Гаплогруппа CT - Haplogroup CT

Гаплогруппа CT
Возможное время происхождения	c. 70 000 лет назад ок. 100000 лет назад или около 101000 лет назад
Возможное место происхождения	Африка, возможно Северо-Восточная Африка
Предок	Гаплогруппа BT
Потомки	Гаплогруппа CF, Гаплогруппа DE
Определение мутаций	P9.1, M168, M294, V9, V41, V54, V189 и V226

Гаплогруппа CT это гаплогруппа Y-хромосомы человека, определяя одну из главных отцовских линий человечества.

Мужчины, несущие кладу CT, имеют Y-хромосомы с SNP мутация M168, наряду с P9.1 и M294. Эти мутации присутствуют во всех мужских линиях современного человека, кроме А и B-M60, которые встречаются почти исключительно в Африка.

Самый недавний общий предок по мужской линии (TMRCA) всех современных CT-мужчин, вероятно, предшествовал недавнее африканское происхождение современного человека, миграция, в которой участвовали некоторые из его потомков. Поэтому считается, что он жил в Африке до предполагаемой миграции.^[1]^[5]^[4] В соответствии с концепцией "Y-хромосомный Адам «переданный предку всех живых людей по отцовской линии, CT-M168 поэтому также упоминается в популяризированных отчетах как линия преемственности« евразийского Адама »или« Адама из Африки »; потому что, наряду со многими африканскими Y-линиями, все неафриканские Y-линии происходят от него.^[8]^[7]^[6]

Нет мужчины в парагруппа CT * когда-либо обнаруживали в современных популяциях. Это означает, что все мужчины, несущие эту гаплогруппу, также определяются как принадлежащие к одной из нескольких основных ветвей. клады. Все известные выжившие потомки CT находятся в одном из двух основных субкладов, CF и DE. В свою очередь, DE делится на преимущественно азиатские гаплогруппа D-CTS3946 и преимущественно в Африке гаплогруппа E-M96, в то время как CF делится на восточноазиатских, индейских и океанических гаплогруппа C-M130 и гаплогруппа F-M89, который преобладает в большинстве неафриканских популяций.^[6]

Субклады

Гаплогруппа CT (M168 / PF1416)

CF (P143 / PF2587, CTS3818 / M3690 / PF2668, CTS6376 / M3711 / PF2697)
- C (M130 / Страница51 / RPS4Y711, M216) Азия, Океания, и Северная Америка
  - C1 F3393 / Z1426
    - C1a CTS11043
      - C1a1 ранее C1 (M8, M105, M131) Япония
      - C1a2 Очень низкая частота в Западная Евразия (включая Костенки 38000 лет назад) и Северная Африка
    - C1b
      - C1b1
        C1b1a
        C1b1a1 ранее C5 (M356) Южная Азия, Центральная Азия, и Юго-Западная Азия
      - C1b2
        C1b2a ранее C2 (M38) Индонезия, Новая Гвинея, Меланезия, Микронезия, и Полинезия
        C1b2b ранее C4 (M347) Коренные австралийцы
  - C2 ранее C3 (M217, P44) Встречается по всей Евразии и Северной Америке, но особенно среди Монголы, Казахи, Тунгусские народы, Палеосибиряки, и На-дене говорящие народы
- F (M89, M213) Найдено повсюду Евразия, Океания, и Северная и Южная Америка
  - F1 (P91, P104)
  - F2 (M427, M428)
  - F3 (P96)
  - F4 (M481)
- GHIJK F1329 / M3658 / PF2622 / YSC0001299, CTS2254 / M3680 / PF2657, FGC2045 / Z12203 На всем протяжении Евразия; также Северная и Южная Америка; на низком уровне / среди меньшинств в Африке и Океании
  - грамм M201, P257 В первую очередь Кавказ; также на низком уровне / среди меньшинств в Европе, Северной Африке, Юго-Западной Азии и Центральной Азии
  - HIJK По всей Евразии; также Америка; на низком уровне / среди меньшинств в Африке и Океании
    - ЧАС M69, M370 Южная Азия, Центральная Азия и Юго-Западная Азия
    - IJK L15 / S137, L16 / S138 Евразия, Северная Африка, Океания, Америка и Восточная Африка
    - IJ M429 / P125 Европа, Западная Азия, Северная Африка и Восточная Африка
      - я M170, M258, P19, P38, P212, U179 Европа
      - J 12f2.1, M304 Европа, Западная Азия, Южная Азия, Северная Африка и Восточная Африка
    - K M9 Найдено повсюду Евразия; также важно в Северная и Южная Америка и Океания; на более низких уровнях в Северная Африка и Восточная Африка
      - LT (K1) L298 / P326
        L М11, М20, М22, М61, М185, М295 то Индийский субконтинент
        Т M70, M184 / USP9Y + 3178, M193, M272 (ранее K2) Юго-Западная Азия, Южная Азия, Северная Африка, то Африканский рог, то Бассейн Чада, и Южная Европа
      - K2 M526 Евразия, Океания, Северная и Южная Америка, немного коренные австралийцы и некоторые меньшинства в Африка
        НЕТ (K2a) M214 Как сообщается, обнаруживается в небольшом количестве Буй и Японский самцы.
        N M231 Восточная Европа, Северная Азия, и Восточная Азия
        О M175 Океания, Юго-Восточная Азия, и Восточная Азия
        K2b ранее MPS P331 Евразия, Америка, Океания и меньшинства в Африке
        K2b1 ранее MS P397 / P399 Меланезийцы, микронезийцы, коренные австралийцы и полинезийцы.
        M P256 Восточная Индонезия, Папуа - Новая Гвинея, и Меланезия
        S M230, P202, P204 (ранее K5) Восточная Индонезия, Папуа - Новая Гвинея, и Меланезия
        п (K2b2) 92R7, M45, M74 / N12, P27.1 / P207 На протяжении Евразия, Северная и Южная Америка и некоторые меньшинства в Африке
        Q M242 Америка и Евразия
        р M207 / UTY2, M306 / S1 Европа, Ближний Восток, Южная Азия, Бассейн Чада, Канарские острова
        K2c P261 Низкие уровни в Бали
        K2d P402 / P403 Низкие уровни в Ява
        K2e M147 Низкие уровни в Южной Азии
Гаплогруппа DE (M1 / YAP, M145 / P205, M203 / Страница 36, P144, P153, P165, P167, P183) Азия, Африка, Южная и Восточная Европа; также на низких уровнях в Океании
- Гаплогруппа D (M174) В первую очередь Япония, Тибет и Жители Андаманских островов; также на низком уровне / среди меньшинств в Восточной Азии, Центральной Азии, Микронезии и Меланезии
  - Гаплогруппа D1 (CTS11577) В основном Тибет; меньшинства в Центральной Азии, Восточной Азии и Юго-Восточной Азии
    - Гаплогруппа D1a Z27276 Восточная и Центральная Азия
      - D1a1 (M15) (бывший D1) Люди Цян; также на низких уровнях по всей Восточной и Центральной Азии
      - Гаплогруппа D1a2 P99 (экс-D3) Тибет и Центральная Азия
    - Гаплогруппа D1b (экс-D2) (M64.1 / страница 44.1, M55, M57, M179 / страница 31, M359.1 / P41.1, P37.1, P190, 12f2.2) В основном Япония; также на низком уровне / среди меньшинств в Корее, Китае, Микронезии и Меланезии
  - Гаплогруппа D2 L1366 (бывший D1a) Филиппины
- Гаплогруппа E (M40, M96) Африка, Ближний Восток, Южная и Восточная Европа
  - Гаплогруппа E1 (P147) На высоком уровне по всей Африке; на более низких уровнях на Ближнем Востоке и в Европе
    - Гаплогруппа E1a (ранее E1) (M132) В первую очередь Африка
    - Гаплогруппа E1b (P177 / PF1939)
      - Гаплогруппа E1b1 (ранее E3) (P2, DYS391p)
        Гаплогруппа E1b1a (V38)
        Гаплогруппа E1b1a1 (ранее E3a) (M2) Западная Африка, Центральная Африка, Юго-Восточная Африка и Южная Африка
        Гаплогруппа E1b1b (ранее E3b) (M215) Африканский рог (Эфиопы, Сомалийцы ), Северная Африка (Берберы, Арабов^[9]), Ближний Восток, Европа (особенно районы у Средиземного моря)
  - Гаплогруппа E2 (M75) Восточная Африка

Источники

ISOGG:

Смотрите также

Генетика

Субклады Y-ДНК C

Рекомендации

^ ^а ^б Карафет и др. (2008) дают «70 000», цитируя «68 500 ± 6000 лет» из Хаммера и Зегуры (2002). Karafet TM, Mendez FL, Meilerman MB, Underhill PA, Zegura SL, Hammer MF (2008). «Новые бинарные полиморфизмы изменяют форму и увеличивают разрешение дерева гаплогруппы Y-хромосомы человека». Геномные исследования. 18 (5): 830–8. Дои:10.1101 / gr.7172008. ЧВК 2336805. PMID 18385274.Раскол между CF и DE (который при отсутствии парагруппы CT * эквивалентен возрасту CT) датируется 70 000–75 000 лет назад в В геноме Сибири верхнего палеолита обнаружено двойное происхождение коренных американцев, Nature 505, 87–91 (2 января 2014 г.)
^ ^а ^б Камин М., Сааг Л., Винсенте М. и др. (Апрель 2015 г.). «Недавнее узкое место в разнообразии Y-хромосомы совпадает с глобальным изменением в культуре». Геномные исследования. 25 (4): 459–466. Дои:10.1101 / гр.186684.114. ЧВК 4381518. PMID 25770088.
^ Хабер М., Джонс А.Л., Коннел Б.А., Асан, Арчиеро Э., Хуанмин И., Томас М.Г., Сюэ Ю., Тайлер-Смит К. (июнь 2019 г.). «Редкая африканская гаплогруппа Y-хромосомы с глубокими корнями D0 и ее значение для распространения современного человека за пределы Африки». Генетика. 212 (4): 1421–1428. Дои:10.1534 / генетика.119.302368. ЧВК 6707464. PMID 31196864.
^ ^а ^б Андерхилл и Кивисилд; Кивисилд, Т (2007). «Использование структуры популяции Y-хромосомы и митохондриальной ДНК в отслеживании миграций человека». Анну. Преподобный Жене. 41 (1): 539–64. Дои:10.1146 / annurev.genet.41.110306.130407. PMID 18076332. S2CID 24904955.
^ ^а ^б Стоун, Линда; Пол Ф. Луркин; Луиджи Лука Кавалли-Сфорца (2007). «Путешествия, доисторические экспансии человека». Гены, культура и эволюция человека. п. 187. ISBN 978-1-4051-5089-7.
^ ^а ^б ^c Карафет; и другие. (2008). «Новые бинарные полиморфизмы изменяют форму и увеличивают разрешение дерева гаплогруппы Y-хромосомы человека». Геномные исследования. 18 (5): 830–8. Дои:10.1101 / gr.7172008. ЧВК 2336805. PMID 18385274.
^ ^а ^б Дарвиновские детективы: раскрывая естественную историю генов и геномов, Норман А. Джонсон, 2007, ISBN 0-19-530675-9, ISBN 978-0-19-530675-0
^ Гены, культура и эволюция человека: синтез, Линда Стоун, Пол Ф. Луркин, 2007 г., ISBN 1-4051-5089-0, стр.187
^ Pereira et al. (2010), Соединение генофондов к югу от Сахары и Западной Евразии: материнское и отцовское наследие кочевников туарегов из африканского Сахеля, Европейский журнал генетики человека (2010) 18, 915–923; Дои:10.1038 / ejhg.2010.21

Филогенетическое древо человека Гаплогруппы ДНК Y-хромосомы ^{[χ 1]}^{[χ 2]}

"Y-хромосомный Адам "

A0-T ^{[χ 3]}

A1 ^{[χ 4]}

F2

F3

GHIJK

я

J

LT ^{[χ 5]}

K2 ^{[χ 6]}

L

Т

K2a ^{[χ 7]}

K2b ^{[χ 8]}

K2c

K2d

K2e ^{[χ 9]}

K-M2313 ^{[χ 10]}

K2b1 ^{[χ 11]}

п ^{[χ 12]}

НЕТ

S ^{[χ 13]}

M ^{[χ 14]}

P1

P2

Сноски

^ Ван Овен М., Ван Гейстелен А., Кайзер М., Декорте Р., Larmuseau HD (2014). «Видеть лес за деревьями: минимальная эталонная филогения Y-хромосомы человека». Человеческая мутация. 35 (2): 187–91. Дои:10.1002 / humu.22468. PMID 24166809.
^ Международное общество генетической генеалогии (ISOGG; 2015), Дерево гаплогруппы Y-ДНК 2015. (Дата обращения: 1 февраля 2015 г.)
^ Гаплогруппа A0-T также известна как A-L1085 (а ранее как A0'1'2'3'4).
^ Гаплогруппа A1 также известна как A1'2'3'4.
^ Гаплогруппа LT (L298 / P326) также известна как гаплогруппа K1.
^ С 2002 по 2008 гг. Гаплогруппа T-M184 была известна как «Гаплогруппа К2». С тех пор это имя было изменено на K-M526, брат Haplogroup LT.
^ Гаплогруппа K2a (M2308) и ее первичный субклад K-M2313 были отделены от гаплогруппы NO (F549) в 2016 году (это последовало за публикацией: Позник Г.Д., Сюэ У., Мендес Ф.Л. и др. (2016). «Прерывистые всплески в демографии мужчин-мужчин, выведенные из 1244 всемирных последовательностей Y-хромосомы». Природа Генетика. 48 (6): 593–9. Дои:10,1038 / нг.3559. ЧВК 4884158. PMID 27111036. В прошлом другие гаплогруппы, включая NO (M214) и K2e, также были идентифицированы с именем «K2a».
^ Гаплогруппа K2b (M1221 / P331 / PF5911) также известна как MPS гаплогруппы.
^ Гаплогруппа K2e (K-M147) ранее была известна как «гаплогруппа X» и «K2a» (но является дочерней субкладой нынешней K2a).
^ K-M2313 *, у которого пока нет филогенетического названия, был зарегистрирован у двух живых людей, имеющих этнические связи с Индией и Юго-Восточной Азией. Кроме того, K-Y28299, который, по-видимому, является основной ветвью K-M2313, был обнаружен у трех живых людей из Индии. См .: Позник op. соч.; YFull YTree v5.08, 2017, «К-М2335», и; Филодерево, 2017, «Детали маркеров Y-SNP, включенных в минимальное дерево Y» (Дата доступа к этим страницам: 9 декабря 2017 г.)
^ Гаплогруппа K2b1 (P397 / P399) также известна как гаплогруппа MS, но имеет более широкую и сложную внутреннюю структуру.
^ Гаплогруппа P (P295) также известна как K2b2.
^ Гаплогруппа S с 2017 года также известна как K2b1a. (Ранее имя Гаплогруппа S было присвоено K2b1a4.)
^ Гаплогруппа M, по состоянию на 2017 год, также известна как K2b1b. (Ранее имя Гаплогруппа M было присвоено K2b1d.)

[Karafet-1] а ^б Карафет и др. (2008) дают «70 000», цитируя «68 500 ± 6000 лет» из Хаммера и Зегуры (2002). Karafet TM, Mendez FL, Meilerman MB, Underhill PA, Zegura SL, Hammer MF (2008). «Новые бинарные полиморфизмы изменяют форму и увеличивают разрешение дерева гаплогруппы Y-хромосомы человека». Геномные исследования. 18 (5): 830–8. Дои:10.1101 / gr.7172008. ЧВК 2336805. PMID 18385274.Раскол между CF и DE (который при отсутствии парагруппы CT * эквивалентен возрасту CT) датируется 70 000–75 000 лет назад в В геноме Сибири верхнего палеолита обнаружено двойное происхождение коренных американцев, Nature 505, 87–91 (2 января 2014 г.)

[A_recent_bottleneck_of_Y_chromosome-2] а ^б Камин М., Сааг Л., Винсенте М. и др. (Апрель 2015 г.). «Недавнее узкое место в разнообразии Y-хромосомы совпадает с глобальным изменением в культуре». Геномные исследования. 25 (4): 459–466. Дои:10.1101 / гр.186684.114. ЧВК 4381518. PMID 25770088.

[3] Хабер М., Джонс А.Л., Коннел Б.А., Асан, Арчиеро Э., Хуанмин И., Томас М.Г., Сюэ Ю., Тайлер-Смит К. (июнь 2019 г.). «Редкая африканская гаплогруппа Y-хромосомы с глубокими корнями D0 и ее значение для распространения современного человека за пределы Африки». Генетика. 212 (4): 1421–1428. Дои:10.1534 / генетика.119.302368. ЧВК 6707464. PMID 31196864.

[UnderhillandKivisild-4] а ^б Андерхилл и Кивисилд; Кивисилд, Т (2007). «Использование структуры популяции Y-хромосомы и митохондриальной ДНК в отслеживании миграций человека». Анну. Преподобный Жене. 41 (1): 539–64. Дои:10.1146 / annurev.genet.41.110306.130407. PMID 18076332. S2CID 24904955.

[stone-5] а ^б Стоун, Линда; Пол Ф. Луркин; Луиджи Лука Кавалли-Сфорца (2007). «Путешествия, доисторические экспансии человека». Гены, культура и эволюция человека. п. 187. ISBN 978-1-4051-5089-7.

[Karafet1-6] а ^б ^c Карафет; и другие. (2008). «Новые бинарные полиморфизмы изменяют форму и увеличивают разрешение дерева гаплогруппы Y-хромосомы человека». Геномные исследования. 18 (5): 830–8. Дои:10.1101 / gr.7172008. ЧВК 2336805. PMID 18385274.

[Johnson-7] а ^б Дарвиновские детективы: раскрывая естественную историю генов и геномов, Норман А. Джонсон, 2007, ISBN 0-19-530675-9, ISBN 978-0-19-530675-0

[8] Гены, культура и эволюция человека: синтез, Линда Стоун, Пол Ф. Луркин, 2007 г., ISBN 1-4051-5089-0, стр.187

[Pereira2010-9] Pereira et al. (2010), Соединение генофондов к югу от Сахары и Западной Евразии: материнское и отцовское наследие кочевников туарегов из африканского Сахеля, Европейский журнал генетики человека (2010) 18, 915–923; Дои:10.1038 / ejhg.2010.21

[vanOven2014-10] Ван Овен М., Ван Гейстелен А., Кайзер М., Декорте Р., Larmuseau HD (2014). «Видеть лес за деревьями: минимальная эталонная филогения Y-хромосомы человека». Человеческая мутация. 35 (2): 187–91. Дои:10.1002 / humu.22468. PMID 24166809.

[ISOGG2015-11] Международное общество генетической генеалогии (ISOGG; 2015), Дерево гаплогруппы Y-ДНК 2015. (Дата обращения: 1 февраля 2015 г.)

[A0-T-12] Гаплогруппа A0-T также известна как A-L1085 (а ранее как A0'1'2'3'4).

[A1-13] Гаплогруппа A1 также известна как A1'2'3'4.

[LT-14] Гаплогруппа LT (L298 / P326) также известна как гаплогруппа K1.

[K2-15] С 2002 по 2008 гг. Гаплогруппа T-M184 была известна как «Гаплогруппа К2». С тех пор это имя было изменено на K-M526, брат Haplogroup LT.

[K2a-16] Гаплогруппа K2a (M2308) и ее первичный субклад K-M2313 были отделены от гаплогруппы NO (F549) в 2016 году (это последовало за публикацией: Позник Г.Д., Сюэ У., Мендес Ф.Л. и др. (2016). «Прерывистые всплески в демографии мужчин-мужчин, выведенные из 1244 всемирных последовательностей Y-хромосомы». Природа Генетика. 48 (6): 593–9. Дои:10,1038 / нг.3559. ЧВК 4884158. PMID 27111036. В прошлом другие гаплогруппы, включая NO (M214) и K2e, также были идентифицированы с именем «K2a».

[K2b-17] Гаплогруппа K2b (M1221 / P331 / PF5911) также известна как MPS гаплогруппы.

[K2e-18] Гаплогруппа K2e (K-M147) ранее была известна как «гаплогруппа X» и «K2a» (но является дочерней субкладой нынешней K2a).

[K-M2313-19] K-M2313 *, у которого пока нет филогенетического названия, был зарегистрирован у двух живых людей, имеющих этнические связи с Индией и Юго-Восточной Азией. Кроме того, K-Y28299, который, по-видимому, является основной ветвью K-M2313, был обнаружен у трех живых людей из Индии. См .: Позник op. соч.; YFull YTree v5.08, 2017, «К-М2335», и; Филодерево, 2017, «Детали маркеров Y-SNP, включенных в минимальное дерево Y» (Дата доступа к этим страницам: 9 декабря 2017 г.)

[K2b1-20] Гаплогруппа K2b1 (P397 / P399) также известна как гаплогруппа MS, но имеет более широкую и сложную внутреннюю структуру.

[P-21] Гаплогруппа P (P295) также известна как K2b2.

[S-22] Гаплогруппа S с 2017 года также известна как K2b1a. (Ранее имя Гаплогруппа S было присвоено K2b1a4.)

[M-23] Гаплогруппа M, по состоянию на 2017 год, также известна как K2b1b. (Ранее имя Гаплогруппа M было присвоено K2b1d.)

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[χ 1]

[χ 2]

[χ 3]

[χ 4]

[χ 5]

[χ 6]

[χ 7]

[χ 8]

[χ 9]

[χ 10]

[χ 11]

[χ 12]

[χ 13]

[χ 14]

Гаплогруппа CT

Возможное время происхождения	c. 70 000 лет назад^[1] ок. 100000 лет назад^[2] или около 101000 лет назад^[3]
Возможное место происхождения	Африка,^[4]^[5]^[6]^[2] возможно Северо-Восточная Африка^[7]
Предок	Гаплогруппа BT
Потомки	Гаплогруппа CF, Гаплогруппа DE
Определение мутаций	P9.1, M168, M294, V9, V41, V54, V189 и V226