SAAL1 - SAAL1

SAAL1
Идентификаторы
ПсевдонимыSAAL1, SPACIA1, амилоид А сыворотки типа 1
Внешние идентификаторыMGI: 1926185 ГомолоГен: 34706 Генные карты: SAAL1
Расположение гена (человек)
Хромосома 11 (человек)
Chr.Хромосома 11 (человек)[1]
Хромосома 11 (человек)
Геномное расположение SAAL1
Геномное расположение SAAL1
Группа11п15.1Начинать18,069,935 бп[1]
Конец18,106,087 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

113174

78935

Ансамбль

ENSG00000166788

ENSMUSG00000006763

UniProt

Q96ER3

Q9D2C2

RefSeq (мРНК)

NM_138421

NM_030233

RefSeq (белок)

NP_612430

NP_084509

Расположение (UCSC)Chr 11: 18.07 - 18.11 МбChr 7: 46.69 - 46.71 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Сывороточный амилоид А-подобный 1 (также известен как SAAL1, Связанная с пролиферацией синовиоцитов коллаген-индуцированный артрит 1, и SPACIA1) это белок у людей кодируется SAAL1 ген.[5][6]

Ген

Locus

Ген SAAL1 человека расположен в положении 11p15.1 на минусовой цепи, охватывающей пары оснований 18080292-18106082 (25 790 оснований).[5] Он имеет 12 экзонов и 11 интронов и кодирует одну изоформу.[5][7]

Члены семейство амилоида-A сыворотки Такие как SAA1 находятся в тех же локусах, что и SAAL1.[7]

Окрестности гена SAAL1 в локусах 11p15.1[8]

Промоутер

Предполагается, что промоторная область (GXP_169676) охватывает пары оснований 18105980-18107207 и простирается в первый экзон SAAL1.[9] Прогнозируемые факторы транскрипции включают факторы связывания ТАТА, NF-κB, и KLF4, KLF5, и KLF6.[10]

Выражение

SAAL1 повсеместно экспрессируется на умеренных уровнях во всех тканях человека с максимальной экспрессией в семенниках, как определено РНК-секвенирование и микрочип профилирование выражений.[11][12]

Стенограмма

Предсказанные связывающие белки 5 'UTR транскрипта человеческого SAAL1 включают SRSF3 и FXR2.[13] Предсказанные связывающие белки 3 'UTR включают: SRSF5 и U2AF2.[13] Все предсказанные белки участвуют в сплайсинге, экспорте и трансляции мРНК.[14][15][16][17]

Последовательность мРНК SAAL1 и транслируемая аминокислотная последовательность. Аннотированы границы экзонов, стартовые и стоп-кодоны, мотивы и посттрансляционные модификации. Хорошо консервативные пары оснований и аминокислоты выделены жирным шрифтом.

Белковая структура

I-TASSER разработал модель третичной структуры SAAL1. N-конец синий, а C-конец красный.[18][19][20]

Общие свойства

Белок SAAL1 имеет одно известное изоформа состоит из 474 аминокислот с молекулярной массой 53,5 кДа.[5] Немодифицированный белок SAAL1 является кислым с изоэлектрическая точка из 4.4.[21]

Сочинение

SAAL1 изобилует аспарагиновая кислота (7,8% по составу) и с дефицитом глицин (3,4% по составу) по сравнению с другими белками человека.[22] Также есть еще 44 аспарагиновая кислота и глютаминовая кислота остатки по сравнению с лизин и аргинин, что указывает на общий отрицательный заряд.[23] Два отрицательно заряженных и глютаминовая кислота многочисленные сегменты были идентифицированы и помечены в концептуальном переводе SAAL1.[22]

Домены и мотивы

SAAL1 содержит броненосная складка с покрытой оболочкой грибковой симпортин-1-подобной областью.[24][25] Другие мотивы были предсказаны ELM.[26] и MyHits Motif Scan.[27]

Предсказанные мотивы
Предсказанные мотивыАминокислотыИнструменты
Казеин киназа 2 фосфорилирование сайт152-155, 165-168MyHits[27], ELM[26]
Ядерный экспортный сигнал72-84ELM[26]
MAPK стыковочный узел106-115, 344-352ELM[26]

Субклеточная локализация

Иммунофлуоресцентное окрашивание выявило локализацию SAAL1 в ядре Како-2 клетки.[28]Однако вестерн-блоттинг гепатоцеллюлярная карцинома линии клеток идентифицировали локализацию SAAL1 в цитоплазме с небольшими количествами в клеточной мембране и ядре.[29]

Посттрансляционные модификации

SAAL1 проходит фосфорилирование на двух экспериментально проверенных сайтах: Ser6 и Thr387.[25] Прогнозируемые посттрансляционные модификации подробно описаны в следующей таблице.

Прогнозируемые посттрансляционные модификации
ИнструментПрогнозируемое изменениеАминокислоты
NetPhos[30][31]Казеин киназа 2 фосфорилированиеThr152, Ser165
ИноЯН[32][33]О-связанное гликозилированиеSer6
УМНАЯ[34]УбититинированиеLys209, Val302

Клиническое значение

Сверхэкспрессия SAAL1 коррелирует с распространением ревматоидных и остеоартрозных заболеваний. синовиальный фибробласты а также прогрессирование болезни.[24] [35]РНКи-нокауты SAAL1 снижали количество арестованных фибробластов в G0/ГРАММ1 фазы и снижение пролиферации на 20% с уменьшением на 50%, когда фибробласты стимулировались TNF-α. [24]Анализы стабильности показывают, что SAAL1 способствует переходу G1 / S через CDK6 стабилизация мРНК.[24] [35] Этот вывод был подтвержден нокдаунами SAAL1 в гепатоцеллюлярные карциномы которые также продемонстрировали нарушение индуцированной HGF миграции и повышенную чувствительность к сорафениб и форетиниб лечение.[29] Кроме того, SAAL1 сверхэкспрессируется в клетки гепатоцеллюлярной карциномы и в хондроцитах, стимулированных интерлейкин-1 бета, но этот эффект ослабевает при наличии глюкозамин.[29][36]

Исследования ортолога морского леща SAAL1 отметили усиление экспрессии генов в ответ на бактериальные и вирусные патогены.[37] Сообщалось, что человеческий SAAL1 взаимодействует с белком М SARS-CoV-2,[38] Orf4 из Вирус герпеса, связанный с саркомой Капоши[39], а также белки M и M2 гриппа A.[40] Также сообщалось, что это интерферон стимулятор и TRIM25 интерактор.[41][42] Другие взаимодействующие белки включают PNKD (который играет роль в гипертрофии сердца через NF-κB сигнализация),[43] [44] TMIGD3 (который ингибирует NF-κB Мероприятия),[45] [46] и MARK3.[47]

Эволюция

Гомология

Трехстраничный PDF-файл с множественным выравниванием последовательностей ортологов SAAL1 позвоночных, указанных в таблице ортологов.[22][48]

ВЗРЫВ поиски нашли гомологи для SAAL1 у организмов столь же далеких, как растения, хотя несколько ортологов были обнаружены для грибов.[49] В следующей таблице представлен образец пространства ортологов. Ортологи позвоночных имеют идентичность> 50% с человеческим белком SAAL1, в то время как у представленных беспозвоночных и ортологов неметазоа идентичность составляет 30% или меньше.

Образец ортологов SAAL1
РазновидностьОбщее название организмаАббревиатура множественного выравнивания последовательностейДата расхождения с людьми

(Миллионы лет назад)[50]

Длина (AA)ЛичностьNCBI Accesion
Homo sapiensЛюдиHsa_SAAL10474100NP_612430.2
Macaca mulattaОбезьяна-резусMmu_SAAL12947398XP_001087433.2
Ictidomys tridecemlineatus13-полосный сусликItr_SAAL19047490XP_005326805.1
Monodelphis domesticaСерый короткохвостый опоссумMdo_SAAL115947573XP_007497074.1
Орниторинхус анатинусУтконосOan_SAAL117748671XP_028915648.1
Calidris pugnaxЕршCpu_SAAL131247270XP_014815565.1
Rhinatrema bivittatumДвухстрочный цецилионRbi_SAAL135247261XP_029438391.1
Erpetoichthys calabaricusРидфишEca_SAAL143548450XP_028650019.1
Callorhinchus miliiАвстралийская акула-призракCmi_SAAL147347454XP_007885592.1
Saccoglossus kowalevskiiЖелудь червьSki_SAAL168450828XP_002732678.2
Pomacea canaliculataЗолотая яблочная улиткаPca_SAAL179756330XP_025086883.1
Орбичелла фавеолатаГорный звездный кораллOfa_SAAL182456125XP_020625180.1
Rhizopus microsporus(возбудитель грибкового растения)Rmi_SAAL1110532314XP_023467779.1
Phycomyces blakesleeanus(разновидность грибка)Pbl_SAAL1110534614XP_018285622.1
Manihot esculentaМаниокаMes_SAAL1149653620XP_021611223.1
Lactuca sativaЛатукLsa_SAAL1149653419XP_023753062.1
Lupinus angustifoliusУзколистный ЛюпинLan_SAAL1149648818XP_019436310.1
Elaeis guineensisПальмовое маслоEgu_SAAL1149656818XP_010933466.1
Фаленопсис конный(разновидность орхидеи)Peq_SAAL1149655117XP_020591929.1
Phoenix dactyliferaФиниковая пальмаPda_SAAL1149650817XP_026661658.1

SAAL1 существует до четырех изоформ у других позвоночных. По этим ортологам это единственный член своего генного семейства.

Двухстраничный PDF-файл с множественным выравниванием последовательностей ортологов SAAL1 беспозвоночных и неметазоа в таблице, за исключением ортологов грибов. Плохо выровненные области не показаны.[22][48]

Множественное выравнивание последовательностей гомологов позвоночных продемонстрировало высокую консервативность белка, особенно в складке типа броненосца и мотиве, подобном симпортину-1 гриба. Выравнивание ортологов беспозвоночных и неметазоа указывает на радикальные изменения в первичной структуре белка, но на некоторую сохранность меченых мотивов. Очень похожие аминокислоты были окрашены в красный цвет, а менее похожие аминокислоты - в синий; «*» означает сохранение, а «.» обозначает сходство.

Филогения

Дату расхождения с ортологом человека сравнивали с исправленным% расхождения для ортологов SAAL1. По сравнению с данными для цитохром с и фибриноген альфа белки в сходных ортологах, SAAL1 эволюционировали с умеренной скоростью.

Скорость эволюции SAAL1 по сравнению с фибриногеном альфа и цитохромом c.

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000166788 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000006763 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ а б c d «Ген SAAL1 - Генные карты | Белок SIM23 | Антитело SIM23». Генные Карты.
  6. ^ «SAAL1 - белок SAAL1 - Homo sapiens (человек) - ген и белок SAAL1». www.uniprot.org. Uniprot. Получено 2020-08-01.
  7. ^ а б «Сывороточный амилоид A SAAL1, подобный 1 [Homo Sapiens (человек)] - Ген - NCBI». Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).
  8. ^ "Human hg38 chr11: 18080292-18106082 UCSC Genome Browser v401".
  9. ^ Поисковый запрос SAAL1. «Аннотации и анализ Genomatix». Геноматикс.
  10. ^ GXP_169676 Прогнозируемые сайты связывания факторов транскрипции. "Результат Genomatix Matinspector". Геноматикс.
  11. ^ Фагерберг, Л., Халльстрем, Б., Оксволд, П., Кампф, К., Джуреинович, Д., Одеберг, Дж… Улен, М. (2014). «Анализ тканеспецифической экспрессии человека посредством полногеномной интеграции транскриптомики и протеомики на основе антител». Протеомика клеток Mol. 13 (2): 397–406. Дои:10.1074 / mcp.M113.035600. ЧВК  3916642. PMID  24309898.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  12. ^ Дафф, М., Олсон, С., Гаррет, С., Осман, А., Болисети, М., Плоцик, А., Сельникер, С., Гравели, Б. (2015). «Полногеномная идентификация рекурсивного сплайсинга нулевых нуклеотидов у дрозофилы». Природа. 521 (7552): 376–379. Bibcode:2015Натура.521..376D. Дои:10.1038 / природа14475. ЧВК  4529404. PMID  25970244.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  13. ^ а б «RBPmap - Анализ мотивов и прогнозирование сайтов связывания мРНК». RBPmap.
  14. ^ «SRSF3, богатый серином / аргинином фактор сплайсинга 3 - Homo sapiens (человек) - ген и белок SRSF3». UniProt.
  15. ^ «SRSF5 - фактор сплайсинга 5, богатый серином / аргинином - Homo sapiens (человек) - ген и белок SRSF5». UniProt.
  16. ^ "U2AF2 - фактор сплайсинга U2AF2 субъединица 65 кДа - Homo sapien (человек) - ген и белок U2AF2". UniProt.
  17. ^ «FXR2 - белок 2, связанный с синдромом ломкой X-психической отсталости - Homo sapiens (человек) - ген и белок FXR2». UniProt.
  18. ^ Ян, Дж., Ян, Р., Рой, А., Сюй, Д., Пуассон, Дж., Чжан, Ю. (2015). "I-TASSER Suite: прогнозирование структуры и функции белков". Методы природы. 12 (1): 7–8. Дои:10.1038 / nmeth.3213. ЧВК  4428668. PMID  25549265.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  19. ^ Рой, А., Кучукарал, А., Чжан, Ю. (2010). «I-TASSER: единая платформа для автоматизированного прогнозирования структуры и функции белков». Протоколы природы. 5 (4): 725–738. Дои:10.1038 / nprot.2010.5. ЧВК  2849174. PMID  20360767.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  20. ^ Чжан, Ю. (2008). «Сервер I-TASSER для предсказания трехмерной структуры белков». BMC Bioinformatics. 9: 40. Дои:10.1186/1471-2105-9-40. ЧВК  2245901. PMID  18215316.
  21. ^ «ExPasy - инструмент вычисления pI / Mw». ExPasy.
  22. ^ а б c d Мадиера, Ф., Парк, Ю.М., Ли Дж., Бусо, Н., Гур, Т., Мадхусуданан, Н. ... Лопес, Р. (2019). «API-интерфейсы инструментов поиска и анализа последовательности EMBL-EBI в 2019 году». Нуклеиновые кислоты Res. 47 (W1) (W1): W636 – W641. Дои:10.1093 / нар / gkz268. ЧВК  6602479. PMID  30976793.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  23. ^ «SAPS <Статистика последовательностей . EMBL-EBI.
  24. ^ а б c d Сато, Т., Фуджи, Р., Кономи, К., Ягишита, Н., Аратани, С., Арая, Н.… Накадзима, Т. (2011). «Сверхэкспрессия SPACIA1 / SAAL1, недавно идентифицированного гена, который участвует в пролиферации синовиоцитов, ускоряет прогрессирование синовита у мышей и людей». Артрит и ревматизм. 63 (12): 3833–3842. Дои:10.1002 / арт.30617. PMID  22127701.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  25. ^ а б «белок SAAL1 [Homo sapiens] - белок - NCBI». Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).
  26. ^ а б c d Кумар, М., Гоу, М., Сушама, М., Самано-Санчес, Х., Панска, Р.… Гибсон, Т. (2020). «ELM - ресурс линейных мотивов эукариот в 2020 году». Нуклеиновые кислоты Res. 48 (D1) (D1): D296 – D306. Дои:10.1093 / нар / gkz1030. ЧВК  7145657. PMID  31680160.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  27. ^ а б Паньи А., Иоаннидис, В., Черутти, Л., Зан-Забал, М., Джонженель, К.,… Фальке, Л. (2007). «MyHits: улучшения интерактивного ресурса для анализа последовательностей белков». Нуклеиновые кислоты Res. 35 (Проблема с веб-сервером): W433 – W437. Дои:10.1093 / нар / гкм352. ЧВК  1933190. PMID  17545200.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  28. ^ "Атлас клеток - SAAL1 - Атлас белков человека". Атлас белков человека.
  29. ^ а б c Чу, П., Тунг, С., Цай, К., Шен, Ф., Чанг, С. (2020). «Определение новой онкогенной роли SAAL1 и его терапевтического потенциала в гепатоцеллюлярной карциноме». Рак. 12 (7): 1843. Дои:10.3390 / раки12071843. ЧВК  7408781. PMID  32650537.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  30. ^ Блом, Н., Гаммельтофт, С., Брунак, С. (1999). «Прогнозирование на основе последовательности и структуры сайтов фосфорилирования эукариотических белков». Журнал молекулярной биологии. 249 (5): 1251–1362. Дои:10.1006 / jmbi.1999.3310. PMID  10600390.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  31. ^ Блом, Н., Зихериц-Понтен, Т., Гупта Р., Гаммельтофт, С., Брунак С. (2004). «Прогнозирование посттрансляционного гликозилирования и фосфорилирования белков по аминокислотной последовательности». Протеомика. 4 (6): 1633–1649. Дои:10.1002 / pmic.200300771. PMID  15174133. S2CID  18810164.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  32. ^ Гупта, Р. (2001). «Предсказание сайтов гликозилирования в протеомах: от посттрансляционных модификаций до функции белков». Кандидатская диссертация в Центре анализа биологических последовательностей в качестве биоинформатического подразделения Технического университета Дании.
  33. ^ Гупта, Р., Брунак, С. (2002). «Прогнозирование гликозилирования протеома человека и корреляция с функцией белка». Pacific Symp. Биокомп. 7: 310–322. PMID  11928486.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  34. ^ Летунич И., Борк П. (2018). «20 лет ресурсам аннотаций SMART-белковых доменов». Нуклеиновые кислоты Res. 46 (D1): D493 – D496. Дои:10.1093 / нар / gkx922. ЧВК  5753352. PMID  29040681.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  35. ^ а б Фудзи Р., Комацу Р., Сато Т., Секи И., Кономи К., Аоно Х… и Накадзима Т. (2018). «Делеция SPACIA1 / SAAL1 приводит к умеренной задержке индуцированной коллагеном активности артрита, наряду с распадом мРНК циклин-зависимого гена киназы 6». Международный журнал молекулярных наук. 19 (12): 3828. Дои:10.3390 / ijms19123828. ЧВК  6320788. PMID  30513680.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  36. ^ Гуз, Дж., Гуз, Э., Попп, М., Буш, М., Даканей, Э., Кей, Дж.… Гивиццани С. (2006). «Экзогенный глюкозамин глобально защищает хондроциты от артритогенного воздействия IL-1beta». Артрит Res Ther. 8 (6): R173. Дои:10.1186 / ar2082. ЧВК  1794517. PMID  17109745.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  37. ^ Ревати, К.С., Умасутан, Н., Ван, И., Ли, Й., Ли, С., О, М.Дж ... и Ли. J. (2012). «Новый реагент острой фазы, сывороточный амилоид A-подобный 1, из Oplegnathus fasciatus: геномная и молекулярная характеристика и анализ транскрипционной экспрессии». Dev. И комп. Иммунология. 37 (2): 294–305. Дои:10.1016 / j.dci.2012.03.014. PMID  22504166.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  38. ^ Гордон Д.Э., Джанг, Г.М., Бухадду, М., Сюй, Дж., Обернье, К., Уайт, К.М., ... и Кроган, Нью-Джерси (2020). «Карта взаимодействия белков SARS-CoV-2 выявляет цели для перепрофилирования лекарств». Природа. 583 (7816): 459–468. Bibcode:2020Натура.583..459G. Дои:10.1038 / s41586-020-2286-9. ЧВК  7431030. PMID  32353859.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  39. ^ Дэвис, З. Х., Вершуерен, Э., Янг, Г. М., Клеффман, К., Джонсон, Дж. Р., Парк, Дж., ... и Глаунсингер, Б. (2015). «Глобальное картирование комплексов герпесвирус-хозяин белка раскрывает стратегию транскрипции поздних генов». Молекулярная клетка. 57 (2): 349–360. Дои:10.1016 / j.molcel.2014.11.026. ЧВК  4305015. PMID  25544563.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  40. ^ Ван, Л., Фу, Б., Ли, В., Патил, Г., Лю, Л., Дорф, М., Ли, С. (2017). «Сравнительные белковые интерактомы гриппа определяют роль плакофилина 2 в ограничении вируса». Nature Communications. 8: 13876. Bibcode:2017NatCo ... 813876W. Дои:10.1038 / ncomms13876. ЧВК  5309701. PMID  28169297.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  41. ^ «Сеть взаимодействия белков интерферон-стимулированных генов расширяет ландшафт врожденной иммунной системы». Иммунология природы. 20 (4): 493–502. 2019. Дои:10.1038 / с41590-019-0323-3. PMID  30833792. S2CID  71144955. | первый = отсутствующий | последний = (помощь)
  42. ^ Чоудхури, Н. Р., Хейкель, Г., Трубицына, М., Кубик, П., Новак, Дж. С., Уэбб, С., ... и Михлевски, Г. (2017). «РНК-связывающая активность TRIM25 опосредуется его доменом PRY / SPRY и требуется для убиквитинирования». BMC Биология. 15 (1): 105. Дои:10.1186 / s12915-017-0444-9. ЧВК  5678581. PMID  29117863.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  43. ^ Хаттлин, Э., Брукнер, Р., Пауло, Дж., Кэннон, Дж., Тинг, Л., Балтье, К. ... Харпер, Дж. (2017). «Архитектура человеческого интерактома определяет белковые сообщества и сети болезней». Природа. 545 (7655): 505–509. Bibcode:2017Натура.545..505H. Дои:10.1038 / природа22366. ЧВК  5531611. PMID  28514442.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  44. ^ «PNKD - Вероятно, гидролаза PNKD - Homo sapiens (Human) - Ген и белок PNKD». UniProt.
  45. ^ Хаттлин, Э., Тинг, Л., Брукнер, Р., Гебреаб, Ф., Гайги, М., Шпт, Дж ... Гиги, С. (2015). "Сеть BioPlex: систематическое исследование человеческого взаимодействия". Клетка. 162 (2): 425–440. Дои:10.1016 / j.cell.2015.06.043. ЧВК  4617211. PMID  26186194.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  46. ^ «TMIGD3 - белок, содержащий трансмембранный домен TMIGD3 - Homo sapiens (Humans) - ген и белок TMIGD3». UniProt.
  47. ^ Штельцл, У., Ворме, У., Лаловски, М., Хениг, К., Брембек, Ф., Гелер, Х ... Ванкер, Э. (2005). «Сеть взаимодействия белок-белок человека: ресурс для аннотирования протеома». Клетка. 122 (6): 957–968. Дои:10.1016 / j.cell.2005.08.029. HDL:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID  16169070. S2CID  8235923.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  48. ^ а б "Сервер BoxShade". ExPASy.
  49. ^ "Protein BLAST: поиск в базах данных белков с помощью запроса белков". Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).
  50. ^ "Дерево времени :: Шкала времени жизни". TimeTree.