SKIDA1 - SKIDA1 - Wikipedia

SKIDA1
Идентификаторы
ПсевдонимыSKIDA1, C10orf140, DLN-1, домен SKI / DACH, содержащий 1
Внешние идентификаторыMGI: 1919918 ГомолоГен: 66327 Генные карты: SKIDA1
Расположение гена (человек)
Хромосома 10 (человек)
Chr.Хромосома 10 (человек)[1]
Хромосома 10 (человек)
Геномное расположение SKIDA1
Геномное расположение SKIDA1
Группа10п12.31Начинать21,513,475 бп[1]
Конец21,526,368 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

387640

72668

Ансамбль

ENSG00000180592

ENSMUSG00000054074

UniProt

Q1XH10

Q80YR3

RefSeq (мРНК)

NM_207371

NM_028317

RefSeq (белок)

NP_997254

NP_082593

Расположение (UCSC)Chr 10: 21.51 - 21.53 МбChr 2: 18.04 - 18.05 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Белок, содержащий домен Ski / Dach 1 это белок что у человека кодируется SKIDA1 ген.[5] Он также известен как C10orf140 и DLN-1. Она имеет ортологи в позвоночные. Имеет два домены: домен Ski / Sno / Dac и область неизвестной функции, DUF4854. Это связано с несколькими типами рака, такими как лейкемия, рак яичников, и рак толстой кишки.[6][7] Предполагается, что это ядерный белок.[8] Он может взаимодействовать с PRC2.[9][10]

Гомологи

Ортологи

SKIDA1 имеет ортологи у позвоночных. Вид, наименее родственный человеку с ортологом SKIDA1, - это ланцетник Branchiostoma belcheri. В клады амфибия и хондрихти имеют по крайней мере два вида с SKIDA1, но SKIDA1 не встречается во всех кладах. Ортологов в двоякодышащая рыба или же беспозвоночный разновидность.[11]

Паралогичные домены

SKIDA1 разделяет домен Ski / Sno / Dac с Лыжный онкоген (Лыжи), Лыжный протеин (Сно), и такса (Дак).[12] Он разделяет DUF4584 с белком, ассоциированным с Elongin BC Polycomb Repressive Complex 2 (EPOP).[5]

Структура

Схема белка SKIDA1.

У человека SKIDA1 находится на обратной цепи хромосома 10 в локусе 10p12.31. Он содержит пять экзоны.[5]

Изоформы

Нет единого мнения о том, есть ли у человека один или два SKIDA1. изоформы. NCBI Gene утверждает, что есть один, а UniProt утверждает, что их два.[13][14] Возможно, изоформа 2 записана в гене NCBI как DLN-1 (доступ BAE93016.1). Изоформа 1 состоит из 908 аминокислот, а изоформа 2 - из 827 аминокислот; в изоформе 2 отсутствуют аминокислоты 240-318 из изоформы 1.[14] Предполагается, что изоформа 1 будет весить 98 кДа и иметь изоэлектрическая точка 8,7, в то время как изоформа 2, согласно прогнозам, будет весить 90 кДа и иметь изоэлектрическую точку 7,6.[15]

Другие виды млекопитающих также имеют несколько изоформ SKIDA1, включая плотоядные, грызуны, и приматы. Количество изоформ у каждого вида варьируется: гепарды иметь пять зарегистрированных изоформ, шимпанзе иметь три записи, и коричневые крысы есть два записанных.[16]

Прогнозируемая трехмерная структура SKIDA1. Аннотированы домен Ski / Sno / Dac, DUF4584 и C-терминальная область (аминокислоты 844-908).

Аминокислотные повторы

SKIDA1 человека содержит две области полиаланина, одну область поли-гистидина и одну область полиглутаминовой кислоты.[5] Неизвестно, есть ли у них какая-то функция. Области полиаланина и полигистидина не являются высококонсервативными среди ортологи; например, пока они находятся в домовая мышь ортолога, они не встречаются в западная низменная горилла ортолог.[17][18] Область полиглутаминовой кислоты проявляет большую сохранность и сокращенно встречается у видов, столь же далеких от людей, как угорь след.[19]

Домены

SKIDA1 состоит из двух домены: Ski / Sno / Dac и DUF4854. Домен Ski / Sno / Dac находится на N-конец конец белка. Домен Ski / Sno / Dac также содержится в белках Ski, Ski-like белка и таксы.[12] Это потенциально ДНК-связывающий домен.[20]

Другой домен, DUF4854, также находится в EPOP, рядом с его C-конец. Однако DUF4584, обнаруженный в EPOP, примерно в пять раз меньше, чем в SKIDA1. С-концы SKIDA1 (аминокислоты 844-908) и EPOP (аминокислоты 313-379) идентичны на 52%. С-конец EPOP связывается с SUZ12 подразделение Поликомб Репрессивный Комплекс 2 (PRC2), предполагая, что SKIDA1 может также.[9]

Регулирование

Факторы промотора и транскрипции

У человека прогнозируется пять потенциальных промоутеры. Два выравниваются со второй половиной транскрипта мРНК, предполагая, что они не используются или только продуцируют неполный полипептид.[21]

Промотор, который лучше всего совпадает с началом транскрипта мРНК, потенциально связан со многими факторы транскрипции, включая Фактор транскрипции II B, Ядерный фактор Y, Реакция раннего роста 1, и Фактор Крюппеля 6.[21] Он не содержит Коробка ТАТА.

Регламент стенограммы

SKIDA1 регулируется микроРНК. miR-93 связывается с SKIDA1 3'-UTR.[22] Предполагается, что несколько микроРНК будут связываться с 3'-UTR SKIDA1, включая miR-130, miR-301, miR-454, и miR-494.[23]

Модификация полипептида

SKIDA1 - это СУМОилированный на пяти участках.[24] Предполагается, что дополнительные сайты будут SUMOylated.[25][26] SKIDA1 также будет фосфорилированный и O-GlcNAцилированный.[27][28]

Выражение

Субклеточная локализация

SKIDA1, по прогнозам, будет локализован в основном в ядро и меньше в цитозоль.[8]

SKIDA1 высоко экспрессируется в Клетки Пуркинье в мозжечке.

Тканевая экспрессия

SKIDA1 экспрессируется на высоком уровне в мозг, щитовидная железа, и яички. Выражается на среднем или низком уровне в жировая ткань, лимфатический узел, и скелетные мышцы.[29][30][31][32] У мышей наблюдается от среднего до высокого уровня экспрессии в обонятельная луковица, сетчатка, и слюнных желез.[29]

Выражение в развитии

Экспрессия SKIDA1 в сердце плода домовой мыши увеличивается, а затем уменьшается с возрастом.

Экспрессия SKIDA1 изменяется в процессе развития организма. Выражение слабое в зигота, пики во время эмбриональное развитие, и низкий после рождения. в домовая мышь, это наиболее выражено во время органогенез.[33] У плода его экспрессия низкая в печени, но не в других органах.[34] Экспрессия во взрослой печени намного выше. Напротив, экспрессия SKIDA1 в мозге плода выше, чем в мозге взрослого человека.[32]

SKIDA1 в Африканская когтистая лягушка слабо выражена в краевой зоне гаструлы. В течение нейруляция, это выражается в мозгу и черепной нервный гребень. Во время хвостовой почки экспрессия SKIDA1 увеличивается в сенсорные плакоды. К концу хвостовой почки нейронное выражение исчезло, за исключением орган обоняния.[35]

Функция

Предполагается, что SKIDA1 функционирует главным образом в ядре, а также в цитозоле.[8]

Нокауты по SKIDA1 у мышей существенно отличаются от мышей дикого типа в скелетной, неврологической, репродуктивной и иммунной системах. Другие существенные различия включают ослабленный слух, увеличение тимуса и повышенную смертность до отъема.[36] Некоторые, но не все, из этих эффектов были обнаружены при гетерозиготных нокаутах.

Клиническое значение

Экспрессия SKIDA1 связана с несколькими типами рака. Это чрезмерно выражено в эпителиальный рак яичников клетки.[37] Его экспрессия изменяется различными соединениями для лечения рака: альфа-лактальбумином человека, смертельным для опухолевых клеток; олеатные соли; метформин; и аспирин.[нужна цитата ] В клеточных линиях раковых клеток измененная экспрессия связана с устойчивостью к дазатиниб и доцетаксел, которые используются для лечения рака.[38][39]

Измененное метилирование SKIDA1 связано с человеческим панкреатический рак, ревматоидный артрит, и Красная волчанка.[40][41] Кроме того, SKIDA1 меньше экспрессируется у женщин с Синдром Дауна по сравнению с их однояйцевыми близнецами без синдрома Дауна.[42] Его экспрессия резко снижается в мозге, пораженном нелеченными ВИЧ1-ассоциированными нейрокогнитивными расстройствами (HAND), по сравнению со здоровым мозгом и мозгом, затронутым HAND, но обработанным антиретровирусные препараты.[43]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000180592 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000054074 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ а б c d «Белок 1, содержащий домен SKI / DACH [Homo sapiens]». NCBI. Получено 11 февраля 2019.
  6. ^ Pharoah PD, Tsai YY, Ramus SJ, Phelan CM, Goode EL, Lawrenson K и др. (Апрель 2013). «Мета-анализ и репликация GWAS выявили три новых локуса чувствительности к раку яичников». Природа Генетика. 45 (4): 362–70, 370e1-2. Дои:10.1038 / нг.2564. ЧВК  3693183. PMID  23535730.
  7. ^ Кортес-Чириано I, Ли С., Пак В.Й., Ким Т.М., Пак П.Дж. (июнь 2017 г.). «Молекулярный портрет микросателлитной нестабильности при множественном раке». Nature Communications. 8: 15180. Bibcode:2017НатКо ... 815180C. Дои:10.1038 / ncomms15180. ЧВК  5467167. PMID  28585546.
  8. ^ а б c «ПСОРТ II». PSORT II. 24 ноября 1999 г.. Получено 12 апреля 2019.
  9. ^ а б Лифке Р., Ши И (2015-04-28). «Фактор C17orf96, связанный с PRC2, представляет собой новый регулятор CpG-островков в ES-клетках мыши». Cell Discovery. 1: 15008. Дои:10.1038 / celldisc.2015.8. ЧВК  4860827. PMID  27462409.
  10. ^ Хаури С., Комольо Ф, Сеймия М., Герстунг М., Глаттер Т., Хансен К. и др. (Октябрь 2016 г.). «Карта высокой плотности для навигации по поликомбному комплексому человека». Отчеты по ячейкам. 17 (2): 583–595. Дои:10.1016 / j.celrep.2016.08.096. PMID  27705803.
  11. ^ «Протеин NCBI». NCBI. Получено 10 февраля 2019.
  12. ^ а б "NCBI CDD CDD консервативный домен белка Ski_Sno". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-02-11.
  13. ^ "SKIDA1 SKI / DACH домен, содержащий 1 [Homo sapiens (человек)]". NCBI. 13 февраля 2019 г.. Получено 1 мая 2019.
  14. ^ а б «SKIDA1 - белок 1, содержащий домен SKI / DACH». UniProt. 10 апреля 2019 г.. Получено 1 мая 2019.
  15. ^ «Вычислить pI / Mw». ExPASy. Получено 2 апреля 2019.
  16. ^ Белок [Интернет]. Bethesda (MD): Национальная медицинская библиотека (США), Национальный центр биотехнологической информации; 2004 г. - [цитируется 2 марта 2019 г.]. Доступно по адресу: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/
  17. ^ "Белок 1, содержащий домен SKI / DACH [Mus musculus]". NCBI. 15 августа 2018 г.. Получено 26 февраля 2019.
  18. ^ «ПРОГНОЗИРОВАННЫЙ: белок 1, содержащий домен SKI / DACH [горилла горилла горилла]». NCBI. 4 ноября 2016 г.. Получено 26 февраля 2019.
  19. ^ «Белок 1, содержащий домен SKI / Dach [Mastacembelus armatus]». NCBI. 6 сентября 2018 г.. Получено 26 февраля 2019.
  20. ^ Ким С.С., Чжан Р.Г., Браунштейн С.Е., Иоахимиак А., Цвекл А., Хегде Р.С. (июнь 2002 г.). «Структура белка определения сетчатки такса обнаруживает ДНК-связывающий мотив». Структура. 10 (6): 787–95. Дои:10.1016 / S0969-2126 (02) 00769-4. PMID  12057194.
  21. ^ а б «Аннотации генома и браузер». Геноматикс. Декабрь 2017 г.. Получено 31 марта 2019.
  22. ^ Сайто К. (2011). «Механизм воспаления при аутоиммунном ответе во время острой фазы болезни Кавасаки». КАКЕН. Получено 5 мая 2019.
  23. ^ «TargetScanHuman 7.2 предсказал нацеливание на человека SKIDA1». TargetScan. Март 2018 г.. Получено 31 марта 2019.
  24. ^ Хендрикс И.А., Лион Д., Янг К., Дженсен Л.Дж., Вертегаал А.С., Нильсен М.Л. (март 2017 г.). «Сайт-специфическое картирование протеома SUMO человека показывает совместную модификацию с фосфорилированием». Структурная и молекулярная биология природы. 24 (3): 325–336. Дои:10.1038 / nsmb.3366. PMID  28112733. S2CID  2651164.
  25. ^ «СУМОплот». Abgent. 2013. Получено 19 апреля 2019.
  26. ^ «GPS-SUMO: прогнозирование сайтов SUMOylation и мотивов SUMO-взаимодействия». Мастерская CUCKOO. 2014. Получено 19 апреля 2019.
  27. ^ «GPS 3.0 - Прогнозирование сайта фосфорилирования киназой». Мастерская CUCKOO. Получено 19 апреля 2016.
  28. ^ "Сервер YinOYang 1.2". ДТУ Биоинформатика. 2 января 2017 г.. Получено 19 апреля 2019.
  29. ^ а б Су А.И., Уилтшир Т., Баталов С., Лапп Х., Чинг К.А., Блок D и др. (Апрель 2004 г.). "Атлас генов транскриптомов, кодирующих белки человека и мыши". Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 101 (16): 6062–7. Bibcode:2004ПНАС..101.6062С. Дои:10.1073 / pnas.0400782101. ЧВК  395923. PMID  15075390.
  30. ^ She X, Rohl CA, Castle JC, Kulkarni AV, Johnson JM, Chen R (июнь 2009 г.). «Определение, сохранение и эпигенетика домашних и тканевых генов». BMC Genomics. 10 (1): 269. Дои:10.1186/1471-2164-10-269. ЧВК  2706266. PMID  19534766.
  31. ^ Fagerberg L, Hallström BM, Oksvold P, Kampf C, Djureinovic D, Odeberg J, et al. (Февраль 2014). «Анализ тканеспецифической экспрессии человека путем полногеномной интеграции транскриптомики и протеомики на основе антител». Молекулярная и клеточная протеомика. 13 (2): 397–406. Дои:10.1074 / mcp.M113.035600. ЧВК  3916642. PMID  24309898.
  32. ^ а б Дафф М.О., Олсон С., Вей Х, Гаррет С.К., Осман А., Болисетти М. и др. (Май 2015 г.). «Полногеномная идентификация нулевого рекурсивного сплайсинга нуклеотидов у дрозофилы». Природа. 521 (7552): 376–9. Bibcode:2015Натура.521..376D. Дои:10.1038 / природа14475. ЧВК  4529404. PMID  25970244.
  33. ^ "Профиль EST - Mm.102183". NCBI Unigene. Получено 3 мая 2019.
  34. ^ "GenePaint". GenePaint. Получено 29 марта 2019.
  35. ^ Зеуферт Д.В., Хегде Р.С., Неккалапуди С., Келли Л.Э., Эль-Ходири Х.М. (декабрь 2005 г.). «Экспрессия нового Ski-подобного гена в развитии Xenopus». Паттерны экспрессии генов. 6 (1): 22–8. Дои:10.1016 / j.modgep.2005.05.004. PMID  16169285.
  36. ^ Дикинсон М.Э., Фленникен А.М., Джи Х, Тебоул Л., Вонг М.Д., Уайт Дж. К. и др. (Сентябрь 2016 г.). «Высокопроизводительное открытие новых фенотипов развития». Природа. 537 (7621): 508–514. Bibcode:2016Натура.537..508.. Дои:10.1038 / природа19356. ЧВК  5295821. PMID  27626380.
  37. ^ Pharoah PD, Tsai YY, Ramus SJ, Phelan CM, Goode EL, Lawrenson K и др. (Апрель 2013). «Мета-анализ и репликация GWAS выявили три новых локуса чувствительности к раку яичников». Природа Генетика. 45 (4): 362–70, 370e1-2. Дои:10.1038 / нг.2564. ЧВК  3693183. PMID  23535730.
  38. ^ Чиен В., Сун Ц.Й., Ли К.Л., Дин Л.В., Вуэнше П., Торрес-Фернандес Л.А., Тан С.З., Токатли И., Зайден Н., Поллингер Л., Мори С., Ян Х., Тайнер Дж. В., Кёффлер Х.П. (апрель 2015 г.). «Активация опухолевого супрессора протеинфосфатазы 2A как потенциальное лечение рака поджелудочной железы». Молекулярная онкология. 9 (4): 889–905. Дои:10.1016 / j.molonc.2015.01.002. ЧВК  4387089. PMID  25637283.
  39. ^ Марин-Агилера М., Кодони-Серват Дж., Калко С.Г., Фернандес П.Л., Бермудские острова Р., Буксо Е., Рибал М.Дж., Гаскон П., Мелладо Б. (февраль 2012 г.). «Идентификация генов устойчивости к доцетакселу при кастрационно-резистентном раке простаты». Молекулярная терапия рака. 11 (2): 329–39. Дои:10.1158 / 1535-7163.MCT-11-0289. PMID  22027694.
  40. ^ США 9994911, Ahlquist DA, Kisiel JB, Taylor WR, Yab TC, Mahoney DW, Lidgard GP, Allawi HT, «Выявление новообразований», выпущенный 12 июня 2018 года, передан Фонду Мэйо по медицинскому образованию и исследованиям Exact Sciences Development Company LLC 
  41. ^ Джулиа А., Абшер Д., Лопес-Ласанта М., Палау Н., Плума А., Уэйт Джонс Л., Глоссоп Дж. Р., Фаррелл В. Е., Майерс Р. М., Марсал С. (июль 2017 г.). «Исследование ассоциации ревматоидного артрита в масштабе всего эпигенома выявляет дифференциально метилированные локусы в В-клетках». Молекулярная генетика человека. 26 (14): 2803–2811. Дои:10.1093 / hmg / ddx177. PMID  28475762.
  42. ^ Хибауи Y, Град I, Летурно А., Сантони Ф.А., Антонаракис С.Е., Феки А. (декабрь 2014 г.). «Краткие данные: транскриптомный анализ индуцированных плюрипотентных стволовых клеток от монозиготных близнецов, дискордантных по трисомии 21». Геномические данные. 2: 226–9. Дои:10.1016 / j.gdata.2014.07.006. ЧВК  4535757. PMID  26484098.
  43. ^ Borjabad A, Morgello S, Chao W, Kim SY, Brooks AI, Murray J, Potash MJ, Volsky DJ (сентябрь 2011 г.). Desrosiers RC (ред.). «Значительное влияние антиретровирусной терапии на глобальную экспрессию генов в тканях мозга пациентов с нейрокогнитивными расстройствами, связанными с ВИЧ-1». Патогены PLOS. 7 (9): e1002213. Дои:10.1371 / journal.ppat.1002213. ЧВК  3164642. PMID  21909266.