Парагруппа - Paragroup - Wikipedia

Парагруппа это термин, используемый в популяционная генетика описать родословную в пределах гаплогруппа которые не определены какими-либо дополнительными уникальные маркеры.

В гаплогруппы ДНК Y-хромосомы человека, парагруппы обычно представлены звездочка (*) помещается после основной гаплогруппы.^[1]

Термин «парагруппа» - это чемодан условий парафилетический гаплогруппа это указывает на то, что парагруппы образуют парафилетические субклады.^[1] Помимо мутаций, которые определяют родительскую гаплогруппу, парагруппы могут не иметь никаких дополнительных уникальных маркеров. В качестве альтернативы парагруппы могут обладать уникальными маркерами, которые не были обнаружены. Если в парагруппе обнаруживается уникальный маркер, конкретной линии дается уникальное имя, и она перемещается из парагруппы, чтобы сформировать независимый подклад.

Например, парагруппа гаплогруппы Y-ДНК человека DE это DE *. Член DE * имеет маркер, определяющий DE, но не маркеры, определяющие единственные известные непосредственные подклады DE, гаплогруппы. D и E.^[2] Так же, гаплогруппа E1b1b1g (также известный как E-M293) является примером относительно нового подклада, обнаруженного в ранее обозначенной парагруппе и получившего новое имя. До открытия маркера SNP / UEP M293 в 2008 г. члены субклада были неотличимы от других компонентов парагруппы E1b1b1 * (также известной как E3b * и E-M35 *).^[3]

Другой пример - член Y-ДНК гаплогруппа R (определяется маркером M207) может принадлежать к субгаплогруппе R1 (определяется маркером M173) или R2 (определяется маркером M124). Лица, не имеющие ни одной из этих мутаций, будут отнесены к гаплогруппе R *.

Рекомендации

1. Консорциум Y-хромосомы, T.Y.C. (2002). «Система номенклатуры дерева бинарных гаплогрупп Y-хромосомы человека» (PDF). Геномные исследования. Лабораторный пресс Колд Спринг-Харбор. 12 (2): 339–48. Дои:10.1101 / гр.217602. ЧВК  155271. PMID  11827954.
2. Уил, Майкл Э .; и другие. (2003). "Редкие глубоко укоренившиеся линии Y-хромосомы у людей: уроки филогеографии". Генетика. 165 (1): 229–34. ЧВК  1462739. PMID  14504230.
3. Henn, BM; и другие. (2008). «Y-хромосомное свидетельство миграции скотоводов через Танзанию в южную Африку». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. PNAS. 105 (31): 10693–8. Дои:10.1073 / pnas.0801184105. ЧВК  2504844. PMID  18678889.

Филогенетическое дерево гаплогруппы митохондриальной ДНК человека (мтДНК)

Митохондриальная Ева (L )

L0

L1–6

L1

L2

L3

L4

L5

L6

M

N

CZ

D

E

грамм

Q

О

А

S

р

я

W

Икс

Y

C

Z

B

F

R0

pre-JT

п

U

HV

JT

K

ЧАС

V

J

Т

Филогенетическое древо человека Гаплогруппы ДНК Y-хромосомы [χ 1][χ 2]
	"Y-хромосомный Адам "
		A00	A0-T  [χ 3]
			A0	A1  [χ 4]
				A1a	A1b
					A1b1		BT
							B	CT
								DE						CF
							D	E		C		F
															F1	F2		F3	GHIJK
																				грамм	HIJK
																					IJK	ЧАС
														IJ	K
									я	J		LT  [χ 5]		K2 [χ 6]
																L	Т		K2a  [χ 7]	K2b [χ 8]	K2c	K2d	K2e  [χ 9]
																			K-M2313 [χ 10]		K2b1 [χ 11]	п  [χ 12]
																			НЕТ		S  [χ 13]	M  [χ 14]		P1	P2
																		N	О			Q	р
Y-ДНК по населению Y-ДНК гаплогруппы исторических людей Сноски  Ван Овен М., Ван Гейстелен А., Кайзер М., Декорте Р., Larmuseau HD (2014). «Видеть лес за деревьями: минимальная эталонная филогения Y-хромосомы человека». Человеческая мутация. 35 (2): 187–91. Дои:10.1002 / humu.22468. PMID  24166809. Международное общество генетической генеалогии (ISOGG; 2015), Дерево гаплогруппы Y-ДНК 2015. (Дата обращения: 1 февраля 2015 г.) Гаплогруппа A0-T также известна как A-L1085 (а ранее как A0'1'2'3'4). Гаплогруппа A1 также известна как A1'2'3'4. Гаплогруппа LT (L298 / P326) также известна как гаплогруппа K1. С 2002 по 2008 гг. Гаплогруппа T-M184 была известна как «Гаплогруппа К2». С тех пор это имя было изменено на K-M526, брат Haplogroup LT. Гаплогруппа K2a (M2308) и ее первичный субклад K-M2313 были отделены от гаплогруппы NO (F549) в 2016 году (это последовало за публикацией: Позник Г.Д., Сюэ У., Мендес Ф.Л. и др. (2016). «Прерывистые всплески в демографии мужчин-мужчин на основе 1244 всемирных последовательностей Y-хромосомы». Природа Генетика. 48 (6): 593–9. Дои:10,1038 / нг.3559. ЧВК  4884158. PMID  27111036. В прошлом другие гаплогруппы, включая NO (M214) и K2e, также были идентифицированы с именем «K2a». Гаплогруппа K2b (M1221 / P331 / PF5911) также известна как MPS гаплогруппы. Гаплогруппа K2e (K-M147) ранее была известна как «гаплогруппа X» и «K2a» (но является родственным субкладом нынешнего K2a). K-M2313 *, у которого пока нет филогенетического названия, был зарегистрирован у двух живых людей, имеющих этнические связи с Индией и Юго-Восточной Азией. Кроме того, K-Y28299, который, по-видимому, является основной ветвью K-M2313, был обнаружен у трех живых людей из Индии. См .: Позник op. соч.; YFull YTree v5.08, 2017, «К-М2335», и; Филодерево, 2017, «Детали маркеров Y-SNP, включенных в минимальное дерево Y» (Дата доступа к этим страницам: 9 декабря 2017 г.) Гаплогруппа K2b1 (P397 / P399) также известна как гаплогруппа MS, но имеет более широкую и сложную внутреннюю структуру. Гаплогруппа P (P295) также известна как K2b2. Гаплогруппа S с 2017 года также известна как K2b1a. (Ранее имя Гаплогруппа S было присвоено K2b1a4.) Гаплогруппа M, по состоянию на 2017 год, также известна как K2b1b. (Ранее имя Гаплогруппа M было присвоено K2b1d.)