Список онтологий OBO Foundry - List of OBO Foundry ontologies

Это список онтологии которые являются частью OBO Foundry по состоянию на январь 2020 года.

Онтологии OBO Foundry

Заголовок	Префикс	Описание	Официальная страница
Онтология агрономии	АГРО	Онтология понятий, относящихся к агрономия эксперименты.	[1]
Онтология основных экологических объектов	ЭКОКОР	Онтология для экологический сущности.	[2]
Онтология анатомической сущности	УЭО	Онтология анатомических структур, расширяющая CARO, Common Anatomy Reference Ontology.	[3]
Онтология устойчивости к антибиотикам	ARO	Онтология для устойчивость к антибиотикам гены и мутации.	[4]
Структурированный словарь Аполлона [1]	АПОЛЛОН-СВ	Онтология для обеспечения взаимодействия модели эпидемии и прикладное программное обеспечение общественного здравоохранения.	[5]
Онтология фенотипа аскомицетов	APO	Структурированный контролируемый словарь фенотипов Аскомицет грибы.	[6]
Базовая формальная онтология [2]	BFO	Онтология верхнего уровня, на которой построены онтологии OBO Foundry.	[7]
Онтология бета-клеточной геномики	BCGO	Онтология приложения, созданная для бета-клетка геномные исследования.	[8]
Онтология биологических коллекций [3]	BCO	Онтология данных о биоразнообразии.	[9]
Онтология методов биологической визуализации	ФБР	Онтология для методов, связанных с биомедицинской визуализацией, включая подготовку и получение.	[10]
Биологическая пространственная онтология	BSPO	Онтология для представления пространственных концепций, используемых в биологии.	[11]
BRENDA ткань / источник ферментов	BTO	Онтология источника ферментов.	[12]
C. elegans онтология разработки (см. WormBase )	WBLS	Онтология для разработки Caenorhabditis elegans.	[13]
C. elegans Онтология общей анатомии (см. WormBase )	WBBT	Онтология анатомии Caenorhabditis elegans.	[14]
C. elegans фенотип (см. WormBase )	WBPHENOTYPE	Онтология фенотипов Caenorhabditis elegans.	[15]
Онтология сердечно-сосудистых заболеваний	CVDO	Онтология концепций, связанных с сердечно-сосудистые заболевания.	[16] [17]
Онтология клеточной линии [4]	CLO	Онтология для описания Сотовые линии.	[18] [19]
Онтология клетки [5]	CL	Онтология для многоклеточный типы клеток.	[20] [21]
Химические объекты, представляющие биологический интерес	ЧЕБИ	Онтология малых молекулярных образований, представляющих биологический интерес.	[22]
Онтология химической информации [6]	ХЕМИНФ	Онтология для дескрипторов, используемых в базах данных химиоинформатики.	[23] [24]
Онтология химических методов	CHMO	Онтология методов, используемых в химических экспериментах.	[25]
Клиническая лабораторная онтология	LABO	Онтология рецептов и отчетов в клинических лабораториях.	[26]
Онтология клинических измерений [7]	CMO	Онтология для классификации клинических измерений экспериментальных животных.	[27]
Общая справочная онтология анатомии [8]	CARO	Онтология для улучшения взаимодействия между анатомия онтологии для разных организмов.	[28]
Онтология сравнительного анализа данных [9]	CDAO	Онтология понятий и отношений, относящихся к эволюционному сравнительному анализу, например филогенетические деревья.	[29] [30]
Онтология достоверной информации [10]	ИТ-директор	Онтология для описания достоверной информации в аннотации последовательности.	[31]
Онтология ролей участника	CRO	Онтология для различных ролей, стоящих за научная статья.	[32] [33]
Онтология гребневиков	CTENO	Анатомическая онтология и онтология развития для гребневики (Гребешки).	[34]
Анатомия Dictyostelium discoideum [11]	ДДАНАТ	Структурированный контролируемый словарь анатомии слизистой плесени Dictyostelium discoideum	[35]
Онтология фенотипа Dictyostelium discoideum	ДДФЕНО	Онтология фенотипов слизистой плесени Dictyostelium discoideum.	[36]
Развитие дрозофилы	FBDV	Онтология развития Drosophila melanogaster.	[37]
Макроскопическая анатомия дрозофилы [12]	FBBT	Онтология анатомии Drosophila melanogaster.	[38]
Онтология фенотипа дрозофилы	FBCV	Онтология общих Дрозофила фенотипы.	[39]
Онтология доказательств взаимодействия наркотиков и взаимодействий и взаимодействия наркотиков [13]	ДИДЕО	Онтология для лекарственное взаимодействие свидетельство.	[40]
Онтология доказательств и выводов [14]	ЭКО	Онтология типов свидетельств, используемых для поддержки научные утверждения.	[41]
онтология ресурсов eagle-i	ERO	Онтология исследовательского оборудования, протоколов и расходных материалов.	[42] [43]
Онтология эмоций [15]	МФОЭМ	Онтология эмоции, настроения и другие чувства.	[44]
Онтология окружающей среды [16]	ENVO	Онтология экологических особенностей и среда обитания.	[45]
Онтология экспериментальных условий [17]	XCO	Онтология для различных условий, в которых проводятся экспериментальные измерения.	[46]
Онтология экспозиции [18]	ЭКЗО	Онтология для описания воздействия факторов окружающей среды (таких как сигаретный дым ), которые могут повлиять на клинические исходы.	[47]
Онтология фенотипа делящихся дрожжей[19]	FYPO	Онтология фенотипов делящиеся дрожжи.	[48] [49]
Онтология фенотипа флоры [20]	ФЛОПО	Онтология признаков и фенотипов цветущие растения.	[50]
Словарь, управляемый FlyBase	FBCV	Онтология для поддержки FlyBase проект.	[51]
Пищевая онтология [21]	FOODON	Онтология для представления сущностей, играющих еда роль или связанные с едой.	[52]
Базовая модель анатомической онтологии (подмножество)	FMAO	Подмножество базовой модели онтологии анатомии.	[53]
Онтология анатомии грибов	ФАО	Онтология анатомии грибы.	[54]
Газетир	ГАЗ	Онтология, которая действует как географический словарь (географический словарь).	[55]
Генная онтология	ИДТИ	Онтология для описания функции генов и генных продуктов.	[56] [57]
Онтология геномной эпидемиологии [22]	ГЕНЕПИО	Онтология для патогены пищевого происхождения и связанные с ними вспышки.	[58]
Онтология генотипа	GENO	Онтология для генотипы и связанные с ними фенотипы и заболевания.	[59]
Онтология географического объекта	GEO	Онтология географических объектов.	[60]
Онтология именования гликанов [23]	ГНОМ	Онтология для гликаны на основе GlyTouCan.	[61]
Онтология гомологии [24]	HOM	Онтология концепций, связанных с гомология.	[62]
Онтология человеческого происхождения [25]	АНСЕСТРО	Онтология концепций предков, использованная в каталоге NHGRI-EBI опубликованных полногеномные ассоциации исследований.	[63]
Стадии развития человека	HSAPDV	Онтология этапов жизни человека.	[64]
Онтология болезней человека	ДЕЛАТЬ	Онтология для описания болезней человека.	[65]
Онтология человеческого фенотипа	HPO	Онтология фенотипов человека при наследственных и ненаследственных заболеваниях.	[66] [67]
HUPO-PSI реагенты для сшивания и дериватизации контролируемый словарь	PSI-MS	Онтология реагентов, используемых для сшивания молекул в масс-спектрометрических экспериментах.	[68]
Онтология анатомии перепончатокрылых [26]	HAO	Онтология анатомии Перепончатокрылые (пчелы, осы и муравьи).	[69]
Онтология гипертонии	HTN	Онтология клинических данных о гипертония.	[70]
Онтология инфекционных заболеваний [27]	Я ДЕЛАЮ	Набор онтологий, связанных с инфекционные заболевания.	[71]
Онтология информационных артефактов [28]	IAO	Онтология информационных сущностей.	[72]
Онтология информированного согласия	ICO	Онтология концепций, связанных с информированное согласие, например формы и политики.	[73]
Онтология интегративных и сопряженных элементов	ICEO	Онтология бактериального интегративные и сопряженные элементы (ICEs).	[74]
Онтология сети взаимодействия [29]	Я НЕ	Онтология генно-генетических взаимодействий.	[75]
Онтология малярии [30]	ИДОМАЛЬНЫЙ	Онтология концепций, связанных с малярия.	[76]
Онтология кормящих мышц млекопитающих	МФМО	Онтология для млекопитающих мышцы которые играют роль в пищевое поведение.	[77]
Онтология фенотипа млекопитающих	Депутат	Стандартные условия аннотирования фенотипических данных млекопитающих.	[78]
Онтология масс-спектрометрии	MI	Онтология концепций для описания масс-спектрометрии в контексте протеомика.	[79]
Онтология метода измерения	MMO	Онтология методов клинических и лабораторных измерений.	[80]
Этапы развития Medaka	OlatDv	Онтология жизненных этапов рыба медака.	[81]
Онтология психических заболеваний [31]	MFOMD	Онтология для психические заболевания.	[82]
Онтология психического функционирования [31]	МФО	Онтология концепций, связанных с психическим функционированием.	[83] [84]
Онтология ограничения MHC [32]	ТОиР	Онтология для Ограничение главного комплекса гистосовместимости (MHC) в экспериментах.	[85]
Онтология MIAPA[33]	МИАПА	Онтология для филогенетический данные.	[86]
Онтология микробных состояний[34]	MCO	Онтология условий роста микробов.	[87]
Минимальная информационная онтология PDDI	MPIO	Онтология минимума информации для описания лекарственные взаимодействия.	[88]
Словарь, контролируемый молекулярными взаимодействиями	MI	Онтология концепций, связанных с изучением белок-белковые взаимодействия.	[89]
Онтология болезни Мондо	МОНДО	Онтология для интеграции информации о болезни.	[90]
Онтология общей анатомии комаров (VectorBase )	TGMA	Онтология анатомии комары.	[91]
Онтология общей анатомии взрослых мышей	EMAPA	Онтология взрослой анатомии мышь (Mus).	[92]
Этапы развития мыши	MmusDv	Онтология этапов мышь (Mus) жизнь.	[93]
Макроскопическая анатомия и развитие мыши, рассчитанное по времени	EMAP	Онтология анатомических структур мышь (Mus musculus).	[94]
Онтология патологии мышей [35]	MPATH	Онтология фенотипов патологии мышей.	[95]
Имя Реакция Онтология	RXNO	Онтология органических реакций в органическом синтезе.	[96]
Организационная классификация NCBI [36]	NCBITaxon	Онтологическое представление NCBI таксономия организмов.	[97]
Онтология нейро-поведения	NBO	Онтология поведенческих фенотипов животных.	[98]
NOMEN - номенклатурная онтология биологических имен. [37]	БЕЗ МУЖЧИН	Онтология правил номенклатура для биологических названий.	[99]
Онтология некодирующей РНК [38]	NCRO	Онтология для некодирующая РНК функция.	[100]
Онтологизированный МИАБИС	ОМИАБИС	Онтологическая версия MIABIS (Minimum Information About BIobank data Sharing).	[101]
Онтология для биобанкинга [39]	OBIB	Онтология концепций, связанных с биобанки.	[102]
Онтология для биомедицинских исследований	ОБИ	Онтология, которая описывает биологические процессы, клеточные компоненты и молекулярные функции в живых организмах.	[103]
Онтология для общей медицины	OGMS	Онтология для общих аспектов медицины с акцентом на рак.	[104]
Онтология жизненного цикла паразитов [40]	OPL	Справочная онтология стадий жизненного цикла паразитов.	[105]
Онтология нежелательных явлений [41]	OAE	Онтология нежелательных явлений при схемах приема лекарств.	[106]
Онтология кровеносных систем членистоногих [42]	OARCS	Онтология для системы кровообращения из членистоногие.	[107]
Онтология биологической и клинической статистики [43]	OBCS	Онтология для описания статистические инструменты и методы используется в биомедицинских исследованиях.	[108]
Онтология биологических атрибутов	OBA	Онтология биологических признаков.	[109]
Онтология социальных образований, связанных с медициной [44]	OMRSE	Онтология для сущностей (ролей и организаций), связанных со здравоохранением.	[110] [111]
Онтология микробных фенотипов [45]	OMP	Онтология фенотипов микроорганизмы.	[112]
Онтология организационных структур травмоцентров и травматологических систем	OOSTT	Онтология организационных структур травматологические центры и системы травм.	[113]
Онтология точной медицины и исследований	OPMI	Онтология концепций, связанных с точная медицина.	[114]
Онтология фенотипических и метаболических признаков прокариот [46]	МИКРО	Онтология фенотипических и метаболических признаков прокариот.	[115]
Онтология секвенирования РНК	ORNASEQ	Онтология для аннотирования Секвенирование РНК эксперименты.	[116]
Онтология побочных эффектов вакцины [47]	OVAE	Онтология нежелательных явлений вакцина.	[117] [118]
Онтология фенотипа взаимодействия патогена-хозяина	ФИПО	Онтология фенотипов, возникающих во взаимодействиях патоген-хозяин.	[119]
Онтология передачи патогенов	ТРАНС	Онтология для трансмиссионная болезнь n процессов.	[120]
Онтология пути	PW	Онтология для аннотирования генных продуктов для путей.	[121]
Онтология отображения сводки производительности	PSDO	Онтология концепций, относящихся к информации о производительности для команд и организаций.	[122]
Онтология фенотипа и черт	FOBI	FOBI (Food-Biomarker Ontology) - это онтология, которая представляет данные о потреблении пищи и связывает их с метаболомный данные.	[123]
Онтология Планарии	ПЛАНА	Онтология анатомии и стадий развития планарий (Schmidtea mediterranea.)	[124]
Онтология планарийного фенотипа	ПЛАНП	Онтология фенотипов планарий (Schmidtea mediterranea.)	[125]
Онтология экспериментальных условий растений	PECO	Онтология концепций, связанных с биология растений эксперименты.	[126]
Онтология растений	PO	Ресурс онтологии и базы данных, который связывает характеристики растений с данными геномики.	[127]
Онтология фенологии растений	PPO	Онтология для описания циклические явления растений.	[128]
Онтология свойств растений	К	Онтология фенотипических признаков растений.	[129]
Стадии развития Platynereis	PDUMDV	Онтология жизненных стадий кольчатых червей Platynereis dumerilii.	[130]
Онтология населения и сообщества	PCO	Онтология для описания групп взаимодействующих организмов.	[131]
Онтология Porifera [48]	ПОРО	Онтология анатомии губок (Porifera )	[132]
Модификация белка [49]	MOD	Онтология химических модификаций белков	[133]
Онтология белка[50]	PRO	Онтологическое представление связанных с белками сущностей	[134]
Онтология штамма крыс [51]	RS	Онтология для лабораторных линии крыс.	[135]
Онтология отношений[52]	RO	Онтология отношений между терминами в онтологиях.	[136]
Онтология информации о научных доказательствах и происхождении	SEPIO	Онтология происхождения научных заявлений и подтверждающих доказательств.	[137]
Типы последовательностей и онтология функций	ТАК	Онтология для аннотации последовательностей.	[138]
Онтология программного обеспечения[53]	SWO	Онтология для описания программные приложения с упором на инструменты биоинформатики.	[139]
Онтология паука[54]	СПД	Онтология анатомии и поведения пауки а также продукты, полученные из пауков.	[140]
Онтология симптомов	СИМП	Онтология симптомы болезни.	[141]
Словарь таксономических рангов	НАЛОГОВЫЙ РЕЖИМ	Онтология таксономические ранги в систематике.	[142]
Онтология таксономии костистости [55]	TTO	Онтология таксономии костистость рыбы.	[143]
Онтология использования данных [56]	ДУЭТ	Онтология условий использования данных.	[144]
Онтология лекарств [57]	ДРОН	Онтология для препарат, средство, медикамент товары.	[145]
Онтология генов и геномов	OGG	Онтология генов и геномов биологических организмов.	[146]
Онтология здоровья полости рта и заболеваний [58]	OHD	Онтология содержания медицинские записи, связанные с зубами.	[147]
Онтология рецепта лекарств [59]	PDRO	Онтология концепций, связанных с назначением лекарств.	[148]
Онтология статистических методов	STATO	Онтология статистических методов, таких как тесты и экспериментальные образцы.	[149]
Онтология анатомии клещей [60]	ТАДС	Онтология анатомии поставить галочку семьи Иксодовые и Аргасиды.	[150]
Онтология многовидовой анатомии Uberon	UBERON	Интегративная межвидовая онтология анатомических терминов.	[151]
Единая онтология фенотипов (uPheno)	UPHENO	Онтология унифицированных фенотипических описаний.	[152]
Онтология единиц измерения	UO	Онтология метрических единиц, связанная с онтологией PATO.	[153]
Онтология информированного согласия о вакцинации [61]	VICO	Онтология клинической информированное согласие сосредоточены на процедурах вакцинации.	[154]
Онтология вакцины [62]	VO	Онтология концепций, связанных с вакцина и вакцинация.	[155]
Онтология таксономии позвоночных	VTO	Онтология таксономии позвоночных.	[156]
Онтология признаков позвоночных	VT	Онтология признаков позвоночных	[157]
Онтология VEuPathDB	EUPATH	Онтология для поддержки Ресурс по геномике эукариотических патогенов, хозяев и векторов.	[158]
Онтология анатомии Xenopus[63]	XAO	Онтология анатомии африканской когтистой лягушки (Xenopus laevis ).	[159]
Онтология фенотипа Xenopus	XPO	Онтология анатомических, клеточных фенотипов и фенотипов функций генов у африканских когтистых лягушек (Xenopus laevis ).	[160]
Анатомия рыбок данио и онтология развития	ZFA	Онтология анатомии и развития рыбок данио (Данио Рерио ).	[161]
Онтология стадий развития рыбок данио	ZFS	Онтология стадий развития рыбок данио (Данио Рерио ).	[162]
Онтология экспериментальных условий на рыбках данио	ZECO	Онтология экспериментальных условий, используемых в данио исследования и описаны в ZFIN.	[163]
Онтология фенотипа рыбок данио	ZP	Онтология фенотипов рыбок данио (Данио Рерио ).	[164]

Рекомендации

1. Hogan WR, Wagner MM, Brochhausen M, Levander J, Brown ST, Millett N, et al. (Август 2016 г.). «Структурированный словарь Apollo: онтология явлений в эпидемиологии инфекционных заболеваний и популяционной биологии OWL2 для использования в моделировании эпидемий». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 50. Дои:10.1186 / s13326-016-0092-у. ЧВК  4989460. PMID  27538448.
2. Арп Р. Построение онтологий с помощью базовой формальной онтологии. ISBN  978-0-262-32958-3. OCLC  951562682.
3. Walls RL, Deck J, Guralnick R, Baskauf S, Beaman R, Blum S и др. (2014-03-03). «Семантика в поддержку открытия знаний о биоразнообразии: введение в онтологию биологических коллекций и связанные с ней онтологии». PLOS ONE. 9 (3): e89606. Bibcode:2014PLoSO ... 989606W. Дои:10.1371 / journal.pone.0089606. ЧВК  3940615. PMID  24595056.
4. Sarntivijai S, Lin Y, Xiang Z, Meehan TF, Diehl AD, Vempati UD и др. (2014-08-13). "CLO: Онтология клеточной линии". Журнал биомедицинской семантики. 5 (1): 37. Дои:10.1186/2041-1480-5-37. ЧВК  4387853. PMID  25852852.
5. Дил А.Д., Михан Т.Ф., Брэдфорд Ю.М., Браш М.Х., Дахдул В.М., Дугалл Д.С. и др. (Июль 2016 г.). «Cell Ontology 2016: улучшенное содержание, модуляризация и взаимодействие онтологий». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 44. Дои:10.1186 / s13326-016-0088-7. ЧВК  4932724. PMID  27377652.
6. Гастингс Дж., Чепелев Л., Виллигхаген Э., Адамс Н., Стейнбек К., Дюмонтье М. (2011-10-03). «Онтология химической информации: происхождение и устранение неоднозначности химических данных в биологической семантической сети». PLOS ONE. 6 (10): e25513. Bibcode:2011PLoSO ... 625513H. Дои:10.1371 / journal.pone.0025513. ЧВК  3184996. PMID  21991315.
7. Смит, Дженнифер Р.; Парк, Карисса А; Нигам, Раджни; Лауледеркинд, Стэнли Дж. Ф.; Hayman, G; Ван, Шур-Джен; Лоури, Тимоти Ф; Петри, Виктория; Понс, Джефф; Тутай, Марек; Лю, Вэйсонг (2013). «Клинические измерения, методы измерения и онтологии экспериментальных условий: расширение, улучшения и новые приложения». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 26. Дои:10.1186/2041-1480-4-26. ISSN  2041-1480. ЧВК  3882879. PMID  24103152.
8. Haendel MA, Neuhaus F, Osumi-Sutherland D, Mabee PM, Mejino JL, Mungall CJ, Smith B (2008). "CARO - Общая справочная онтология анатомии". Анатомические онтологии для биоинформатики. Вычислительная биология. 6. Springer London. С. 327–349. Дои:10.1007/978-1-84628-885-2_16. ISBN  978-1-84628-884-5.
9. Просдокими Ф., Чисхам Б., Понтелли Э., Томпсон Дж. Д., Штольцфус А. (июль 2009 г.). «Первоначальное внедрение онтологии сравнительного анализа данных». Эволюционная биоинформатика в Интернете. 5: 47–66. Дои:10.4137 / ebo.s2320. ЧВК  2747124. PMID  19812726.
10. Bastian FB, Chibucos MC, Gaudet P, Giglio M, Holliday GL, Huang H и др. (2015-05-09). «Онтология достоверной информации: шаг к стандарту подтверждения достоверности аннотаций». База данных. 2015: bav043. Дои:10.1093 / база данных / bav043. ЧВК  4425939. PMID  25957950.
11. Gaudet P, Williams JG, Fey P, Chisholm RL (март 2008 г.). «Онтология анатомии для представления биологических знаний в Dictyostelium discoideum». BMC Genomics. 9 (1): 130. Дои:10.1186/1471-2164-9-130. ЧВК  2323390. PMID  18366659.
12. Коста М., Рив С., Ворчун Г., Осуми-Сазерленд Д. (октябрь 2013 г.). «Онтология анатомии дрозофилы». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 32. Дои:10.1186/2041-1480-4-32. ЧВК  4015547. PMID  24139062.
13. Утехт Дж., Брохгаузен М., Джудкинс Дж., Шнайдер Дж., Бойс Р.Д. (2017). «Формализация определений типов доказательств для исследований лекарственного взаимодействия с целью улучшения сбора доказательной базы». Исследования в области технологий здравоохранения и информатики. 245: 960–964. ЧВК  5765984. PMID  29295242.
14. Джильо М., Таубер Р., Надендла С., Манро Дж., Олли Д., Болл С. и др. (Январь 2019). «ОЭС, Онтология доказательств и заключений: стандарт сообщества для информации о доказательствах». Исследования нуклеиновых кислот. 47 (D1): D1186 – D1194. Дои:10.1093 / нар / gky1036. ЧВК  6323956. PMID  30407590.
15. Гастингс Дж, Брасс А., Кейн С., Джей С., Стивенс Р. (2014). «Оценка онтологии эмоций посредством использования в самоотчетах об эмоциональных реакциях на академической конференции». Журнал биомедицинской семантики. 5: 38. Дои:10.1186/2041-1480-5-38. ЧВК  4417517. PMID  25937879.
16. Буттигиг П.Л., Моррисон Н., Смит Б., Мунгалл С.Дж., Льюис С.Е. (декабрь 2013 г.). «Онтология окружающей среды: контекстуализация биологических и биомедицинских объектов». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 43. Дои:10.1186/2041-1480-4-43. ЧВК  3904460. PMID  24330602.
17. Smith JR, Park CA, Nigam R, Laulederkind SJ, Hayman GT, Wang SJ и др. (Октябрь 2013). «Клинические измерения, методы измерения и онтологии экспериментальных условий: расширение, улучшения и новые приложения». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 26. Дои:10.1186/2041-1480-4-26. ЧВК  3882879. PMID  24103152.
18. Юнеси Э., Ансари С., Гендель М., Ахмади С., Коггинс С., Хенг Дж. И др. (2014). «CSEO - Онтология воздействия сигаретного дыма». Журнал биомедицинской семантики. 5 (1): 31. Дои:10.1186/2041-1480-5-31. ЧВК  4120729. PMID  25093069.
19. Харрис MA, Lock A, Bähler J, Оливер SG, Wood V (июль 2013 г.). «FYPO: онтология фенотипа делящихся дрожжей». Биоинформатика. 29 (13): 1671–8. Дои:10.1093 / биоинформатика / btt266. ЧВК  3694669. PMID  23658422.
20. Hoehndorf R, Alshahrani M, Gkoutos GV, Gosline G, Groom Q, Hamann T. и др. (Ноябрь 2016 г.). «Онтология фенотипа флоры (FLOPO): инструмент для интеграции морфологических признаков и фенотипов сосудистых растений». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 65. Дои:10.1186 / s13326-016-0107-8. ЧВК  5109718. PMID  27842607.
21. Дули Д.М., Гриффитс Э.Дж., Госал Г.С., Буттигег П.Л., Хендорф Р., Ланге М.С. и др. (Декабрь 2018 г.). «FoodOn: согласованная онтология пищевых продуктов для повышения глобальной прослеживаемости пищевых продуктов, контроля качества и интеграции данных». NPJ Science of Food. 2 (1): 23. Дои:10.1038 / s41538-018-0032-6. ЧВК  6550238. PMID  31304272.
22. Гриффитс, Эмма; Дули, Дэмион; Грэм, Мораг; Ван Домселаар, Гэри; Brinkman, Fiona S.L .; Сяо, Уильям В. Л. (26.06.2017). «Контекст - это все: гармонизация критических дескрипторов пищевой микробиологии и метаданных для повышения безопасности пищевых продуктов и надзора». Границы микробиологии. 8: 1068. Дои:10.3389 / fmicb.2017.01068. ISSN  1664-302X. ЧВК  5483436. PMID  28694792.
23. Sahoo SS, Thomas C, Sheth A, York WS, Tartir S (2006). «Моделирование знаний и его применение в науках о жизни». Материалы 15-й Международной конференции по всемирной паутине - WWW '06. Нью-Йорк, Нью-Йорк, США: ACM Press: 317. Дои:10.1145/1135777.1135826. ISBN  1-59593-323-9.
24. Ру, Жюльен; Робинсон-Рехави, Марк (март 2010 г.). «Онтология для разъяснения концепций, связанных с гомологией» (PDF). Тенденции в генетике. 26 (3): 99–102. Дои:10.1016 / j.tig.2009.12.012. ISSN  0168-9525. PMID  20116127.
25. Малдер Н (16.09.2018). «Факультет оценки 1000 стандартизированных рамок для представления данных о происхождении в исследованиях геномики с приложением к каталогу NHGRI-EBI GWAS». Дои:10.3410 / ф.732698975.793550674. ^{[требуется разъяснение ]}
26. Йодер М.Дж., Мико И., Зельтманн К.С., Бертоне М.А., Динс А.Р. (декабрь 2010 г.). «Онтология общей анатомии перепончатокрылых». PLOS ONE. Публичная научная библиотека. 5 (12): e15991. Bibcode:2010PLoSO ... 515991Y. Дои:10.1371 / journal.pone.0015991. OCLC  719846058. ЧВК  3012123. PMID  21209921.
27. Коуэлл Л.Г., Смит Б. (03.10.2009). Онтология инфекционных заболеваний. Информатика инфекционных болезней. Springer Нью-Йорк. С. 373–395. Дои:10.1007/978-1-4419-1327-2_19. ISBN  978-1-4419-1326-5.
28. Цеустерс В., Смит Б. (2015), "О сущности: к основам онтологии информационных артефактов", Материалы Шестой Международной конференции по биомедицинской онтологии (ICBO), CEUR vol. 1515, стр. 1–5, получено 2020-02-15
29. Хур Дж, Озгюр А, Сян З., Хе И (2015-01-06). «Разработка и применение онтологии сети взаимодействия для изучения литературы, связанной с вакцино-связанными взаимодействиями ген-ген». Журнал биомедицинской семантики. 6 (1): 2. Дои:10.1186/2041-1480-6-2. ЧВК  4362819. PMID  25785184.
30. Topalis P, Mitraka E, Bujila I, Deligianni E, Dialynas E, Siden-Kiamos I, et al. (Август 2010 г.). «ИДОМАЛ: онтология малярии». Журнал Малярии. 9: 230. Дои:10.1186/1475-2875-9-230. ЧВК  2925367. PMID  20698959.
31. Цеустерс В., Смит Б. (декабрь 2010 г.). «Основы реалистической онтологии психических заболеваний». Журнал биомедицинской семантики. 1 (1): 10. Дои:10.1186/2041-1480-1-10. ЧВК  3017014. PMID  21143905.
32. Вита Р., Овертон Дж. А., Сеймур Е., Сидни Дж., Кауфман Дж., Таллмэдж Р. Л. и др. (2016). «Онтология главного ограничения гистосовместимости». Журнал биомедицинской семантики. 7: 1. Дои:10.1186 / s13326-016-0045-5. ЧВК  4709943. PMID  26759709.
33. Либенс-Мак Дж., Вижн Т., Бреннер Э., Бауэрс Дж. Э., Кэннон С., Клемент М. Дж. И др. (Июнь 2006 г.). «Первые шаги к стандарту отчетности по филогенезам: минимум информации о филогенетическом анализе (MIAPA)». Омикс. 10 (2): 231–7. Дои:10.1089 / omi.2006.10.231. ЧВК  3167193. PMID  16901231.
34. Tierrafría VH, Mejía-Almonte C, Camacho-Zaragoza JM, Salgado H, Alquicira K, Ishida C и др. (Март 2019 г.). Рен Дж (ред.). «MCO: к онтологии и унифицированному словарю для основанной на структуре аннотации условий роста микробов». Биоинформатика. 35 (5): 856–864. Дои:10.1093 / биоинформатика / bty689. PMID  30137210.
35. Schofield PN, Sundberg JP, Sundberg BA, McKerlie C, Gkoutos GV (сентябрь 2013 г.). «Онтология патологии мышей, MPATH; структура и приложения». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 18. Дои:10.1186/2041-1480-4-18. ЧВК  3851164. PMID  24033988.
36. Федерхен С (январь 2012 г.). «База данных таксономии NCBI». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Проблема с базой данных): D136-43. Дои:10.1093 / nar / gkr1178. ЧВК  3245000. PMID  22139910.
37. Йодер, Мэтью; Дмитриев, Дмитрий; Перейра, Хосе Луис; Чильяно, Мария Марта (2017-08-14). «Разработка и использование NOMEN, онтологии, определяющей правила биологической номенклатуры». Материалы TDWG. 1: e20284. Дои:10.3897 / tdwgproceedings.1.20284. ISSN  2535-0897.
38. Хуанг Дж., Эйлбек К., Смит Б., Блейк Дж. А., Доу Д., Хуанг В. и др. (2016-05-04). "Онтология некодирующих РНК (NCRO): всеобъемлющий ресурс для унификации биологии некодирующих РНК". Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 24. Дои:10.1186 / s13326-016-0066-0. ЧВК  4857245. PMID  27152146.
39. Брохгаузен М., Чжэн Дж., Биртуэлл Д., Уильямс Х., Маски А.М., Эллис Х.Д., Стокерт CJ (2 мая 2016 г.). «OBIB - новая онтология для биобанкинга». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 23. Дои:10.1186 / s13326-016-0068-у. ЧВК  4855778. PMID  27148435.
40. Парих П.П., Чжэн Дж., Логан-Клумплер Ф., Стокерт С.Дж., Луис С., Топалис П. и др. (Май 2012 г.). «Онтология жизненного цикла паразитов (OPL): на пути к согласованному словарю стадий жизненного цикла паразитических организмов». Журнал биомедицинской семантики. 3 (1): 5. Дои:10.1186/2041-1480-3-5. ЧВК  3488002. PMID  22621763.
41. He Y, Sarntivijai S, Lin Y, Xiang Z, Guo A, Zhang S и др. (2014). «ОАЭ: онтология нежелательных явлений». Журнал биомедицинской семантики. 5 (1): 29. Дои:10.1186/2041-1480-5-29. ЧВК  4120740. PMID  25093068.
42. Wirkner CS, Göpel T, Runge J, Keiler J, Klussmann-Fricke BJ, Huckstorf K и др. (Сентябрь 2017 г.). «Первая основанная на органах онтология членистоногих (онтология кровеносных систем членистоногих - OArCS) и ее интеграция в новую схему формализации морфологических описаний». Систематическая биология. 66 (5): 754–768. Дои:10.1093 / sysbio / syw108. PMID  28123116.
43. Чжэн Дж., Харрис М.Р., Маски А.М., Линь И, Герой А, Смит Б., Хе И (сентябрь 2016 г.). «Онтология биологической и клинической статистики (OBCS) для стандартизированного и воспроизводимого статистического анализа». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 53. Дои:10.1186 / s13326-016-0100-2. ЧВК  5024438. PMID  27627881.
44. Хикс А., Ханна Дж., Уэлч Д., Брохгаузен М., Хоган В. Р. (июль 2016 г.). «Онтология связанных с медициной социальных объектов: последние разработки». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 47. Дои:10.1186 / s13326-016-0087-8. ЧВК  4942889. PMID  27406187.
45. Chibucos MC, Zweifel AE, Herrera JC, Meza W, Eslamfam S, Uetz P и др. (Ноябрь 2014 г.). «Онтология микробных фенотипов». BMC Microbiology. 14 (1): 294. Дои:10.1186 / s12866-014-0294-3. ЧВК  4287307. PMID  25433798.
46. Бланк CE, Цуй Х., Мур Л. Р., Стены Р. Л. (декабрь 2016 г.). «MicrO: онтология фенотипических и метаболических признаков, анализов и питательных сред, найденных в таксономических описаниях прокариот». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 18. Дои:10.1186 / s13326-016-0060-6. ЧВК  4830071. PMID  27076900.
47. Маркос Э., Чжао Б., Хэ И (ноябрь 2013 г.). «Онтология нежелательных явлений вакцин (OVAE) и ее использование для представления и анализа нежелательных явлений, связанных с лицензированными в США вакцинами для человека». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 40. Дои:10.1186/2041-1480-4-40. ЧВК  4177204. PMID  24279920.
48. Такер Р.В., Диас М.С., Кернер А., Винь-Леббе Р., Сегерделл Е., Хендель М.А., Мунгалл С.Дж. (08.09.2014). «Онтология Porifera (PORO): улучшение систематики губки с помощью анатомической онтологии». Журнал биомедицинской семантики. 5 (1): 39. Дои:10.1186/2041-1480-5-39. ЧВК  4177528. PMID  25276334.
49. Монтекки-Палацци, Луиза; Бивис, Рон; Бинц, Пьер-Ален; Чалкли, Роберт Дж; Коттрелл, Джон; Кризи, Дэвид; Шофшталь, Джим; Сеймур, Шон Л; Гаравелли, Джон S (август 2008 г.). «Стандарт сообщества PSI-MOD для представления данных о модификации белков». Природа Биотехнологии. 26 (8): 864–866. Дои:10.1038 / nbt0808-864. ISSN  1087-0156. PMID  18688235.
50. Натале Д.А., Ариги С.Н., Блейк Дж. А., Бона Дж., Чен С., Чен С. К. и др. (Январь 2017 г.). «Онтология протеина (PRO): усиление и масштабирование представления белковых сущностей». Исследования нуклеиновых кислот. 45 (D1): D339 – D346. Дои:10.1093 / нар / gkw1075. ЧВК  5210558. PMID  27899649.
51. Нигам, Раджни; Munzenmaier, Diane H; Уорти, Элизабет А; Dwinell, Melinda R; Симояма, Мэри; Джейкоб, Ховард Дж (2013). «Онтология штаммов крыс: структурированный контролируемый словарь, разработанный для облегчения доступа к данным по штаммам в RGD». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 36. Дои:10.1186/2041-1480-4-36. ISSN  2041-1480. PMID  24267899.
52. Смит Б., Цеустерс В., Клаггес Б., Кёлер Дж., Кумар А., Ломакс Дж. И др. (2005). «Отношения в биомедицинских онтологиях». Геномная биология. 6 (5): R46. Дои:10.1186 / gb-2005-6-5-r46. ЧВК  1175958. PMID  15892874.
53. Мэлоун Дж, Браун А., Листер А.Л., Изон Дж., Халл Д., Паркинсон Х, Стивенс Р. (2014). «Программная онтология (SWO): ресурс для воспроизводимости в анализе биомедицинских данных, курировании и цифровом хранении». Журнал биомедицинской семантики. 5 (1): 25. Дои:10.1186/2041-1480-5-25. ЧВК  4098953. PMID  25068035.
54. Рамирес MJ, Михалик П. (22.10.2019). «Онтология анатомии паука (SPD) - универсальный инструмент для связи анатомии с междисциплинарными данными». Разнообразие. 11 (10): 202. Дои:10.3390 / d11100202. ISSN  1424-2818.
55. Мидфорд П., Балхофф Дж., Дахдул В., Котари С., Лапп Г., Лундберг Дж. И др. (06.07.2010). «Онтология таксономии костистости». Природа предшествует. Дои:10.1038 / npre.2010.4629.1.
56. Дайк С.О., Филиппакис А.А., Рамбла Де Арджила Дж., Палту Д.Н., Люткемайер Э.С., Кнопперс Б.М. и др. (Январь 2016 г.). Барш Г.С. (ред.). «Коды согласия: соблюдение стандартных условий использования данных». PLOS Genetics. 12 (1): e1005772. Дои:10.1371 / journal.pgen.1005772. ЧВК  4721915. PMID  26796797.
57. Ханна Дж., Джозеф Э., Брохгаузен М., Хоган В. Р. (декабрь 2013 г.). «Создание онтологии лекарств на основе RxNorm и других источников». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 44. Дои:10.1186/2041-1480-4-44. ЧВК  3931349. PMID  24345026.
58. Шлейер Т.К., Руттенберг А., Дункан В., Хендель М., Торниаи С., Ачарья А. и др. (2013-03-18). «Онтологический метод вторичного использования данных электронной стоматологической карты». Совместные саммиты AMIA по трансляционным научным исследованиям. Совместные саммиты AMIA по трансляционной науке. 2013: 234–8. ЧВК  3845770. PMID  24303273.
59. Этье Дж. Ф., Бартон А., Тасин Р. (2018-11-09). «Онтологический анализ рецептов на лекарства». Прикладная онтология. 13 (4): 273–294. Дои:10.3233 / ao-180202.
60. Topalis P, Tzavlaki C, Vestaki K, Dialynas E, Sonenshine DE, Butler R и др. (Февраль 2008 г.). «Анатомические онтологии комаров и клещей и их веб-браузеры в VectorBase». Молекулярная биология насекомых. 17 (1): 87–9. Дои:10.1111 / j.1365-2583.2008.00781.x. PMID  18237287.
61. Линь И, Чжэн Дж, Хэ И (2016-04-19). «VICO: представление на основе онтологий и комплексный анализ форм информированного согласия на вакцинацию». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 20. Дои:10.1186 / s13326-016-0062-4. ЧВК  4837519. PMID  27099700.
62. He Y, He Y, Cowell L, Diehl A, Mobley H, Peters B. и др. (2009-08-05). "VO: Онтология вакцины". Природа предшествует. Дои:10.1038 / npre.2009.3553.
63. Сегерделл Э., Понферрада В.Г., Джеймс-Цорн С., Бернс К.А., Фортриде Д.Д., Дахдул В.М. и др. (Октябрь 2013). «Улучшенный XAO: онтология анатомии и развития Xenopus лежит в основе более точной аннотации экспрессии генов и запросов в Xenbase». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 31. Дои:10.1186/2041-1480-4-31. ЧВК  3816597. PMID  24139024.