Ртуть (кристаллография) - Mercury (crystallography)

Меркурий (программное обеспечение для визуализации, исследования и анализа кристаллических структур)
Меркурий 4. 2. 0. скриншот
Меркурий 4. 2. 0. скриншот
Оригинальный автор (ы)Ф. Х. Аллен
Разработчики)Кембриджский центр структурных данных
изначальный выпуск2001; 19 лет назад (2001)
Стабильный выпуск
Меркурий 4.2.0 / 2019; 1 год назад (2019)
Предварительный выпуск
Меркурий 4.2.0
Операционная системаWindows, Linux 64-бит, MacOS
ЛицензияБесплатная загрузка программного обеспечения
Интернет сайтwww.ccdc.cam.ac.Великобритания/ Сообщество/ csd-сообщество/ freemercury/

Меркурий это бесплатное ПО, разработанное Кембриджский центр структурных данных, изначально спроектированный как Кристальная структура инструмент визуализации. Меркурий помогает трехмерной визуализации Кристальная структура и помогает в рисовании и анализе кристаллической упаковки и межмолекулярные взаимодействия.[1] Текущая версия Mercury может читать "cif ", ".mol "," .mol2 ",".pdb Типы файлов "," .res "," .sd "и" .xyz ". Mercury имеет собственный формат файла с расширением" .mryx ".[2]

История

Кембриджский центр кристаллографических данных (CCDC) разработал и запустил две программы под названием ConQuest и Mercury.[3] которые работают под Windows и различные типы Unix, включая Linux. ConQuest как поисковый интерфейс для Кембриджская структурная база данных (CSD), с участием Фортран код, который выполняет широкий спектр задач, таких как двумерный и трехмерный поиск подструктуры. Меркурий представлен как визуализатор кристаллической структуры, имеющий средства для исследования межмолекулярный контакты. Программа Mercury полностью написана на объектно-ориентированном C ++. C ++ Qt библиотека используется для создания GUI и OpenGL для рендеринга трехмерной графики. Основная цель Mercury первого поколения - обеспечить трехмерное изображение кристаллических структур с помощью файловых форматов .MOL2, .PDB, .CIF, .MOL.[4] В первой версии около 2800 пользователей подписались на рассылку электронных сообщений Mercury.[5] В 2008 году был запущен Mercury 2.0 с дополнительными инструментами для интерпретации и сравнения тенденций упаковки в кристаллических структурах. Версия Mercury, выпущенная в 2015 году и более поздняя, ​​предоставляет дополнительную функциональность для создания 3D печать.[6] В текущей версии 4.0 Mercury визуальный интерфейс улучшен в большей степени по сравнению со старыми версиями.[2]

Лицензия

Mercury доступен в виде бесплатного программного обеспечения для загрузки и полной версии Mercury с более продвинутыми функциями, доступными с лицензией CSD, при отсутствии такой лицензии расширенные функции отключены. Кембриджский центр кристаллографических данных (CCDC) предоставляет академическим учреждениям лицензию CSD.[2]

Смотрите также

использованная литература

  1. ^ Клэр Ф., Макрэй (28 февраля 2006 г.). «Меркурий: визуализация и анализ кристаллических структур» (PDF). Журнал прикладной кристаллографии. 39: 453. Дои:10.1107 / S002188980600731X.
  2. ^ а б c «Руководство пользователя и учебные пособия Mercury» (PDF). ccdc.cam.ac.uk.
  3. ^ Аллен, Фрэнк Х. (29 мая 2002 г.). «Кембриджская база данных структур: четверть миллиона кристаллических структур и рост». Acta Crystallographica Раздел B Структурные науки. Международный союз кристаллографии (IUCr). 58 (3): 380–388. Дои:10.1107 / s0108768102003890. ISSN  0108-7681.
  4. ^ Бруно, И. Дж. «Новое программное обеспечение для поиска в Кембриджской базе структурных данных и визуализации кристаллических структур». Acta Crystallographica Раздел B. B58: 389. Дои:10.1107 / S0108768102003324.
  5. ^ I. Sovago, C. F. Macrae ,. «Меркурий 4.0: от визуализации к анализу, проектированию и прогнозированию» (PDF). Журнал прикладной кристаллографии. 53: 226. Дои:10.1107 / S1600576719014092.CS1 maint: лишняя пунктуация (ссылка на сайт)
  6. ^ «3D-печать: просто как 1, 2, 3!». Кембриджский центр структурных данных (CCDC). 19 августа 2015 г.. Получено 2019-05-18.

внешние ссылки