Dinoroseobacter shibae - Dinoroseobacter shibae
| Dinoroseobacter shibae | |
|---|---|
| Научная классификация | |
| Домен: | |
| Тип: | |
| Учебный класс: | |
| Заказ: | |
| Семья: | |
| Род: | |
| Разновидность: | D. shibae |
| Биномиальное имя | |
| Dinoroseobacter shibae Библ и другие. 2005 | |
Dinoroseobacter shibae это факультативный анаэробный аноксигенный фотогетеротроф принадлежащий к семья, Rhodobacteraceae. Впервые выделен из промытых окультуренных динофлагелляты, сообщается, что у них мутуалистический а также патогенный симбиозы с динофлагелляты.
Морфология и физиология клеток
D. shibae клетки Грамотрицательный кокки, или иногда яйцевидный стержни которые измеряют 0,3–0,7 мкм в ширину и 0,3–1,0 мкм в длину.[1] Они есть подвижный и иметь один полярный жгутик.
При выращивании в темноте колонии имеют отчетливый розовый или светло-красный цвет. пигментация, а при сильном освещении - бежевого цвета. В них содержатся бактериохлорофилл а и каротиноид пигмент сфероиденон и спектр поглощения пики при 804 и 868 нм. В каротиноид приводит к расширенному спектр поглощения в том числе 400 - 600 нм.[1] D. shibae клетки используют свет как дополнительный источник энергии и не используют его для исправить неорганический углерод.[2] Колонии, выращенные на комплексе агар средства массовой информации имеют темно-красный цвет.[1]
D. shibae это факультативный анаэроб что требует 1-7% соленость и растет от 15 до 38 ° C с оптимальным температура 33 ° С. Оптимальный pH диапазон 6.5 - 9.0.[1] Хотя большинство организмов в кладе Roseobacter являются облигатные аэробы, D. shibae способен расти анаэробно с помощью акцепторы электронов нитрат и диметилсульфоксид.[3] Он имеет полный путь денитрификации для производства энергии.[3] Разнообразные органические субстраты, включая ацетат, сукцинат, фумарат, малат, лактат, цитрат, глутамат, пируват, глюкоза, фруктоза и глицерин может поддержать гетеротрофный рост. Как и другие представители клады Roseobacter, этиловый спирт, метанол и бутират не поддерживают рост.[1]
D. shibae может синтезировать витамины и , из которых его динофлагеллята хозяин ауксотрофный.[3]
Окружающая среда и экология
Члены клады Roseobacter широко связаны с морскими фитопланктон Такие как динофлагелляты и диатомеи в столб воды а также мелкие отложения. Они играют важную роль в цикл углерода путем ассимиляции растворенное органическое вещество произведено фитопланктон а также в цикл серы путем удаления DMS из водорослей осмолит диметилсульфониопропионат (DMSP).[4] Их тесная связь с эукариотический фитопланктон поддерживается филогеномный свидетельства того, что линия Roseobacter расходилась с другими Alphaproteobacteria в тот же момент, что и Мезозойский радиация из фитопланктон.[4]
Черты, вовлеченные в симбиозы из D. shibae включают жгутиковый синтез и систему секреции типа IV под контролем N-ацил-гомосерин-лактон межклеточные сигнальные молекулы (проверка кворума ).[4]
D. shibae формы симбиозы с Пророцентр минимум, а токсичный красный прилив динофлагеллята, а также другие динофлагелляты связана с цветение токсичных водорослей. В мутуалистический ассоциация, П. минимум обеспечивает источники углерода и некоторые витамины, необходимые для роста, а D. shibae обеспечивает витамины и . В совместной культуре это мутуализм изменения к патогенность поскольку бактерии вызывают гибель клеток водорослей, но альгицидные соединения, производимые D. shibae еще предстоит определить.[4] П. минимум имеет глобальное морское распространение, что позволяет предположить, что его симбионт тоже.[4]
Геном
D. shibae’s Длина генома составляет 4417 т.п.н., что соответствует геномам других кладовых Roseobacter.[3] В это число входят его большой кольцевой геном и пять кольцевых геномов. плазмиды. В GC-контент из D. shibae составляет 66%.
На основе сравнительного анализа последовательности циркулярных плазмиды, скорее всего, они были приобретены через спряжение и две сестринские плазмиды содержат vir оперон кодирование типа IV секреция система, необходимая для формирования секс пили. Другие черты, закодированные на плазмиды включать деградацию ароматный соединения и монооксид углерода окисление.[3]
В отличие от Автовозы ABC, то D. shibae геном предполагает предпочтение трехсторонние АТФ-независимые периплазматические переносчики (ЛОВУШКА ) для поглощения питательных веществ, таких как C4-дикарбоксилаты, пируват, глутамат, сиаловая кислота, эктоин и 2,3-дикетогулонат.[3] D. shibae’s геном кодирует 27 полных ЛОВУШКА системы.
Открытие и изоляция
D. shibae был впервые выделен в 2003 году двумя штаммами, оба из которых были выделены из промытых одиночных клеток культивируемых морских динофлагелляты (Prorocentrum lima и Александрий остенфельдий).[1]
Этимология
Род Dinoroseobacter название происходит от греческого слова «динозавр», означающего «вращательное вращение» и первая часть Dinophyceae (динофлагелляты ), от которого он был изолирован, и Розеобактер бактериальный род с похожими чертами. Шиба был назван в честь профессора Цунео Сиба, открывшего морской аэробный аноксигенный фототрофный бактерии.[1]
Рекомендации
- ^ а б c d е ж грамм Biebl, H .; Allgaier, M .; Tindall, B.J .; Коблизек, М .; Lünsdorf, H .; Пукал, Р .; Вагнер-Дёблер, И. (2005). "Dinoroseobacter shibae ген. nov., sp. nov., новая аэробная фототрофная бактерия, выделенная из динофлагеллят ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 55 (3): 1089–1096. Дои:10.1099 / ijs.0.63511-0. PMID 15879238.
- ^ Сура, М .; Цыпенка, Х. (2013). "Свет способствует выживанию Dinoroseobacter shibae во время длительного голодания ». PLoS ONE. 8 (12): e83960. Дои:10.1371 / journal.pone.0083960. ЧВК 3875502.
- ^ а б c d е ж Вагнер-Доблер, И .; Ballhausen, B .; Berger, M .; Бринхофф, Т .; Бухгольц, I .; Койка, В .; Саймон, М. (2009). "Полная последовательность генома водорослевого симбионта Dinoroseobacter shibae: путеводитель по жизни в море ». ISME J. 4 (1): 61–77. Дои:10.1038 / ismej.2009.94. PMID 19741735.
- ^ а б c d е Ван Х, Томаш Дж., Ярек М., Вагнер-Доблер I. Система совместного культивирования двух видов для изучения взаимодействия между Roseobacter и динофлагеллятами. Границы микробиологии 2014, 5: 311.