B элемент распознавания - B recognition element

Core Promoter elements.svg

В B элемент распознавания (BRE) это Последовательность ДНК найдено в промоутер регион из большинства[требуется разъяснение ] гены в эукариоты и Археи.[1][2] BRE - это цис-регуляторный элемент что находится сразу рядом Коробка ТАТА, и состоит из 7 нуклеотиды. Существует два набора BRE: один (BREu), обнаруженный непосредственно перед блоком TATA, с согласованным SSRCGCC; другой (BREd) обнаружил около 7 нуклеотидов ниже по течению, с консенсусом RTDKKKK.[а][3][4]

BREu был открыт в 1998 г. Ричард Эбрайт и коллеги.[1] BREd был назван в 2005 году Дэн и Робертс;[5] о таком последующем признании сообщалось ранее в 2000 г. в кристаллической структуре Цая и Сиглера.[6]

Привязка

В фактор транскрипции II B (TFIIB) распознает BRE и связывается с ним. Оба BRE работают вместе с блоком TATA (и ТАТА-бокс-связывающий белок ) и по-разному влияют на уровни транскрипции.[4]

TFIIB использует циклин -подобные повторы для распознавания ДНК. C-терминал альфа спирали TFIIB интеркалируют с большая канавка ДНК в BREu. N-концевые спирали связываются с малой бороздкой на BREd. TFIIB является частью преинициативный комплекс что помогает РНК-полимераза II связываются с ДНК.[6]

Помимо структуры человеческого TFIIB-BRE, были решены структуры многих других организмов. Среди них фактор транскрипции B (TFB) из Археон Pyrococcus woesei что представляет собой перевернутую ориентацию[7] и TFIIB от паразита Trypanosoma brucei которые, несмотря на некоторые специфические вставки, демонстрируют похожую складку.[8]

Смотрите также

Примечания

  1. ^ В обозначение нуклеиновой кислоты для ДНК, R (puрine) обозначает A / G (аденин или же гуанин, которые оба пурины ); S (Strong) обозначает C / G (цитозин или гуанин, пара оснований которого образует три водородные связи); K (Keto) обозначает G / T; D (не C) означает A / T / G.

Рекомендации

  1. ^ а б Лагранж Т., Капанидис А.Н., Тан Х, Рейнберг Д., Эбрайт Р.Х. (1998). «Новый коровый промоторный элемент в РНК-полимеразе II-зависимой транскрипции: специфическое для последовательности связывание ДНК с фактором транскрипции IIB». Гены и развитие. 12 (1): 34–44. Дои:10.1101 / gad.12.1.34. ЧВК  316406. PMID  9420329.
  2. ^ Литтлфилд О., Корхин Ю., Сиглер ПБ (1999). «Структурная основа для ориентированной сборки комплекса TBP / TFB / промотор». Труды Национальной академии наук США. 96 (24): 13668–13673. Bibcode:1999PNAS ... 9613668L. Дои:10.1073 / пнас.96.24.13668. ЧВК  24122. PMID  10570130.
  3. ^ Уилсон, Дэвид Б. "Мотивы основного промотора дрозофилы". gander.wustl.edu. Получено 2 апреля 2019.
  4. ^ а б Ювен-Гершон, Т; Кадонага, JT (15 марта 2010 г.). «Регуляция экспрессии генов через основной промотор и базальный транскрипционный аппарат». Биология развития. 339 (2): 225–9. Дои:10.1016 / j.ydbio.2009.08.009. ЧВК  2830304. PMID  19682982.
  5. ^ Дэн, Вт; Робертс, С. Г. (15 октября 2005 г.). «Основной промоторный элемент ниже блока ТАТА, распознаваемый TFIIB». Гены и развитие. 19 (20): 2418–23. Дои:10.1101 / gad.342405. ЧВК  1257396. PMID  16230532.
  6. ^ а б Цай, FT; Сиглер, ПБ (4 января 2000 г.). «Структурные основы сборки преинициативного комплекса на промоторах человеческого pol II». Журнал EMBO. 19 (1): 25–36. Дои:10.1093 / emboj / 19.1.25. ЧВК  1171774. PMID  10619841.
  7. ^ Коса, ПФ; Ghosh, G; ДеДеккер, Б.С.; Сиглер, ПБ (10 июня 1997 г.). «Кристаллическая структура 2.1-A архейного преинициативного комплекса: ТАТА-бокс-связывающий белок / фактор транскрипции (II) В ядро ​​/ ТАТА-бокс». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 94 (12): 6042–7. Дои:10.1073 / пнас.94.12.6042. ЧВК  20997. PMID  9177165.
  8. ^ Ибрагим, BS; Каннеганти, N; Рикхоф, GE; Дас, А; Лоранс, Д.В.; Palenchar, JB; Bellofatto, V; Wah, DA (11 августа 2009 г.). «Структура С-концевого домена фактора транскрипции IIB из Trypanosoma brucei». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 106 (32): 13242–7. Bibcode:2009PNAS..10613242I. Дои:10.1073 / pnas.0904309106. ЧВК  2726365. PMID  19666603.