LGP2 - LGP2

DHX58
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2RQA, 2W4R, 3EQT
Идентификаторы
Псевдонимы	DHX58, D11LGP2, D11lgp2e, LGP2, RLR-3, DEXH-бокс-геликаза 58
Внешние идентификаторы	OMIM: 608588 MGI: 1931560 ГомолоГен: 69371 Генные карты: DHX58
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 17 (человек)[1] Группа 17q21.2 Начинать 42,101,404 бп[1] Конец 42,112,714 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 11 (мышь)[2] Группа 11 D | 11 63,52 см Начинать 100,694,884 бп[2] Конец 100,704,271 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • Связывание ДНК • связывание нуклеотидов • GO: 0008026 геликазная активность • связывание ионов цинка • связывание ионов металлов • GO: 0001948 связывание с белками • связывание одноцепочечной РНК • Связывание РНК • связывание двухцепочечной РНК • гидролазная активность • Связывание АТФ Сотовый компонент • цитоплазма Биологический процесс • отрицательная регуляция сигнального пути MDA-5 • регуляция врожденного иммунного ответа • иммунная система • ответ на вирус • положительная регуляция сигнального пути RIG-I • защитный ответ на вирус • отрицательная регуляция врожденного иммунного ответа • отрицательная регуляция выработки интерферона I типа • врожденная иммунная система • GO: 0022415 вирусный процесс • положительная регуляция сигнального пути MDA-5 • положительное регулирование выработки интерферона I типа • отрицательная регуляция сигнального пути RIG-I • реакция на бактерии Источники:Амиго / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	79132	80861
Ансамбль	ENSG00000108771	ENSMUSG00000017830
UniProt	Q96C10	Q99J87
RefSeq (мРНК)	NM_024119	NM_030150
RefSeq (белок)	NP_077024	NP_084426
Расположение (UCSC)	Chr 17: 42.1 - 42.11 Мб	Chr 11: 100.69 - 100.7 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Вероятная АТФ-зависимая РНК-геликаза DHX58 также известный как RIG-I-подобный рецептор 3 (RLR-3) или RIG-I-подобный рецептор LGP2 (RLR) - это RIG-I-подобный рецептор дцРНК геликаза фермент что у людей кодируется DHX58 ген.^[5][6] В белок закодирован геном DHX58 известен как LGP2 (Лаборатория генетики и физиологии 2).^[5][7][8]

Структура и функции

LGP2 был впервые идентифицирован и охарактеризован в контексте ткань молочной железы в 2001,^[5] но его функция оказалась более актуальной в области врожденный противовирусный иммунитет. Было обнаружено, что LGP2 необходим для получения эффективных антивирусных реакций против многих вирусов, которые распознаются RIG-I и MDA5.^[9]

Поскольку в LGP2 отсутствует КАРТА доменов, его влияние на антивирусную передачу сигналов, вероятно, связано с взаимодействием с дцРНК вирусной лиганд или другие RLR (RIG-I и MDA5).^[10]

Было показано, что LGP2 напрямую взаимодействует^[10] с RIG-I через его C-концевой репрессорный домен (RD). Первичные сайты контакта в этом взаимодействии вероятны между RD LGP2 и CARD или геликазным доменом RIG-I, как это видно с самоассоциацией RIG-I,^[10] но это не подтверждено. Было обнаружено, что активность геликазы LGP2 важна для его положительной регуляции передачи сигналов RIG-I.^[9] Сверхэкспрессия LGP2 способен ингибировать опосредованную RIG-I передачу противовирусных сигналов как в присутствии, так и в отсутствие вирусных лигандов.^[10][11][12] Это ингибирование передачи сигналов RIG-I не зависит от способности LGP2 связывать вирусные лиганды и, следовательно, не связано с конкуренцией лигандов.^[7][13] Хотя LGP2 связывается с дцРНК с более высокой аффинностью,^[12] он необходим для опосредованного RIG-I распознавания синтетических лигандов дцРНК.^[9] RIG-I, когда сверхэкспрессирован^[7] и в LGP2 сбить исследования^[14] было показано, что он вызывает противовирусный ответ в отсутствие вирусного лиганда.

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000108771 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000017830 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Цуй Ю., Ли М., Уолтон К.Д., Сан К., Ганновер Дж. А., Фурт, Пенсильвания, Хеннигхаузен, Л. (декабрь 2001 г.). «Локус Stat3 / 5 кодирует новый эндоплазматический ретикулум и подобные геликазе белки, которые предпочтительно экспрессируются в нормальной и опухолевой ткани молочной железы». Геномика. 78 (3): 129–34. Дои:10.1006 / geno.2001.6661. PMID  11735219.
6. «Энтрез Ген: LGP2, вероятно, ортолог мыши D11lgp2».
7. Чайлдс К., Рэндалл Р., Гудборн С. (апрель 2012 г.). «Белки парамиксовируса V взаимодействуют с РНК-геликазой LGP2, подавляя RIG-I-зависимую индукцию интерферона». Дж. Вирол. 86 (7): 3411–21. Дои:10.1128 / JVI.06405-11. ЧВК  3302505. PMID  22301134.
8. Мацумия Т, Стаффорини Д.М. (2010). «Функция и регуляция гена-I, индуцируемого ретиноевой кислотой». Крит. Rev. Immunol. 30 (6): 489–513. Дои:10.1615 / critrevimmunol.v30.i6.10. ЧВК  3099591. PMID  21175414.
9. Сато Т., Като Х., Кумагаи Й., Йонеяма М., Сато С., Мацусита К., Цудзимура Т., Фудзита Т., Акира С., Такеучи О. (январь 2010 г.). «LGP2 является позитивным регулятором противовирусных реакций, опосредованных RIG-I и MDA5». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 107 (4): 1512–7. Дои:10.1073 / pnas.0912986107. ЧВК  2824407. PMID  20080593.
10. Сайто Т., Хираи Р., Лу Ю.М., Оуэн Д., Джонсон С.Л., Синха С.К., Акира С., Фуджита Т., Гейл М. (январь 2007 г.). «Регулирование врожденной противовирусной защиты через общий репрессорный домен в RIG-I и LGP2». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 104 (2): 582–7. Дои:10.1073 / pnas.0606699104. ЧВК  1766428. PMID  17190814.
11. Rothenfusser S, Goutagny N, DiPerna G, Gong M, Monks BG, Schoenemeyer A, Yamamoto M, Akira S, Fitzgerald KA (октябрь 2005 г.). «РНК-геликаза Lgp2 ингибирует TLR-независимое восприятие репликации вируса геном-I, индуцируемым ретиноевой кислотой». J. Immunol. 175 (8): 5260–8. Дои:10.4049 / jimmunol.175.8.5260. PMID  16210631.
12. Ёнеяма М., Кикучи М., Мацумото К., Имаидзуми Т., Миягиши М., Тайра К., Фой Е., Лоо Ю.М., Гейл М., Акира С., Йонехара С., Като А., Фудзита Т. (сентябрь 2005 г.). «Общие и уникальные функции DExD / H-бокса геликаз RIG-I, MDA5 и LGP2 в противовирусном врожденном иммунитете». J. Immunol. 175 (5): 2851–8. Дои:10.4049 / jimmunol.175.5.2851. PMID  16116171.
13. Ван И, Людвиг Дж., Шуберт К., Голдек М., Шлее М., Ли Х, Юранек С., Шенг Дж., Микура Р., Тушл Т., Хартманн Дж., Пател Д. Д. (июль 2010 г.). «Структурные и функциональные сведения о распознавании паттернов РНК 5'-ppp рецептором врожденного иммунитета RIG-I». Nat. Struct. Мол. Биол. 17 (7): 781–7. Дои:10.1038 / nsmb.1863. ЧВК  3744876. PMID  20581823.
14. Бурел С.А., Мачемер Т., Рагон Флорида, Като Х., Каунтай П., Гринли С., Салим А., Гарде В.А., Хунг Г., Перальта Р., Фрейер С.М., Генри С.П. (июль 2012 г.). «Уникальный химерный олигонуклеотид O-метоксиэтил-рибоза-ДНК индуцирует атипичную дифференцировку генов 5-зависимой индукции ответа на интерферон I типа». J. Pharmacol. Exp. Ther. 342 (1): 150–62. Дои:10.1124 / jpet.112.193789. PMID  22505629. S2CID  1899247.

дальнейшее чтение

• Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• Боналдо М.Ф., Леннон Г., Соарес МБ (1997). «Нормализация и вычитание: два подхода для облегчения открытия генов». Genome Res. 6 (9): 791–806. Дои:10.1101 / гр.6.9.791. PMID  8889548.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К. и др. (1997). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
• Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т. и др. (2005). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белка и белка человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Дои:10.1038 / природа04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.
• Комуро А., Хорват С.М. (2007). «РНК- и вируснезависимое ингибирование противовирусной передачи сигналов с помощью РНК-геликазы LGP2». Дж. Вирол. 80 (24): 12332–42. Дои:10.1128 / JVI.01325-06. ЧВК  1676302. PMID  17020950.