MIF4GD - MIF4GD
MIF4GD, или же Белок, содержащий домен MIF4G, это белок который у человека кодируется MIF4GD ген.[5] Он также известен как SLIP1, SLBP (Stem-Loop Binding Protein) -взаимодействующий белок 1, AD023 и MIFD.[6][7] MIF4GD повсеместно экспрессируется у людей, и было обнаружено, что он участвует в активации белков для гистон трансляция мРНК, альтернативный сплайсинг и трансляция мРНК, а также фактор регуляции распространение клеток.[6][8][9][10]
Ген
Ген MIF4GD расположен у человека на минусовой цепи хромосомы 17q25.1 и занимает 5,0 Кб, от оснований 75 266 228 до 75 271 292.[6]
мРНК
Всего 11 альтернативно сращенный транскрипты мРНК и 3 несплицированных транскрипта мРНК, которые могут быть записано от этого гена, которые включают 7 возможных экзоны и 11 различных интроны.[6][11]
Протеин
Есть 10 жизнеспособных изоформы белка, содержащего домен MIF4G.[11] Самая длинная изоформа - это изоформа 1 белка, содержащего домен MIF4G, длина которого составляет 263 аминокислоты, однако наиболее распространенной изоформой является изоформа 4 белка, содержащего домен MIF4G, которая состоит из 6 экзонов и имеет длину 222 аминокислоты.[6][11]
Функции
Изоформа 1 белка, содержащего домен MIF4G, имеет прогнозируемую молекулярную массу 30,1 кДа и прогнозируемую изоэлектрическую точку 5,2, что указывает на то, что это кислый белок.[12] Он имеет нормальное соотношение каждой аминокислоты по сравнению со средним человеческим белком.[13] Кроме того, ожидается, что MIF4GD образует 11 альфа-спиралей.[14][15][16]
Субклеточная локализация
Поиски MIF4GD антитела показал, что MIF4GD присутствует в цитоплазма и ядрышки ячеек.[17][18] Кроме того, несколько биоинформатические программы предсказывать присутствие человеческого MIF4GD, а также некоторых его ортологов в цитоплазме, ядро и митохондрии ячеек.[19]
Посттрансляционные модификации
Из-за его предполагаемой локализации в цитоплазме предполагается, что MIF4GD может быть фосфорилированный, ацетилированный, убиквитинированный, или же сумоилированный. Кроме того, предполагается, что MIF4GD будет содержать сайт «YinOYang» на S61, который может быть либо O-GlcNAцилированный или фосфорилированы в разное время для регулирующий целей.[20] Маловероятно, что белок MIF4GD будет липид-связанный или же гликозилированный.[21][22][23]
MIF4G домен
Белок MIF4GD, содержащий домен MIF4G, названный в честь среднего домена эукариотического фактора инициации 4G (eIF4G ).[24]
Домен MIF4G белка MIF4GD имеет молекулярную массу 17,0 кДа и прогнозируемую изоэлектрическую точку 5,7.[19] Как и весь белок, он содержит нормальные соотношения каждой аминокислоты по сравнению с эталоном человеческих белков, однако он содержит меньше отрицательно заряженных аминокислот и больше положительно заряженных аминокислот по сравнению со всем белком. Предполагается, что домен MIF4G будет содержать много альфа-спирали и считается, что он содержит альфа-спиральные повторы.[24]
Выражение и регулирование
MIF4GD обнаруживается только у животных и повсеместно экспрессируется в организме, хотя было обнаружено, что он экспрессируется с несколько большей скоростью в лимфатических узлах, костном мозге и семенниках.[6][24][25] MIF4GD экспрессируется в среднем в 1,7 раза выше, чем средний ген.[6][24]
В промоутер регион MIF4GD имеет длину примерно 1137 пар нуклеотидных оснований и предположительно взаимодействует с различными факторы транскрипции.[26] 5'-нетранслируемая область транскриптов мРНК MIF4GD относительно короткая, имеет длину около 137 нуклеотидов и, как предполагается, образует стебель-петли и внутренние петли, к которым РНК-связывающие белки может связывать.[27][28] 3'-нетранслируемая область длиннее, примерно 510 нуклеотидов. Также предсказано, что 3 'UTR будет образовывать стержневые петли, внутренние петли и петли выпуклости, а также более сложные вторичные структуры, и предполагается, что она будет связываться с РНК-связывающими белками и миРНК на этих сайтах или рядом с ними.[27][28][29]
Взаимодействующие
Экспериментально показано, что MIF4GD связывается с различными другими белками, многие из которых играют роль в альтернативном сплайсинге пре-мРНК и трансляция мРНК в белки.[30] Также известно, что он взаимодействует с факторами инициации трансляции эукариот, РНК и ДНК с образованием комплекса инициации трансляции.[7] Некоторые из наиболее известных белков, которые взаимодействуют с MIF4GD:
АТФ-зависимые РНК-геликазы DDX19A и DDX19B[31], который участвует в экспорте мРНК из ядра и активности геликазы, облегчая диссоциацию ядерных белков, связывающих мРНК, и замену цитоплазматическими белками, связывающими мРНК.[32]
Фактор инициации трансляции, зависящий от комплекса связывания кэпа, или CTIF[33], который является паралогом MIF4GD. CTIF котранскрипционно связывается с кэп-концом формирующейся мРНК и участвует в одновременном редактировании и трансляции мРНК, что происходит непосредственно после экспорта из ядра.[34]
Гистоновая РНК, связывающая шпильку, или SLBP[8][35], который участвует в процессинге пре-мРНК гистонов и перемещении мРНК из ядра в цитоплазму клеток.[36]
Супервиллин, или SVIL[37], который представляет собой белок периферической мембраны, который образует высокоаффинную связь между актиновым цитоскелетом и мембраной и вносит вклад в структуру миогенной мембраны и дифференцировку.[38] Супервиллин также регулирует распространение и подвижность клеток во время клеточного цикла.[37]
MIF4GD также был проверен двугибридный эксперименты с приманкой-жертвой для взаимодействия с NSP7ab или неструктурным белком 7, SARS-CoV.[39]
Функция и клиническое значение
MIF4GD выполняет несколько известных функций, включая активацию белков, которые связывают мРНК гистонов для трансляции и связывание мРНК для альтернативного сплайсинга и трансляции в белки.[6][8][9] Кроме того, подавление гена SLIP1 / MIF4GD и соответствующего белка приводит к снижению скорости гистон трансляция мРНК и снижение жизнеспособности клеток.[7] Следовательно, предполагается, что он необходим эукариотическим клеткам для производства белков и для пролиферации клеток.
Было показано, что MIF4GD связывает и стабилизирует p27kip1, который играет важную роль в регулировании клеточного цикла и прогрессировании рака.[10] При связывании с MIF4GD стабилизированный белок подавляет фосфорилирование CDK2 по Т187, что контролирует количество клеточной пролиферации в гепатоцеллюлярная карцинома (HCC). Регулирование этого взаимодействия изучается в качестве потенциального терапевтического метода лечения пациентов с гепатоцеллюлярной карциномой.[10] Это дает больше доказательств того, что MIF4GD помогает регулировать пролиферацию клеток, и предполагает, что MIF4GD может играть роль в иммунном ответе.
Гомология последовательностей и эволюционная история
MIF4GD находится в Animalia, и впервые появился в Porifera, который расходился с Homo sapiens около 777 миллионов лет назад.[48] По сравнению с людьми этот ген является высококонсервативным (> 80% идентичности и> 90% сходства) у млекопитающих и рептилий, умеренно консервативным (> 70% идентичности и> 85% сходства) у хордовых и низким уровнем консервативности (15-25 % идентичности и 25-40% сходства) с остальной частью Animalia.[49][50] MIF4GD не присутствует в трихоплаксе, грибах, растениях, протистах, архее или бактериях.[49]
Ортологи
В настоящее время известно 310 известных и секвенированных MIF4GD. ортологи найдено в Animalia.[6] Выбранное количество этих ортологов было проанализировано на предмет предполагаемого времени дивергенции (в миллионах лет), идентичности аминокислотной последовательности человеку и сходства аминокислотной последовательности с человеком. Результаты показаны в таблице ниже:
Род и вид | Распространенное имя | Номер статуса[49] | Дата расхождения (MYA)[48] | Идентичность последовательности (%)[50] | Сходство последовательностей (%)[50] |
---|---|---|---|---|---|
Homo sapiens | Человек | NP_001229430 | 0 | 100 | 100 |
Пан панискус | Бонобо | XP_034798762 | 6.4 | 100 | 100 |
Mus musculus | Домовая мышь | NP_001230513 | 89 | 93.2 | 97.7 |
Vombatus ursinus | Обыкновенный вомбат | XP_027728462 | 160 | 91.0 | 95.9 |
Орниторинхус анатинус | Утконос | XP_028912780 | 180 | 77.9 | 90.5 |
Crocodylus porosus | Морской крокодил | XP_019398085 | 318 | 85.1 | 91.4 |
Gallus gallus | Курица | XP_015150938 | 318 | 83.8 | 90.1 |
Xenopus tropicalis | Тропическая когтистая лягушка | NP_001016440 | 351.7 | 74.4 | 84.8 |
Данио Рерио | Данио | NP_001013302 | 433 | 73.9 | 86.0 |
Ринкодон тип | Китовая акула | XP_020392528 | 465 | 71.2 | 85.1 |
Петромизом маринус | Морская минога | XP_032832018 | 599 | 48.7 | 69.4 |
Exaiptasia pallida | Бледный анемон | XP_020912437 | 687 | 22.6 | 37.3 |
Лимулус полифем | Атлантический подковообразный краб | XP_013791968 | 736 | 22.5 | 39.5 |
Parasteatoda tepidariorum | Обычный домашний паук | XP_015912223 | 736 | 19.5 | 33.9 |
Дрозофила вирилис | Плодовая муха | XP_015028674 | 736 | 16.2 | 29.6 |
Темноторакс curvispinosus | Муравей | XP_024872082 | 736 | 14.1 | 25.6 |
Амфимедон королевский | Губка | XP_011404567 | 777 | 20.4 | 39.6 |
Паралоги
MIF4GD имеет два известных паралоги, которые являются PAIP1 и CTIF.[51] Оба известных паралога имеют консервативность MIF4GD от умеренной до низкой, с идентичностью менее 15% и сходством между 20-25%. Однако предсказано, что оба эти гена расходились до эволюции ортологов, и их значения E были близки к нулю, что указывает на значительную связь с MIF4GD.
MIF4GD - это медленно развивающийся ген, с примерным средним изменением 75 аминокислот на 100 аминокислот за миллион лет. Множественные выравнивания последовательностей MIF4GD человека и его ортологов показали две консервативные аминокислоты во всех последовательностях, которые представляют собой Gly200 и Glu241.
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000125457 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000020743 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ «MIF4GD - белок, содержащий домен MIF4G - Homo sapiens (человек) - ген и белок MIF4GD». www.uniprot.org. Uniprot. Получено 2020-08-02.
- ^ а б c d е ж грамм час я «MIF4GD домен MIF4G, содержащий [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-06-10.
- ^ а б c «Ген MIF4GD - Генные карты | Белок MI4GD | Антитело MI4GD». www.genecards.org. Получено 2020-06-10.
- ^ а б c Cakmakci, Nihal G .; Лернер, Рэйчел С .; Вагнер, Эрик Дж .; Чжэн, Ляньсин; Марзлафф, Уильям Ф. (19 ноября 2007 г.). «SLIP1, фактор, необходимый для активации трансляции мРНК гистона белком, связывающим стержень и петлю». Молекулярная и клеточная биология. 28 (3): 1182–1194. Дои:10.1128 / mcb.01500-07. ISSN 0270-7306. ЧВК 2223387. PMID 18025107.
- ^ а б Нойзидлер, Юлия; Моке, Винсент; Лимузен, Таран; Ольманн, Теофил; Моррис, Кристель; Жалино, Пьер (2012-06-01). «INT6 взаимодействует с MIF4GD / SLIP1 и необходим для эффективной трансляции мРНК гистонов». РНК. 18 (6): 1163–1177. Дои:10.1261 / rna.032631.112. ISSN 1355-8382. ЧВК 3358639. PMID 22532700.
- ^ а б c Ван, С .; Hou, S .; Ni, R .; Lv, L .; Ding, Z .; Хуанг, X .; Hang, Q .; Он, С .; Wang, Y .; Cheng, C .; Гу, X. X. (2015). «Белок, содержащий домен MIF4G, регулирует клеточный цикл и канцерогенез в печени, подавляя CDK2-зависимую стабильность p27». Онкоген. 34 (2): 237–245. Дои:10.1038 / onc.2013.536. ISSN 1476-5594. PMID 24336329. S2CID 24045809.
- ^ а б c «AceView: Gene: MIF4GD, полная аннотация генов человека, мыши и червя с мРНК или ESTsAceView». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-07-06.
- ^ «ExPASy - инструмент вычисления pI / Mw». web.expasy.org. Получено 2020-07-31.
- ^ «Результаты SAPS». www.ebi.ac.uk. Получено 2020-07-31.
- ^ а б Чжан, Ян (2009). «I-TASSER: Полностью автоматизированное предсказание структуры белка в CASP8». Белки: структура, функции и биоинформатика. 77 (S9): 100–113. Дои:10.1002 / prot.22588. ISSN 0887-3585. ЧВК 2782770. PMID 19768687.
- ^ Рой, Амбриш; Ян, Цзяньи; Чжан, Ян (2012-05-08). «КОФАКТОР: точный сравнительный алгоритм для аннотации функции белка на основе структуры». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (W1): W471 – W477. Дои:10.1093 / нар / gks372. ISSN 0305-1048. ЧВК 3394312. PMID 22570420.
- ^ Ян, Цзяньи; Чжан, Ян (2015-04-16). «Сервер I-TASSER: новая разработка для предсказания структуры и функции белков». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (W1): W174 – W181. Дои:10.1093 / nar / gkv342. ISSN 0305-1048. ЧВК 4489253. PMID 25883148.
- ^ «Первичные антитела MIF4GD». www.thermofisher.com. Получено 2020-07-31.
- ^ "PAXdb: База данных по изобилию белков". pax-db.org. Получено 2020-07-31.
- ^ а б «Результаты программы MIF4GD PSORT II». Сервер PSORT II. Получено 31 июля, 2020.
- ^ «Сервер YinOYang 1.2 - результаты прогнозов». www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-07-31.
- ^ «Сервер NetNGlyc 1.0 - результаты прогноза». www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-08-01.
- ^ «ExPASy - средство миристоилирования». web.expasy.org. Получено 2020-08-01.
- ^ «CSS-Palm - Прогнозирование сайта пальмитоилирования». csspalm.biocuckoo.org. Получено 2020-08-01.
- ^ а б c d «Семья: MIF4G (PF02854)». PFAM.
- ^ Окада, Кензо; Кимура, Масанори; Морияма, Юске; Накаи, Митико; Кикучи, Казухиро; Канеко, Хироюки; Куниэда, Тецуо; Баба, Тадаши; Ногучи, Дзюнко (2011). «Анализ экспрессии MIF4GD в семенниках крысы». Журнал воспроизводства и развития. 57 (2): 256–261. Дои:10.1262 / jrd.10-138H. ISSN 1348-4400. PMID 21157122.
- ^ «Genomatix - Анализ данных NGS и персонализированная медицина». www.genomatix.de. Получено 2020-08-01.
- ^ а б "Веб-сервер Mfold | mfold.rit.albany.edu". unafold.rna.albany.edu. Получено 2020-08-01.
- ^ а б Паз, Инбал; Кости, Идит; Арес, Мануэль; Клайн, Мелисса; Мандель-Гутфройнд, Яэль (2014-05-14). «RBPmap: веб-сервер для картирования сайтов связывания РНК-связывающих белков». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (W1): W361 – W367. Дои:10.1093 / нар / gku406. ISSN 1362-4962. ЧВК 4086114. PMID 24829458.
- ^ "miRDB - База данных прогнозирования мишеней микроРНК". mirdb.org. Получено 2020-08-01.
- ^ "PSICQUIC View". www.ebi.ac.uk. Получено 2020-07-31.
- ^ Rual, J. F .; Venkatesan, K .; Hao, T .; Hirozane-Kishikawa, T .; Dricot, A .; Li, N .; Berriz, G.F .; Гиббонс, Ф. Д .; Dreze, M .; Ayivi-Guedehoussou, N .; Klitgord, N .; Саймон, С .; Боксем, М .; Milstein, S .; Rosenberg, J .; Голдберг, Д. С .; Zhang, L.V .; Wong, S.L .; Франклин, G .; Li, S .; Albala, J. S .; Lim, J .; Fraughton, C .; Llamosas, E .; Cevik, S .; Bex, C .; Lamesch, P .; Sikorski, R. S .; Vandenhaute, J .; и другие. (2005). «ЧВК Европы». Природа. 437 (7062): 1173–8. Дои:10.1038 / природа04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
- ^ «DDX19A - АТФ-зависимая РНК-геликаза DDX19A - Homo sapiens (Человек) - ген и белок DDX19A». www.uniprot.org. Получено 2020-08-01.
- ^ «26 объектов (человек) - STRING сеть взаимодействия». version11.string-db.org. Получено 2020-08-01.
- ^ Kim, K. M .; Чо, H .; Choi, K .; Kim, J .; Kim, B.-W .; Ко, Й.-Г .; Jang, S.K .; Ким, Ю. К. (31 июля 2009 г.). «Новый белок, содержащий домен MIF4G, CTIF, направляет зависимую трансляцию CBP80 / 20 белка, связывающего ядерный кэп». Гены и развитие. 23 (17): 2033–2045. Дои:10.1101 / gad.1823409. ISSN 0890-9369. ЧВК 2751978. PMID 19648179.
- ^ «26 объектов (человек) - STRING сеть взаимодействия». version11.string-db.org. Получено 2020-08-01.
- ^ "SLBP - шпилька-связывающий белок гистоновой РНК - Homo sapiens (человек) - ген и белок SLBP". www.uniprot.org. Получено 2020-08-01.
- ^ а б Смит, Тара С .; Фанг, Чжиё; Луна, Элизабет Дж. (2010). «Новые взаимодействующие вещества и роль супервиллина в раннем цитокинезе». Цитоскелет. 67 (6): 346–64. Дои:10.1002 / см. 20449. ЧВК 2901166. PMID 20309963.
- ^ «SVIL - Супервиллин - Homo sapiens (Человек) - ген и белок SVIL». www.uniprot.org. Получено 2020-08-01.
- ^ Пфефферле, Сюзанна; Шёпф, Юлия; Кегль, Манфред; Friedel, Caroline C .; Мюллер, Марсель А .; Карбахо-Лозоя, Хавьер; Стеллбергер, Торстен; фон Далл’Арми, Экатарина; Герцог, Петра; Каллис, Стефан; Нимейер, Даниела (27.10.2011). «Интерактом SARS-коронавирус-хозяин: идентификация циклофилинов как мишени для ингибиторов пан-коронавируса». Патогены PLOS. 7 (10): e1002331. Дои:10.1371 / journal.ppat.1002331. ISSN 1553-7374. ЧВК 3203193. PMID 22046132.
- ^ "Phylogeny.fr:" Режим "в один клик". www.phylogeny.fr. Получено 2020-08-01.
- ^ Дерипер, Алексис; Аудик, Стефан; Клавери, Жан-Мишель; Блан, Гийом (2010). «BLAST-EXPLORER помогает вам создавать наборы данных для филогенетического анализа». BMC Эволюционная биология. 10 (1): 8. Дои:10.1186/1471-2148-10-8. ISSN 1471-2148. ЧВК 2821324. PMID 20067610.
- ^ Dereeper, A .; Guignon, V .; Blanc, G .; Audic, S .; Шведский стол, S .; Chevenet, F .; Dufayard, J.-F .; Guindon, S .; Лефорт, В .; Lescot, M .; Claverie, J.-M. (19 мая 2008 г.). "Phylogeny.fr: надежный филогенетический анализ для неспециалистов". Исследования нуклеиновых кислот. 36 (Веб-сервер): W465 – W469. Дои:10.1093 / nar / gkn180. ISSN 0305-1048. ЧВК 2447785. PMID 18424797.
- ^ Эдгар, Р. К. (2004-03-08). «МЫШЦЫ: множественное выравнивание последовательностей с высокой точностью и высокой производительностью». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (5): 1792–1797. Дои:10.1093 / нар / гх340. ISSN 1362-4962. ЧВК 390337. PMID 15034147.
- ^ Кастресана, Дж. (2000-04-01). «Отбор консервативных блоков из множества сопоставлений для их использования в филогенетическом анализе». Молекулярная биология и эволюция. 17 (4): 540–552. Дои:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a026334. ISSN 1537-1719. PMID 10742046.
- ^ Гиндон, Стефан; Гаскуэль, Оливье (01.10.2003). «Простой, быстрый и точный алгоритм для оценки крупных филогений по максимальному правдоподобию». Систематическая биология. 52 (5): 696–704. Дои:10.1080/10635150390235520. ISSN 1076-836X. PMID 14530136.
- ^ Анисимова Мария; Гаскуэль, Оливье (01.08.2006). «Приблизительный тест отношения правдоподобия для филиалов: быстрая, точная и мощная альтернатива». Систематическая биология. 55 (4): 539–552. Дои:10.1080/10635150600755453. ISSN 1076-836X. PMID 16785212.
- ^ Шевене, Франсуа; Брун, Кристина; Банюльс, Анн-Лор; Жак, Бернар; Кристен, Ричард (10 октября 2006 г.). «TreeDyn: к динамической графике и аннотациям для анализа деревьев». BMC Bioinformatics. 7 (1): 439. Дои:10.1186/1471-2105-7-439. ISSN 1471-2105. ЧВК 1615880. PMID 17032440.
- ^ а б «Дерево времени :: Шкала времени жизни». www.timetree.org. Получено 2020-07-06.
- ^ а б c "BLAST: Базовый инструмент поиска местного выравнивания". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-07-31.
- ^ а б c «Игла EMBOSS <Парное выравнивание последовательностей
. www.ebi.ac.uk. Получено 2020-08-01. - ^ «Ген: MIF4GD (ENSG00000125457) - Паралоги - Homo sapiens - Обозреватель генома ансамбля 100». useast.ensembl.org. Получено 2020-07-31.