C16orf86 - C16orf86

C16orf86
Идентификаторы
ПсевдонимыC16orf86, хромосома 16 открытая рамка считывания 86
Внешние идентификаторыMGI: 1918296 ГомолоГен: 19274 Генные карты: C16orf86
Расположение гена (человек)
Хромосома 16 (человек)
Chr.Хромосома 16 (человек)[1]
Хромосома 16 (человек)
Геномное расположение C16orf86
Геномное расположение C16orf86
Группа16q22.1Начинать67,666,814 бп[1]
Конец67,668,757 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

388284

71046

Ансамбль

ENSG00000159761

ENSMUSG00000013158

UniProt

Q6ZW13

Q9D4A5

RefSeq (мРНК)

NM_001012984

NM_027655
NM_001357256

RefSeq (белок)

NP_001013002

NP_081931
NP_001344185

Расположение (UCSC)Chr 16: 67.67 - 67.67 МбChr 8: 105.71 - 105.71 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Неохарактеризованный белок C16orf86 представляет собой белок у людей, который кодируется геном C16orf86.[5] Он в основном состоит из альфа-спиралей и экспрессируется в яичках, но также и в других тканях, таких как почки, толстая кишка, мозг, жир, селезенка и печень.[5] Что касается функции C16orf86, это не совсем понятно, однако это может быть фактор транскрипции в ядре, который регулирует G0 /G1 в клеточном цикле таких тканей, как почки, мозг и скелетные мышцы, как указано в данных микрочипа ДНК ниже в разделе регулирования уровня генов.

Функция

Функция белка C16orf86 все еще недостаточно изучена, однако, основываясь на данных микрочипов ДНК и данных посттрансляционных модификаций ниже, этот белок может быть фактором транскрипции в ядре, который регулирует G0 /G1 в клеточном цикле таких тканей, как почки, мозг и скелетные мышцы.

Локализация

Ткань

C16orf86 имеет высокую экспрессию в тканях яичек, а также в таких областях, как почки, толстая кишка, мозг, жир, селезенка, печень.[5]

Данные микрочипа C16orf86 были найдены с помощью NCBI UniGene и перешли в GeoProfiles для C16orf86.[6] Эти данные ниже показывают паттерны тканевой экспрессии C16orf86 для регуляции клеточного цикла в клетках почек, раковых клетках толстой кишки и жировой ткани.

Этот рисунок микрочипа ДНК ниже был получен на клетках с дефицитом MIF и контрольных клетках с использованием кДНК.[7][8] Результаты показали, что цитоплазматический белок MIF является регулятором, способствующим пролиферации клеток и прогрессированию клеточного цикла в клетках почек, например, HEK293.[7][8][9] Когда MIF ингибируется, P53 блокирует клеточный цикл прогрессии фазы G1 / S. Кроме того, ингибирование E2F и AP1 и активация P53 вносит вклад в регуляторы клеточного цикла, что приводит к остановке клеточного цикла в фазе G0 / G1 в клетках MIF. Это факторы транскрипции в промоторе C16orf86. E2F важен для прогрессирования клеточного цикла с AP1, и они блокируются MIF и P53 берет на себя. C16orf86 может играть важную роль в развитии клеточного цикла в почках, где он экспрессируется в тканях.

Этот рисунок микрочипа ДНК был сделан на клетках с дефицитом MIF и контрольных клетках с использованием кДНК.[7][8] Результаты показали, что наблюдается увеличение экспрессии гена C16orf86 в почечных клетках с истощенным MIF по сравнению с контролем почечных клеток.[7][8][9]

На приведенном ниже рисунке микроматрицы ДНК показаны очищенные клетки глиобластомы T98G, которые подвергались циклическому контролю, задержке G0 или высвобождению в S-фазу на 10-16 часов.[10][11] Исследователи проверили, как механизм PRB, p107 и p130 репрессирует гены-мишени E2F и как комплекс P130 взаимодействует с Dp, RB-подобными и другими факторами транскрипции E2F, помогая модулю DREAM в остановке клеточного цикла.[12] Результаты показали, что E2F4 вместе с P130 и другими факторами транскрипции опосредуют репрессию клеточного цикла от клетки G1 к клетке G0. Если есть активация, S-фаза будет связывать E2F1 / 2/3 с другими факторами транскрипции, чтобы активировать транскрипцию в клеточном цикле.[12] C16orf86 может играть важную роль в развитии клеточного цикла в головном мозге из-за E2F4 и E2F1 / 2/3 факторы транскрипции расположены в его промоторной последовательности.

На этом рисунке микроматрицы ДНК показаны очищенные клетки глиобластомы T98G, которые подвергались циклическому воздействию, задержке G0 или высвобождению в S-фазу в течение 10-16 часов.[10][11] Результаты показали изменение экспрессии гена C16orf86 в клетках глиобластомы, которые находятся в G0 / G1.[10][11][12]

В этом эксперименте с ДНК-микрочипом ниже используется идея массивов Infinium HumanMethylation450 BeadChip с GWAS для определения профилей метилирования ДНК на 3, 8 и 15 день для скелетных миобластов.[13][14] Это метилирование ДНК на 3-й, 8-й и 15-й день для профилей скелетных миобластов использовали для изучения дифференцировки миогенных клеток.[15] Результаты показали, что паттерны метилирования действительно влияют на дифференцировку миогенных клеток. Один из факторов транскрипции, протестированных в этом эксперименте, в частности, как относящийся к одному из факторов транскрипции в эксперименте, MYF6, это фактор транскрипции, расположенный в промоторе C16orf86.[15] Предполагается, что этот фактор транскрипции подавляется во время дифференцировки мышечных клеток.[15] Это можно увидеть, когда впервые вводят стимул и никогда не могут достичь его максимального пика. Это может означать, что C16orf86 может быть дифференцировкой мышечных клеток в клетки скелетных миобластов.[15]

В этом эксперименте с ДНК-микрочипом используется идея массивов Infinium HumanMethylation450 BeadChip с GWAS для определения профилей метилирования ДНК на 3-й, 8-й и 15-й день для скелетных миобластов.[13][14] Результаты показали изменение экспрессии гена в C16orf86 для миобластических клеток на 3-й, 8-й и 15-й день при реакции на стимулы.[13][14]

Субклеточный

Белок C16orf86 в основном локализован в ядре, а также в цитоплазме, митохондриях и эндоплазматическом ретикулуме. Этот результат был получен с помощью протеинового инструмента на Expasy под названием PSORTII.[16] Этот инструмент использовался для ввода данных о последовательности вместе со сравнением результатов с далекими ортологами тюленя Уэдделла и Red Fox.[17][18]

Ген

Место расположения

C16orf86 (открытая рамка считывания 86 хромосомы 16) - ген, обнаруженный на длинной руке хромосома 16 в позиции q22.11.[5] Он имеет геномную последовательность, которая начинается с 67 667 030 пар оснований и заканчивается на 67 668 590 парах оснований.[19] Его геномная последовательность читается в прямом направлении с положительной цепью.[5]

C16orf86 является частью региона ENKD1.[5] Эта область содержит 3 гена с белком ENKD1 вместе с его изоформами ENKD1 изоформа X1 и ENKD1 изоформа X2.[5][20] Другие гены, расположенные рядом с C16orf86, - это GFOD2 справа, ACD слева и PARD6A слева.[5]

Экзоны и интроны

C16orf86 имеет в общей сложности 4 экзонных участка в своей белковой последовательности.[5][19] Первая граница экзона расположена на аминокислотах 34 и 35 в парах оснований G и T. Затем вторая граница экзона расположена на аминокислотах 111 и 112 внутри пар оснований A и G. Наконец, третья граница экзона расположена между аминокислотой. кислота 184 и 186 в парах оснований C и G.[19]

C16orf86 имеет в общей сложности 3 интронных области в своей белковой последовательности.[19]

Длина кодирующего гена

C16orf86 охватывает 317 аминокислот в длину и начинает транскрипцию с аминокислоты 1 метионин и продолжается до аминокислоты 317, которая является стоп-кодоном.[19][21]

Изоформы

Существуют 2 изоформы C16orf86, которые представляют собой не охарактеризованную изоформу X1 белка C16orf86 и не охарактеризованную изоформу X2 белка C16orf86.[5]

нехарактеризованный белок C16orf86 изоформа X1 имеет длину в 332 аминокислоты и в общей сложности имеет 2 экзонных участка и 1 интронный участок.[22][23]

нехарактеризованная изоформа белка C16orf86 X2 имеет длину 326 аминокислот и всего 4 экзона и 3 интрона.[24][25]

Генная регуляция

Промоутер

В C16orf86 есть три разные промоторные последовательности. Эти промоторные последовательности были найдены с помощью инструмента Genomatix под названием Gene2Promoter for C16orf86.[26] Каждую из этих промоторных последовательностей сравнивали с отдаленными промоторами-ортологами C16orf86 с последовательностью человеческого белка C16orf86 в программе множественного выравнивания последовательностей Clustal Omega.[27] Результаты показали, что промотор GXP_107609 более точно совпадал по своей последовательности по сравнению с промотором GXP_7544221 и промотором GXP_6033384.[26]

Сайты связывания факторов транскрипции

Промотор для белка C16orf86 (GXP_107609) имел сайты связывания факторов транскрипции, которые были обнаружены с помощью инструмента Genomatix Gene2Promoter и нажатия на сайты связывания для анализа.[26] Сайты связывания были выбраны на основе высокого матричного балла и большого количества вхождений в промоторе.[26] Факторы транскрипции, которые находились в консервативных областях промоторной последовательности для C16orf86 (GXP_107609), были MYF3, MYF4, E2F, и Фактор связывания CCCTC.[26] Все эти факторы транскрипции связаны с регуляцией клеточного цикла.

Регулирование уровня транскрипции

5'UTR регион

Для C16orf86 было выполнено множественное выравнивание последовательностей на Clustal Omega для 5'UTR для орангутаны, гориллы, Бонобо, шимпанзе, Макака и люди.[27] Результаты MSA сравнивали с показателями структуры 5'UTR. Эти фигуры были созданы с помощью инструмента биоинформатики под названием m-fold.[28] Последовательности, которые выделялись в 5'UTR по сравнению с MSA - это пары оснований от 105 до 113. Эти области могут иметь область стебель-петля относящиеся к определенной функции или взаимодействия с белками.

3'UTR регион

Для C16orf86 было выполнено множественное выравнивание последовательностей на Clustal Omega для 5'UTR для орангутаны, гориллы, Бонобо, шимпанзе, Макаки и люди.[27] Результаты MSA сравнивали с цифрами структуры 3'UTR. Эти фигуры были созданы с помощью инструмента биоинформатики под названием m-fold.[28] Последовательности, которые выделялись в 3'UTR по сравнению с MSA - это пары оснований от 1294 до 1300. Эти области могут иметь область петли стебля относящиеся к определенной функции или взаимодействия с белками.

Структура

Было обнаружено, что C16orf86 имеет молекулярную массу 33,5 килодальтон и PI 5,30.[29]

Последовательность белка C16orf86 богата пролином и глутаматом, содержащим всего 39 пролина (P) и 39 глутаматов (E).[30] Кроме того, C16orf86 имеет области с низким содержанием аминокислот аспарагина (N), треонина (T), изолейцина (I) и фенилаланина (F).[30] Эти области содержат 3 аспарагина, 9 треонина, 2 изолейцина и 1 фенилаланин.[30] Это делает белок кислым с низким PH.

C16orf86 содержит домен с неизвестной функцией (DUF4691) от аминокислоты 1 до 184 и сигнал ядерной локализации от аминокислот 105-109.[31][32] Эта фигура была создана с помощью инструмента просайта Expasy.[33]

Для этого изображения у него есть область неизвестной функции, охватывающая от 1 до 184, и последовательность ядерной локализации там от 105-109.[31][32] Красные кружки представляют посттрансляционные модификации, а серые области - это места, где расположены стартовый и стоп-кодон. Неохарактеризованный белок C16orf86 состоит из 317 аминокислот, и это изображение имеет масштаб 2.[33]

Для белка C16orf86 существует сигнал ядерной локализации от аминокислоты 105 до 109 и состоит из (PKRKP) в прямом направлении.[16] Этот образец сохраняется и наблюдается у людей и его отдаленных ортологов, таких как рыжая лисица и тюлень Уэдделла.[16]

Вторичный

Третичная структура C16orf86. Выше помечены аминокислоты пролин 105, серин 142, лейцин 183, лейцин 244, глицин 242 и треонин 258. Зеленая область пролина 105 является местом передачи сигналов ядерной локализации. Желтая область серина 142 - это место для сайтов фосфорилирования CDC2, ATM, CKII, DNAPK. Кроме того, желтая область треонина 258 является местоположением сайтов фосфорилирования для PKA, PKC. Наконец, глицин 242, лейцин 183, лейцин 244 являются сигналами ядерного экспорта. Эти регионы ядерного экспорта помечены оранжевым цветом.

В целом C16orf86 имеет более высокое количество альфа-спиралей по сравнению с бета-листами. Для прогнозирования местоположения альфа-спиралей и бета-листов использовалась Phyre 2. Для альфа-спиралей существует высокоуровневое предсказание для аминокислот 187–199, 231–244, 265–270 и 294–307.[34] Помимо альфа-спиралей, есть высокий уровень предсказания для бета-цепей в аминокислотах 96-97.[34]

Третичный

Третичная структура файла PDB C16orf86 была взята из Phyre2 и I-Tasser.[34][35] Файлы PDB были помещены в инструмент биоинформатики EZmol для создания третичной структуры.[36] На этом рисунке аминокислоты помечены сайтами, относящимися к Фосфорилирование, Сигнализация ядерной локализации, и Сигнализация ядерного экспорта.

Посттрансляционные модификации

Посттрансляционные модификации C16orf86 были обнаружены с использованием инструментов модификации белков от Expasy.[32] Для этого белка наиболее интересными участками для этого белка были его сигналы ядерного экспорта (L богатые регионы), Сигналы ядерной локализации, и сайты фосфорилирования. Сигналы ядерной локализации и экспортные сигналы позволяют этому белку локализоваться в ядре клетки. Кроме того, эта белковая последовательность имеет сайты фосфорилирования для CDK5, GSK3, П38МАПК, PKA, PKC, CDC2, Банкомат, CKII, и ДНАПК. Все они играют определенную роль в регуляция клеточного цикла. Ниже также представлен концептуальный перевод C16orf86 с остальными модификациями после перевода.

Это показывает концептуальную трансляцию мРНК C16orf86, помеченную посттрансляционными модификациями.

Эволюция

В ортологи были отсортированы по возрастанию данных дивергенции и сходства последовательностей

РодРазновидностьРаспространенное имяТаксономическая группаДата расхождения (MYA)Регистрационный номерДлина последовательности (AA)Частотная идентичность человекуПоследовательность Сходство с человеком
ГомоsapiensЛюдиПриматы0.00NP_001013002.2317100.00%100.00%
ПонгоAbeliiСуматранский орангутангПриматы15.20XP_002826596.131895.00%96.00%
РинопитекибиетиЧерная курносая обезьянаПриматы28.10XP_017707751.131492.00%94.00%
ОтолемургранатСеверный Большой ГалагоПриматы73.00XP_003799435.131974.00%79.00%
ОхотонапринцепсАмериканская пищухаЗайцеобразные88.00XP_004584223.41760.0065.00%
Cricetulus
гризейКитайский хомякРодентиас88.00XP_007647376.132464.35%71.00%
КасторcanadensisАмериканский боберРодентиас88.00XP_020026748.132867.00%73.00%
SorexАранейОбыкновенная бурозубкаСорикоморф94.00XP_004600963.132063.87%70.00%
Rousettus
эгиптиакЕгипетская летучая мышьЧироптеры94.00XP_016019485.133964.81%71.00%
Лептонихоты
WeddelliiПечать УэдделлаКарниворас94.00XP_006749032.132467.68%72.00%
VulpesvulpesРыжая лисаКарниворас94.00XP_025867300.132570.46%70.00%
ОвисОвенОвцаПарнокопытные94.00XP_027833899.132970.61%76.00%
ЭлефантулEdwardiiМыс Слоновая землеройкаMacroscelideas102.00XP_006878955.129858.12%61.00%
VombatusUrsinusОбыкновенный вомбатСумчатые160.00XP_027703451.128152.00%61.00%
АптенодитыForsteriИмператорский пингвинПтицы320.00XP_009289088.126237.00%42.00%
ПогонаvitticepsЦентральный Бородатый ДраконРептилии320.00XP_020667121.126640.00%52.00%
NotechisscutatusТигровая змеяРептилии320.00XP_026531742.126642.00%50.00%
PythonbivittatusБирманский питонРептилии320.00XP_025026382.126744.00%54.00%
ЛатимерияChalumnaeЦелакант Западного Индийского океанаРыбы414.00XP_014342026.127540.00%48.00%
РинкодонтипКитовая акулаРыбы465.00XP_020387814.124229.00%44.00%

Паралоги

Проведя поиск с NCBI Blast и не найдя паралог последовательности, сходные с C16orf86 в BLAT, было подтверждено, что C16orf86 не имеет никаких паралогов. Ниже для последовательности показаны только изоформы, но не полные последовательности.

Ортологи

Множественное выравнивание последовательностей строгих ортологов для C16orf86 в таблице выше.

C16orf86 ортологи включают собак, шимпанзе, коров, крыс, мышей и шимпанзе.[37][38]

Ортологическое пространство: Ортологи C16orf86 включают только плацентарных млекопитающих. Это означает, что нет других групп млекопитающих, птиц, грибов, археи, протисты, рептилии, растения или любые другие виды беспозвоночных, которые являются ортологами C16orf86. Самый далекий ортолог в плацентарное млекопитающее группа, Macroscelidea, был самым разошедшимся видом от C16orf86, который был 102 миллиона лет назад.[39]

Гомологи

Самый далекий гомологи с частичными последовательностями C16orf86 включают сумчатое животное млекопитающие, рептилии и рыбы. Самым дальним гомологом C16orf86 была китовая акула, которая 465 миллионов лет назад отделилась от человека.[39]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000159761 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000013158 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ а б c d е ж грамм час я j «Открытая рамка считывания 86 хромосомы 16 C16orf86 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-02-10.
  6. ^ «Ссылки профиля GEO для UniGene (выберите 2139102) - Профили GEO - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-02.
  7. ^ а б c d "GDS3626 / ILMN_1697800". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-05.
  8. ^ а б c d "62756576 - Профили GEO - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-05.
  9. ^ а б Лю Л., Цзи Си, Чен Дж, Ли И, Фу Х, Се И, Гу С, Мао И (июнь 2008 г.). «Глобальный геномный взгляд на остановку клеточного цикла, опосредованную нокдауном MIF». Клеточный цикл. 7 (11): 1678–92. Дои:10.4161 / cc.7.11.6011. PMID  18469521.
  10. ^ а б c «81993008 - Профили GEO - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-05.
  11. ^ а б c "GDS3364 / 231153_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-05.
  12. ^ а б c Смит MJ, Simco BA, Warren CO (декабрь 1975 г.). «Сравнительные эффекты антимицина А на изолированные митохондрии канального сома (Ictalurus punctatus) и радужной форели (Salmo gairdneri)». Сравнительная биохимия и физиология. C. 52 (2): 113–7. Дои:10.1016/0306-4492(75)90024-6. PMID  3364.
  13. ^ а б c «129260808 - Профили GEO - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-05.
  14. ^ а б c "GDS5632 / 231153_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-05.
  15. ^ а б c d Поллоу К., Любберт Х, Поллоу Б. (январь 1976 г.). «О митохондриальной 17бета-гидроксистероиддегидрогеназе эндометрия и карциномы эндометрия человека: характеристика и внутримитохондриальное распределение». Журнал стероидной биохимии. 7 (1): 45–50. Дои:10.1016/0022-4731(76)90163-1. PMID  5632.
  16. ^ а б c «Добро пожаловать на psort.org !!». www.psort.org. Получено 2019-05-05.
  17. ^ «ПРОГНОЗИРОВАННЫЙ: не охарактеризованный гомолог белка C16orf86 [Leptonychotes wed - белок - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-05.
  18. ^ «не охарактеризованный гомолог белка C16orf86 [Vulpes vulpes] - белок - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-05.
  19. ^ а б c d е «Пользовательская последовательность против геномной». genome.ucsc.edu. Получено 2019-04-30.
  20. ^ «Энкуриновый домен ENKD1, содержащий ген 1 [Homo sapiens (человека)] - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-04-22.
  21. ^ «неохарактеризованный белок C16orf86 [Homo sapiens] - белок - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-05.
  22. ^ «не охарактеризованный белок C16orf86 изоформа X1 [Homo sapiens] - белок - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-04-30.
  23. ^ «Пользовательская последовательность против геномной». genome.ucsc.edu. Получено 2019-04-30.
  24. ^ «не охарактеризованный белок C16orf86 изоформа X2 [Homo sapiens] - белок - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-04-30.
  25. ^ «Пользовательская последовательность против геномной». genome.ucsc.edu. Получено 2019-04-30.
  26. ^ а б c d е «Genomatix: страница входа». www.genomatix.de. Получено 2019-05-02.
  27. ^ а б c "Clustal Omega <Выравнивание множественных последовательностей . www.ebi.ac.uk. Получено 2019-05-02.
  28. ^ а б "Складывающаяся форма РНК | mfold.rit.albany.edu". unafold.rna.albany.edu. Получено 2019-05-03.
  29. ^ «ExPASy - инструмент вычисления pI / Mw». web.expasy.org. Получено 2019-04-30.[постоянная мертвая ссылка ]
  30. ^ а б c «SAPS <Статистика последовательностей . www.ebi.ac.uk. Получено 2019-05-05.
  31. ^ а б «неохарактеризованный белок C16orf86 [Homo sapiens] - белок - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-04-22.
  32. ^ а б c "ExPASy: Портал ресурсов SIB по биоинформатике - Категории". www.expasy.org. Получено 2019-05-02.
  33. ^ а б "ExPASy - PROSITE". prosite.expasy.org. Получено 2019-05-03.
  34. ^ а б c «Результаты Phyre 2 для неопределенного». www.sbg.bio.ic.ac.uk. Архивировано из оригинал на 2019-05-02. Получено 2019-05-02.
  35. ^ «Итоги I-TASSER». zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Получено 2019-05-02.
  36. ^ «EzMol - Мастер молекулярного дисплея». www.sbg.bio.ic.ac.uk. Получено 2019-05-05.
  37. ^ www.genecards.org https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=C16orf86. Получено 2019-02-10. Отсутствует или пусто | название = (помощь)
  38. ^ "HomoloGene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-02-10.
  39. ^ а б «Дерево времени :: Шкала времени жизни». www.timetree.org. Получено 2019-04-22.