Гаплогруппа R (Y-ДНК) - Haplogroup R (Y-DNA)

Гаплогруппа R
Возможное время происхождения	около 27000 лет BP
Возможное место происхождения	Возможно Центральная Азия, Сибирь, или Южная Азия
Предок	P1 (P-M45), единственная первичная клада П* (P-P295)
Потомки	R1 (R-M173), R2 (R-M479) (R2)
Определение мутаций	M207 / страница37 / UTY2, CTS207 / M600 / PF5992, CTS2426 / M661 / PF6033, CTS2913 / M667, CTS3229 / M672 / PF6036 / YSC0001265, CTS3622 / PF6037, CTS5815 / M696, CTS647817 / M8725TS / Y480 PF6053, CTS8311 / M732, CTS9005 / M741, CTS10663 / M788, CTS11075 / M795 / P6078, CTS11647 / Y369, F33 / M603 / PF6013, F63 / M614 / PF6016, F82 / M620, F154 / M668 / M636, F154 / M636 / M703 / PF5919, F370 / M708 / Y479, F459 / Y482, F652 / M805, F765, FGC1168, L248.3 / M705.3, L747 / M702 / PF5918 / YSC0000287, L760 / M642 / PF5877 / YSC0000286, L89 YSC0000232, L1347 / M792 / PF6077 / YSC0000233, M613, M628 / PF5868, M651 / Y296, M718, M734 / PF6057 / S4 / YSC0000201, M760 / Y506, M764 / PF5953, M799, P224922 / PF60, PF60, P224 / PF60 P232, P280, P285, PF5938, PF6014 / S9 (ISOGG 2016 )

Гаплогруппа R, или же R-M207, это Гаплогруппа ДНК Y-хромосомы. Он многочислен и широко распространен среди современного населения.

Некоторый потомок субклады были найдены с доисторических времен в Европа, Центральная Азия и Южная Азия. Другие уже давно присутствуют на более низких уровнях в некоторых частях Западная Азия и Африка. Некоторые власти предложили также, более спорно, что R-M207 уже давно присутствует среди Коренные американцы в Северная Америка - теория, которая еще не получила широкого распространения.

Карафет и др. (2014) и другие исследователи утверждают, что «быстрая диверсификация ... K-M526 ", также известный как K2, в K2a и K2b, с последующим K2b1 и п (также известный как K2b2) ", вероятно, произошло в Юго-Восточная Азия ". За этим последовало относительно быстрое" расширение на запад " P1 - непосредственный предок обеих гаплогрупп Q и Р.^[6]^[7]

Структура

Филогенетическое дерево Y-ДНК человека

Гаплогруппа R

M207 (R)

M173 (R1)

M420 (R1a)

M459	(R1a1)

	(R1a *)

M343 (R1b)

L278	(R1b1)

	(R1b *)

M479 (R2)

M124 (R2a)

L263	(R2a1)

F1092	(R2a2)

Y12100	(R2a3)

(R2 *)

Происхождение

Гаплогруппа P1 (P-M45), непосредственный предок гаплогруппы R, вероятно, возник в Юго-Восточная Азия.^[6] В SNP Считается, что M207, который определяет гаплогруппу R, возник во время Верхний палеолит эра, около 27000 лет назад.^[2]^[1]

Был обнаружен только один подтвержденный пример базального R * в останках возрастом 24000 лет, известный как MA1, найдено в Мальта-буретская культура возле озеро Байкал в Сибирь.^[2] (Хотя о живом примере R-M207 (xM17, M124) сообщалось в 2012 году, он не тестировался на SNP M478; соответствующий мужчина - среди выборки из 158 этнических групп. Таджикский мужчины из Бадахшан, Афганистан - поэтому может принадлежать R2.)

Возможно, что ни одна из первичных ветвей R-M207, а именно R1 (R-M173) и R2 (R-M479), все еще не существует в своих основных исходных формах, то есть R1 * и R2 *. В научной литературе не было зарегистрировано ни одного подтвержденного случая, живого или мертвого. (Хотя в случае R2 * проведено относительно мало исследований.)

Несмотря на редкость R * и R1 *, часто отмечается относительно быстрое расширение - географически и численно - субкладов от R1: «и R1a, и R1b представляют собой молодые звездообразные расширения» (Карафет 2008 ).

В частности, отмечено широкое географическое распространение R1b. Hallast et al. (2014) упомянули, что живые примеры, найденные в Центральной Азии, включают:

«самый глубокий субклад» R-M269 (R1b1a1a2) - самая многочисленная ветвь R1b в Западной Европе, и;
редкий субклад R-PH155 (R1b1b) обнаружен только в одном Бутанский индивидуальный и один таджик.

(Хотя Халласт и др. Предположили, что R-PH155 был «почти таким же старым, как раскол R1a / R1b»,^[6] Позже было обнаружено, что R-PH155 является субкладом R-L278 (R1b1) и получил филогенетическое название R1b1b.)

Распределение

Y-гаплогруппа R-M207 распространена повсюду. Европа, Южная Азия и Центральная Азия (Кайзер 2003 ). Это также происходит в Кавказ и Сибирь. Некоторые меньшинства в Африка также несут субклады R-M207 на высоких частотах.

Хотя некоторые коренные народы Северная и Южная Америка и Австралазия также содержат высокие уровни R-M207, неясно, имеют ли они глубокие корни или это результат европейской колонизации во время ранняя современная эпоха.

R (R-M207)

Гаплогруппа R * Y-ДНК (xR1, R2) была обнаружена в останках возрастом 24000 лет. Мальта в Сибирь возле озера Байкал.^[4]В 2013 г. R-M207 был обнаружен у одного из 132 мужчин из Кыргызский народ Восточного Кыргызстана.^[8]

R1 (R-M173)

R-M173, также известный как R1, был широко распространен Европа и Южная Азия с доисторических времен. Имеет много ответвлений (Семино 2000 и Россер 2000).

Это вторая по распространенности гаплогруппа в Коренные народы Америки следующий гаплогруппа Q-M242, особенно в Алгонкинские народы из Канада и Соединенные Штаты (Малхи 2008 ). Причины высоких уровней R-M173 среди коренных американцев являются предметом споров:

некоторые ученые утверждают, что это частично или полностью результат иммиграция колониальной эпохи из Европы (см., например, Малхи 2008 ), в то время как;
другие авторитетные источники указывают на большее сходство многих субкладов R-M173, обнаруженных в Северной Америке, с субкладами, обнаруженными в Сибири (например, Лелл 2002 и Рагхаван 2013), что предполагает доисторическую иммиграцию из Азии и / или Берингия.

R2 (R-M479)

Гаплогруппа R-M479 определяется наличием маркера M479. Парагруппа линии передачи R-M479 встречается преимущественно в Южной Азии, хотя глубоко укоренившиеся примеры также были обнаружены среди португальского, испанского, татарского (Башкортостан, Россия) и осетинского (Кавказ) населения (Майрес 2010 ).

Один редкий субклад может встречаться только среди Евреи ашкенази, возможно, в результате эффект основателя.

Смотрите также

Генетика

Субклады Y-ДНК R-M207

Основное дерево Y-ДНК

Филогенетическое древо человека Гаплогруппы ДНК Y-хромосомы ^{[χ 1]}^{[χ 2]}

"Y-хромосомный Адам "

A0-T ^{[χ 3]}

A1 ^{[χ 4]}

F2

F3

GHIJK

я

J

LT ^{[χ 5]}

K2 ^{[χ 6]}

L

Т

K2a ^{[χ 7]}

K2b ^{[χ 8]}

K2c

K2d

K2e ^{[χ 9]}

K-M2313 ^{[χ 10]}

K2b1 ^{[χ 11]}

п ^{[χ 12]}

НЕТ

S ^{[χ 13]}

M ^{[χ 14]}

P1

P2

Сноски

^ Ван Овен М., Ван Гейстелен А., Кайзер М., Декорте Р., Larmuseau HD (2014). «Видеть лес за деревьями: минимальная эталонная филогения Y-хромосомы человека». Человеческая мутация. 35 (2): 187–91. Дои:10.1002 / humu.22468. PMID 24166809.
^ Международное общество генетической генеалогии (ISOGG; 2015), Дерево гаплогруппы Y-ДНК 2015. (Дата обращения: 1 февраля 2015 г.)
^ Гаплогруппа A0-T также известна как A-L1085 (а ранее как A0'1'2'3'4).
^ Гаплогруппа A1 также известна как A1'2'3'4.
^ Гаплогруппа LT (L298 / P326) также известна как гаплогруппа K1.
^ С 2002 по 2008 гг. Гаплогруппа T-M184 была известна как «Гаплогруппа К2». С тех пор это имя было изменено на K-M526, брат Haplogroup LT.
^ Гаплогруппа K2a (M2308) и ее первичный субклад K-M2313 были отделены от гаплогруппы NO (F549) в 2016 году (это последовало за публикацией: Позник Г.Д., Сюэ У., Мендес Ф.Л. и др. (2016). «Прерывистые всплески в демографии мужчин-мужчин, выведенные из 1244 всемирных последовательностей Y-хромосомы». Природа Генетика. 48 (6): 593–9. Дои:10,1038 / нг.3559. ЧВК 4884158. PMID 27111036. В прошлом другие гаплогруппы, включая NO (M214) и K2e, также были идентифицированы с именем «K2a».
^ Гаплогруппа K2b (M1221 / P331 / PF5911) также известна как MPS гаплогруппы.
^ Гаплогруппа K2e (K-M147) ранее была известна как «гаплогруппа X» и «K2a» (но является дочерней субкладой нынешней K2a).
^ K-M2313 *, у которого пока нет филогенетического названия, был зарегистрирован у двух живых людей, имеющих этнические связи с Индией и Юго-Восточной Азией. Кроме того, K-Y28299, который, по-видимому, является основной ветвью K-M2313, был обнаружен у трех живых людей из Индии. См .: Позник op. соч.; YFull YTree v5.08, 2017, «К-М2335», и; Филодерево, 2017, «Детали маркеров Y-SNP, включенных в минимальное дерево Y» (Дата доступа к этим страницам: 9 декабря 2017 г.)
^ Гаплогруппа K2b1 (P397 / P399) также известна как гаплогруппа MS, но имеет более широкую и сложную внутреннюю структуру.
^ Гаплогруппа P (P295) также известна как K2b2.
^ Гаплогруппа S с 2017 года также известна как K2b1a. (Ранее имя Гаплогруппа S было присвоено K2b1a4.)
^ Гаплогруппа M, по состоянию на 2017 год, также известна как K2b1b. (Ранее имя Гаплогруппа M было присвоено K2b1d.)

дальнейшее чтение

Myres NM, Rootsi S, Lin AA, Järve M, King RJ, Kutuev I, et al. (Январь 2011 г.). «Эффект основателя основной гаплогруппы R1b Y-хромосомы эпохи голоцена в Центральной и Западной Европе». Европейский журнал генетики человека. 19 (1): 95–101. Дои:10.1038 / ejhg.2010.146. ЧВК 3039512. PMID 20736979.
Лелл Дж. Т., Сукерник Р. И., Стариковская Ю. Б., Су Б., Джин Л., Шурр Т. Г., Андерхилл П. А., Уоллес, округ Колумбия (январь 2002 г.). «Двойное происхождение и сибирское сродство Y-хромосом коренных американцев». Американский журнал генетики человека. 70 (1): 192–206. Дои:10.1086/338457. ЧВК 384887. PMID 11731934.
Малхи (2008). "Распространение Y-хромосом среди коренных жителей Северной Америки: исследование истории атапаскинского населения" (PDF). Архивировано из оригинал (PDF) на 17.06.2010. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
Кивисилд Т., Рутси С., Мецпалу М., Мастана С., Калдма К., Парик Дж. И др. (Февраль 2003 г.). «Генетическое наследие первых поселенцев сохраняется как в индейских племенах, так и в кастах». Американский журнал генетики человека. 72 (2): 313–32. Дои:10.1086/346068. ЧВК 379225. PMID 12536373.
Уэллс Р.С., Юлдашева Н., Рузибакиев Р., Андерхилл П.А., Евсеева И., Блю-Смит Дж. И др. (Август 2001 г.). «Сердце Евразии: континентальный взгляд на разнообразие Y-хромосомы». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 98 (18): 10244–9. Bibcode:2001PNAS ... 9810244W. Дои:10.1073 / pnas.171305098. ЧВК 56946. PMID 11526236.
Андерхилл П.А., Майрес Н.М., Рутси С., Мецпалу М., Животовский Л.А., Кинг Р.Дж. и др. (Апрель 2010 г.). «Разделение постледникового происхождения европейских и азиатских хромосом Y в гаплогруппе R1a». Европейский журнал генетики человека. 18 (4): 479–84. Дои:10.1038 / ejhg.2009.194. ЧВК 2987245. PMID 19888303.
Кивисилд (2003). «Генетическое наследие первых поселенцев сохраняется как в индейских племенах, так и в кастах» (PDF). Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
История и география генов человека. Издательство Принстонского университета. 1994 г. ISBN 978-0-691-08750-4.
Karafet TM, Mendez FL, Meilerman MB, Underhill PA, Zegura SL, Hammer MF (май 2008 г.). «Новые бинарные полиморфизмы изменяют форму и увеличивают разрешение дерева гаплогруппы Y-хромосомы человека». Геномные исследования. 18 (5): 830–8. Дои:10.1101 / gr.7172008. ЧВК 2336805. PMID 18385274.
Семино О., Пассарино Г., Офнер П.Дж., Лин А.А., Арбузова С., Бекман Л.Е. и др. (Ноябрь 2000 г.). «Генетическое наследие палеолита Homo sapiens sapiens у современных европейцев: перспектива Y-хромосомы». Наука. 290 (5494): 1155–9. Bibcode:2000Sci ... 290.1155S. Дои:10.1126 / наука.290.5494.1155. PMID 11073453.
Уэллс Р.С., Юлдашева Н., Рузибакиев Р., Андерхилл П.А., Евсеева И., Блю-Смит Дж. И др. (Август 2001 г.). «Сердце Евразии: континентальный взгляд на разнообразие Y-хромосомы». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 98 (18): 10244–9. Bibcode:2001PNAS ... 9810244W. Дои:10.1073 / pnas.171305098. ЧВК 56946. PMID 11526236.
Пассарино Г., Каваллери Г.Л., Лин А.А., Кавалли-Сфорца Л.Л., Бёрресен-Дейл А.Л., Андерхилл, Пенсильвания (сентябрь 2002 г.). «Различные генетические компоненты норвежской популяции, выявленные анализом полиморфизма мтДНК и Y-хромосомы». Европейский журнал генетики человека. 10 (9): 521–9. Дои:10.1038 / sj.ejhg.5200834. PMID 12173029.
Бехар Д.М., Томас М.Г., Скорецкий К., Хаммер М.Ф., Булыгина Е., Розенгартен Д. и др. (Октябрь 2003 г.). «Множественное происхождение левитов ашкенази: свидетельство Y-хромосомы как для ближневосточных, так и для европейских предков». Американский журнал генетики человека. 73 (4): 768–79. Дои:10.1086/378506. ЧВК 1180600. PMID 13680527.
Саха А., Шарма С., Бхат А., Пандит А., Бамезай Р. (2005). «Генетическая близость между пятью различными группами населения в Индии, отражающая поток генов Y-хромосомы». Журнал генетики человека. 50 (1): 49–51. Дои:10.1007 / s10038-004-0219-3. PMID 15611834.
Сенгупта С., Животовский Л.А., Кинг Р., Мехди С.К., Эдмондс С.А., Чоу С.Э. и др. (Февраль 2006 г.). «Полярность и временность распределений Y-хромосомы высокого разрешения в Индии позволяют идентифицировать как местные, так и экзогенные экспансии и выявить незначительное генетическое влияние среднеазиатских скотоводов». Американский журнал генетики человека. 78 (2): 202–21. Дои:10.1086/499411. ЧВК 1380230. PMID 16400607.
Чинниоглу (2004). «Раскопки гаплотипов Y-хромосомы в Анатолии» (PDF). Генетика человека. 114 (2): 127–48. Дои:10.1007 / s00439-003-1031-4. PMID 14586639. S2CID 10763736. Архивировано из оригинал (PDF) 19 июня 2006 г.
Андерхилл П.А., Майрес Н.М., Рутси С., Мецпалу М., Животовский Л.А., Кинг Р.Дж. и др. (Апрель 2010 г.). «Разделение постледникового происхождения европейских и азиатских хромосом Y в гаплогруппе R1a». Европейский журнал генетики человека. 18 (4): 479–84. Дои:10.1038 / ejhg.2009.194. ЧВК 2987245. PMID 19888303.
Кайзер М., Брауэр С., Вайс Г., Шифенхёвель В., Андерхилл П., Шен П. и др. (Февраль 2003 г.). «Уменьшение разнообразия Y-хромосомы, но не митохондриальной ДНК в популяциях людей из Западной Новой Гвинеи». Американский журнал генетики человека. 72 (2): 281–302. Дои:10.1086/346065. ЧВК 379223. PMID 12532283.
Firasat S, Khaliq S, Mohyuddin A, Papaioannou M, Tyler-Smith C, Underhill PA и др. (Январь 2007 г.). «Доказательства Y-хромосомы ограниченного вклада Греции в популяцию патанов в Пакистане». Европейский журнал генетики человека. 15 (1): 121–6. Дои:10.1038 / sj.ejhg.5201726. ЧВК 2588664. PMID 17047675.
Кран, Томас. "Проект Y-ДНК дерева FTDNA (AKA YTree)". Семейное древо ДНК. Архивировано из оригинал на 2015-08-15.

внешняя ссылка

Обсуждение и проекты

[vanOven2014-9] Ван Овен М., Ван Гейстелен А., Кайзер М., Декорте Р., Larmuseau HD (2014). «Видеть лес за деревьями: минимальная эталонная филогения Y-хромосомы человека». Человеческая мутация. 35 (2): 187–91. Дои:10.1002 / humu.22468. PMID 24166809.

[ISOGG2015-10] Международное общество генетической генеалогии (ISOGG; 2015), Дерево гаплогруппы Y-ДНК 2015. (Дата обращения: 1 февраля 2015 г.)

[A0-T-11] Гаплогруппа A0-T также известна как A-L1085 (а ранее как A0'1'2'3'4).

[A1-12] Гаплогруппа A1 также известна как A1'2'3'4.

[LT-13] Гаплогруппа LT (L298 / P326) также известна как гаплогруппа K1.

[K2-14] С 2002 по 2008 гг. Гаплогруппа T-M184 была известна как «Гаплогруппа К2». С тех пор это имя было изменено на K-M526, брат Haplogroup LT.

[K2a-15] Гаплогруппа K2a (M2308) и ее первичный субклад K-M2313 были отделены от гаплогруппы NO (F549) в 2016 году (это последовало за публикацией: Позник Г.Д., Сюэ У., Мендес Ф.Л. и др. (2016). «Прерывистые всплески в демографии мужчин-мужчин, выведенные из 1244 всемирных последовательностей Y-хромосомы». Природа Генетика. 48 (6): 593–9. Дои:10,1038 / нг.3559. ЧВК 4884158. PMID 27111036. В прошлом другие гаплогруппы, включая NO (M214) и K2e, также были идентифицированы с именем «K2a».

[K2b-16] Гаплогруппа K2b (M1221 / P331 / PF5911) также известна как MPS гаплогруппы.

[K2e-17] Гаплогруппа K2e (K-M147) ранее была известна как «гаплогруппа X» и «K2a» (но является дочерней субкладой нынешней K2a).

[K-M2313-18] K-M2313 *, у которого пока нет филогенетического названия, был зарегистрирован у двух живых людей, имеющих этнические связи с Индией и Юго-Восточной Азией. Кроме того, K-Y28299, который, по-видимому, является основной ветвью K-M2313, был обнаружен у трех живых людей из Индии. См .: Позник op. соч.; YFull YTree v5.08, 2017, «К-М2335», и; Филодерево, 2017, «Детали маркеров Y-SNP, включенных в минимальное дерево Y» (Дата доступа к этим страницам: 9 декабря 2017 г.)

[K2b1-19] Гаплогруппа K2b1 (P397 / P399) также известна как гаплогруппа MS, но имеет более широкую и сложную внутреннюю структуру.

[P-20] Гаплогруппа P (P295) также известна как K2b2.

[S-21] Гаплогруппа S с 2017 года также известна как K2b1a. (Ранее имя Гаплогруппа S было присвоено K2b1a4.)

[M-22] Гаплогруппа M, по состоянию на 2017 год, также известна как K2b1b. (Ранее имя Гаплогруппа M было присвоено K2b1d.)

[isogg2016-1] а ^б ISOGG, Y-ДНК Гаплогруппа R и ее субклады - 2016 (12 декабря 2016 г.).

[Raghavan-2] а ^б ^c Raghavan, M. et al. 2014. Верхний палеолит Сибирский геном показывает двойное происхождение коренных американцев, Природа, 505, 87–91.

[FOOTNOTEkarafet_et_al_2014-3] Карафет и др. 2014.

[Mal'ta_boy-4] а ^б Рагхаван М., Скоглунд П., Граф К.Е., Мецпалу М., Альбрехтсен А., Мольтке И. и др. (Январь 2014). «Верхний палеолитический геном Сибири показывает двойное происхождение коренных американцев». Природа. 505 (7481): 87–91. Bibcode:2014Натура.505 ... 87р. Дои:10.1038 / природа12736. ЧВК 4105016. PMID 24256729.

[FOOTNOTEHallast2014-5] Hallast2014.

[Hallast2014-6] а ^б ^c Karafet TM, Mendez FL, Sudoyo H, Lansing JS, Hammer MF (март 2015 г.). «Улучшенное филогенетическое разрешение и быстрая диверсификация гаплогруппы Y-хромосомы K-M526 в Юго-Восточной Азии». Европейский журнал генетики человека. 23 (3): 369–73. Дои:10.1038 / ejhg.2014.106. ЧВК 4326703. PMID 24896152.

[tumonggor-7] Смотрите также: Tumonggor MK, Karafet TM, Downey S, Lansing JS, Norquest P, Sudoyo H, Hammer MF, Cox MP (сентябрь 2014 г.). «Изоляция, контакты и социальное поведение сформировали генетическое разнообразие в Западном Тиморе». Журнал генетики человека. 59 (9): 494–503. Дои:10.1038 / jhg.2014.62. ЧВК 4521296. PMID 25078354., и Хейер Э, Жорж М, Пахнер М, Эндикотт П (2013). «Генетическое разнообразие четырех филиппинских популяций негрито из Лусона: сравнение эффективных размеров мужского и женского населения и дифференцированная интеграция иммигрантов в общины аета и агта». Человеческая биология. 85 (1–3): 189–208. Дои:10.3378/027.085.0310. PMID 24297226. S2CID 19479827.

[Cristofaro-8] Ди Кристофаро Дж., Пеннарун Э., Мазьер С., Майрес Н.М., Лин А.А., Темори С.А. и др. (18 октября 2013 г.). «Афганский Гиндукуш: там, где сходятся генные потоки Евразийского субконтинента». PLOS ONE. 8 (10): e76748. Bibcode:2013PLoSO ... 876748D. Дои:10.1371 / journal.pone.0076748. ЧВК 3799995. PMID 24204668.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[χ 1]

[χ 2]

[χ 3]

[χ 4]

[χ 5]

[χ 6]

[χ 7]

[χ 8]

[χ 9]

[χ 10]

[χ 11]

[χ 12]

[χ 13]

[χ 14]