Lumican - Lumican - Wikipedia

LUM
Идентификаторы
Псевдонимы	LUM, LDC, SLRR2D, люмикан
Внешние идентификаторы	OMIM: 600616 MGI: 109347 ГомолоГен: 37614 Генные карты: LUM
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 12 (человек)[1] Группа 12q21.33 Начинать 91,102,629 бп[1] Конец 91,111,494 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 10 (мышь)[2] Группа 10 C3 | 10 50,32 см Начинать 97,565,128 бп[2] Конец 97,572,703 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание коллагена • структурная составляющая внеклеточного матрикса • GO: 0001948 связывание с белками • структурный компонент внеклеточного матрикса, обеспечивающий сопротивление сжатию Сотовый компонент • внеклеточный матрикс • фибриллярный тример коллагена • просвет лизосомы • Просвет Гольджи • внеклеточная экзосома • внеклеточный • внеклеточная область • коллагенсодержащий внеклеточный матрикс Биологический процесс • реакция на органическое циклическое соединение • аксоногенез • организация фибрилл коллагена • организация внеклеточного матрикса • положительное регулирование производства трансформирующего фактора роста бета1 • развитие хряща • катаболический процесс кератансульфата • реакция на фактор роста • процесс биосинтеза кератансульфата • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • визуальное восприятие Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	4060	17022
Ансамбль	ENSG00000139329	ENSMUSG00000036446
UniProt	P51884	P51885
RefSeq (мРНК)	NM_002345	NM_008524
RefSeq (белок)	NP_002336	NP_032550
Расположение (UCSC)	Chr 12: 91,1 - 91,11 Мб	Chr 10: 97,57 - 97,57 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Lumican, также известный как LUM, является внеклеточный матрикс белок что у людей кодируется LUM ген на хромосоме 12.^[5][6]

Структура

Lumican - это протеогликан Член класса II семейства небольших протеогликанов, богатых лейцином (SLRP), который включает декорин, Biglycan, фибромодулин, кератокан, эпификан, и остеоглицин.^[7]

Как и другие SLRP, люмикан имеет молекулярную массу около 40 килодальтон и четыре основных внутримолекулярных домена:^[8]

1. сигнальный пептид 16 аминокислота остатки;
2. отрицательно заряженный N-концевой домен, содержащий сульфатированный тирозин и дисульфидную связь (и);
3. десять тандемных повторов, богатых лейцином, позволяющих люмикану связываться с другими внеклеточными компонентами, такими как коллаген;
4. карбоксильный концевой домен из 50 аминокислотных остатков, содержащий два консервативных цистеина, разделенных 32 остатками.

Есть четыре N-связанных сайта в богатом лейцином повторяющемся домене белок ядро, которое можно заменить кератансульфат. Основной белок люмикана (например, декорин и фибромодулин ) имеет форму подковы. Это позволяет ему связываться с коллаген молекулы внутри фибриллы коллагена, тем самым помогая разделять соседние фибриллы.^[9]

Функция

Lumican является основным кератансульфат протеогликан роговицы, но повсеместно распространяется в большинстве мезенхимальных тканей по всему телу.^[10] Люмикан участвует в организации фибрилл коллагена и их периферическом росте, роговица прозрачность, миграция эпителиальных клеток и восстановление тканей.^[5] Прозрачность роговицы возможна благодаря точному расположению коллаген волокна от lumican (и кератокан ) во внутрифибриллярном пространстве.

Клиническое значение

У мышей с выключенным геном люмикана (Lum - / -) развивается помутнение роговица в обоих глазах и хрупких кожа.^[11] Ген люмикана (LUM) считался геном-кандидатом на высокую чувствительность. миопия; однако мета-анализ не показал связи между полиморфизмом LUM и высокой восприимчивостью к миопии во всех изученных генетических моделях.^[12]

Нокаутные мыши Lum также имеют аномальные коллаген в их сердце ткань с меньшим количеством и более толстыми фибриллами.^[13] Мыши с дефицитом люмикана и фибромодулин развить тяжелый тендинопатия (сухожилие патология ), раскрывая важность этих SLRP для разработки правильно настроенных и согласованных коллаген волокна в сухожилие.^[14] Наряду с другими внеклеточный матрикс компонентов, экспрессия люмикана была увеличена у лошадей сгибатель сухожилия через шесть недель после травмы.^[15]

Люмикан присутствует в внеклеточный матрикс тканей матки у фертильных женщин.^[16] Повышается уровень люмикана во время пролиферативной и секреторной фазы эндометрий. В ткани эндометрия в период менопаузы уровень экспрессии люмикана снижается, а также ниже патологического по сравнению с нормальным. эндометрий.

Люмикан высоко экспрессируется при плевральных выпотах (легкое жидкость) пациентов с аденокарцинома.^[17] Его выражение было низким рак клетки, но высоко в внеклеточный матрикс окружающий опухоль. Экспрессия люмикана не была связана со степенью или стадией опухоли. Примерно у половины пациентов с панкреатическим протоком аденокарцинома проверено,^[18] Люмикан в внеклеточный матрикс вокруг опухоль был связан с уменьшением количества рецидивов метастазов после операции и с трехкратным увеличением выживаемости по сравнению с пациентами без стромального люмикана. Поскольку люмикан может напрямую связываться и ингибировать матричная металлопротеиназа -14 (MMP14 ), люмикан может ограничивать прогрессирование опухоли, предотвращая внеклеточный матрикс коллаген протеолиз этим фермент.^[19]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000139329 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000036446 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. "Entrez Gene: LUM lumican".
6. Чакраварти С., Столлингс Р.Л., СундарРадж Н., Корнуэ П.К., Хасселл-младший (июнь 1995 г.). «Первичная структура человеческого люмикана (кератансульфат протеогликан) и локализация гена (LUM) на хромосоме 12q21.3-q22». Геномика. 27 (3): 481–8. Дои:10.1006 / geno.1995.1080. PMID  7558030.
7. Iozzo RV, Schaefer L (март 2015 г.). «Форма и функция протеогликанов: комплексная номенклатура протеогликанов». Матричная биология. 42: 11–55. Дои:10.1016 / j.matbio.2015.02.003. ЧВК  4859157. PMID  25701227.
8. Kao WW, Funderburgh JL, Xia Y, Liu CY, Conrad GW (январь 2006 г.). «В центре внимания молекулы: люмикан». Экспериментальные исследования глаз. 82 (1): 3–4. Дои:10.1016 / j.exer.2005.08.012. ЧВК  2876311. PMID  16213485.
9. Скотт Дж. Э. (1996). «Протеодерматан и протеокератансульфат (декорин, люмикан / фибромодулин) имеют форму подковы. Последствия их взаимодействия с коллагеном». Биохимия. 35 (27): 8795–9. Дои:10.1021 / bi960773t. PMID  8688414.
10. Чакраварти S (2002). «Функции люмикана и фибромодулина: уроки нокаут-мышей». Журнал гликоконъюгатов. 19 (4–5): 287–93. Дои:10.1023 / А: 1025348417078. PMID  12975607. S2CID  3636866.
11. Чакраварти С., Магнусон Т., Ласс Дж. Х., Джепсен К. Дж., Ламантия С., Кэрролл Х (июнь 1998 г.). «Люмикан регулирует сборку коллагеновых фибрилл: хрупкость кожи и помутнение роговицы в отсутствие люмикана». Журнал клеточной биологии. 141 (5): 1277–86. Дои:10.1083 / jcb.141.5.1277. ЧВК  2137175. PMID  9606218.
12. Ли М., Чжай Л., Цзэн С., Пэн Кью, Ван Дж, Дэн И, Се Л., Хе И, Ли Т. (июль 2014 г.). «Отсутствие связи между полиморфизмом rs3759223 LUM и миопией высокой степени». Оптометрия и зрение. 91 (7): 707–12. Дои:10.1097 / OPX.0000000000000302. PMID  24927138. S2CID  27647081.
13. Mienaltowski MJ, Birk DE (2014). «Мышиные модели в исследовании сухожилий и связок». Прогресс в наследственных заболеваниях мягких соединительных тканей. Успехи экспериментальной медицины и биологии. 802. С. 201–30. Дои:10.1007/978-94-007-7893-1_13. ISBN  978-94-007-7892-4. PMID  24443029.
14. Дюпюи Л.Е., Бергер М.Г., Фельдман С., Дусетт Л., Фаулкс В., Чакраварти С., Тибодо С., Алькала Н. Э., Брэдшоу А. Д., Керн CB (апрель 2015 г.). «Дефицит люмикана приводит к гипертрофии кардиомиоцитов с изменением сборки коллагена». Журнал молекулярной и клеточной кардиологии. 84: 70–80. Дои:10.1016 / j.yjmcc.2015.04.007. ЧВК  4468017. PMID  25886697.
15. Якобсон Э., Дарт А. Дж., Мондори Т., Хорадгода Н., Джеффкотт Л. Б., Литтл CB, Смит М. М. (2015). «Очаговая экспериментальная травма приводит к широко распространенной экспрессии генов и гистологическим изменениям в сухожилиях сгибателей лошадей». PLOS ONE. 10 (4): e0122220. Bibcode:2015PLoSO..1022220J. Дои:10.1371 / journal.pone.0122220. ЧВК  4383631. PMID  25837713.
16. Лукариелло А, Трабукко Э, Бочча О, Перна А, Селлитто С., Кастальди М.А., Де Фалько М., Де Лука А., Кобеллис Л. (2015). «Мелкие протеогликаны, богатые лейцином, по-разному распределяются в нормальном и патологическом эндометрии». В естественных условиях. 29 (2): 217–22. PMID  25792648.
17. Cappellesso R, Millioni R, Arrigoni G, Simonato F, Caroccia B, Iori E, Guzzardo V, Ventura L, Tessari P, Fassina A (2015). «Lumican сверхэкспрессируется в плевральных выпотах при аденокарциноме легких». PLOS ONE. 10 (5): e0126458. Bibcode:2015PLoSO..1026458C. Дои:10.1371 / journal.pone.0126458. ЧВК  4427354. PMID  25961303.
18. Ли X, Truty MA, Kang Y, Chopin-Laly X, Zhang R, Roife D, Chatterjee D, Lin E, Thomas RM, Wang H, Katz MH, Fleming JB (декабрь 2014 г.). «Внеклеточный люмикан подавляет рост раковых клеток поджелудочной железы и увеличивает продолжительность жизни после операции». Клинические исследования рака. 20 (24): 6529–40. Дои:10.1158 / 1078-0432.CCR-14-0970. ЧВК  4268437. PMID  25336691.
19. Пьетрашек К., Шатрон-Колле А., Брезильон С., Перро С., Якубяк-Августин А., Кроткевский Н., Макварт FX, Венгровски Ю. (ноябрь 2014 г.). «Люмикан: новый ингибитор активности матриксной металлопротеиназы-14». Письма FEBS. 588 (23): 4319–24. Дои:10.1016 / j.febslet.2014.09.040. PMID  25304424. S2CID  36035579.

дальнейшее чтение

• Гровер Дж., Чен XN, Коренберг-младший, Раули П.Дж. (сентябрь 1995 г.). «Человеческий ген lumican. Организация, хромосомное положение и экспрессия в суставном хряще». Журнал биологической химии. 270 (37): 21942–9. Дои:10.1074 / jbc.270.37.21942. PMID  7665616.
• Маруяма К., Сугано С. (январь 1994 г.). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• Рада Дж. А., Корнуэ П. К., Хасселл-младший (июнь 1993 г.). «Регулирование фибриллогенеза роговичного коллагена in vitro с помощью белков корнеального протеогликана (люмикана и декорина)». Экспериментальные исследования глаз. 56 (6): 635–48. Дои:10.1006 / exer.1993.1081. PMID  8595806.
• Hillier LD, Lennon G, Becker M, Bonaldo MF, Chiapelli B, Chissoe S, Dietrich N, DuBuque T, Favello A, Gish W, Hawkins M, Hultman M, Kucaba T, Lacy M, Le M, Le N, Mardis E , Мур Б., Моррис М., Парсонс Дж., Прейндж С., Рифкин Л., Рольфинг Т., Шелленберг К., Бенто Соарес М., Тан Ф, Тьерри-Мег Дж., Треваскис Е., Андервуд К., Уолдман П., Уотерстон Р., Уилсон Р., Марра M (сентябрь 1996 г.). «Создание и анализ 280 000 тегов последовательности, экспрессируемых человеком». Геномные исследования. 6 (9): 807–828. Дои:10.1101 / гр.6.9.807. PMID  8889549.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К., Суяма А., Сугано С. (октябрь 1997 г.). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
• Мацусима Н., Охьянаги Т., Танака Т., Крецингер Р.Х. (февраль 2000 г.). «Супермотивы и эволюция тандемных лейциновых повторов внутри малых протеогликанов - бигликан, декорин, люмикан, фибромодулин, PRELP, кератокан, остеоадгерин, эпификан и остеоглицин». Белки. 38 (2): 210–25. Дои:10.1002 / (SICI) 1097-0134 (20000201) 38: 2 <210 :: AID-PROT9> 3.0.CO; 2-1. PMID  10656267.
• Свенссон Л., Нэрлид И., Олдберг А. (март 2000 г.). «Фибромодулин и люмикан связываются с одной и той же областью фибрилл коллагена I типа». Письма FEBS. 470 (2): 178–82. Дои:10.1016 / S0014-5793 (00) 01314-4. PMID  10734230. S2CID  46539089.
• Pellegata NS, Dieguez-Lucena JL, Joensuu T, Lau S, Montgomery KT, Krahe R, Kivelä T., Kucherlapati R, Forsius H, de la Chapelle A (май 2000 г.). «Мутации в KERA, кодирующем кератокан, вызывают появление роговицы». Природа Генетика. 25 (1): 91–5. Дои:10.1038/75664. PMID  10802664. S2CID  8837115.
• Neame PJ, Kay CJ, McQuillan DJ, Beales MP, Hassell JR (май 2000 г.). «Независимая модуляция фибриллогенеза коллагена декорином и люмиканом». Клеточные и молекулярные науки о жизни. 57 (5): 859–63. Дои:10.1007 / с000180050048. PMID  10892350. S2CID  21998935.
• Гровер Дж., Лю CY, Као В.В., Раули П.Дж. (декабрь 2000 г.). «Анализ промотора гена люмикана человека». Журнал биологической химии. 275 (52): 40967–73. Дои:10.1074 / jbc.M004134200. PMID  11016924.
• Наито З., Ишивата Т., Курбан Г., Тедука К., Кавамото И., Кавахара К., Сугисаки Ю. (май 2002 г.). «Экспрессия и накопление белка люмикана в клетках рака шейки матки на периферии раковых гнезд». Международный журнал онкологии. 20 (5): 943–8. Дои:10.3892 / ijo.20.5.943. PMID  11956587.
• Лу Ю.П., Ишивата Т., Кавахара К., Ватанабэ М., Наито З., Морияма Ю., Сугисаки Ю., Асано Дж. (Август 2002 г.). «Экспрессия люмикана в клетках колоректального рака человека». Патология Интернэшнл. 52 (8): 519–26. Дои:10.1046 / j.1440-1827.2002.01384.x. PMID  12366811. S2CID  38324942.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, Derge JG, Klausner RD, Collins FS, Wagner L, Shenmen CM, Schuler GD, Altschul SF, Zeeberg B, Buetow KH, Schaefer CF, Bhat NK, Hopkins RF, Jordan H, Moore T. , Макс С.И., Ван Дж., Се Ф., Дьяченко Л., Марусина К., Фармер А.А., Рубин Г.М., Хонг Л., Стэплтон М., Соарес М.Б., Боналдо М.Ф., Казавант Т.Л., Шитц Т.Е., Браунштейн М.Дж., Усдин Т.Б., Тошиюки С., Карнинчи П., Прейндж С., Раха С.С., Локеллано Н.А., Петерс Г.Дж., Абрамсон Р.Д., Муллахи С.Дж., Босак С.А., МакЭван П.Дж., МакКернан К.Дж., Малек Дж.А., Гунаратне П.Х., Ричардс С., Уорли К.С., Хейл С., Гарсия А.М., Гей Л.Дж., Hulyk SW, Villalon DK, Muzny DM, Sodergren EJ, Lu X, Gibbs RA, Fahey J, Helton E, Ketteman M, Madan A, Rodrigues S, Sanchez A, Whiting M, Madan A, Young AC, Shevchenko Y, Bouffard GG , Blakesley RW, Touchman JW, Green ED, Dickson MC, Rodriguez AC, Grimwood J, Schmutz J, Myers RM, Butterfield YS, Krzywinski MI, Skalska U, Smailus DE, Schnerch A, Schein JE, Jones SJ, Marra MA (декабрь 2002). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Андерсон Н.Л., Полански М., Пипер Р., Гатлин Т., Тирумалай Р.С., Конрадс Т.П., Винстра Т.Д., Адкинс Дж.Н., Паундс Дж. Г., Фаган Р., Лобли А. (апрель 2004 г.). «Протеом плазмы человека: неизбыточный список, составленный из четырех отдельных источников». Молекулярная и клеточная протеомика. 3 (4): 311–26. Дои:10.1074 / mcp.M300127-MCP200. PMID  14718574.
• Бункенборг Дж., Пильч Б. Дж., Подтелейников А. В., Вишневский Дж. Р. (февраль 2004 г.). «Скрининг N-гликозилированных белков методом жидкостной хроматографии и масс-спектрометрии». Протеомика. 4 (2): 454–65. Дои:10.1002 / pmic.200300556. PMID  14760718. S2CID  29261009.
• Ботелла Л.М., Санс-Родригес Ф., Санчес-Эльснер Т., Ланга С., Рамирес Дж. Р., Вари С., Раули П. Дж., Бернабеу С. (январь 2004 г.). «Lumican подавляется в клетках, экспрессирующих эндоглин. Доказательства обратной корреляции между экспрессией Endoglin и Lumican». Матричная биология. 22 (7): 561–72. Дои:10.1016 / j.matbio.2003.11.006. PMID  14996436.
• Вуиллермоз Б., Хоруженко А., Д'Онофрио М.Ф., Рамонт Л., Вентео Л., Перро С., Антоничелли Ф., Макварт Ф.Х., Венгровски Ю. (июнь 2004 г.). «Небольшой богатый лейцином протеогликан люмикан подавляет прогрессирование меланомы». Экспериментальные исследования клеток. 296 (2): 294–306. Дои:10.1016 / j.yexcr.2004.02.005. PMID  15149859.
• Кенингер Дж., Гизе Т., ди Мола Ф.Ф., Венте М.Н., Эспозито И., Бахем М.Г., Гизе Н.А., Бюхлер М.В., Фрисс Х. (сентябрь 2004 г.). «Опухолевые клетки поджелудочной железы влияют на состав внеклеточного матрикса». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 322 (3): 943–9. Дои:10.1016 / j.bbrc.2004.08.008. PMID  15336555.
• Ли Й, Аоки Т., Мори Й, Ахмад М., Миямори Х., Такино Т., Сато Х. (октябрь 2004 г.). «Расщепление люмикана матричной металлопротеиназой-1 мембранного типа отменяет это опосредованное протеогликаном подавление образования колоний опухолевых клеток в мягком агаре». Исследования рака. 64 (19): 7058–64. Дои:10.1158 / 0008-5472.CAN-04-1038. PMID  15466200.