DDX5 - DDX5

DDX5
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 3FE2, 4A4D
Идентификаторы
Псевдонимы	DDX5, G17P1, HLR1, HUMP68, p68, DEAD-box геликаза 5
Внешние идентификаторы	OMIM: 180630 MGI: 105037 ГомолоГен: 6797 Генные карты: DDX5
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 17 (человек)[1] Группа 17q23.3 Начните 64,498,254 бп[1] Конец 64,508,199 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 11 (мышь)[2] Группа 11 E1 | 11 70,01 см Начните 106,780,355 бп[2] Конец 106,789,185 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание нуклеотидов • GO: 0008026 геликазная активность • кальций-зависимое связывание с белками • связывание кальмодулина • GO: 0001948 связывание с белками • связывание рецепторов андрогенов • связывание нуклеиновой кислоты • связывание ферментов • связывание пре-мРНК • гидролазная активность • Связывание АТФ • РНК-геликазная активность • Связывание РНК • Связывание мРНК 3'-UTR • связывание рибонуклеопротеинового комплекса • промотор-специфическое связывание хроматина • Связывание домена MH2 • Привязка SMAD • Привязка R-SMAD • первичное связывание miRNA • GO: 0001104 активность корегулятора транскрипции Сотовый компонент • каталитическая стадия 2 сплайсосомы • мембрана • ядрышко • сплайсосомальный комплекс • внеклеточная экзосома • ядро клетки • внеклеточный матрикс • нуклеоплазма • Белковый комплекс SMAD • цитоплазма • рибонуклеопротеин Биологический процесс • регуляция дифференцировки клеток скелетных мышц • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • ритмический процесс • регуляция репликации вирусного генома • обработка мРНК • транскрипция мРНК • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • транскрипция, ДНК-шаблон • рост клеток • регуляция дифференцировки остеобластов • Раскрутка вторичной структуры РНК • внутренний апоптотический сигнальный путь медиатором класса p53 • Сплайсинг РНК • регуляция сигнального пути рецептора андрогенов • положительная регуляция ответа на повреждение ДНК, передача сигнала медиатором класса p53 • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • регуляция альтернативного сплайсинга мРНК через сплайсосомы • ядерно-транскрибируемый катаболический процесс мРНК • альтернативный сплайсинг мРНК через сплайсосомы • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • сигнальный путь внутриклеточного рецептора эстрогена • сигнальный путь рецептора андрогена • эпителиально-мезенхимальный переход • дифференцировка миобластов • транскрипция при-миРНК с промотора РНК-полимеразы II • BMP сигнальный путь • регуляция транскрипции pri-miRNA с промотора РНК-полимеразы II • положительная регуляция продукции miRNA, участвующих в подавлении генов с помощью miRNA Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	1655	13207
Ансамбль	ENSG00000108654	ENSMUSG00000020719
UniProt	P17844	Q61656
RefSeq (мРНК)	NM_004396 NM_001320595 NM_001320596 NM_001320597	NM_007840 NM_001355676 NM_001355677
RefSeq (белок)	NP_001307524 NP_001307525 NP_001307526 NP_004387	н / д
Расположение (UCSC)	Chr 17: 64,5 - 64,51 Мб	Chr 11: 106,78 - 106,79 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Вероятная АТФ-зависимая РНК-геликаза DDX5 также известен как Мертвый бокс протеин 5 или РНК геликаза p68 является фермент что у людей кодируется DDX5 ген.^[5]

Функция

МЕРТВАЯ коробка белки, характеризующиеся консервативным мотивом Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), предположительно РНК-геликазы. Они участвуют в ряде клеточных процессов, включающих изменение вторичной структуры РНК, таких как инициация трансляции, ядерный и митохондриальный сплайсинг, а также сборка рибосом и сплайсосом. Основываясь на паттернах распределения, некоторые члены этого семейства, как полагают, участвуют в эмбриогенезе, сперматогенезе,^[6] рост и деление клеток. Этот ген кодирует DEAD-бокс-белок, который представляет собой РНК-зависимую АТФазу, а также связанный с пролиферацией ядерный антиген, специфически реагирующий с опухолевым антигеном вируса обезьяны 40. Этот ген состоит из 13 экзонов, и были обнаружены альтернативно сплайсированные транскрипты, содержащие несколько последовательностей интронов, но не были идентифицированы изоформы, кодируемые этими транскриптами.^[5]

Взаимодействия

DDX5 был показан взаимодействовать с участием:

• AKAP8,^[7]
• DDX17 (стр.72),^[8]
• DHX9 (РНК геликаза А),^[9]
• Рецептор эстрогена альфа,^[10][11]
• Фибрилларин,^[12]
• HDAC1,^[13]
• Коактиватор ядерного рецептора 1,^[14]
• Коактиватор ядерных рецепторов 2,^[14]
• Коактиватор ядерных рецепторов 3,^[14]
• p53,^[15]
• CTCF.^[16]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000108654 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000020719 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. "Ген Entrez: DDX5 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) бокс-полипептид 5".
6. Legrand, JMD; Чан, АЛ; La, HM; Росселло, Ф.Дж.; Änkö, ML; Фуллер-Пейс, ФВ; Хоббс, РМ (23 мая 2019 г.). «DDX5 играет важную транскрипционную и посттранскрипционную роль в поддержании и функционировании сперматогоний». Связь с природой. 10 (1): 2278. Дои:10.1038 / s41467-019-09972-7. PMID  31123254.
7. Акилесваран Л., Тараска Дж. В., Сайер Дж. А., Геттеми Дж. М., Коглан В. М. (май 2001 г.). «Заякоренный белок А-киназы AKAP95 нацелен на ядерный матрикс и ассоциируется с РНК-геликазой p68». J. Biol. Chem. 276 (20): 17448–54. Дои:10.1074 / jbc.M101171200. PMID  11279182.
8. Огилви В.К., Уилсон Б.Дж., Николь С.М., Моррис Н.А., Сондерс Л.Р., Барбер Г.Н., Фуллер-Пейс Ф.В. (март 2003 г.). «Родственные DEAD-бокс-РНК-геликазы p68 и p72 существуют в клетках как гетеродимеры». Нуклеиновые кислоты Res. 31 (5): 1470–80. Дои:10.1093 / нар / gkg236. ЧВК  149829. PMID  12595555.
9. Уилсон BJ, Giguère V (2007). «Идентификация новых партнеров пути геликаз РНК p68 и p72 с помощью метаанализа Oncomine». BMC Genomics. 8: 419. Дои:10.1186/1471-2164-8-419. ЧВК  3225811. PMID  18005418.
10. Эндох Х., Маруяма К., Масухиро Й., Кобаяси Й., Гото М., Тай Х., Янагисава Дж., Мецгер Д., Хашимото С., Като С. (август 1999 г.). «Очистка и идентификация РНК-геликазы p68, действующей как транскрипционный коактиватор, специфичный для функции активации 1 рецептора эстрогена человека α». Мол. Cell. Биол. 19 (8): 5363–72. Дои:10.1128 / MCB.19.8.5363. ЧВК  84379. PMID  10409727.
11. Россоу К.Л., Янкнехт Р. (январь 2003 г.). «Синергизм между РНК-геликазой p68 и коактиваторами транскрипции CBP и p300». Онкоген. 22 (1): 151–6. Дои:10.1038 / sj.onc.1206067. PMID  12527917.
12. Николь С.М., Каушевич М., Прескотт А.Р., Фуллер-Пейс Ф.В. (июнь 2000 г.). «Ядерная DEAD-бокс-РНК геликаза p68 взаимодействует с ядрышковым белком фибрилларином и специфически колокализуется в формирующихся ядрышках во время телофазы». Exp. Cell Res. 257 (2): 272–80. Дои:10.1006 / excr.2000.4886. PMID  10837141.
13. Уилсон Б.Дж., Бейтс Г.Дж., Никол С.М., Грегори Д.Д., Перкинс Н.Д., Фуллер-Пейс Ф.В. (август 2004 г.). «РНК-геликазы DEAD-бокса p68 и p72 взаимодействуют с HDAC1 и подавляют транскрипцию промотор-специфическим образом». BMC Mol. Биол. 5: 11. Дои:10.1186/1471-2199-5-11. ЧВК  514542. PMID  15298701.
14. Ватанабэ М., Янагисава Дж., Китагава Х., Такэяма К., Огава С., Арао Й., Сузава М., Кобаяси Й., Яно Т., Йошикава Х., Масухиро И, Като С. (март 2001 г.). «Подсемейство РНК-связывающих белков DEAD-бокса действует как коактиватор рецептора эстрогена α через N-концевой домен активации (AF-1) с коактиватором РНК, SRA». EMBO J. 20 (6): 1341–52. Дои:10.1093 / emboj / 20.6.1341. ЧВК  145523. PMID  11250900.
15. Bates GJ, Nicol SM, Wilson BJ, Jacobs AM, Bourdon JC, Wardrop J, Gregory DJ, Lane DP, Perkins ND, Fuller-Pace FV (февраль 2005 г.). «DEAD-бокс-белок p68: новый коактиватор транскрипции супрессора опухоли p53». EMBO J. 24 (3): 543–53. Дои:10.1038 / sj.emboj.7600550. ЧВК  548656. PMID  15660129.
16. Яо Х, Брик К., Эврард Й, Сяо Т., Камерини-Отеро Р. Д., Фельзенфельд Г. (2010). «Посредничество транскрипционной изоляции CTCF с помощью DEAD-бокса РНК-связывающего белка p68 и активатора РНК стероидного рецептора SRA». Genes Dev. 24 (22): 2543–2555. Дои:10.1101 / gad.1967810. ЧВК  2975930. PMID  20966046.

дальнейшее чтение

• Игго Р.Д., Джеймисон Д.Д., Макнил С.А. и др. (1991). «РНК-хеликаза p68: идентификация ядрышковой формы и клонирование родственных генов, содержащих консервативный интрон в дрожжах». Мол. Cell. Биол. 11 (3): 1326–33. Дои:10.1128 / MCB.11.3.1326. ЧВК  369403. PMID  1996094.
• Хлох П., Шиднер Г, Шталь Х (1990). «Полная последовательность кДНК человеческого белка p68». Нуклеиновые кислоты Res. 18 (10): 3045. Дои:10.1093 / nar / 18.10.3045. ЧВК  330836. PMID  2349099.
• Форд MJ, Антон И.А., Lane DP (1988). «Ядерный белок с гомологией последовательности фактору инициации трансляции eIF-4A». Природа. 332 (6166): 736–8. Дои:10.1038 / 332736a0. PMID  2451786. S2CID  4351448.
• Игго Р., Гоф А., Сюй В. и др. (1989). «Картирование хромосомы гена человека, кодирующего ядерный антиген массой 68 кДа (p68), с использованием полимеразной цепной реакции». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 86 (16): 6211–4. Дои:10.1073 / пнас.86.16.6211. ЧВК  297807. PMID  2762324.
• Buelt MK, Glidden BJ, Storm DR (1994). «Регулирование хеликазы РНК p68 кальмодулином и протеинкиназой C». J. Biol. Chem. 269 (47): 29367–70. PMID  7525583.
• Brody LC, Abel KJ, Castilla LH и др. (1995). «Создание карты транскрипции, окружающей локус BRCA1 хромосомы 17 человека». Геномика. 25 (1): 238–47. Дои:10.1016/0888-7543(95)80131-5. PMID  7774924.
• Эндох Х., Маруяма К., Масухиро Й. и др. (1999). «Очистка и идентификация РНК-геликазы p68, действующей как транскрипционный коактиватор, специфичный для функции активации 1 рецептора эстрогена человека α». Мол. Cell. Биол. 19 (8): 5363–72. Дои:10.1128 / MCB.19.8.5363. ЧВК  84379. PMID  10409727.
• Рёсслер О.Г., Хлох П., Шютц Н. и др. (2000). «Структура и экспрессия гена геликазы РНК p68 человека». Нуклеиновые кислоты Res. 28 (4): 932–9. Дои:10.1093 / nar / 28.4.932. ЧВК  102575. PMID  10648785.
• Николь С.М., Каушевич М., Прескотт А.Р., Фуллер-Пейс Ф.В. (2000). «Ядерная DEAD-бокс-РНК геликаза р68 взаимодействует с ядрышковым белком фибрилларином и специфически колокализуется в формирующихся ядрышках во время телофазы». Exp. Cell Res. 257 (2): 272–80. Дои:10.1006 / excr.2000.4886. PMID  10837141.
• Ватанабе М., Янагисава Дж., Китагава Х. и др. (2001). «Подсемейство РНК-связывающих белков DEAD-бокса действует как коактиватор рецептора эстрогена α через N-концевой домен активации (AF-1) с коактиватором РНК, SRA». EMBO J. 20 (6): 1341–52. Дои:10.1093 / emboj / 20.6.1341. ЧВК  145523. PMID  11250900.
• Акилесваран Л., Тараска Дж. В., Сайер Дж. А. и др. (2001). «Заякоренный белок А-киназы AKAP95 нацелен на ядерный матрикс и связывается с РНК-геликазой p68». J. Biol. Chem. 276 (20): 17448–54. Дои:10.1074 / jbc.M101171200. PMID  11279182.
• Андерсен Дж. С., Лион CE, Фокс А. Х. и др. (2002). «Направленный протеомный анализ ядрышка человека». Curr. Биол. 12 (1): 1–11. Дои:10.1016 / S0960-9822 (01) 00650-9. PMID  11790298. S2CID  14132033.
• Юрица М.С., Ликлидер Л.Дж., Гиги С.Р. и др. (2002). «Очистка и характеристика нативных сплайсосом, пригодных для трехмерного структурного анализа». РНК. 8 (4): 426–39. Дои:10.1017 / S1355838202021088. ЧВК  1370266. PMID  11991638.
• Лю З.Р. (2002). «РНК-геликаза p68 является важным фактором сплайсинга человека, который действует на дуплекс сайта сплайсинга U1 snRNA-5 '». Мол. Cell. Биол. 22 (15): 5443–50. Дои:10.1128 / MCB.22.15.5443-5450.2002. ЧВК  133941. PMID  12101238.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Россов К.Л., Янкнехт Р. (2003). «Синергизм между РНК-геликазой p68 и коактиваторами транскрипции CBP и p300». Онкоген. 22 (1): 151–6. Дои:10.1038 / sj.onc.1206067. PMID  12527917.
• Гил С., Гаттони Р., Карраскал М. и др. (2003). «Роль hnRNP A1, белков SR и геликазы p68 в регуляции альтернативного сплайсинга c-H-ras». Мол. Cell. Биол. 23 (8): 2927–41. Дои:10.1128 / MCB.23.8.2927-2941.2003. ЧВК  152554. PMID  12665590.
• Фудзита Т., Кобаяши Ю., Вада О. и др. (2003). «Полная активация функции активации рецептора эстрогена альфа-1 вызывает пролиферацию клеток рака груди». J. Biol. Chem. 278 (29): 26704–14. Дои:10.1074 / jbc.M301031200. PMID  12738788.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.