Список программ филогенетики - List of phylogenetics software

Этот список программ филогенетики это сборник вычислительная филогенетика программное обеспечение, используемое для производства филогенетические деревья. Такие инструменты обычно используются в сравнительная геномика, кладистика, и биоинформатика. Методы оценки филогении включают: присоединение к соседу, максимальная экономия (также называется экономией), UPGMA, Байесовский филогенетический вывод, максимальная вероятность и методы матрицы расстояний.

имяОписаниеМетодыАвтор
ПредкиДерево [1]Алгоритм реконструкции клонального дерева на основе данных секвенирования рака.Максимальное правдоподобие, целочисленное линейное программирование (ILP)М. Эль-Кебир, Л. Эспер, Х. Ачесон-Филд и Б. Дж. Рафаэль
АлиГРУВ [2]Визуализация дивергенции гетерогенных последовательностей при множественном выравнивании последовательностей и обнаружение поддержки раздутой ветвиИдентификация отдельных таксонов, которые демонстрируют преимущественно рандомизированное сходство последовательностей по сравнению с другими таксонами при множественном выравнивании последовательностей, и оценка надежности поддержки узлов в данной топологииПатрик Кюк, Сандра А Мейд, Кристиан Гросс, Бернхард Мисоф, Иоганн Вольфганг Вегеле.
обезьяна [3]R-Project пакет для анализа филогенетики и эволюцииОбеспечивает широкий спектр филогенетических функцийМайнтейнер: Emmanuel Paradis
Платформа рабочего процесса Armadillo [4]Платформа рабочего процесса, посвященная филогенетическому и общему биоинформатическому анализуВывод филогенетических деревьев с использованием метода расстояния, максимального правдоподобия, максимальной экономии, байесовских методов и связанных рабочих процессов.Э. Лорд, М. Леклерк, А. Бок, А.Б. Диалло и В. Макаренков
Бали-Фы [5]Одновременный байесовский вывод о выравнивании и филогенииБайесовский вывод, выравнивание, а также поиск по дереву.М.А. Сушард, Б.Д. Ределингс
Купание [6]Байесовский анализ деревьев с генерацией внутренних узловБайесовский вывод, демографическая история, разделение населенияИ. Дж. Уилсон, Уил, Д. Болдинг
Байесовский [7]Байесовский вывод деревьев с использованием Цепь Маркова Монте-Карло методыБайесовский вывод, множественные модели, смешанная модель (автоматическое разбиение)М. Пагель, А. Мид
Байесовский [8]Анализирует эволюцию признаков среди групп видов, для которых имеется филогения или образец филогении.Анализ чертМ. Пагель, А. Мид
ЗВЕРЬ [9]Деревья выборки байесовского эволюционного анализаБайесовский вывод, расслабленные молекулярные часы, демографическая историяА. Дж. Драммонд, М. А. Сушард, Д. Се и А. Рамбо
BioNumericsУниверсальная платформа для управления, хранения и анализа всех типов биологических данных, включая древовидный и сетевой вывод данных о последовательностях.Объединение соседей, максимальная экономия, UPGMA, максимальное правдоподобие, методы матрицы расстояний, ... Вычисление надежности деревьев / ветвей с использованием бутстрэппинга, повторной выборки перестановок или повторной выборки ошибок.Л. Воутерин и П. Вотерин.
BosqueИнтегрированное графическое программное обеспечение для выполнения филогенетического анализа, от импорта последовательностей до построения графиков и графического редактирования деревьев и сопоставленийМетоды расстояния и максимального правдоподобия (через phyml, phylip и tree-puzzle)С. Рамирес, Э. Родригес.
БАКИБайесовское соответствие генных деревьевБайесовское согласование с использованием модифицированного жадного консенсуса некорневых квартетовК. Ане, Б. Ларже, Д.А. Баум, С. Смит, А. Рокас, Б. Ларгет, С.К. Kotha, C.N. Дьюи, К. Ане
Навес [10]Оценка внутриопухолевой гетерогенности и отслеживание продольной и пространственной истории эволюции клонов с помощью секвенирования следующего поколенияМетоды максимального правдоподобия, Монте-Карло цепи Маркова (MCMC)Ю. Цзян, Ю. Цю, А. Дж. Минн, Н. Р. Чжан
CITUPВывод о клональности опухолей с использованием филогенииИсчерпывающий поиск, квадратичное целочисленное программирование (QIP)С. Маликич, А. Макферсон, Н. Донмез, К.С. Сахиналп
ClustalWПрогрессивное множественное выравнивание последовательностейМатрица расстояний / ближайший соседТомпсон и др.[11]
Дендроскоп [12]Инструмент для визуализации корневых деревьев и расчета корневых сетейДеревья с корнями, путаница, сети консенсуса, сети гибридизацииДэниел Хусон и др.
EzEditor [13]EzEditor - это редактор выравнивания последовательностей на основе Java для генов, кодирующих рРНК и белки. Это позволяет манипулировать выравниванием последовательностей как ДНК, так и белков для филогенетического анализа.Присоединение к соседуЧон, Ю. и другие.
fastDNAmlОптимизированная максимальная вероятность (только нуклеотиды)Максимальная вероятностьG.J. Olsen
FastTree 2[14]Быстрый филогенетический вывод для выравнивания до сотен тысяч последовательностейПримерная максимальная вероятностьМ.Н. Цена, P.S. Дехаль, А.П. Аркин
FitmodelПодходит для моделей кодонов ответвлений без необходимости предварительного знания клад, подвергающихся положительному отборуМаксимальная вероятностьС. Гиндон
ГениальныйGeneious предоставляет инструменты для исследования генома и протеомаПрисоединение к соседям, UPGMA, плагин MrBayes, плагин PHYML, плагин RAxML, плагин FastTree, плагин GARLi, плагин PAUP *A. J. Drummond, M.Suchard, V.Lefort et al.
HyPhyПроверка гипотез с использованием филогенииМаксимальное правдоподобие, объединение соседей, методы кластеризации, матрицы расстоянийS.L. Косаковский пруд, С.Д.В. Мороз, С.В. Муза
IQPNNIИтеративный поиск дерева машинного обучения с правилом остановкиМаксимальная вероятность, присоединение соседаЛ.С. Vinh, A. von Haeseler, B.Q. Минь
IQ-ДЕРЕВО [15]Эффективное филогеномное программное обеспечение с максимальной вероятностью, как преемник IQPNNI и TREE-PUZZLE.Максимальная вероятность, выбор модели, поиск схемы разбиения, AIC, AICc, BIC, сверхбыстрая загрузка,[16] тесты ветвления, тесты топологии дерева, сопоставление правдоподобияЛам-Тунг Нгуен, О. Черномор, Х.А. Schmidt, A. von Haeseler, B.Q. Минь
jModelTest 2Программа высокопроизводительных вычислений для статистического отбора наиболее подходящих моделей нуклеотидного замещения.Максимальная вероятность, AIC, BIC, DT, hLTR, dLTRD. Darriba, GL. Табоада, Р. Доалло, Д. Посада
ЛизбетАнализ из трех пунктов для филогенетики и биогеографииАнализ по трем пунктамЖ. Дюкасс, Н. Као и Р. Зарагуэта-Багилс
МЕГАМолекулярно-эволюционный генетический анализМетоды расстояния, экономии и максимального совокупного правдоподобияТамура К., Дадли Дж., Ней М и Кумар С.
МескитовыйMesquite - это программа для эволюционной биологии, разработанная, чтобы помочь биологам анализировать сравнительные данные об организмах. Его упор делается на филогенетический анализ, но некоторые из его модулей касаются сравнительного анализа или популяционной генетики, в то время как другие выполняют нефилогенетический многомерный анализ. Его также можно использовать для построения деревьев времени, включающих геологическую шкалу времени, с некоторыми дополнительными модулями.Максимальная экономия, матрица расстояний, максимальная вероятностьУэйн Мэддисон и Д. Р. Мэддисон
MetaPIGA2Многоядерная программа вывода филогении с максимальной вероятностью для последовательностей ДНК и белков, а также морфологических данных. Анализ может выполняться с использованием обширного и удобного графического интерфейса или с помощью командных файлов. Он также реализует инструменты визуализации дерева, наследственные последовательности и автоматический выбор лучшей модели и параметров замещения.Максимальное правдоподобие, стохастическая эвристика (генетический алгоритм, генетический алгоритм метапопуляции, моделирование отжига и т. д.), дискретная гетерогенность гамма-излучения, реконструкция предкового состояния, тестирование модели.Мишель С. Милинкович и Рафаэль Хелэрс
Генератор моделейВыбор модели (белок или нуклеотид)Максимальная вероятностьТомас Кин
МОЛФИМолекулярная филогенетика (белок или нуклеотид)Максимальная вероятностьДж. Адачи и М. Хасегава
МорфоБанкВеб-приложение для организации данных о признаках (морфологических символах) для построения деревадля использования с максимальной экономией (через портал CIPRES), максимальным правдоподобием и байесовским анализом)О'Лири М.А. и С. Кауфман,[17] также К. Альфонс
MrBayesОценка апостериорной вероятностиБайесовский выводДж. Хюльзенбек, и другие.[18]
СетьБесплатное программное обеспечение для филогенетической сетиМедианное соединение, уменьшенная медиана, сеть ШтейнераA. Roehl
НонаФилогенетический выводМаксимальная экономия, предполагаемое взвешивание, храповикП. Голобов
PAMLФилогенетический анализ по максимальной вероятностиМаксимальное правдоподобие и байесовский выводЗ. Ян
Парафило [19]Вычисление деревьев генов и видов на основе событийных отношений (ортология, паралогия)Редактирование графа и тройной выводГельмут
PartitionFinderКомбинированный выбор моделей молекулярной эволюции и схем разделения для выравнивания ДНК и белков.Максимальная вероятность, AIC, AICc, BICР. Ланфир, Б. Калкотт, С. У. Хо, С. Гиндон
ПАСТИСПакет R для филогенетической сборкиR, двухэтапный байесовский вывод с использованием MrBayes 3.2Thomas et al. 2013[20]
ПАУП *Филогенетический анализ с использованием экономичности (* и других методов)Максимальная экономия, матрица расстояний, максимальное правдоподобиеД. Своффорд
фангорн [21]Филогенетический анализ в RML, MP, матрица расстояний, бутстрап, филогенетические сети, бутстрап, выбор модели, SH-тест, SOWH-тестМайнтейнер: K. Schliep
Phybase [22]пакет R для анализа дерева видовфилогенетические функции, STAR, NJst, STEAC, maxtree и т. д.Л. Лю и Л. Ю
фикластФилогенетическая кластеризация (филокластеризация)Максимальная вероятность режимов конечной смесиВэй-Чен Чен
ФИЛИППакет филогенетических выводовМаксимальная экономия, матрица расстояний, максимальная вероятностьЯ. Фельзенштейн
филОТСоздает филогенетические деревья в различных форматах на основе таксономии NCBIниктоИ. Летунич
PhyloQuartРеализация квартета (использует последовательности или расстояния)Квартетный методВ. Берри
PhyloWGSРеконструкция субклонального состава и эволюции на основе полногеномного секвенирования опухолейMCMCА. Г. Дешвар, С. Вембу, К. К. Юнг, Г. Х. Янг, Л. Штейн, К. Моррис
PhyMLБыстрая и точная оценка филогении с использованием максимального правдоподобияМаксимальная вероятностьС. Гуиндон и О. Гаскуэль
фикса [23]Филогенетические инструменты командной строки Unix / GNU / LinuxИсследуйте, манипулируйте, анализируйте и моделируйте филогенетические объекты (выравнивания, деревья и журналы MCMC)J.W. Браун, Дж. Ф. Уокер и С. А. Смит
POYПрограмма филогенетического анализа, которая поддерживает несколько типов данных и может выполнять выравнивание и вывод филогении. Для этого было разработано множество эвристических алгоритмов.Максимальная экономия, максимальная вероятность, хромосомная перестройка, незаметные символы, непрерывные символы, выравниваниеА. Варон, Н. Лукарони, Л. Хонг, У. Уиллер
ProtTest 3Программа высокопроизводительных вычислений для выбора модели эволюции белка, которая наилучшим образом соответствует заданному набору выровненных последовательностей.Максимальная вероятность, AIC, BIC, DTD. Darriba, GL. Табоада, Р. Доалло, Д. Посада
PyCogentПрограммная библиотека для геномной биологииМоделирование последовательностей, выравнивание, управление сторонними приложениями, рабочими процессами, запросы к базам данных, создание графики и филогенетических деревьевKnight et al.
QuickTreeКонструкция дерева оптимизирована для повышения эффективностиСоседствоК. Хау, А. Бейтман, Р. Дурбин
RAxML-HPCРандомизированная максимальная вероятность высокопроизводительных вычислений (нуклеотиды и аминокислоты)Максимальная вероятность, простая Максимальная экономияА. Стаматакис
RAxML-NG [24]Рандомизированное максимальное правдоподобие для высокопроизводительных вычислений (нуклеотиды и аминокислоты) Следующее поколениеМаксимальная вероятность, простая Максимальная экономияА. Козлов, Д. Дарриба, Т. Флури, Б. Морель, А. Стаматакис
СЕМФИРеконструкция дерева с использованием сочетания сильных сторон максимального правдоподобия (точности) и объединения соседей (скорости). SEMPHY устарела. Теперь авторы рекомендуют пользователям RAxML, который превосходит как по точности, так и по скорости.Гибридный метод максимального правдоподобия / объединения соседейМ. Нинио, Э. Привман, Т. Пупко, Н. Фридман
Ну и что [25]Проверка гипотезыSOWH тестЧерч, Райан и Данн
SplitsTree [26]Дерево и сетевая программаВычисление, визуализация и исследование филогенетических деревьев и сетейД. Х. Хьюсон и Д. Брайант
TNTФилогенетический выводЭкономия, взвешивание, храповик, снос дерева, сплавление деревьев, секторный поискП. Голобов и др.
TOPALiФилогенетический выводВыбор филогенетической модели, байесовский анализ и оценка филогенетического дерева максимального правдоподобия, обнаружение сайтов с положительным отбором и анализ местоположения контрольной точки рекомбинацииИэн Милн, Доминик Линднер и др.
TreeGenПостроение дерева с учетом предварительно вычисленных данных о расстоянииМатрица расстоянийETH Цюрих
TreeAlignЭффективный гибридный методМатрица расстояний и приблизительная экономияДж. Хайн
Древоискатель [27]Быстрая реконструкция дерева машинного обучения, анализ начальной загрузки, выбор модели, проверка гипотез, калибровка дерева, манипуляции с деревом и визуализация, вычисление процентных ставок, моделирование последовательности, многие модели эволюции (ДНК, белок, рРНК, смешанный белок, определяемый пользователем), графический интерфейс пользователя и язык сценариевМаксимальная вероятность, расстояния и др.Йобб Г., фон Хезелер А., Стриммер К.
ДЕРЕВО-ЗАГАДКА [28][29]Максимальное правдоподобие и статистический анализМаксимальная вероятностьМакаренков
T-REX (веб-сервер) [30]Вывод и визуализация дерева, Горизонтальный перенос генов обнаружение, множественное выравнивание последовательностейРасстояние (присоединение соседа ), Вывод дерева экономичности и максимального правдоподобия (PhyML, RAxML), выравнивание последовательностей MUSCLE, MAFFT и ClustalW и связанные приложенияBoc A, Диалло А.Б., Макаренков В.
UGENEБыстрый и бесплатный мультиплатформенный редактор дереваалгоритмы пакета Phylip 3.6Юнипро
ВинкладаГрафический интерфейс и редактор дерева (требуется Nona)Максимальная экономия, трещоткаК. Никсон
XrateФилограмматический движокОценка скорости, оценка длины ответвления, аннотация выравниванияИ. Холмс

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Эль-Кебир М., Эспер Л., Ачесон-Филд Х, Рафаэль Б.Дж. (июнь 2015 г.). «Реконструкция клональных деревьев и опухолевого состава из данных секвенирования с несколькими образцами». Биоинформатика. 31 (12): i62-70. Дои:10.1093 / биоинформатика / btv261. ЧВК  4542783. PMID  26072510.
  2. ^ Кюк П., Мейд С.А., Гросс С., Вегеле Дж. У., Мисоф Б. (август 2014 г.). «AliGROOVE - визуализация дивергенции гетерогенных последовательностей при множественном выравнивании последовательностей и обнаружение поддержки раздутой ветви». BMC Bioinformatics. 15: 294. Дои:10.1186/1471-2105-15-294. ЧВК  4167143. PMID  25176556.
  3. ^ Паради Э., Клод Дж., Стриммер К. (январь 2004 г.). «APE: анализ филогенетики и эволюции на языке R». Биоинформатика. Оксфорд, Англия. 20 (2): 289–90. Дои:10.1093 / биоинформатика / btg412. PMID  14734327.
  4. ^ Лорд Э, Леклерк М., Бок А, Диалло А.Б., Макаренков В. (2012). «Armadillo 1.1: оригинальная платформа для проектирования и проведения филогенетического анализа и моделирования». PLOS ONE. 7 (1): e29903. Bibcode:2012PLoSO ... 729903L. Дои:10.1371 / journal.pone.0029903. ЧВК  3256230. PMID  22253821.
  5. ^ Suchard MA, Redelings BD (август 2006 г.). "BAli-Phy: одновременный байесовский вывод выравнивания и филогении". Биоинформатика (Оксфорд, Англия). 22 (16): 2047–8. Дои:10.1093 / биоинформатика / btl175. PMID  16679334.
  6. ^ Уилсон И.Дж., Уил М.Э., Лысый ди-джей (июнь 2003 г.). «Выводы из данных ДНК: истории популяции, эволюционные процессы и вероятности совпадения». Журнал Королевского статистического общества: серия A (Статистика в обществе). 166 (2): 155–88. Дои:10.1111 / 1467-985X.00264.
  7. ^ Пагель М., Мид А. (2007), BayesPhylogenies 1.0. Программное обеспечение распространяется авторами.
  8. ^ Пагель М, Мид А (2007). «BayesTraits. Компьютерная программа и документация». С. 1216–23.
  9. ^ Драммонд А., Сушард М.А., Се Д., Рамбо А. (2012). "Байесовская филогенетика с BEAUti and the BEAST 1.7". Молекулярная биология и эволюция. 29 (8): 1969–1973. Дои:10.1093 / molbev / mss075. ЧВК  3408070. PMID  22367748.
  10. ^ Цзян Ю., Цю Ю., Минн А.Дж., Чжан Н.Р. (сентябрь 2016 г.). «Оценка внутриопухолевой гетерогенности и отслеживание продольной и пространственной истории эволюции клонов с помощью секвенирования следующего поколения». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 113 (37): E5528-37. Дои:10.1073 / pnas.1522203113. ЧВК  5027458. PMID  27573852.
  11. ^ Томпсон, Джули Д .; Гибсон, Тоби Дж .; Хиггинс, Дез Г. (август 2002 г.). «Множественное выравнивание последовательностей с использованием ClustalW и ClustalX». Текущие протоколы в биоинформатике. Глава 2: 2.3.1–2.3.22. Дои:10.1002 / 0471250953.bi0203s00. ISSN  1934–340X. PMID  18792934.
  12. ^ Huson DH, Scornavacca C (декабрь 2012 г.). «Дендроскоп 3: интерактивный инструмент для корневых филогенетических деревьев и сетей». Систематическая биология. 61 (6): 1061–7. Дои:10.1093 / sysbio / sys062. PMID  22780991.
  13. ^ Jeon YS, Lee K, Park SC, Kim BS, Cho YJ, Ha SM, Chun J (февраль 2014 г.). «EzEditor: универсальный редактор выравнивания последовательностей для генов, кодирующих как рРНК, так и белок». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 64 (Pt 2): 689–91. Дои:10.1099 / ijs.0.059360-0. PMID  24425826.
  14. ^ Прайс М.Н., Дехал П.С., Аркин А.П. (март 2010 г.). «FastTree 2 - деревья приблизительно максимального правдоподобия для больших трасс». PLOS ONE. 5 (3): e9490. Bibcode:2010PLoSO ... 5.9490P. Дои:10.1371 / journal.pone.0009490. ЧВК  2835736. PMID  20224823.
  15. ^ Нгуен LT, Шмидт HA, фон Хезелер A, Minh BQ (январь 2015 г.). «IQ-TREE: быстрый и эффективный стохастический алгоритм для оценки филогении максимального правдоподобия». Молекулярная биология и эволюция. 32 (1): 268–74. Дои:10.1093 / молбев / мсу300. ЧВК  4271533. PMID  25371430.
  16. ^ Минь Б.К., Нгуен М.А., фон Хезелер А. (май 2013 г.). «Сверхбыстрая аппроксимация для филогенетического бутстрапа». Молекулярная биология и эволюция. 30 (5): 1188–95. Дои:10.1093 / molbev / mst024. ЧВК  3670741. PMID  23418397.
  17. ^ О’Лири, Морин А .; Кауфман, Сет (октябрь 2011 г.). «МорфоБанк: филфеномика в облаке»"". Кладистика. 27 (5): 529–537. Дои:10.1111 / j.1096-0031.2011.00355.x.
  18. ^ Huelsenbeck, J. P .; Ронквист, Ф. (август 2001 г.). "MRBAYES: Байесовский вывод филогенетических деревьев". Биоинформатика (Оксфорд, Англия). 17 (8): 754–755. Дои:10.1093 / биоинформатика / 17.8.754. ISSN  1367-4803. PMID  11524383.
  19. ^ Hellmuth M, Wieseke N, Lechner M, Lenhof HP, Middendorf M, Stadler PF (февраль 2015 г.). «Филогеномика с паралогами». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 112 (7): 2058–63. arXiv:1712.06442. Bibcode:2015PNAS..112.2058H. Дои:10.1073 / pnas.1412770112. ЧВК  4343152. PMID  25646426.
  20. ^ Thomas, Gavin H .; Хартманн, Клаас; Джетц, Уолтер; Джой, Джеффри Б.; Мимото, Аки; Муерс, Арне О. (2013). «PASTIS: пакет R для облегчения филогенетической сборки с мягкими таксономическими выводами». Методы в экологии и эволюции. 4 (11): 1011–1017. Дои:10.1111 / 2041-210X.12117. ISSN  2041–210X.
  21. ^ Шлип КП (февраль 2011 г.). "phangorn: филогенетический анализ в R". Биоинформатика. 27 (4): 592–3. Дои:10.1093 / биоинформатика / btq706. ЧВК  3035803. PMID  21169378.
  22. ^ Лю Л., Ю. Л. (апрель 2010 г.). "Phybase: пакет R для анализа дерева видов". Биоинформатика. 26 (7): 962–3. Дои:10.1093 / биоинформатика / btq062. PMID  20156990.
  23. ^ Браун Дж. У., Уокер Дж. Ф., Смит С. А. (июнь 2017 г.). «Phyx: филогенетические инструменты для unix». Биоинформатика. 33 (12): 1886–1888. Дои:10.1093 / биоинформатика / btx063. ЧВК  5870855. PMID  28174903.
  24. ^ Козлов А.М., Дарриба Д., Флури Т., Морель Б., Стаматакис А. (май 2019 г.). «RAxML-NG: быстрый, масштабируемый и удобный инструмент для максимально вероятного филогенетического вывода». Биоинформатика. 35 (21): 4453–4455. Дои:10.1093 / биоинформатика / btz305. ЧВК  6821337. PMID  31070718.
  25. ^ Черч С.Х., Райан Дж. Ф., Данн К. В. (ноябрь 2015 г.). «Автоматизация и оценка теста SOWH с SOWHAT». Систематическая биология. 64 (6): 1048–58. Дои:10.1093 / sysbio / syv055. ЧВК  4604836. PMID  26231182.
  26. ^ Хусон Д.Х., Брайант Д. (февраль 2006 г.). «Применение филогенетических сетей в эволюционных исследованиях». Молекулярная биология и эволюция. 23 (2): 254–67. Дои:10.1093 / molbev / msj030. PMID  16221896.
  27. ^ Джобб Г., фон Хезелер А., Стриммер К. (июнь 2004 г.). «TREEFINDER: мощная среда графического анализа для молекулярной филогенетики». BMC Эволюционная биология. 4: 18. Дои:10.1186/1471-2148-4-18. ЧВК  459214. PMID  15222900.
  28. ^ Макаренков В (июль 2001 г.). «T-REX: реконструкция и визуализация филогенетических деревьев и ретикуляционных сетей». Биоинформатика (Оксфорд, Англия). 17 (7): 664–8. Дои:10.1093 / биоинформатика / 17.7.664. PMID  11448889.
  29. ^ Schmidt HA, Strimmer K, Vingron M, von Haeseler A (март 2002 г.). «ДЕРЕВО-ЗАГАДКА: филогенетический анализ максимального правдоподобия с использованием квартетов и параллельных вычислений». Биоинформатика (Оксфорд, Англия). 18 (3): 502–4. Дои:10.1093 / биоинформатика / 18.3.502. PMID  11934758.
  30. ^ Boc A, Диалло А.Б., Макаренков В. (июль 2012 г.). «T-REX: веб-сервер для вывода, проверки и визуализации филогенетических деревьев и сетей». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Выпуск веб-сервера): W573–9. Дои:10.1093 / нар / гкс485. ЧВК  3394261. PMID  22675075.

внешняя ссылка