CCDC186 - CCDC186
| CCDC186 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | CCDC186, C10orf118, домен спиральной спирали, содержащий 186, CCCP-1, golgin104 | ||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | MGI: 2445022 ГомолоГен: 9963 Генные карты: CCDC186 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ортологи | |||||||||||||||||||||||||
| Разновидность | Человек | Мышь | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ансамбль | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (мРНК) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (белок) | |||||||||||||||||||||||||
| Расположение (UCSC) | Chr 10: 114.12 - 114.17 Мб | Chr 19: 56,79 - 56,82 Мб | |||||||||||||||||||||||
| PubMed поиск | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
CCDC186 это белок что у людей кодируется CCDC186 ген [6] Ген CCDC186 также известен как CTCL -опухолевый антиген с инвентарным номером NM_018017.[7]
Ген
Место расположения
CCDC186 имеет хромосома расположение 10q25.3 и имеет размер 53 750 оснований, ориентированных на минус-нить. PSORTII белок k-NN Прогноз показал, что C10orf118 составляет 65,2% времени ядерный, 17.4% цитозольный, 8.7% митохондриальный, 4,3% пузырьков секреторной системы и 4,3% эндоплазматический ретикулум.[8]
Выражение
Анализ ген Экспрессия у людей и других видов указывает на то, что C10orf118 повсеместно экспрессируется во всех типах тканей на разных стадиях развития. Профиль EST от NCBI показал наибольшее выражение в Костный мозг, почки, а предстательная железа Сотовые линии. Разбивка по состоянию здоровья указывает на высокую экспрессию C10orf118 при карциноме мочевого пузыря и раке простаты.[11]
Протеин
Общие свойства
Белок CCDC186 (NP_060487) - 898 аминокислоты в длину. Предсказанный молекулярный вес составляет 103,7 кдал, а изоэлектрическая точка прогнозируется на уровне 5,92.[12]
Сочинение
А серин богатая область наблюдается в аминокислотах 710-747. Композиционный анализ показал, что C10orf118 является Пролин (1,1%) бедные и Глютаминовая кислота (14,1%) и Лизин (12,0%) богатые.[12]
Взаимодействия
Было обнаружено, что белок CCDC186 взаимодействует с белками. ПЛЕКАН5, Ездра, GAMMAHV.ORF23 и SMAD3.[13][14]
Гомология
Ортологичные последовательности CCDC186 не обнаружены в бактерии, архея, протист, или же растения. CCDC186 не имеет человека паралоги. Дата расхождения для ортологичный последовательности сильно коррелируют со сходством последовательностей в том смысле, что процент идентичности уменьшается по мере того, как вы возвращаетесь во времени. Близко связанные ортологи включают млекопитающие и птицы и умеренно родственные ортологи включают других позвоночных, таких как рыбы, рептилии, и амфибии. Дистанционно родственные ортологичные последовательности в основном наблюдаются у беспозвоночные.[12][16]
| Порядковый номер | Род и виды | Распространенное имя | Дата расхождения (MYA) | Регистрационный номер | Длина последовательности | Идентичность последовательности | Сходство последовательностей | E-значение |
| 1 | Homo sapiens | C10orf118 | 0 | NM_018017 | 898 лет назад | 100% | 100% | 0% |
| 2 | Nomascus leucogenys | Северный белощёкий гиббон | 19.9 | XP_003255542 | 898 лет назад | 98% | 98% | 0% |
| 3 | Шиншилла ланигера | длиннохвостая шиншилла | 90.9 | XP_013371303 | 906 лет назад | 90% | 94% | 0% |
| 4 | Mus musculus | домовая мышь | 90.9 | NP_739563 | 917 лет назад | 84% | 91% | 0% |
| 5 | Tursiops truncatus | афалина | 97.5 | XP_004318425 | 599 лет назад | 60% | 68% | 0% |
| 6 | Loxodonta africana | Африканский слон-кустарник | 105 | XP_010596062 | 805 лет назад | 90% | 91% | 0% |
| 7 | Egretta garzetta | маленькая цапля | 320.5 | XP_009634185 | 914 лет назад | 75% | 83% | 0% |
| 9 | Chelonia mydas | морская черепаха | 320.5 | XP_007056391 | 920 лет назад | 76% | 83% | 0% |
| 10 | Xenopus tropicalis | западная когтистая лягушка | 355.7 | XP_004919435 | 878 лет назад | 71% | 83% | 0% |
| 11 | Astyanax mexicanus | Мексиканская тетра | 429.6 | XP_007259323 | 987 лет назад | 71% | 82% | 5.00E-09 |
| 12 | Oryzias latipes | Японская рисовая рыба | 429.6 | XP_011486278 | 991 аа | 58% | 71% | 0% |
| 13 | Callorhinchus milii | Австралийская акула-призрак | 482.9 | XP_007903851 | 931 аа | 65% | 79% | 0% |
| 14 | Стронгилоцентротус пурпуратус | Морской еж | 747.8 | XP_011675415 | 884 аа | 39% | 58% | 7.00E-84 |
| 15 | Осьминог бимакулоидный | Калифорнийский двухточечный Octupus | 847 | XP_014782587 | 1221 лет назад | 42% | 60% | 3.00E-127 |
| 16 | Аплисиоморфные | морской заяц | 847 | Не найдено в BLAST | 1384 аа | 42% | 63% | 3.00E-145 |
| 17 | Orussus abietinus | Оса | 847 | XP_012288999 | 1057 лет назад | 36% | 55% | 5.00E-100 |
| 18 | Атта цефалоты | муравей-листорез | 847 | XP_012054311 | 1154 лет назад | 35% | 55% | 9.00E-93 |
| 19 | Helobdella robusta | пиявка | 847 | ESO07814 | 997 лет назад | 29% | 47% | 1.00E-50 |
| 20 | Caenorhabditis elegans | нематода | 847 | NP_871700 | 743 аа | 26% | 34% | 1.00E-25 |
| 21 | Trichoplax adhaerens | NA | 936 | EDV25816 | 976 аа | 26% | 46% | 2.00E-11 |
Мотивы
| Информация о мотивах[17] | Должность (я) |
| Сайт N-гликозилирования | 33-36, 40-43, 109-112, 867-870 |
| Сайт фосфорилирования цАМФ- и цГМФ-зависимых протеинкиназ. | 238-241, 583-586, 794-797 |
| Казеин киназа II сайт фосфорилирования. | 2-5, 10-13, 31-34, 36-39, 126-129, 130-133, 135-138, 139-142, 157-160, 228-231, 241-244, 256-259, 405-408, 440-443, 459-462, 490-493, 515-518, 611-614, 617-620, 625-628, 671-674, 690-693, 734-737, 869-872, 879-882 |
| Лейциновая молния Шаблон | 588-609, 870-891 |
| Сайт N-миристоилирования | 32-37, 75-80, 86-91, 183-188, 721-726, 728-733, 745-750, 810-815, 828-833 |
| Протеинкиназа C сайт фосфорилирования | 12-14, 35-37, 49-51, 146-148, 228-230, 243-245, 250-252, 278-280, 347-349, 371-373, 405-407, 417-419, 490-492, 500-502, 581-583, 592-594, 596-598, 682-684, 690-692, 825-827, 869-871, 895-897 |
| Тирозинкиназа сайт фосфорилирования | 134-141, 514-522 |
| Профиль семьи Калленов | 443-552 |
| Профиль домена K-Box | 526-619 |
| Профиль повтора Небулина | 521-531 |
| Область, богатая серином | 710-747 |
| Доменный профиль с цинковыми крючками Rad50 | 460-562 |
| АТФ-синтаза B / B 'CF (0) | 405-433 |
| Альфа-2-макроглобулин RAP, С-концевой домен | 524-705 |
| Тропомиозин | 334-577 |
Пост-трансляционная модификация
CCDC186, по прогнозам, претерпит несколько посттрансляционные модификации включая предсказанное присоединение O-бета-GlcNAc, фосфорилирование, а сигнал ядерного экспорта, гликирование лизинов, GlcNAc О-гликозилирование, N-гликозилирование, и сайты NetCorona.[18]
Клиническое значение
Предыдущие исследования показывают, что открытая рамка считывания C10orf118 связана с кожным покровом. Т-клеточная лимфома опухолевым антигеном L14-2.[19] Белок CCDC186 также обнаружен в более высоких, чем обычно, уровнях в линии клеток рака груди BC 8701.[20]
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000165813 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000035173 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ http://ibs.biocuckoo.org/online.php
- ^ Одуру С., Кэмпбелл Дж. Л., Карри С., Хендри В. Дж., Хан С. А., Уильямс СК (июнь 2003 г.). «Открытие генов у хомяков: подход к сравнительной геномике для аннотации генов путем секвенирования кДНК семенников хомяка». BMC Genomics. 4 (1): 22. Дои:10.1186/1471-2164-4-22. ЧВК 161800. PMID 12783626.
- ^ "Ген Энтреза: C10orf118 хромосома 10 открытая рамка считывания 118".
- ^ «Прогноз PSORT II». psort.hgc.jp. Получено 2016-04-24.
- ^ «Генные карты».
- ^ гео. «Главная - ГЕО - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-05-08.
- ^ «Главная - UniGene - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-04-24.
- ^ а б c "SDSC Biology Workbench". seqtool.sdsc.edu. Архивировано из оригинал на 2003-08-11. Получено 2016-04-24.
- ^ «* в цитировании литературы». www.uniprot.org. Получено 2016-04-24.
- ^ https://www.uniprot.org/uniprot/Q7Z3E2
- ^ "Биология WorkBench 3.2".[постоянная мертвая ссылка ]
- ^ "BLAST: Базовый инструмент поиска местного выравнивания". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-04-24.
- ^ "Сканер мотивов". myhits.isb-sib.ch. Получено 2016-05-08.
- ^ "Добро пожаловать в CBS". www.cbs.dtu.dk. Получено 2016-04-24.
- ^ де ла Пенья М., Гарсия-Роблес I (сентябрь 2010 г.). «Интронные рибозимы в форме головки молотка ультраконсервативны в геноме человека». Отчеты EMBO. 11 (9): 711–6. Дои:10.1038 / embor.2010.100. ЧВК 2933863. PMID 20651741.
- ^ Д'Анджело, М. Л. (2013). «Идентификация« нехарактеризованного белка C10orf118 »в клетках рака груди и его роль в метаболизме гиалуроновой кислоты». Матричная патобиология, сигнализация и молекулярные мишени.
- ^ "Результаты Phyre 2 для C10orf118_Protein_Structure_". www.sbg.bio.ic.ac.uk. Получено 2016-05-08.[постоянная мертвая ссылка ]
внешняя ссылка
- Человек CCDC186 расположение генома и CCDC186 страница сведений о гене в Браузер генома UCSC.
дальнейшее чтение
- Хартли Дж. Л., Темпл Г. Ф., Браш Массачусетс (ноябрь 2000 г.). «Клонирование ДНК с использованием сайт-специфической рекомбинации in vitro». Геномные исследования. 10 (11): 1788–95. Дои:10.1101 / гр.143000. ЧВК 310948. PMID 11076863.
- Хартманн Т.Б., Тиль Д., Даммер Р., Шадендорф Д., Эйхмюллер С. (февраль 2004 г.). «Идентификация SEREX новых ассоциированных с опухолью антигенов в кожной Т-клеточной лимфоме». Британский журнал дерматологии. 150 (2): 252–8. Дои:10.1111 / j.1365-2133.2004.05651.x. PMID 14996095. S2CID 42495130.
- Wiemann S, Arlt D, Huber W., Wellenreuther R, Schleeger S, Mehrle A, Bechtel S, Sauermann M, Korf U, Pepperkok R, Sültmann H, Poustka A (октябрь 2004 г.). «От ORFeome к биологии: конвейер функциональной геномики». Геномные исследования. 14 (10B): 2136–44. Дои:10.1101 / гр.2576704. ЧВК 528930. PMID 15489336.
- Мехрле А., Розенфельдер Х., Шупп И., дель Валь С., Арльт Д., Хане Ф., Бехтель С., Симпсон Дж., Хофманн О., Хиде В., Глаттинг К. Х., Хубер В., Пепперкок Р., Поустка А., Виманн С. (январь 2006 г.). «База данных LIFEdb в 2006 году». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Проблема с базой данных): D415-8. Дои:10.1093 / nar / gkj139. ЧВК 1347501. PMID 16381901.