Фрагменты Окадзаки - Okazaki fragments

Асимметрия в синтезе ведущих и отстающих нитей

Фрагменты Окадзаки короткие последовательности ДНК нуклеотиды (примерно от 150 до 200 пар оснований долго в эукариоты ), которые синтезируются прерывисто, а затем связаны между собой фермент ДНК-лигаза создать отстающая нить в течение Репликация ДНК.[1] Они были открыты в 1960-х годах японскими молекулярными биологами. Рейджи и Цунеко Окадзаки вместе с некоторыми из их коллег.

Во время репликации ДНК двойная спираль разматывается, и дополнительные цепи разделяются ферментом ДНК-геликаза, создавая так называемую ДНК вилка репликации. После этой вилки ДНК-примаза а потом ДНК-полимераза начать действовать, чтобы создать новую дополнительную прядь. Поскольку эти ферменты могут работать только в направлении от 5 ’к 3’, две развернутые цепи-матрицы реплицируются по-разному.[2] Одна нить, ведущая нить, подвергается непрерывному процессу репликации, так как его матричная цепь имеет направленность от 3 ’к 5’, что позволяет полимеразе, собирающей ведущую цепь, следовать за вилкой репликации без прерывания. Однако отстающая нить не может быть создана непрерывно, потому что ее матричная нить имеет направленность от 5 ’к 3’, что означает, что полимераза должна работать в обратном направлении от вилки репликации. Это вызывает периодические перерывы в процессе создания отстающей пряди. Примаза и полимераза движутся в направлении, противоположном вилке, поэтому ферменты должны неоднократно останавливаться и запускаться снова, пока ДНК-геликаза разрывает цепи. Как только фрагменты сделаны, ДНК-лигаза соединяет их в единую непрерывную цепь.[3] Весь процесс репликации считается «полунепрерывным», поскольку одна из новых цепей формируется непрерывно, а другая - нет.[4]

В 1960-х годах Рейджи и Цунеко Окадзаки провели эксперименты по репликации ДНК в бактериях. кишечная палочка. До этого времени обычно считалось, что репликация является непрерывным процессом для обеих цепей, но открытия, связанные с Кишечная палочка привело к новой модели репликации. Ученые обнаружили прерывистый процесс репликации путем импульсной маркировки ДНК и наблюдения за изменениями, указывающими на несмежную репликацию.[2]

Эксперименты

Синтез фрагментов Окадзаки

Работа Kiwako Sakabe, Рейджи Окадзаки и Цунеко Окадзаки предоставили экспериментальные доказательства, подтверждающие гипотезу о том, что Репликация ДНК это прерывистый процесс. Ранее было общепризнанным, что репликация была непрерывной как в направлениях 3 'на 5', так и 5 'на 3'. 3 'и 5' представляют собой специально пронумерованные атомы углерода на дезоксирибозном кольце в нуклеиновых кислотах и ​​относятся к ориентации или направленность пряди. В 1967 г. Цунеко Окадзаки и Тору Огава предположили, что не существует механизма, который показал бы непрерывную репликацию в направлении от 3 'до 5', только от 5 'до 3' с использованием ДНК-полимераза, фермент репликации. Команда предположила, что если использовалась прерывистая репликация, короткие цепочки ДНК, синтезированный в точке репликации, может быть присоединен в направлении от 5 'к 3' к более старой цепи.[5]

Чтобы экспериментально различить метод репликации, используемый ДНК, команда маркированный пульсом недавно воспроизведенные области кишечная палочка хромосомы денатурировали и экстрагировали ДНК. Большое количество радиоактивных коротких единиц означало, что метод репликации, вероятно, был прерывистым. Гипотеза была дополнительно подтверждена открытием полинуклеотида лигаза, фермент, который связывает короткие цепи ДНК вместе.[6]

В 1968 г. Рейджи и Цунеко Окадзаки собрали дополнительные доказательства возникающих цепей ДНК. Они предположили, что если прерывистая репликация с участием коротких цепочек ДНК, связанных вместе полинуклеотид-лигазой, является механизмом, используемым в синтезе ДНК, то «вновь синтезированные короткие цепочки ДНК будут накапливаться в клетке в условиях, когда функция лигазы временно нарушается». Кишечная палочка были заражены бактериофаг Т4 которые продуцируют термочувствительную полинуклеотидную лигазу. Клетки, инфицированные фагами Т4, накапливали большое количество коротких, вновь синтезированных цепочек ДНК, как и предполагалось в гипотезе, при воздействии высоких температур. Этот эксперимент также подтвердил гипотезу Оказакиса о прерывистой репликации и связывании полинуклеотидлигазой. Это опровергло представление о том, что короткие цепочки также образовывались в процессе экстракции.[7]

Эксперименты Окадзаки предоставили обширную информацию о процессе репликации ДНК и существовании коротких, недавно синтезированных цепочек ДНК, которые позже стали известны как фрагменты Окадзаки.


Пути

Было предложено два пути для обработки фрагментов Окадзаки: короткий путь лоскута и длинный путь лоскута.

Путь с коротким лоскутом

В пути короткого лоскута у эукариот отстающая цепь ДНК примирована через короткие промежутки времени. Только на коротком пути нуклеаза FEN1 впутан. Pol δ часто встречается с примированным ниже по ходу потоком фрагментом Окадзаки и смещает инициаторный праймер РНК / ДНК в 5'-створку. Эндонуклеаза FEN1 5’-3 ’распознает, что 5’-лоскут смещен, и он расщепляется, создавая субстрат для лигирования. В этом методе праймер, синтезированный Pol a, удаляется. Исследования[который? ] показать, что в FEN1 предлагается «слежение; модель, в которой нуклеаза перемещается от 5 ’лоскута к его основанию, чтобы преобразить расщепление. Pol δ не обрабатывает нуклеазную активность, чтобы расщепить смещенный лоскут. FEN1 рассекает короткие лоскуты сразу после их образования. Расщепление ингибируется, когда 5’-конец лоскута ДНК блокируется либо комплементарным праймером, либо биотин-конъюгированным стрептавидиновым фрагментом. ДНК-лигаза запечатывает разрыв, сделанный FEN1, и создает функциональную непрерывную двойную цепь ДНК. PCNA моделирует ферментативные функции белков как для FEN1, так и для ДНК-лигазы. Взаимодействие имеет решающее значение для создания надлежащего лигирования отстающей цепи ДНК. Последовательное смещение цепи и расщепление Pol δ и FEN1, соответственно, помогает удалить всю РНК инициатора перед лигированием. Чтобы удалить инициаторный праймер, должны произойти многие смещения и реакции расщепления. Лоскут, который создается, обрабатывается и созревает благодаря короткому пути лоскута.

Путь с длинным лоскутом

В некоторых случаях FEN1 существует только в течение короткого периода времени и отключается от комплекса репликации. Это вызывает задержку расщепления, при которой створки, смещенные на Pol δ, становятся длинными. Когда RPA достигает достаточно большой длины, он может стабильно связываться. Когда связанные с RPA лоскуты реорганизуются для расщепления FEN1, что требует для процессинга другой нуклеазы, это было идентифицировано как альтернативная нуклеаза, ДНК2. ДНК2 имеет дефекты сверхэкспрессии DEN1. DNA2 показал свою работу с FEN1 для обработки длинных лоскутов. ДНК2 может отделять RPA от длинного лоскута, она делает это с помощью механизма, подобного FEN1. Он связывает клапан и заправляет 5-дюймовый конец клапана. Нуклеаза расщепляет лоскут, делая его слишком коротким для связывания с RPA, слишком короткий лоскут означает, что он доступен для FEN1 и лигирования. Это известно как метод длинных лоскутов. ДНК2 может действовать как FEN1 в качестве резервной копии нуклеазной активности, но это неэффективный процесс.

Альтернативный путь

До недавнего времени было известно только два пути обработки фрагментов Окадзаки. Однако текущие исследования пришли к выводу, что существует новый путь фрагментации Окадзаки и репликации ДНК. Этот альтернативный путь вовлекает ферменты Pol δ с Pif1, которые выполняют тот же процесс удаления лоскута, что и Pol δ и FEN1.[8]

Ферменты, участвующие в образовании фрагментов

RNA primer.png

Primase

Основная статья: Primase

Primase добавляет Праймеры РНК на отстающую цепь, что позволяет синтезировать фрагменты Окадзаки от 5 'до 3'. Однако примаза создает праймеры РНК с гораздо меньшей скоростью, чем та, с которой ДНК-полимераза синтезирует ДНК на ведущей цепи. ДНК-полимераза на отстающей цепи также должна быть постоянно переработана для построения фрагментов Окадзаки, следующих за праймерами РНК. Это делает скорость синтеза отстающей цепи намного ниже, чем у ведущей цепи. Чтобы решить эту проблему, Primase действует как временный стоп-сигнал, ненадолго останавливая движение вилка репликации во время репликации ДНК. Этот молекулярный процесс не позволяет ведущей нити обгонять отстающую.[9]

ДНК-полимераза δ

На этом этапе новая ДНК создается ферментами, которые синтезируют ДНК в направлении от 5 ’к 3’. ДНК-полимераза необходима как для ведущей цепи, которая представляет собой непрерывную цепь, так и для отстающей цепи, которая состоит из небольших кусочков в синтезе ДНК. Этот процесс происходит для удлинения вновь синтезированного фрагмента и вытеснения РНК и сегмента ДНК. Синтез происходит в 3 фазы с двумя разными полимеразами, ДНК-полимеразой α-примазой и ДНК-полимеразой δ. Этот процесс начинается с вытеснения полимеразы-примазы из праймера РНК и ДНК с помощью эффекта репликации загрузчика зажима, этот эффект приводит к сдвигу зажима на ДНК. После этого ДНК-полимераза δ начинает переходить в свою холоферментную форму, которая затем начинает синтез. Процесс синтеза будет продолжаться до тех пор, пока не будет получен 5-й конец предыдущего фрагмента Окадзаки. По прибытии обработка фрагмента Окадзаки продолжается для присоединения вновь синтезированного фрагмента к отстающей нити. Последняя функция ДНК-полимеразы δ состоит в том, чтобы служить дополнением к активности эндонуклеазы 5 ’лоскута FEN1 / RAD27. Аллель rad27-p является летальным в большинстве комбинаций, но был жизнеспособен с полимеразой rad27-p и exo1. Как полимераза rad27-p, так и exo1 демонстрируют сильное синергетическое увеличение мутаций дупликации CAN 1. Единственная причина, по которой эта мутация является жизнеспособной, связана с генами репарации двухцепочечных разрывов RAD50, RAD51 и RAD52. RAD27 / FEN1 создает зазоры между соседними фрагментами Окадзаки, сводя к минимуму степень выталкивания нити в отстающей нити.

ДНК-лигаза I

Основная статья: ДНК-лигаза

Во время синтеза отстающей цепи ДНК-лигаза Я соединяю фрагменты Окадзаки после замены Праймеры РНК с нуклеотидами ДНК с помощью ДНК-полимеразы δ. Фрагменты Окадзаки, которые не были лигированы, могут вызвать двухцепочечные разрывы, которые расщепляют ДНК. Поскольку допускается только небольшое количество двухцепочечных разрывов и только небольшое количество может быть восстановлено, достаточное количество неудач лигирования может быть летальным для клетки.

Дальнейшие исследования предполагают дополнительную роль ядерный антиген пролиферирующих клеток (PCNA) к функции ДНК-лигазы I по соединению фрагментов Окадзаки. Когда сайт связывания PCNA на ДНК-лигазе I неактивен, способность ДНК-лигазы I связывать фрагменты Окадзаки серьезно нарушается. Таким образом, предлагается следующий механизм: после того, как комплекс PCNA-ДНК-полимераза δ синтезирует фрагменты Окадзаки, высвобождается ДНК-полимераза δ. Затем ДНК-лигаза I связывается с PCNA, которая прикрепляется к разрывам отстающей цепи, и катализирует образование фосфодиэфирных связей.[10][11][12]

Эндонуклеаза лоскута 1

Основная статья: Эндонуклеаза 1, специфичная для структуры лоскута

Эндонуклеаза лоскута 1 (FEN1 ) отвечает за обработку фрагментов Окадзаки. Он работает с ДНК-полимеразой для удаления праймера РНК из фрагмента Окадзаки и может удалять 5'-рибонуклеотид и 5'-створки, когда ДНК-полимераза смещает цепи во время синтеза отстающей цепи. Удаление этих лоскутов включает процесс, называемый трансляцией псевдонима, и создает зазубрину для лигирования. Таким образом, функция FEN1 необходима для созревания фрагмента Окадзаки при формировании длинной непрерывной цепи ДНК. Точно так же во время репарации оснований ДНК поврежденный нуклеотид перемещается в лоскут, а затем удаляется FEN1.[13][14]

Эндонуклеаза ДНК

Эндонуклеаза Dna2 не имеет специфической структуры, и их свойства недостаточно хорошо изучены, но могут быть отнесены к одноцепочечной ДНК со свободными концами (оцДНК). Эндонуклеаза Dna2 необходима для расщепления длинных лоскутов ДНК, которые покидают FEN1 во время процесса Окадзаки. Эндонуклеаза Dna2 отвечает за удаление сегмента инициаторной РНК на фрагментах Окадзаки. Кроме того, эндонуклеаза Dna2 играет ключевую роль в промежуточных звеньях, образующихся в ходе различных метаболизмов ДНК, и выполняет функцию поддержания теломер. [15][16][17][18][19]

Эндонуклеаза Dna2 становится активной, когда концевой сегмент РНК присоединяется к 5 ’конца, потому что он перемещается в направлении от 5’ к 3 ’. В присутствии одноцепочечного ДНК-связывающего белка RPA 5'-створки ДНК становятся слишком длинными, и разрывы больше не подходят в качестве субстрата для FEN1. Это предотвращает удаление 5'-закрылков FEN1. Таким образом, роль Dna2 заключается в сокращении 3'-конца этих фрагментов, делая возможным для FEN1 разрезать лоскуты, и созревание фрагмента Okazaki более эффективно. В процессе Окадзаки геликаза ДНК2 и эндонуклеаза неразделимы. Эндонуклеаза Dna2 не зависит от структуры 5’-хвостовой вилки своей активности. Известно, что непродуктивное связывание создает блоки для расщепления и отслеживания FEN1. Известно, что АТФ снижает активность, но способствует высвобождению 3’-концевой метки. Исследования показали, что новая модель Dna2 Endonuclease и FEN1 частично ответственна за созревание фрагментов Okazaki.[18][16][15][20]

Биологическая функция

Недавно синтезированная ДНК, также известная как фрагменты Окадзаки, связывается ДНК-лигазой, которая образует новую цепь ДНК. При синтезе ДНК образуются две цепи. Ведущая цепь непрерывно синтезируется и удлиняется во время этого процесса, чтобы обнажить матрицу, которая используется для отстающей цепи (фрагменты Окадзаки). В процессе репликации ДНК праймеры ДНК и РНК удаляются из отстающей цепи ДНК, чтобы позволить фрагментам Окадзаки связываться. Поскольку этот процесс настолько распространен, созревание Окадзаки будет происходить около миллиона раз во время одного завершения репликации ДНК. Для созревания Окадзаки праймеры РНК должны создавать сегменты на фрагментах, которые необходимо лигировать. Он используется как строительный блок для синтеза ДНК в отстающей цепи. На цепи-шаблоне полимераза будет синтезироваться в направлении, противоположном репликационной вилке. Как только шаблон станет прерывистым, он создаст фрагмент Окадзаки. Дефекты созревания фрагментов Окадзаки могут потенциально вызывать разрыв цепей ДНК и вызывать различные формы хромосомных аномалий. Эти мутации в хромосомах могут повлиять на внешний вид, количество наборов или количество отдельных хромосом. Поскольку хромосомы фиксированы для каждого конкретного вида, это также может изменить ДНК и вызвать дефекты в генофонде этого вида.

Различия между прокариотами и эукариотами

Фрагменты Окадзаки присутствуют в обоих прокариоты и эукариоты.[21] Молекулы ДНК эукариот отличаются от кольцевых молекул прокариот тем, что они больше и обычно имеют несколько источников репликации. Это означает, что каждая эукариотическая хромосома состоит из множества реплицирующихся единиц ДНК с множеством источников репликации. Для сравнения, прокариотическая ДНК имеет только одну точку начала репликации. У эукариот эти реплицирующие вилки, многочисленные по всей ДНК, образуют «пузыри» в ДНК во время репликации. Вилка репликации формируется в определенной точке, называемой автономно реплицирующиеся последовательности (ARS). У эукариот есть комплекс зажима-загрузчика и зажим из шести единиц, называемый ядерным антигеном пролиферирующих клеток.[22] Эффективное движение репликационной вилки также критически зависит от быстрого размещения скользящих зажимов на вновь примированных сайтах на отстающей цепи ДНК с помощью АТФ-зависимых комплексов загрузчика зажимов. Это означает, что кусочная генерация фрагментов Окадзаки может идти в ногу с непрерывным синтезом ДНК на ведущей цепи. Эти комплексы с зажимом-загрузчиком характерны для всех эукариот и разделяют некоторые незначительные различия в синтезе фрагментов Окадзаки у прокариот и эукариот.[23]Длина фрагментов Окадзаки у прокариот и эукариот также различается. У прокариот есть фрагменты Окадзаки, которые намного длиннее, чем у эукариот. Эукариоты обычно имеют фрагменты Окадзаки длиной от 100 до 200 нуклеотидов, тогда как фрагменты в прокариотических Кишечная палочка может иметь длину 2000 нуклеотидов. Причина такого расхождения неизвестна.

Каждая эукариотическая хромосома состоит из множества реплицирующихся единиц ДНК с множеством источников репликации. Для сравнения, прокариотическая хромосома E. coli имеет только одну точку начала репликации. Репликация у прокариот происходит внутри цитоплазмы, и все это начинает репликацию, состоящую из примерно 100-200 или более нуклеотидов. Молекулы эукариотической ДНК имеют значительно большее количество репликоны около 50 000 или больше; однако репликация не происходит одновременно на всех репликонах. У эукариот репликация ДНК происходит в ядре. Изобилие репликации формируется только в одной реплицирующейся молекуле ДНК, начало репликации ДНК смещается многосубъединичным белком. Эта репликация медленная, иногда добавляется около 100 нуклеотидов в секунду.

Мы исходим из этого, что прокариотические клетки более просты по структуре, у них нет ядра, органелл и очень мало ДНК в виде одной хромосомы. Эукариотические клетки имеют ядро ​​с несколькими органеллами и большим количеством ДНК, расположенных в линейных хромосомах. Мы также видим, что размер - это еще одно различие между этими прокариотическими и эукариотическими клетками. Средняя эукариотическая клетка содержит примерно в 25 раз больше ДНК, чем прокариотическая клетка. Репликация в прокариотических клетках происходит намного быстрее, чем в эукариотических клетках; бактерии иногда занимают всего 40 минут, а клетки животных - до 400 часов. У эукариот также есть особая операция по воспроизведению теломеры в конце своих последних хромосом. Прокариоты имеют кольцевые хромосомы, не вызывающие синтеза концов. Прокариоты имеют непродолжительный непрерывный процесс репликации; эукариотические клетки, с другой стороны, предпринимают репликацию ДНК только во время S-фазы клеточный цикл.

Сходство - это этапы репликации ДНК. И у прокариот, и у эукариот репликация осуществляется путем раскручивания ДНК ферментом, называемым ДНК-геликазой. Новые нити создаются ферментами, называемыми ДНК-полимеразами. Оба они следуют аналогичному паттерну, называемому полуконсервативной репликацией, при котором отдельные нити ДНК производятся в разных направлениях, что создает ведущую и отстающую нити. Эти отстающие нити синтезируются путем производства фрагментов Окадзаки, которые вскоре соединяются вместе. Оба этих организма начинают новые нити ДНК, которые также включают небольшие нити РНК.

Использование в технологии

Медицинские концепции, связанные с фрагментами Окадзаки

Небольшая мутация в совпадающих нуклеотидах может привести к хромосомным аберрациям и непреднамеренной генетической перестройке.

Хотя клетки проходят несколько этапов, чтобы гарантировать отсутствие мутаций в генетической последовательности, иногда специфические делеции и другие генетические изменения во время созревания фрагмента Окадзаки остаются незамеченными. Поскольку фрагменты Окадзаки представляют собой набор нуклеотидов для отстающей цепи, любое изменение, включая делеции, вставки или дупликации исходной цепи, может вызвать мутацию, если она не обнаружена и не зафиксирована. Другие причины мутаций включают проблемы с белками, которые помогают в репликации ДНК. Например, мутация, связанная с примазой, влияет на удаление праймера РНК и может сделать цепь ДНК более хрупкой и восприимчивой к разрывам. Другая мутация касается полимеразы α, которая нарушает редактирование последовательности фрагмента Окадзаки и включение белка в генетический материал. Оба изменения могут привести к хромосомным аберрациям, непреднамеренной генетической перестройке и различным видам рака в более позднем возрасте.[24]

Чтобы проверить влияние белковых мутаций на живые организмы, исследователи генетически изменили лабораторных мышей, чтобы они были гомозиготными по другой мутации в белке, связанной с репликацией ДНК. эндонуклеаза лоскута 1, или FEN1. Результаты варьировались в зависимости от конкретных генных изменений. Гомозиготные нокаут-мутантные мыши испытали «отказ от пролиферации клеток» и «раннюю эмбриональную летальность» (27). Мыши с мутациями F343A и F344A (также известные как FFAA) умерли сразу после рождения из-за родовых осложнений, включая панцитопения и легочный гипоплазия. Это связано с тем, что мутация FFAA предотвращает взаимодействие FEN1 с PCNA (ядерным антигеном пролиферирующих клеток), следовательно, не позволяя ему выполнять свою задачу во время созревания фрагмента Окадзаки. Взаимодействие с этим белком считается ключевой молекулярной функцией в биологической функции FEN1. Мутация FFAA вызывает дефекты при удалении праймера РНК и репарации пар длинных оснований, что вызывает множество разрывов в ДНК. При тщательном наблюдении клетки, гомозиготные по мутациям FFAA FEN1, по-видимому, обнаруживают только частичные дефекты созревания, а это означает, что мыши, гетерозиготные по мутации, будут способны дожить до взрослого возраста, несмотря на наличие нескольких небольших трещин в своих геномах. Однако неизбежно эти разрывы препятствуют будущей репликации ДНК, потому что разрыв вызывает коллапс репликационной вилки и вызывает двухцепочечные разрывы в реальной последовательности ДНК. Со временем эти зарубки также вызывают полные хромосомные разрывы, что может привести к тяжелым мутациям и раку. Другие мутации были реализованы с измененными версиями полимеразы α, что привело к аналогичным результатам.[24]

Рекомендации

  1. ^ Балакришнан Л., Бамбара Р.А. (февраль 2013 г.). «Метаболизм фрагмента Окадзаки». Перспективы Колд-Спринг-Харбор в биологии. 5 (2): a010173. Дои:10.1101 / cshperspect.a010173. ЧВК  3552508. PMID  23378587.
  2. ^ а б Окадзаки Т. (2017-05-11). «Дни, плетущие запаздывающую цепь синтеза ДНК - личное воспоминание об открытии фрагментов Окадзаки и исследованиях механизма прерывистой репликации». Труды Японской академии. Серия B, Физические и биологические науки. 93 (5): 322–338. Bibcode:2017PJAB ... 93..322O. Дои:10.2183 / pjab.93.020. ЧВК  5489436. PMID  28496054.
  3. ^ Купер, Джеффри М (2000). «Репликация ДНК». Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  4. ^ MacNeill SA (октябрь 2001 г.). «Репликация ДНК: партнеры в двухступенчатом Окадзаки». Текущая биология. 11 (20): R842–4. Дои:10.1016 / s0960-9822 (01) 00500-0. PMID  11676941.
  5. ^ Огава Т., Окадзаки Т. (1980). «Прерывистая транскрипция ДНК». Ежегодный обзор биохимии. 49: 421–57. Дои:10.1146 / annurev.bi.49.070180.002225. PMID  6250445.
  6. ^ Окадзаки Р., Окадзаки Т., Сакабэ К., Сугимото К., Сугино А. (февраль 1968 г.). «Механизм роста цепей ДНК. I. Возможные нарушения непрерывности и необычная вторичная структура вновь синтезированных цепей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 59 (2): 598–605. Bibcode:1968ПНАС ... 59..598О. Дои:10.1073 / пнас.59.2.598. ЧВК  224714. PMID  4967086.
  7. ^ Сугимото К., Окадзаки Т., Окадзаки Р. (август 1968 г.). «Механизм роста цепей ДНК. II. Накопление вновь синтезированных коротких цепей в Кишечная палочка инфицированы дефектными по лигазе фагами Т4 ". Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 60 (4): 1356–62. Bibcode:1968ПНАС ... 60.1356С. Дои:10.1073 / pnas.60.4.1356. ЧВК  224926. PMID  4299945.
  8. ^ Пайк Дж. Э., Генри Р. А., Бургерс П. М., Кэмпбелл Дж. Л., Бамбара Р. А. (декабрь 2010 г.). «Альтернативный путь для обработки фрагментов Окадзаки: разрешение откидных створок с помощью геликазы Pif1». Журнал биологической химии. 285 (53): 41712–23. Дои:10.1074 / jbc.M110.146894. ЧВК  3009898. PMID  20959454.
  9. ^ Ли Дж. Б., Хайт Р.К., Хамдан С.М., Се XS, Ричардсон С.К., ван Ойен А.М. (февраль 2006 г.). «ДНК-примаза действует как молекулярный тормоз в репликации ДНК» (PDF). Природа. 439 (7076): 621–4. Bibcode:2006 Натур.439..621L. Дои:10.1038 / природа04317. PMID  16452983.
  10. ^ Джин Ю.Х., Айягари Р., Резник М.А., Горденин Д.А., Бургерс П.М. (январь 2003 г.). «Созревание фрагмента Окадзаки в дрожжах. II. Взаимодействие между полимеразой и 3'-5'-экзонуклеазной активностью Pol delta в создании лигируемого разрыва». Журнал биологической химии. 278 (3): 1626–33. Дои:10.1074 / jbc.M209803200. PMID  12424237.
  11. ^ Левин Д.С., Бай В., Яо Н., О'Доннелл М., Томкинсон А.Е. (ноябрь 1997 г.). «Взаимодействие между ДНК-лигазой I и ядерным антигеном пролиферирующих клеток: последствия для синтеза и соединения фрагментов Окадзаки». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 94 (24): 12863–8. Bibcode:1997PNAS ... 9412863L. Дои:10.1073 / пнас.94.24.12863. ЧВК  24229. PMID  9371766.
  12. ^ Левин Д.С., МакКенна А.Е., Мотицка Т.А., Мацумото Ю., Томкинсон А.Е. (2000). «Взаимодействие между PCNA и ДНК-лигазой I имеет решающее значение для соединения фрагментов Окадзаки и репарации с вырезанием основания с длинным участком». Текущая биология. 10 (15): 919–22. Дои:10.1016 / S0960-9822 (00) 00619-9. PMID  10959839.
  13. ^ Джин Ю.Х., Оберт Р., Бюргерс П.М., Кункель Т.А., Резник М.А., Горденин Д.А. (апрель 2001 г.). «3 '-> 5' экзонуклеаза ДНК-полимеразы дельта может заменять эндонуклеазу 5 'лоскута Rad27 / Fen1 при обработке фрагментов Окадзаки и предотвращении нестабильности генома». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 98 (9): 5122–7. Дои:10.1073 / pnas.091095198. ЧВК  33174. PMID  11309502.
  14. ^ Лю Ю., Као Х.И., Бамбара Р.А. (2004). «Эндонуклеаза лоскута 1: центральный компонент метаболизма ДНК». Ежегодный обзор биохимии. 73: 589–615. Дои:10.1146 / annurev.biochem.73.012803.092453. PMID  15189154.
  15. ^ а б Пэ, Сон Хо; Ким, Дон Ук; Ким, Джиён; Ким, Чон-Хун; Ким, До-Хён; Ким, Хи-Дай; Канг, Хо-Ён; Со, Ён Су (19 июля 2002). «Сочетание ДНК-геликазы и эндонуклеазной активности дрожжевой ДНК2 облегчает процессинг фрагмента Окадзаки». Журнал биологической химии. 277 (29): 26632–26641. Дои:10.1074 / jbc.M111026200. ISSN  0021-9258. PMID  12004053.
  16. ^ а б Пэ, Сон Хо; Со, Ён Су (2000-12-01). «Характеристика ферментативных свойств дрожжевой ДНК2-геликазы / эндонуклеазы предлагает новую модель обработки фрагмента Окадзаки». Журнал биологической химии. 275 (48): 38022–38031. Дои:10.1074 / jbc.M006513200. ISSN  0021-9258. PMID  10984490.
  17. ^ Канг, Ён-Хун; Ли, Чуль-Хван; Со, Ён Су (2010-02-04). «Dna2 на пути к процессингу фрагмента Окадзаки и стабильности генома у эукариот». Критические обзоры в биохимии и молекулярной биологии. 45 (2): 71–96. Дои:10.3109/10409230903578593. ISSN  1040-9238. PMID  20131965.
  18. ^ а б Стюарт, Джейсон А .; Кэмпбелл, Джудит Л .; Бамбара, Роберт А. (27 марта 2009 г.). «Значение диссоциации Dna2 эндонуклеазой 1 лоскута для процессинга фрагмента Окадзаки в Saccharomyces cerevisiae». Журнал биологической химии. 284 (13): 8283–8291. Дои:10.1074 / jbc.M809189200. ISSN  0021-9258. ЧВК  2659186. PMID  19179330.
  19. ^ Duxin, Julien P .; Мур, Хейли Р .; Сидорова Юлия; Каранджа, Кеннет; Хонакер, Ючи; Дао, Бенджамин; Пивница-Вормс, Хелен; Кэмпбелл, Джудит Л .; Монна, Раймонд Дж. (22.06.2012). «Независимая от обработки фрагмента Окадзаки роль фермента ДНК2 человека во время репликации ДНК». Журнал биологической химии. 287 (26): 21980–21991. Дои:10.1074 / jbc.M112.359018. ISSN  0021-9258. ЧВК  3381158. PMID  22570476.
  20. ^ Айягари Р., Гомес XV, Горденин Д.А., Бургерс П.М. (январь 2003 г.). «Созревание фрагмента Окадзаки в дрожжах. I. Распределение функций между FEN1 И ДНК2». Журнал биологической химии. 278 (3): 1618–25. Дои:10.1074 / jbc.M209801200. PMID  12424238.
  21. ^ «Часто задаваемые вопросы MCB 150 - являются ли фрагменты Окадзаки уникальными для эукариот? Или они универсальны, поэтому они также присутствуют в репликации бактериальной ДНК?».
  22. ^ «Репликация ДНК эукариот». Молекулярно-растительная биотехнология. Multilab.biz, н.д.Web. 29 марта 2011 г.
  23. ^ Matsunaga F, Norais C, Forterre P, Myllykallio H (февраль 2003 г.). «Идентификация коротких« эукариотических »фрагментов Окадзаки, синтезированных из прокариотической точки начала репликации». EMBO отчеты. 4 (2): 154–8. Дои:10.1038 / sj.embor.embor732. ЧВК  1315830. PMID  12612604.
  24. ^ а б Чжэн Л., Шэнь Б. (февраль 2011 г.). «Созревание фрагмента Окадзаки: в центре внимания нуклеазы». Журнал молекулярной клеточной биологии. 3 (1): 23–30. Дои:10.1093 / jmcb / mjq048. ЧВК  3030970. PMID  21278448.
  • Inman RB, Schnos M, Структура точек ветвления в репликации ДНК: наличие одноцепочечных соединений в точках ветвления лямбда-ДНК. J. Mol Biol. 56:319-625, 1971.
  • Thommes P, Hubscher U. Репликация ДНК эукариот. Ферменты и белки, действующие на вилке. Евро. J. Biochem. 194(3):699-712, 1990.

[1]

внешняя ссылка

  1. ^ «Хромосомные аберрации». Справочник по биологии, www.biologyreference.com/Ce-Co/Chromosome-Aberrations.html. Купер, Джеффри М. «Репликация ДНК». Current Neurology and Neuroscience Reports., Национальная медицинская библиотека США, 1 января 1970 г., www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK9940/.