Система реакция – диффузия - Reaction–diffusion system

Моделирование двух виртуальных химических веществ, реагирующих и распространяющихся на торе, с использованием Модель Грея – Скотта

Реакционно-диффузионные системы представляют собой математические модели, соответствующие нескольким физическим явлениям. Чаще всего встречается изменение во времени и пространстве концентрации одного или нескольких химических веществ: местного химические реакции в котором вещества превращаются друг в друга, и распространение который заставляет вещества распространяться по поверхности в космосе.

Системы реакция – диффузия естественным образом применяются в химия. Однако система может также описывать динамические процессы нехимической природы. Примеры можно найти в биология, геология и физика (теория диффузии нейтронов) и экология. Математически системы реакция – диффузия имеют форму полулинейных параболические уравнения в частных производных. Их можно представить в общем виде

куда q(Икс, т) представляет неизвестную вектор-функцию, D это диагональная матрица из коэффициенты диффузии, и р учитывает все местные реакции. Решения уравнений реакции-диффузии демонстрируют широкий диапазон поведения, включая образование бегущие волны и волнообразные явления, а также другие самоорганизованный узоры как полосы, шестиугольники или более сложные структуры, такие как диссипативные солитоны. Такие узоры получили название "Паттерны Тьюринга ".[1] Каждая функция, для которой выполняется дифференциальное уравнение реакции диффузии, фактически представляет собой переменная концентрации.

Однокомпонентные уравнения реакции – диффузии

Простейшее уравнение реакции-диффузии имеет одно пространственное измерение в плоской геометрии,

также называется Уравнение Колмогорова – Петровского – Пискунова..[2] Если член реакции равен нулю, то уравнение представляет собой чистый диффузионный процесс. Соответствующее уравнение Второй закон Фика. Выбор р(ты) = ты(1 − ты) дает Уравнение фишера который первоначально использовался для описания распространения биологических население,[3] уравнение Ньюэлла – Уайтхеда – Сегеля с р(ты) = ты(1 − ты2) описать Конвекция Рэлея-Бенара,[4][5] более общий Зельдович уравнение с р(ты) = ты(1 − ты)(тыα) и 0 < α < 1 что возникает в горение теория[6] и его частный вырожденный случай с р(ты) = ты2ты3 это иногда также называют уравнением Зельдовича.[7]

На динамику однокомпонентных систем накладываются определенные ограничения, так как уравнение эволюции также можно записать в вариационной форме

и поэтому описывает постоянное уменьшение «свободной энергии» заданный функционалом

с потенциалом V(ты) такой, что р(ты) = dV(ты)/dты.

Решение фронта бегущей волны для уравнения Фишера.

В системах с более чем одним стационарным однородным решением типичное решение дается бегущими фронтами, соединяющими однородные состояния. Эти растворы движутся с постоянной скоростью, не меняя своей формы, и имеют вид ты(Икс, т) = û(ξ) с ξ = Иксct, куда c - скорость бегущей волны. Обратите внимание, что, хотя бегущие волны являются обычно стабильными структурами, все немонотонные стационарные решения (например, локализованные области, состоящие из пары фронт-антифронт) нестабильны. За c = 0, этому утверждению есть простое доказательство:[8] если ты0(Икс) является стационарным решением и ты = ты0(Икс) + ũ(Икс, т) является бесконечно малым возмущенным решением, линейный анализ устойчивости приводит к уравнению

С анзацем ũ = ψ(Икс) ехр (-λt) мы приходим к проблеме собственных значений

из Тип Шредингера где отрицательные собственные значения приводят к неустойчивости решения. Из-за трансляционной инвариантности ψ = ∂Иксты0(Икс) нейтральный собственная функция с собственное значение λ = 0, а все другие собственные функции могут быть отсортированы по возрастающему числу узлов, причем величина соответствующего действительного собственного значения монотонно увеличивается с увеличением количества нулей. Собственная функция ψ = ∂Иксты0(Икс) должен иметь хотя бы один нуль, а для немонотонного стационарного решения соответствующее собственное значение λ = 0 не может быть самым низким, что предполагает нестабильность.

Для определения скорости c движущегося фронта можно перейти в движущуюся систему координат и посмотреть на стационарные решения:

У этого уравнения есть хороший механический аналог: движение массы D с положением û в течение «времени» ξ под силой р с коэффициентом демпфирования c, который позволяет довольно наглядно получить доступ к построению различных типов решений и определению c.

При переходе от одного пространственного измерения к нескольким все же может применяться ряд утверждений из одномерных систем. Плоские или изогнутые волновые фронты являются типичными структурами, и новый эффект возникает, когда локальная скорость искривленного фронта становится зависимой от локального радиус кривизны (это можно увидеть, перейдя в полярные координаты ). Это явление приводит к так называемой нестабильности, обусловленной кривизной.[9]

Двухкомпонентные уравнения реакции-диффузии

Двухкомпонентные системы допускают гораздо больший диапазон возможных явлений, чем их однокомпонентные аналоги. Важная идея, впервые предложенная Алан Тьюринг состоит в том, что состояние, которое стабильно в локальной системе, может стать нестабильным при наличии распространение.[10]

Однако линейный анализ устойчивости показывает, что при линеаризации общей двухкомпонентной системы

а плоская волна возмущение

стационарного однородного раствора будет удовлетворять

Идею Тьюринга можно реализовать только за четыре классы эквивалентности систем, характеризующихся признаками Якобиан р функции реакции. В частности, если конечный волновой вектор k считается наиболее нестабильным, якобиан должен иметь знаки

Этот класс систем получил название система активатор-ингибитор после первого представителя: близкий к основному состоянию, один компонент стимулирует выработку обоих компонентов, а другой тормозит их рост. Наиболее ярким его представителем является Уравнение ФитцХью – Нагумо

с ж (ты) = λuты3κ который описывает, как потенциал действия проходит через нерв.[11][12] Здесь, dты, dv, τ, σ и λ положительные константы.

Когда система активатор-ингибитор претерпевает изменение параметров, можно перейти от условий, при которых однородное основное состояние является устойчивым, к условиям, при которых оно является линейно нестабильным. Соответствующие бифуркация может быть либо Бифуркация хопфа в глобально колеблющееся однородное состояние с доминирующим волновым числом k = 0 или Бифуркация Тьюринга в глобально структурированное состояние с доминирующим конечным волновым числом. Последнее в двух пространственных измерениях обычно приводит к полосатым или шестиугольным узорам.

Для примера Фитцхью – Нагумо кривые нейтральной устойчивости, обозначающие границу области линейной устойчивости для бифуркаций Тьюринга и Хопфа, имеют вид

Если бифуркация подкритическая, часто локализованные структуры (диссипативные солитоны ) можно наблюдать в гистерезисный область, в которой паттерн сосуществует с основным состоянием. Другие часто встречающиеся структуры содержат последовательности импульсов (также известные как периодические бегущие волны ), спиральные волны и целевые узоры. Эти три типа решений также являются общими чертами двух (или более) компонентных уравнений реакции-диффузии, в которых локальная динамика имеет устойчивый предельный цикл.[13]

Трех- и более-компонентные уравнения реакции-диффузии

Для множества систем были предложены уравнения реакции-диффузии с более чем двумя компонентами, например как модели для регулирования лимфангиогенез к VEGFC, MMP2, и коллаген I;[14] то Реакция Белоусова – Жаботинского,[15] за свертывание крови[16] или планарный сброс газа системы.[17]

Известно, что системы с большим количеством компонентов допускают множество явлений, невозможных в системах с одним или двумя компонентами (например, стабильные текущие импульсы в более чем одном пространственном измерении без глобальной обратной связи).[18] Введение и систематический обзор возможных явлений в зависимости от свойств основной системы даны в.[19]

Проблемы, создаваемые многокомпонентными системами, коренятся в их аналитически трудноразрешимой природе; Одно из решений - исследовать параметрическое пространство такой модели по одной точке за раз, а затем решать модель численно, как это было сделано в теоретическом исследовании лимфангиогенез.[14]

Применение и универсальность

В последнее время системы реакция-диффузия вызывают большой интерес как прототип модели для формирование рисунка.[20] Вышеупомянутые паттерны (фронты, спирали, мишени, шестиугольники, полосы и диссипативные солитоны) можно найти в различных типах реакционно-диффузионных систем, несмотря на большие расхождения, например, в условиях местной реакции. Также утверждалось, что процессы реакции-диффузии являются важной основой для процессов, связанных с морфогенез в биологии[21] и может даже быть связано с шерстью животных и пигментацией кожи.[22][23] Другие применения уравнений реакции-диффузии включают экологические вторжения,[24] распространение эпидемий,[25] рост опухоли[26][27][28] и заживление ран.[29] Другая причина интереса к реакционно-диффузионным системам заключается в том, что, хотя они являются нелинейными уравнениями в частных производных, часто существуют возможности для аналитического рассмотрения.[8][9][30][31][32][20]

Эксперименты

Хорошо контролируемые эксперименты в химических реакционно-диффузионных системах до сих пор осуществлялись тремя способами. Во-первых, гелевые реакторы[33] или заполненные капиллярные трубки[34] может быть использовано. Второй, температура импульсы на каталитические поверхности были исследованы.[35][36] В-третьих, распространение бегущих нервных импульсов моделируется с помощью систем реакции-диффузии.[11][37]

Помимо этих общих примеров, оказалось, что при определенных обстоятельствах электрические транспортные системы, такие как плазма[38] или полупроводники[39] можно описать в рамках реакционно-диффузионного подхода. Для этих систем были проведены различные эксперименты по формированию рисунка.

Числовые методы лечения

Система реакция – диффузия может быть решена с использованием методов вычислительная математика. В исследовательской литературе существует несколько числовых трактовок.[40][20][41] Также для сложных геометрии Предложены методы численного решения.[42][43]

Смотрите также

Примеры


Рекомендации

  1. ^ Вули, Т. Э., Бейкер, Р. Э., Майни, П. К., Глава 34, Теория морфогенеза Тьюринга. В Коупленд, Б. Джек; Боуэн, Джонатан П.; Уилсон, Робин; Спревак, Марк (2017). Руководство по Тьюрингу. Oxford University Press. ISBN  978-0198747826.
  2. ^ Колмогоров А., Петровский И. и Пискунов Н. (1937) Исследование уравнения диффузии, связанного с ростом качества вещества, и его применение к биологической проблеме. Вестник Математики МГУ, 1, 1-26.
  3. ^ Р. А. Фишер, Ann. Евг. 7 (1937): 355
  4. ^ Newell, Alan C .; Уайтхед, Дж. А. (3 сентября 1969 г.). «Конечная ширина полосы, конвекция конечной амплитуды». Журнал гидромеханики. Издательство Кембриджского университета (CUP). 38 (2): 279–303. Bibcode:1969JFM .... 38..279N. Дои:10.1017 / s0022112069000176. ISSN  0022-1120.
  5. ^ Сегел, Ли А. (14 августа 1969 г.). «Удаленные боковые стенки вызывают медленную амплитудную модуляцию ячеистой конвекции». Журнал гидромеханики. Издательство Кембриджского университета (CUP). 38 (1): 203–224. Bibcode:1969JFM .... 38..203S. Дои:10.1017 / s0022112069000127. ISSN  0022-1120.
  6. ^ Зельдович Ю. Б., Франк-Каменецкий Д. А. // Acta Physicochim. 9 (1938): 341
  7. ^ Б. Х. Гилдинг и Р. Керснер, Бегущие волны в реакции нелинейной диффузионной конвекции., Биркхойзер (2004)
  8. ^ а б П. К. Файф, Математические аспекты реагирующих и рассеивающих систем, Спрингер (1979)
  9. ^ а б А. С. Михайлов, Основы синергетики I. Распределенные активные системы, Springer (1990)
  10. ^ Тьюринг, А. (14 августа 1952 г.). «Химические основы морфогенеза». Философские труды Лондонского королевского общества. Серия B, Биологические науки. Королевское общество. 237 (641): 37–72. Bibcode:1952РСПТБ.237 ... 37Т. Дои:10.1098 / рстб.1952.0012. ISSN  2054-0280.
  11. ^ а б ФитцХью, Ричард (1961). «Импульсы и физиологические состояния в теоретических моделях нервной мембраны». Биофизический журнал. Elsevier BV. 1 (6): 445–466. Bibcode:1961BpJ ..... 1..445F. Дои:10.1016 / с0006-3495 (61) 86902-6. ISSN  0006-3495. ЧВК  1366333. PMID  19431309.
  12. ^ J. Nagumo et al., Proc. Inst. Радио Энджин. Электр. 50 (1962): 2061
  13. ^ Kopell, N .; Ховард, Л. Н. (1973). "Плоские волновые решения уравнений реакции-диффузии". Исследования по прикладной математике. Вайли. 52 (4): 291–328. Дои:10.1002 / sapm1973524291. ISSN  0022-2526.
  14. ^ а б Русе, Тиина; Вертхайм, Кеннет Ю. (3 января 2019 г.). "Может ли VEGFC формировать паттерны Тьюринга у эмбрионов рыбок данио?". Вестник математической биологии. 81 (4): 1201–1237. Дои:10.1007 / s11538-018-00560-2. ISSN  1522-9602. ЧВК  6397306. PMID  30607882.
  15. ^ Ванаг, Владимир К .; Эпштейн, Ирвинг Р. (24 марта 2004 г.). «Стационарные и колебательные локализованные паттерны и докритические бифуркации». Письма с физическими проверками. Американское физическое общество (APS). 92 (12): 128301. Дои:10.1103 / Physrevlett.92.128301. ISSN  0031-9007.
  16. ^ Лобанова, Э. С .; Атауллаханов Ф. И. (26 августа 2004 г.). «Бегущие импульсы сложной формы в реакционно-диффузионной модели». Письма с физическими проверками. Американское физическое общество (APS). 93 (9): 098303. Дои:10.1103 / Physrevlett.93.098303. ISSN  0031-9007.
  17. ^ Х.-Г. Purwins et al. в: Диссипативные солитоны, Конспект лекций по физике / Под ред. Н. Ахмедиев и А. Анкевич, Springer (2005)
  18. ^ Schenk, C.P .; Ор-Гиль, М .; Боде, М .; Пурвинс, Х.-Г. (12 мая 1997 г.). «Взаимодействующие импульсы в трехкомпонентных реакционно-диффузионных системах на двумерных областях». Письма с физическими проверками. Американское физическое общество (APS). 78 (19): 3781–3784. Дои:10.1103 / Physrevlett.78.3781. ISSN  0031-9007.
  19. ^ А. В. Лир: Диссипативные солитоны в реакционно-диффузионных системах. Механизм, динамика, взаимодействие. Том 70 серии Springer по синергетике, Springer, Berlin Heidelberg 2013, ISBN  978-3-642-31250-2
  20. ^ а б c Гупта, Анкур; Чакраборти, Сайкат (январь 2009 г.). «Линейный анализ устойчивости высоко- и низкоразмерных моделей для описания формирования структуры с ограниченным перемешиванием в гомогенных автокаталитических реакторах». Журнал химической инженерии. 145 (3): 399–411. Дои:10.1016 / j.cej.2008.08.025. ISSN  1385-8947.
  21. ^ L.G. Харрисон, Кинетическая теория живого образца, Cambridge University Press (1993)
  22. ^ Х. Мейнхардт, Модели формирования биологического паттерна, Academic Press (1982)
  23. ^ Мюррей, Джеймс Д. (9 марта 2013 г.). Математическая биология. Springer Science & Business Media. С. 436–450. ISBN  978-3-662-08539-4.
  24. ^ Холмс, Э. Э .; Льюис, М. А .; Бэнкс, Дж. Э .; Вейт, Р. Р. (1994). «Уравнения с частными производными в экологии: пространственные взаимодействия и динамика населения». Экология. Вайли. 75 (1): 17–29. Дои:10.2307/1939378. ISSN  0012-9658.
  25. ^ Мюррей, Джеймс Д .; Стэнли, Э. А .; Браун, Д. Л. (22 ноября 1986 г.). «О пространственном распространении бешенства среди лисиц». Труды Лондонского королевского общества. Серия Б. Биологические науки. Королевское общество. 229 (1255): 111–150. Дои:10.1098 / rspb.1986.0078. ISSN  2053-9193.
  26. ^ ЧАПЛЕН, М. А. Дж. (1995). «ПРЕДПРИЯТИЕ РЕАКЦИИ-ДИФФУЗИИ И ЕЕ ПОТЕНЦИАЛЬНАЯ РОЛЬ В ИНВАЗИИ ОПУХОЛЕЙ». Журнал биологических систем. World Scientific Pub Co Pte Lt. 03 (04): 929–936. Дои:10.1142 / s0218339095000824. ISSN  0218-3390.
  27. ^ Sherratt, J. A .; Новак М.А. (22 июня 1992 г.). «Онкогены, антионкогены и иммунный ответ на рак: математическая модель». Труды Королевского общества B: биологические науки. Королевское общество. 248 (1323): 261–271. Дои:10.1098 / rspb.1992.0071. ISSN  0962-8452.
  28. ^ Р.А. Гейтенби и Э. Gawlinski, Cancer Res. 56 (1996): 5745
  29. ^ Sherratt, J. A .; Мюррей, Дж. Д. (23 июля 1990 г.). «Модели заживления эпидермальных ран». Труды Королевского общества B: биологические науки. Королевское общество. 241 (1300): 29–36. Дои:10.1098 / rspb.1990.0061. ISSN  0962-8452.
  30. ^ П. Гриндрод, Модели и волны: теория и приложения уравнений реакции-диффузии, Clarendon Press (1991)
  31. ^ Дж. Смоллер, Ударные волны и уравнения диффузии реакций, Springer (1994).
  32. ^ Кернер Б.С., Осипов В.В. Автосолитоны. Новый подход к проблемам самоорганизации и турбулентности, Kluwer Academic Publishers (1994).
  33. ^ Ли, Кён-Джин; Маккормик, Уильям Д .; Пирсон, Джон Э .; Суинни, Гарри Л. (1994). «Экспериментальное наблюдение самовоспроизводящихся пятен в системе реакция – диффузия». Природа. Springer Nature. 369 (6477): 215–218. Дои:10.1038 / 369215a0. ISSN  0028-0836.
  34. ^ Хамик, Чад Т; Стейнбок, Оливер (6 июня 2003 г.). «Волны возбуждения в реакционно-диффузионных средах с немонотонными дисперсионными соотношениями». Новый журнал физики. IOP Publishing. 5: 58–58. Дои:10.1088/1367-2630/5/1/358. ISSN  1367-2630.
  35. ^ Rotermund, H.H .; Jakubith, S .; von Oertzen, A .; Эртл, Г. (10 июня 1991 г.). «Солитоны в поверхностной реакции». Письма с физическими проверками. Американское физическое общество (APS). 66 (23): 3083–3086. Дои:10.1103 / Physrevlett.66.3083. ISSN  0031-9007.
  36. ^ Грэм, Майкл Д .; Lane, Samuel L .; Лусс, Дэн (1993). «Динамика температурных импульсов на каталитическом кольце». Журнал физической химии. Американское химическое общество (ACS). 97 (29): 7564–7571. Дои:10.1021 / j100131a028. ISSN  0022-3654.
  37. ^ Ходжкин, А.Л .; Хаксли, А. Ф. (28 августа 1952 г.). «Количественное описание мембранного тока и его применение к проводимости и возбуждению в нерве». Журнал физиологии. Вайли. 117 (4): 500–544. Дои:10.1113 / jphysiol.1952.sp004764. ISSN  0022-3751. ЧВК  1392413. PMID  12991237.
  38. ^ Боде, М .; Пурвинс, Х.-Г. (1995). «Формирование закономерностей в реакционно-диффузионных системах - диссипативных солитонах в физических системах». Physica D: нелинейные явления. Elsevier BV. 86 (1–2): 53–63. Дои:10.1016 / 0167-2789 (95) 00087-к. ISSN  0167-2789.
  39. ^ Э. Шёлль, Нелинейная пространственно-временная динамика и хаос в полупроводниках, Cambridge University Press (2001)
  40. ^ S.Tang и др., Австралийский математический журнал. Сер.Б 35 (1993): 223–243.
  41. ^ Тим Хаттон, Роберт Мунафо, Эндрю Треворроу, Том Рокики, Дэн Уиллс. «Готово, кроссплатформенная реализация различных систем реакции-диффузии». https://github.com/GollyGang/ready
  42. ^ Isaacson, Samuel A .; Пескин, Чарльз С. (2006). «Включение диффузии в сложных геометриях в моделирование стохастической химической кинетики». SIAM J. Sci. Вычислить. 28 (1): 47–74. CiteSeerX  10.1.1.105.2369. Дои:10.1137/040605060.
  43. ^ Линкер, Патрик (2016). «Численные методы решения уравнения реактивной диффузии в сложных геометриях». Победитель.

внешняя ссылка