TANGO2 - TANGO2
Организация транспорта и гольджи 2 гомолог (TANGO2) также известный как хромосома 22 открытая рамка считывания 25 (C22orf25) - это белок что у человека кодируется геном TANGO2.
Функция C22orf25 в настоящее время неизвестна. Он характеризуется доменом суперсемейства NRDE (DUF883), который строго известен как консервативный аминокислота последовательность (N) -Аспарагин (Р)-Аргинин (D) -Аспарагиновая кислота (E) -Глютаминовая кислота. Этот домен находится среди отдаленно родственных разновидность из шести царств:[4] Эубактерии, Архебактерии, Протиста, Грибы, Plantae, и Animalia и, как известно, участвует в Гольджи организация и секреция белка.[5] Вероятно, что он локализуется в цитоплазма но закреплен в клеточная мембрана второй аминокислотой.[6][7] C22orf25 также ксенологичный к T10 как белки в Вирус оспы птиц и Canarypox Virus. Ген, кодирующий C22orf25, расположен на хромосома 22 и местоположение q11.21, поэтому его часто связывают с Синдром делеции 22q11.2.[8]
Протеин
| Размер гена | Размер белка | # экзонов | Последовательность промотора | Сигнальный пептид | Молекулярный вес | Длина домена |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2271 п.н. | 276 лет назад | 9[9] | 687 п.н. | Нет[10] | 30,9 кДа[11] | 270 лет назад |
Джин соседство
Ген C22orf25 расположен на длинном плече (q) хромосомы 22 в области 1, полосе 1 и поддиапазоне 2 (22q11.21), начиная с 20 008 631. пар оснований и заканчивая 20 053 447 парами оснований.[8] Есть делеция 1.5-3.0 Мб, содержащая около 30-40 гены, охватывающий этот регион, который вызывает наиболее выживаемое генетическое делеционное заболевание, известное как Синдром делеции 22q11.2, который чаще всего известен как синдром Ди Джорджи или Велокаридо-лицевой синдром.[12][13] Синдром делеции 22q11.2 имеет широкий спектр фенотипы и это не связано с потерей одного гена. Обширные фенотипы возникают из-за делеций не только генов критической области синдрома Ди Джорджи (DGCR) и генов болезней, но и других неидентифицированных генов.[14]
C22orf25 находится в непосредственной близости от DGCR8, а также других генов, которые, как известно, играют роль в синдроме ДиДжорджи, таких как ген повтора броненосца, удаленный при Велокардиофациальном синдроме (ARVCF ), Катехол-О-метилтрансфераза (COMT ) и Т-образная коробка 1 (TBX1 ).[15][16]
Прогнозируемые характеристики мРНК
Промоутер
В промоутер для гена C22orf25 охватывает 687 пар оснований от 20 008 092 до 20 008 878 с прогнозируемым сайт начала транскрипции то есть 104 пары оснований и интервалы от 20 008 591 до 20 008 694.[17] Промоторная область и начало гена C22orf25 (от 20 008 263 до 20 009 250) не законсервированы у прошлых приматов. Этот регион использовался для определения фактор транскрипции взаимодействия.
Факторы транскрипции
Некоторые из основных факторов транскрипции, которые связываются с промотором, перечислены ниже.[18]
| Ссылка | Подробная информация о семье | Старт (аминокислота) | Конец (аминокислота) | Strand |
|---|---|---|---|---|
| XBBF | Факторы привязки X-box | 227 | 245 | - |
| GCMF | Хорион-специфические факторы транскрипции (с ДНК-связывающим доменом GCM) | 151 | 165 | - |
| YBXF | Факторы транскрипции, связывающие Y-бокс | 158 | 170 | - |
| ПОРЫВ | Связанные с SWI / SNF нуклеофосфопротеины (с мотивом связывания пальца RING) | 222 | 232 | - |
| NEUR | NeuroD, Beta2, домен HLH | 214 | 226 | - |
| PCBE | Элемент привязки ядра PREB | 148 | 162 | - |
| NR2F | Подсемейство ядерных рецепторов 2 фактора | 169 | 193 | - |
| AP1R | Факторы, связанные с MAF и AP1 | 201 | 221 | - |
| ZF02 | C2H2 факторы транскрипции цинкового пальца 2 | 108 | 130 | - |
| СКАЗКА | Класс гомеодомена TALE, распознающий мотивы TG | 216 | 232 | - |
| WHNF | Факторы транскрипции крылатой спирали | 271 | 281 | - |
| FKHD | Факторы вилочного домена | 119 | 135 | + |
| МИОД | Факторы, определяющие миобласты | 218 | 234 | + |
| AP1F | AP1, активирующий белок 1 | 118 | 130 | + |
| BCL6 | Цинковый палец домена POZ экспрессируется в В-клетках | 190 | 206 | + |
| ЗАБОТА | Элементы ответа кальция | 196 | 206 | + |
| EVI1 | Фактор ядерной транскрипции EVI1 | 90 | 106 | + |
| ETSF | Фактор транскрипции ETS | 162 | 182 | + |
| ЧАЙФ | Факторы домена связывания ДНК TEA / ATTS | 176 | 188 | + |
Экспрессионный анализ
Данные выражения из Выраженный тег последовательности отображение микрочип и на месте гибридизация показать высокое выражение для Homo sapiens в кровь, Костный мозг и нервы.[19][20][21] Выражение лица не ограничивается этими областями, и низкое выражение наблюдается в других частях тела. В Caenorhabditis elegans ген snt-1 (гомолог C22orf25) экспрессировался в нервном кольце, отростках вентрального и дорсального спинного мозга, участках нервно-мышечных соединений и в нейронах.[22]
Эволюционная история
Домен NRDE (DUF883) - это домен с неизвестной функцией, охватывающий большую часть гена C22orf25, и он обнаружен среди отдаленных родственных видов, включая вирусы.
| Род и вид | Распространенное имя | Регистрационный номер | Seq. Длина | Seq. Личность | Seq. Сходство | Королевство | Время расхождения |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | люди | NP_690870.3 | 276aa | - | - | Animalia | - |
| Пан троглодиты | обыкновенный шимпанзе | BAK62258.1 | 276aa | 99% | 100% | Animalia | 6,4 млн лет назад |
| Ailuropoda melanoleuca | гигантская панда | XP_002920626 | 276aa | 91% | 94% | Animalia | 94,4 млн лет назад |
| Mus musculus | домовая мышь | NP_613049.2 | 276aa | 88% | 95% | Animalia | 92,4 млн лет назад |
| Мелеагрис галлопаво | индюк | XP_003210928 | 276aa | 74% | 88% | Animalia | 301,7 млн лет назад |
| Gallus gallus | Красная джунглевая птица | NP_001007837 | 276aa | 73% | 88% | Animalia | 301,7 млн лет назад |
| Xenopus laevis | Африканская когтистая лягушка | NP_001083694 | 275aa | 69% | 86% | Animalia | 371,2 млн лет назад |
| Xenopus (Silurana) tropicalis | Западная когтистая лягушка | NP_001004885.1 | 276aa | 68% | 85% | Animalia | 371,2 млн лет назад |
| Salmo salar | Атлантический лосось | NP_001167100 | 274aa | 66% | 79% | Animalia | 400,1 млн лет назад |
| Данио Рерио | данио | NP_001003781 | 273aa | 64% | 78% | Animalia | 400,1 млн лет назад |
| Канарейка | вирус | NP_955117 | 275aa | 50% | 69% | - | - |
| Птичья оспа | вирус | NP_039033 | 273aa | 44% | 63% | - | - |
| Cupriavidus | протеобактерии | YP_002005507.1 | 275aa | 38% | 52% | Эубактерии | 2313,2 млн лет назад |
| Burkholderia | протеобактерии | YP_004977059 | 273aa | 37% | 53% | Эубактерии | 2313,2 млн лет назад |
| Physcomitrella patens | мох | XP_001781807 | 275aa | 37% | 54% | Plantae | 1369 млн лет назад |
| Zea Mays | кукуруза / кукуруза | ACG35095 | 266aa | 33% | 53% | Plantae | 1369 млн лет назад |
| Trichophyton rubrum | грибок | XP_003236126 | 306aa | 32% | 47% | Грибы | 1215,8 млн лет назад |
| Sporisorium reilianum | Патоген растений | CBQ69093 | 321aa | 32% | 43% | Грибы | 1215,8 млн лет назад |
| Perkinsus marinus | возбудитель устриц | XP_002787624 | 219aa | 31% | 48% | Протиста | 1381,2 млн лет назад |
| Тетрахимена термофилия | Инфузорные простейшие | XP_001010229 | 277aa | 26% | 44% | Протиста | 1381,2 млн лет назад |
| Натриальба магадии | экстремофил | YP_003481665 | 300aa | 25% | 39% | Архебактерии | 3556,3 млн лет назад |
| Halopiger xanaduensis | галофильный археон | YP_004597780.1 | 264aa | 24% | 39% | Архебактерии | 3556,3 млн лет назад |
Прогнозируемые особенности белка
Пост-трансляционные модификации
Посттрансляционные модификации гена C22orf25, которые эволюционно консервативны в царствах Animalia и Plantae, а также вирус Canarypox Virus, включают: гликозилирование (C-маннозилирование),[23] гликирование,[24] фосфорилирование (специфическая киназа),[25] и пальмитоилирование.[26]
Прогнозируемая топология
C22orf25 располагается в цитоплазме и прикрепляется к клеточной мембране второй аминокислотой. Как упоминалось ранее, вторая аминокислота модифицируется пальмитоилированием. Известно, что пальмитоилирование способствует ассоциации с мембранами.[27] потому что способствует повышенной гидрофобности.[6] Известно, что пальмитоилирование играет роль в модуляции транспорта белков,[28] стабильность[29] и сортировка.[30] Пальмитоилирование также участвует в передаче сигналов в клетках.[31] и нейрональная передача.[32]
Белковые взаимодействия
C22orf25 взаимодействует с NFKB1,[33] РЕЛА,[33] RELB,[33] БТРК,[33] RPS27A,[33] BCL3,[34] MAP3K8,[33] NFKBIA,[33] SIN3A,[33] SUMO1,[33] Tat.[35]
Клиническое значение
Мутации в гене TANGO2 могут вызывать дефекты митохондрий. β-окисление[36] и увеличился эндоплазматический ретикулум стресс и снижение Гольджи объемная плотность.[37] Эти мутации приводят к раннему началу гипогликемия, гипераммониемия, рабдомиолиз, сердечные аритмии, и энцефалопатия что позже перерастает в когнитивные нарушения.[36][37]
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000183597 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ «ВЗРЫВ (NCBI)».
- ^ «Консервированные домены (NCBI)».
- ^ а б «CSS-Palm».
- ^ «ПСОРТII».
- ^ а б «Джин (NCBI)».
- ^ «Эльдорадо (Геноматикс)».
- ^ «СигналП (ExPASy)».
- ^ «Статистический анализ белковой последовательности (Biology Workbench)».[постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Мичан Д.В., Мейнард TM, Такер ES, LaMantia AS (2011). «Три фазы патогенеза синдрома делеции ДиДжорджи / 22q11 во время развития мозга: формирование паттерна, пролиферация и митохондриальные функции генов 22q11». Международный журнал нейробиологии развития. 29 (3): 283–294. Дои:10.1016 / j.ijdevneu.2010.08.005. ЧВК 3770287. PMID 20833244.
- ^ Книффин К. "Синдром ДиДжорджи; DGS. Получено в апреле 2012 г. из Интернет-сайта Mendelian Inheritance in Man".
- ^ Скамблер Пи Джей (2000). «Синдромы делеции 22q11». Гм. Мол. Genet. 9 (16): 2421–6. Дои:10.1093 / hmg / 9.16.2421. PMID 11005797.
- ^ «Синдром делеции 22q11.2». Вашингтонский университет, Сиэтл. 1993 г.
- ^ "Браузер генома BLAT UCSC".
- ^ "Эль Дурадо (Геноматикс)".
- ^ "Эль Дурадо-Геноматикс".
- ^ "Unigene NCBI". Архивировано из оригинал на 2013-07-12. Получено 2012-04-26.
- ^ "GEO Profiles NCBI".
- ^ «Био GPS».
- ^ "Червячная база".
- ^ "NetCGly (ExPASy)".
- ^ «NetGlycate (ExPASy)».
- ^ «Фос (ExPASy)».
- ^ "CSS Palm (ExPASy)".
- ^ Реш М.Д. (2006). «Пальмитоилирование лигандов, рецепторов и внутриклеточных сигнальных молекул». STKE науки. 2006 (359): 14. Дои:10.1126 / stke.3592006re14. PMID 17077383.
- ^ Draper JM, Xia Z, Smith CD (август 2007 г.). «Клеточное пальмитоилирование и трафик липированных пептидов». Журнал липидных исследований. 48 (8): 1873–1884. Дои:10.1194 / jlr.m700179-jlr200. ЧВК 2895159. PMID 17525474.
- ^ Linder ME, Deschenes RJ (январь 2007 г.). «Пальмитоилирование: контроль стабильности белка и трафика». Обзоры природы Молекулярная клеточная биология. 8 (1): 74–84. Дои:10.1038 / nrm2084. PMID 17183362.
- ^ Гривз Дж., Чемберлен Л.Х. (январь 2007 г.). «Сортировка белков, зависимых от пальмитоилирования». Журнал клеточной биологии. 176 (3): 249–254. Дои:10.1083 / jcb.200610151. ЧВК 2063950. PMID 17242068.
- ^ Кейси П.Дж. (1995). «Липидирование белков в клеточной передаче сигналов». Наука. 268 (5208): 221–5. Bibcode:1995 Наука ... 268..221C. Дои:10.1126 / science.7716512. PMID 7716512.
- ^ Рот А.Ф., Ван Дж., Бейли А.О., Сан Б., Кучар Дж. А., Грин В.Н., Финни Б.С., Йетс Дж. Р., Дэвис Н.Г. (июнь 2006 г.). «Глобальный анализ пальмитоилирования белков в дрожжах». Клетка. 125 (5): 1003–1013. Дои:10.1016 / j.cell.2006.03.042. ЧВК 2246083. PMID 16751107.
- ^ а б c d е ж грамм час я «База данных молекулярных взаимодействий». Архивировано из оригинал на 2006-05-06.
- ^ «База данных молекулярных взаимодействий». Архивировано из оригинал на 2006-05-06.
- ^ «База данных вирусных молекулярных взаимодействий». Архивировано из оригинал 15 февраля 2015 г.
- ^ а б Кремер Л.С., Дистельмайер Ф., Альхаддад Б., Хемпель М., Юсо А., Кюппер С. и др. (2016). «Биаллельные усекающие мутации в TANGO2 вызывают рецидивирующие метаболические кризисы в младенчестве с энцефалокардиомиопатией». Американский журнал генетики человека. 98 (2): 358–62. Дои:10.1016 / j.ajhg.2015.12.009. ЧВК 4746337. PMID 26805782.
- ^ а б Лалани С.Р., Лю П., Розенфельд Дж. А., Уоткин Л. Б., Чан Ти, Ледук М.С. и др. (2016). «Рецидивирующая мышечная слабость с рабдомиолизом, метаболическими кризисами и сердечной аритмией из-за биаллельных мутаций TANGO2». Американский журнал генетики человека. 98 (2): 347–57. Дои:10.1016 / j.ajhg.2015.12.008. ЧВК 4746334. PMID 26805781.