Филокод - PhyloCode

В Международный кодекс филогенетической номенклатуры, известный как Филокод короче говоря, это формальный набор правил, предназначенный для управления филогенетическая номенклатура. Его текущая версия специально разработана для регулирования именования клады, оставив управление разновидность имена до ранга номенклатурные коды (ICN, ICZN, ICNB, ICTV ).

В Филокод связан с Международное общество филогенетической номенклатуры (ISPN).[1] Сопутствующий объем, Филонимы устанавливает 300 названий таксонов под Филокод, служащий примерами для тех, кто не знаком с кодом.[2] RegNum это связанная онлайн-база данных филогенных имен.[3]

В Филокод предлагает регулировать филогенетическую номенклатуру путем предоставления правил, определяющих, как решать, какие ассоциации имен и определений будут считаться установленными,[4] какие из них будут считаться омонимами[5] или синонимы,[6] и какой из набора синонимов или омонимов будет считаться принятым (обычно тот зарегистрированный первый; Смотри ниже). В Филокод только позволяет называть клады,[7] не из парафилетический или же полифилетический групп, и позволяет использовать только образцы, разновидность, и апоморфии в качестве спецификаторов (якорей).[8]

Филогенетическая номенклатура

Основная статья: Филогенетическая номенклатура

В отличие от ранговых номенклатурные коды (ICN, ICZN, ICNB), Филокод не требует использования разряды, хотя при желании их можно использовать.[9][10] Коды на основе ранга определяют таксоны используя ранг (например, род, семья и т. д.) и во многих случаях типовой образец или типовой субтаксон. Точное содержание таксона, кроме типа, не определяется кодами на основе ранга.

Напротив, в филогенетической номенклатуре содержание таксонов разграничивается с использованием определения, основанного на филогения (т. е. происхождение и происхождение) и использует спецификаторы (например, виды, образцы, апоморфии) для обозначения фактических организмы. Формула определения указывает на предка. Таким образом, определенный таксон является этим предком и всеми его потомками. Таким образом, содержание филогенетически определенного таксона основывается на филогенетической гипотезе.

Ниже приведены примеры типов филогенетического определения (заглавные буквы обозначают спецификаторы):[11]

  • На основе узлов: "клады, происходящие от самый последний общий предок из A и B "или" наименее инклюзивная клада, содержащая A и B "
  • На базе филиала: «клада, состоящая из A и всех организмов или видов, которые имеют более недавнего общего предка с A, чем с Z» или «наиболее инклюзивная клада, содержащая A, но не Z». Другой термин для определений такого рода - основанный на стволе.
  • На основе апоморфии: «клада, происходящая от первого организма или вида, обладающего апоморфией M, унаследованной от A».

Возможны и другие типы определения, учитывающие не только филогенетические отношения и апоморфии организмов, но также то, являются ли родственные организмы сохранившийся.

В следующей таблице приведены примеры филогенетических определений клад, которые также имеют ранги в традиционной номенклатуре. Когда все спецификаторы в определении на основе узлов являются существующими экземплярами или видами, как в следующем определении Mammalia, a группа короны определено. (Традиционное определение Mammalia менее ограничительно, включая некоторые группы окаменелостей за пределами группы короны.)[12]

ИмяКлассифицироватьТипВозможное филогенетическое определение
TyrannosauridaeСемьяТиранозавр
Осборн 1905		Наименее инклюзивная клада, содержащая тиранозавр Рекс Осборн 1905, Горгозавр libratus Ламбе 1914 и Саркофаг альбертозавра Осборн 1905
МлекопитающиеУчебный классНет данныхКлад происходит от последнего общего предка людей, Homo sapiens Линней 1758 г. и утконосы, Орниторинчус анатинус Шоу 1799
RodentiaЗаказНет данныхНаиболее инклюзивная клада, содержащая домашнюю мышь, Mus musculus Линней 1758 г., но не восточный хлопчатник, Сильвилаг флориданский Аллен 1890
Neornithes
(Современные птицы)		ПодклассНет данныхКлода, происходящая от самого недавнего общего предка существующих представителей наиболее обширной клады, содержащей домового воробья. Прохожий домашний Линней 1758, но не динозавр Стегозавр арматус Марш 1887 г.
ТетраподаСуперклассНет данныхКлад, происходящий от самого раннего предка, от которого Homo sapiens Линней 1758 унаследовал конечности с пальцами рук или ног

Версии

Проект Филокод прошел несколько доработок. Все старые версии можно найти на сайте. По состоянию на январь 2020 г., текущая версия - 5, завершена в январе 2014 г. и выпущена 21 января 2019 г.

Организация

Как и в случае с другими номенклатурными кодами, правила Филокод организованы как статьи, которые, в свою очередь, организованы как главы. Каждая статья может также содержать примечания, примеры и рекомендации.

Оглавление

Регистрационная база данных

После реализации Филокод будет связан с регистрацией база данных, называется RegNum, в котором будут храниться все названия и определения клад, которые будут считаться приемлемыми.[13] Есть надежда, что это предоставит общедоступный инструмент для связывания названий клад с определениями, которые затем могут быть связаны с наборами субналог или образцы через филогенетический древовидные базы данных (например, TreeBASE ).

Однако, как в настоящее время запланировано, наиболее важным использованием RegNum будет решение о том, какой из синонимов или омонимов будет считаться принятым: тот с наименьшим регистрационным номером, за исключением случаев сохранения.

История

(Сконцентрировано из PhyloCode 's Предисловие.[14])

В Филокод вырос из мастерской в Гарвардский университет в августе 1998 г., где были приняты решения о его объеме и содержании. Многие участники семинара вместе с несколькими другими людьми, которые впоследствии присоединились к проекту, выступали в качестве консультативной группы. В апреле 2000 г. был обнародован проект сеть и комментарии были запрошены у научного сообщества.

Второй семинар прошел в г. Йельский университет в июле 2002 г., когда были внесены некоторые изменения в правила и рекомендации Филокод. Время от времени вносились и другие изменения.

Первое Международное совещание по филогенетической номенклатуре, которое проходило с 6 июля 2004 г. по 9 июля 2004 г. в г. Париж, Франция, посетило около 70 систематический и эволюционный биологи из 11 стран.[15] Это была первая открытая многодневная конференция, полностью посвященная филогенетический номенклатуре, и он предоставил место для открытия новой ассоциации, Международное общество филогенетической номенклатуры (ISPN). Членство в ISPN выбирает Комитет по филогенетической номенклатуре (CPN), которая взяла на себя роль консультативной группы, которая курировала более ранние стадии разработки Филокода.

Второе международное совещание по филогенетической номенклатуре проходило с 28 июня 2006 г. по 2 июля 2006 г. в г. Йельский университет (Новый рай, Коннектикут, НАС.).[16]

Третье международное совещание по филогенетической номенклатуре проходило с 21 по 22 июля 2008 г. в г. Университет Далхаузи (Галифакс, Новая Шотландия, Канада).[17]

Филокодекс вступил в силу с публикацией сопутствующего тома, Филонимы, в 2020 году.[18]

Влияния

Теоретические основы Филокод был разработан в серии работ de Queiroz и Готье,[19][20][21] что было предвосхищено более ранними предположениями о том, что название таксона может быть определено ссылкой на часть филогенетическое дерево.[22]

По возможности писатели Филокод использовал проект Биокод,[23] который попытался объединить ранговый подход в единый код в качестве модели. Таким образом, организация Филокод, часть его терминологии и формулировки определенных правил взяты из Биокод. Другие правила основаны на одном или нескольких кодах, основанных на рангах, особенно ботанических.[24][25][26] и зоологические[27][28] коды. Однако многие правила в Филокод не имеют аналогов в каком-либо кодексе, основанном на таксономических рангах, из-за фундаментальных различий в определениях основ альтернативных систем.

Будущее

В Филокод является спорным и вызвал значительную критику со стороны некоторых систематиков.[29] Несмотря на то, что он был открыт несколько десятилетий назад, число сторонников повсеместного принятия Филокод еще мало. Хотя филонимы были опубликованы весной 2020 года, остается неясным, как код будет реализован и насколько широко он будет соблюдаться.[30] Некоторые сторонники считают, что это должно быть реализовано, по крайней мере, сначала, как набор правил, сопровождающих связанную базу данных регистрации, RegNum, и это признание научным сообществом может быть связано с популяризацией RegNum как утилиты для поиска названий и определений клад.

Список опубликованной критики Филокод можно найти на Сайт ISPN, а также список опровержений.

Рекомендации

  1. ^ «Международное общество филогенетической номенклатуры (веб-сайт)». Phylonames.org. Получено 2010-07-07.
  2. ^ Лаурин, М .; Брайант, Х. Н. (2009). "Третье собрание Международного общества филогенетической номенклатуры: отчет". Zoologica Scripta. 38 (3): 333–337. Дои:10.1111 / j.1463-6409.2008.00379.x.
  3. ^ "RegNum". Музей Флориды. Получено 4 апреля 2019.
  4. ^ «Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - Глава II. Публикация». Ohiou.edu. Получено 2010-07-07.
  5. ^ «Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - статья 13: Омонимия». ohiou.edu. Получено 2010-07-07.
  6. ^ «Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b, статья 14: синонимия». Ohiou.edu. Получено 2010-07-07.
  7. ^ «Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - Правило 1.1». Ohiou.edu. Получено 2010-07-07.
  8. ^ «Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - статья 11. Спецификаторы и оговорки». Ohiou.edu. Получено 2010-07-07.
  9. ^ «Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - статья 3. Иерархия и ранг». Ohiou.edu. Получено 2010-07-07.
  10. ^ Хотя обратите внимание, что Филокод не разрешает изменение названия таксона при изменении его ранга, в то время как коды на основе ранга требуют этого по крайней мере для некоторых названий.
  11. ^ «Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - статья 9. Общие требования к установлению названий клад». Ohiou.edu. Получено 2010-07-07.
  12. ^ Андерсон, Джейсон С. (2002). «Использование общеизвестных имен в филогенетической номенклатуре: ответ Лаурину» (PDF). Систематическая биология. 51 (5): 822–827. Дои:10.1080/10635150290102447. PMID  12396594. Получено 28 декабря 2011.
  13. ^ «Филокод: статья 8».
  14. ^ «Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - предисловие». Ohiou.edu. Получено 2010-07-07.
  15. ^ Лаурин, М .; П. Д. Кантино (2004). «Первое международное собрание филогенетической номенклатуры: доклад». Zool. Scr. 33 (5): 475–479. Дои:10.1111 / j.0300-3256.2004.00176.x.
  16. ^ Лаурин, М .; П. Д. Кантино (2007). «Второе собрание Международного общества филогенетической номенклатуры: отчет». Zool. Scr. 36: 109–117. Дои:10.1111 / j.1463-6409.2006.00268.x.
  17. ^ Лаурин, М .; Брайант, Х.Н. (май 2009 г.). «Третье собрание Международного общества филогенетической номенклатуры: отчет». Zoologica Scripta. 38 (3): 333–337. Дои:10.1111 / j.1463-6409.2008.00379.x.
  18. ^ de Queiroz. К., Кантино. П. Д., Готье. J. A. eds. (2020). Филонимы: дополнение к филокоду. CRC Press Бока-Ратон, Флорида
  19. ^ de Queiroz, K .; Ж. Готье (1990). «Филогения как центральный принцип в таксономии: филогенетические определения названий таксонов». Syst. Zool. Общество систематических биологов. 39 (4): 307–322. Дои:10.2307/2992353. JSTOR  2992353.
  20. ^ de Queiroz, K .; Ж. Готье (1992). «Филогенетическая систематика». Анну. Rev. Ecol. Syst. 23: 449–480. Дои:10.1146 / annurev.es.23.110192.002313.
  21. ^ de Queiroz, K .; Ж. Готье (1994). «К филогенетической системе биологической номенклатуры». Trends Ecol. Evol. 9 (1): 27–31. Дои:10.1016/0169-5347(94)90231-3. PMID  21236760.
  22. ^ Гизелин, М. Т. (1984). ""Определение, «персонаж» и другие двусмысленные термины. Syst. Zool. Общество систематических биологов. 33 (1): 104–110. Дои:10.2307/2413135. JSTOR  2413135.
  23. ^ Greuter, W .; Д. Л. Хоксворт; Дж. Макнил; А. Мэйо; А. Минелли; П. Х. А. Снит; Б. Дж. Тиндалл; П. Трехане; П. Таббс (1998). «Проект Биокода (1997 г.): предполагаемые международные правила для научных названий организмов». Таксон. Международная ассоциация таксономии растений (IAPT). 47 (1): 127–150. Дои:10.2307/1224030. JSTOR  1224030.
  24. ^ Greuter, W .; Ф. Р. Барри; Х. М. Бурдет; W. G. Chaloner; В. Демулин; Д. Л. Хоксворт; П. М. Йоргенсен; Дж. Макнил; Д. Х. Николсон; П. К. Сильва; П. Трехане (1994). Международный кодекс ботанической номенклатуры (Токийский кодекс). Koeltz Scientific Books, Кенигштайн, Германия. ISBN  1-878762-66-4.
  25. ^ Greuter, W .; Ф. Р. Барри; Х. М. Бурдет; В. Демулин; Т. С. Филгейрас; Д. Л. Хоксворт; Дж. Макнил; Д. Х. Николсон; П. К. Сильва; Дж. Э. Ског; П. Трехане; Н. Дж. Турланд (2000). Международный кодекс ботанической номенклатуры (Кодекс Сент-Луиса). Koeltz Scientific Books, Кенигштайн, Германия.
  26. ^ McNeill, J .; Ф. Р. Барри; Х. М. Бурдет; В. Демулин; Д. Л. Хоксворт; К. Мархольд; Д. Х. Николсон; Дж. Прадо; П. К. Сильва; Дж. Э. Ског; Дж. Х. Виерсема; Н. Дж. Турланд (2006). Международный кодекс ботанической номенклатуры (Венский кодекс). Гантнер, Руггель, Лихтенштейн. ISBN  3-906166-48-1.
  27. ^ Международная комиссия по зоологической номенклатуре (1985). Международный кодекс зоологической номенклатуры (3-е изд.). Международный фонд зоологической номенклатуры. ISBN  0-85301-006-4.
  28. ^ Международная комиссия по зоологической номенклатуре (1999). Международный кодекс зоологической номенклатуры (4-е изд.). Международный фонд зоологической номенклатуры. ISBN  0-85301-006-4.
  29. ^ Никсон, К.С., Карпентер, Дж. М., Стивенсон, Д. В. (2003): Филокод фатально ошибочен, а «линнеевскую» систему легко исправить. Ботанический обзор № 69 (1): pp111-–120 статья
  30. ^ Кейруш, Кевин Де; Кантино, Филип Д .; Готье, Жак А. (27 мая 2020 г.). Филонимы: спутник Филокода. ISBN  9781138332935.

Литература

внешняя ссылка