействует и рекрутирует другие белки и корепрессоры, а затем подавляет транскрипцию. Механизм, по-видимому, следующий: белки KRBA через свой домен KRAB рекрутируют репрессор KAP1 (KRAB-ассоциированный белок-1, также известный как промежуточный фактор транскрипции 1 бета, взаимодействующий белок KRAB-A). Комплекс KAP1 / KRAB затем рекрутирует белок гетерохроматина 1 (HP1) и другие белки, модулирующие хроматин, что приводит к репрессии транскрипции за счет образования гетерохроматина.[7]
Взаимодействующие белки
Используя базу данных STRING, было обнаружено, что два взаимодействующих белка имеют высокую степень достоверности взаимодействия. Высокие оценки взаимодействия - это любые оценки выше 0,7. Эти два белка представляют собой промежуточный фактор транскрипции 1-бета (TRIM28 ) с оценкой 0,903 и белок, содержащий богатые лейцином повторы 61 (LRRC61) с оценкой 0,803.[19]
Клиническое значение
Исследование, проведенное Zaibo Li et. al продемонстрировал KRAB-A-Domain в действии. Супрессор опухолей фон-Хиппеля Линдау (pVHL) является частью белкового комплекса, известного как убиквитин-лигаза E3, и нацелен на разрушение гипоксически-индуцибельного фактора 1a (HIF-1a). Сообщается, что был обнаружен новый белок, который взаимодействует с белком pVHL и помогает ему в его работе.[20] pVHL работает, вводя гистоновые деацетилазы, и этому помогает определенный домен этого нового белка. Это показано в исследовании Li et. Кроме того, этот домен является KRAB-A-доменом и опосредует репрессию транскрипции HIF-1a pVHL.[20] Кроме того, исследования показывают, что KRAB-A-домен подавляет транскрипцию помимо своей способности рекрутировать гистоновые деацетилазы.[20]
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000133619 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000042810 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ а б «AceView: Gene: KRBA1, полная аннотация генов человека, мыши и червя с мРНК или ESTsAceView». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-02.
- ^ «Ген KRBA1 - Генные карты | Белок KRBA1 | Антитело KRBA1». www.genecards.org. Получено 2020-05-02.
- ^ а б c "Семейство консервативных белковых доменов CDD: KRAB_A-box". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-02.
- ^ а б c d е ж «KRBA1 KRAB-A домен, содержащий 1 [Homo sapiens (человек)] - ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-02.
- ^ а б «ExPASy - инструмент вычисления pI / Mw». web.expasy.org. Получено 2020-05-02.
- ^ а б «Прогноз PSORT II». psort.hgc.jp. Получено 2020-05-02.
- ^ «ELM - Поиск на ресурсе ELM». elm.eu.org. Получено 2020-05-02.
- ^ "NPS @: прогноз вторичной структуры GOR4". npsa-prabi.ibcp.fr. Получено 2020-05-02.
- ^ а б «Genomatix - Анализ данных NGS и персонализированная медицина». www.genomatix.de. Получено 2020-05-02.
- ^ "Сервер YinOYang 1.2". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-02.
- ^ «Сервер NetOGlyc 4.0». www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-02.
- ^ "Сервер NetPhos 3.1". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-02.
- ^ "Сервер NetGlycate 1.0". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-02.
- ^ «Дерево времени :: Шкала времени жизни». www.timetree.org. Получено 2020-05-03.
- ^ «Белок KRBA1 (человек) - сеть взаимодействия STRING». version11.string-db.org. Получено 2020-05-02.
- ^ а б c Ли З, Ван Д., На Х, Шон С. Р., Мессинг Э. М., Ву Г. (апрель 2003 г.). «Белок VHL привлекает новый белок домена KRAB-A для подавления транскрипционной активности HIF-1alpha». Журнал EMBO. 22 (8): 1857–67. Дои:10.1093 / emboj / cdg173. ЧВК 154465. PMID 12682018.