Список программного обеспечения для масс-спектрометрии - List of mass spectrometry software

Программное обеспечение для масс-спектрометрии является программного обеспечения используется для сбора данных,^[1] анализ или представление в масс-спектрометрии.

Программное обеспечение протеомики

Дальнейшая информация: масс-спектрометрия белков

В масс-спектрометрии белков тандемная масс-спектрометрия (также известный как MS / MS или MS²) эксперименты используются для белок /пептид идентификация. Алгоритмы идентификации пептидов делятся на два широких класса: поиск в базе данных и de novo поиск. Первый поиск проводится по базе данных, содержащей все аминокислота Предполагается, что последовательности присутствуют в анализируемом образце, тогда как последний предполагает пептидные последовательности без знания геномный данные.

Алгоритмы поиска в базе данных

имя	Тип	Описание
ProSightPC и ProSightPD	проприетарный	ProSightPC / PD - это программные инструменты для поиска данных тандемной масс-спектрометрии пептидов и белков в базах данных, полученных из UniProt. Используя набор известных протеоформ, программа может эффективно искать известное пространство протеоформ, идентифицируя и характеризуя протеоформы.
TopPIC	Открытый исходный код	TopPIC (Идентификация и характеристика протеоформ на основе масс-спектрометрии сверху вниз) идентифицирует и характеризует протеоформы на уровне протеома путем поиска нисходящих тандемных масс-спектров в базе данных последовательностей белков. TopPIC является преемником MS-Align +. Он эффективно идентифицирует протеоформы с неожиданными изменениями, такими как мутации и посттрансляционные модификации (PTM), точно оценивает статистическую значимость идентификаций и характеризует зарегистрированные протеоформы с неизвестными массовыми сдвигами. Он использует несколько методов, таких как индексы, спектральное выравнивание, методы функции генерации и оценка идентификации модификации (MIScore), для увеличения скорости, чувствительности и точности.[2]
TopMG	Открытый исходный код	TopMG (идентификация протеоформ на основе масс-спектрометрии сверху вниз с использованием масс-графиков) - это программный инструмент для идентификации ультрамодифицированных протеоформ путем поиска нисходящих тандемных масс-спектров по базе данных последовательностей белков. Он способен идентифицировать протеоформы с множественными вариабельными PTM и неожиданными изменениями, такие как протеоформы гистонов и фосфорилированные. Он использует массовые графы, которые эффективно представляют кандидаты протеоформ с множеством переменных PTM, чтобы увеличить скорость и чувствительность идентификации протеоформ. Кроме того, методы приблизительной фильтрации на основе спектра используются для фильтрации последовательностей белков, а метод Монте-Карло с цепью Маркова (TopMCMC) используется для оценки статистической значимости идентификаций.[3]
Андромеда (часть MaxQuant)	бесплатное ПО	Andromeda - это поисковая система пептидов, основанная на вероятностной оценке. В отношении протеомных данных Andromeda работает так же, как Mascot, широко используемая коммерческая поисковая машина, если судить по анализу чувствительности и специфичности, основанному на поиске ложных целей. Он может обрабатывать данные с произвольно высокой точностью массы фрагментов, он способен назначать и оценивать сложные шаблоны посттрансляционных модификаций, таких как сильно фосфорилированные пептиды, и вмещает чрезвычайно большие базы данных. Andromeda может работать независимо или интегрироваться в MaxQuant. Эта комбинация позволяет анализировать большие наборы данных на настольном компьютере. Идентификация ко-фрагментированных пептидов увеличивает количество идентифицированных пептидов. Разработано Юргеном Коксом и другими в Институт биохимии Макса Планка.[4]
Byonic	проприетарный	Алгоритм поиска в базе данных, выпущенный в 2011 году компанией Protein Metrics Inc. с оригинальными разработками в PARC[5] который ищет данные MS / MS со всех типов инструментов и использует программу Combyne внутри компании,[6] который объединяет идентификацию пептидов для получения оценок белков и вероятностей идентификации.
Комета	Открытый исходный код	Алгоритм поиска в базе данных разработан в Вашингтонский университет доступно для Windows и Linux. Обратите внимание, что Comet - это просто двоичный файл командной строки, который выполняет поиск в базе данных MS / MS. Он принимает спектры в некотором поддерживаемом формате ввода и записывает файлы .pep.xml, .pin.xml, .sqt и / или .out. Вам понадобится какой-то другой инструмент (ы) поддержки, чтобы фактически использовать результаты Comet (доступен только графический интерфейс для Windows).[7]
Tide (переписывание Crux)	Открытый исходный код	Tide - это инструмент для идентификации пептидов по тандемным масс-спектрам. Это независимая реализация алгоритма SEQUEST, который идентифицирует пептиды путем сравнения наблюдаемых спектров с каталогом теоретических спектров, полученных in silico из базы данных известных белков. Непосредственным предком Tide является Crux, но Tide был полностью переработан, чтобы добиться тысячекратного увеличения скорости при точном воспроизведении результатов SEQUEST XCorr. Разработано в Вашингтонский университет.[8]
Серый	Открытый исходный код	Алгоритм поиска в базе данных разработан в Институт медицинских исследований Стоуэрса разработан для выполнения большого поиска по вычислительные кластеры имея сотни узлов.
Осмотреть	Открытый исходный код	Алгоритм поиска MS-выравнивания доступен на сайте Центр вычислительной масс-спектрометрии в Калифорнийском университете в Сан-Диего[9]
Талисман	проприетарный	Выполняет анализ данных масс-спектрометрии посредством статистической оценки совпадений между наблюдаемыми и прогнозируемыми пептидными фрагментами.[10]
MassMatrix	бесплатное ПО	MassMatrix - это алгоритм поиска в базе данных тандемных масс-спектрометрических данных. Для ранжирования совпадений пептидов и белков используется модель вероятностной оценки, чувствительная к массе.
MassWiz	Открытый исходный код	Алгоритм поиска разработан в Институт геномики и интегративной биологии доступен как инструмент командной строки Windows.
MS-GF +	Открытый исходный код	MS-GF + (также известный как MSGF + или MSGFPlus) выполняет идентификацию пептидов путем оценки спектров MS / MS по отношению к пептидам, полученным из базы данных последовательностей белков. Он поддерживает стандартный входной файл HUPO PSI (mzML) и сохраняет результаты в формате mzIdentML, хотя результаты можно легко преобразовать в TSV. ProteomeXchange поддерживает отправку полных данных с использованием результатов поиска MS-GF +. Разработано в Центр вычислительной масс-спектрометрии в Калифорнийском университете в Сан-Диего, а затем работал в Тихоокеанская Северо-Западная национальная лаборатория (PNNL)
MSFragger	бесплатное ПО	Быстрый поиск в базе данных на основе эффективной индексации ионных фрагментов. Способен к открытому (толерантному к массе) поиску посттрансляционная модификация открытие, O- и N-связанные гликопротеомика поиск, полу- и неферментативный поиск в дополнение к традиционному поиску в базе данных. Разработано в университет Мичигана.[11]
MyriMatch	Открытый исходный код	Программа поиска в базе данных, разработанная в Медицинский центр Университета Вандербильта предназначен для работы в среде с одним компьютером или во всем кластере узлов обработки.[12]
МС-ЛАМПА	Открытый исходный код	Автономное программное обеспечение, способное помочь в интерпретации данных масс-спектрометрии липидов с помощью ионизации электрораспылением (ESI) и / или матричной лазерной десорбции и ионизации (MALDI).[13]
OMSSA	бесплатное ПО	Алгоритм открытого масс-спектрометрического поиска (OMSSA) - это эффективная поисковая машина для идентификации спектров пептидов МС / МС путем поиска в библиотеках известных последовательностей белков. OMSSA оценивает значимые совпадения с помощью шкалы вероятности, разработанной с использованием классической проверки гипотез, того же статистического метода, который используется в BLAST. Он разработан в Национальный центр биотехнологической информации.[14][15]
ПИКС БД	проприетарный	Механизм поиска по базе данных, работающий параллельно с секвенированием de novo, для автоматической проверки результатов поиска, что позволяет найти большее количество найденных последовательностей при заданном уровне ложного обнаружения. Помимо обеспечения независимого поиска в базе данных, результаты могут быть включены как часть многопроцессорного программного инструмента (Sequest, Mascot, X! Tandem, OMSSA, PEAKS DB) для составления консенсусной отчетности inChorus.[16] Инструмент также предоставляет список последовательностей, идентифицированных исключительно путем секвенирования de novo.
pFind	бесплатное ПО	pFind Studio - это вычислительное решение для протеомики на основе масс-спектрометрии, оно зародилось в 2002 году в Институте вычислительных технологий Китайской академии наук, Пекин, Китай.
Феникс	проприетарный	Разработано Женевской биоинформатикой (GeneBio) в сотрудничестве с Швейцарский институт биоинформатики (SIB). Phenyx включает OLAV, семейство статистических моделей оценки, для создания и оптимизации схем оценки, которые могут быть адаптированы для всех видов инструментов, инструментальных установок и общей обработки образцов.[17]
ProbID	Открытый исходный код	PI - это мощный пакет для анализа тандемного масс-спектра. ProbID стремится удовлетворить потребность в глубоком анализе тандемного масс-спектра, включая правила фрагментации, предпочтение расщепления, нейтральные потери и т. Д. Разработано в группе биоинформатики Института вычислительных технологий Китайской академии наук, Пекин, Китай.[18]
ProLuCID	бесплатное ПО	ProLuCID - это быстрая и чувствительная программа идентификации белков на основе тандемных масс-спектров, недавно разработанная Тао Сю и другими в лаборатории Йейтса в Исследовательском институте Скриппса.[19]
Программное обеспечение ProteinPilot	проприетарный	Использует алгоритм поиска в базе данных Paragon, который объединяет создание тегов коротких последовательностей («taglets») для вычисления значений температуры последовательности и оценки вероятностей признаков, чтобы обеспечить идентификацию пептидов с учетом сотен модификаций, нетриптических расщеплений и аминокислотных замен. Использует алгоритм Pro Group для анализа логических выводов белков, чтобы сообщить минимальный набор белков, обоснованный на основе данных о пептидах. Поддерживает количественную оценку рабочих процессов на основе меток (реагенты iTRAQ, реагенты mTRAQ и маркировка SILAC). Слой перевода переводит элементы управления пользовательского интерфейса на языке исследователя-протеомика в базовые сложные информатические параметры.[20]
Исследователь протеина	Открытый исходный код	Protein Prospector - это пакет из около двадцати инструментов протеомного анализа, разработанный в Калифорнийский университет в Сан-Франциско. Программное обеспечение для тандемного масс-спектрометрического поиска - это Batch-Tag / Batch-Tag Web, при этом результаты обрабатываются и отображаются с помощью Search Compare. Он использует системы оценки, адаптированные к инструментам и режиму фрагментации, чтобы оптимизировать анализ различных типов данных фрагментации.
RAId	потерял	Разработано в Национальном центре биотехнологической информации, надежная точная идентификация (RAId)[21] представляет собой набор инструментов протеомики для анализа данных тандемной масс-спектрометрии с точной статистикой.[22]
ЗАПРОС	проприетарный	Идентифицирует коллекции тандемных масс-спектров для пептидных последовательностей, которые были созданы из баз данных белок последовательности.[23]
SIMS	Открытый исходный код	SIMS (Sequential Interval Motif Search) - это программный инструмент, предназначенный для выполнения неограниченного поиска PTM по тандемным масс-спектрам; пользователям не нужно характеризовать потенциальные PTM. Вместо этого пользователям нужно только указать диапазон масс модификации для каждой отдельной аминокислоты.[24]
SimTandem	бесплатное ПО	Механизм поиска по базе данных для идентификации пептидных последовательностей по данным ЖХ / МС / МС; двигатель можно использовать как внешний инструмент в OpenMS / TOPP.[25]
SQID	Открытый исходный код	SeQuence IDentification (SQID) - это алгоритм идентификации белков с включенной интенсивностью для тандемной масс-спектрометрии.
X! Тандем	Открытый исходный код	Соответствует тандемным масс-спектрам с пептидными последовательностями.
WsearchVS2020	бесплатное ПО	Программное обеспечение для анализа данных, которое может отображать спектры, полученные на коммерческих приборах МС. Может также искать / сопоставлять коммерческую базу данных NIST

Алгоритмы секвенирования de novo

Алгоритмы пептидного секвенирования de novo в целом основаны на подходе, предложенном Бартелсом. и другие. (1990).^[26]

имя	Тип	Описание
CycloBranch	Открытый исходный код	Автономный кроссплатформенный механизм de novo с открытым исходным кодом для идентификации нерибосомных пептидов (линейных, циклических, разветвленных и разветвленных) по точным спектрам ионов-продуктов.[27]
DeNovoX	проприетарный	De novo секвенирование на спектрах CID, полученных с помощью масс-спектрометров с ионной ловушкой, доставляющих полные и / или частичные пептидные последовательности (теги последовательностей).[28]
DeNoS		Секвенирование пептидов с использованием всей информации из спектров CAD и ECD; часть программного инструмента Proteinmatching Analysis Software (PAS), который, в свою очередь, является частью программного пакета Medicwave Bioinformatics Suite (MBS).[29]
Лютефиск	Открытый исходный код	Программа для интерпретации de novo спектров CID пептидов.
Новор	проприетарный, бесплатно для академических исследований	Механизм определения последовательности пептидов de novo в реальном времени, который является быстрым, точным и простым для интеграции в исследовательские программы. Novor может de novo секвенировать более 300 спектров МС / МС в секунду на портативном компьютере Macbook Pro.[30]
ПИКС	проприетарный	Секвенирование de novo для каждого пептида, оценка достоверности при назначении отдельных аминокислот в ручном режиме и автоматическое секвенирование de novo для всего цикла ЖХ обрабатывали данные быстрее, чем 1 спектр в секунду.[31][32]
Сверхново	проприетарный	Уникальное решение для непрерывного секвенирования de novo моноклональных антител без помощи рук

Алгоритмы поиска гомологий

имя	Тип	Описание
MS-гомология	Открытый исходный код	MS-Homology - это программа поиска в базе данных в пакете Protein Prospector, которая позволяет выполнять поиск по строкам, которые объединяют массы и аминокислотные отрезки, где можно указать количество допустимых несоответствий аминокислот.
ПАУК	проприетарный	Алгоритм SPIDER сопоставляет теги последовательностей с ошибками с последовательностями базы данных с целью идентификации белков и пептидов и может использоваться вместе с программным обеспечением для анализа данных масс-спектрометрии PEAKS.

Количественное определение пептидов МС / МС

Дальнейшая информация: Количественная протеомика

имя	Тип	Описание
Программное обеспечение MarkerView	проприетарный	Коммерческое программное обеспечение для статистического анализа наборов количественных данных масс-спектрометрии из приложений метаболомики и протеомного профилирования.
Талисман Дистиллятор	проприетарный	Программное обеспечение для пикового пика и предварительной обработки необработанных данных. Имеет дополнительный набор инструментов для количественная оценка без этикеток а также изобарическая маркировка и изотопная маркировка. Поддерживает необработанные форматы файлов от всех основных поставщиков инструментов.
Сервер талисмана	проприетарный	Поисковая система поддерживает количественную оценку на основе изобарическая маркировка при условии, что вся необходимая информация является частью спектра МС / МС.
MassChroQ	Открытый исходный код	Количественный анализ пептидов этикетка бесплатно или различные изотопная маркировка методы (СИЛАК, ICAT, N-15, C-13…), работает со спектрометрическими системами высокого и низкого разрешения, поддерживает комплексную обработку данных, например фракционирование пептидов или белков перед анализом ЖХ-МС (SCX, SDS-PAGE и т. Д.).
MaxQuant	бесплатное ПО	Программное обеспечение для количественной протеомики, разработанное Юргеном Коксом и другими в Институт биохимии Макса Планка в Мартинсрид, Германия написано в C # что позволяет анализировать этикетка бесплатно и СИЛАК основанные на протеомических экспериментах.
Программное обеспечение MultiQuant	проприетарный	Может обрабатывать наборы количественных данных из систем TripleTOF или QTRAP, включая MRM и SWATH Приобретение.
OpenMS / TOPP	Открытый исходный код	Программное обеспечение Библиотека C ++ для управления и анализа данных ЖХ-МС / МС, которая предлагает инфраструктуру для разработки программного обеспечения, связанного с масс-спектрометрией. Позволяет определять количество пептидов и метаболитов, поддерживая без этикеток и количественная оценка на основе изотопных меток (например, iTRAQ и TMT и СИЛАК ), а также целевой SWATH-MS количественная оценка.[33]
OpenPIP	сайт, открытый доступ	OpenPIP - это веб-инструмент с открытым доступом, разработанный InterVenn Biosciences для интеграции пиков, полученных в экспериментах по мониторингу множественных реакций (MRM). Программное обеспечение работает на рекуррентных нейронных сетях и было обучено массивному набору аннотированных вручную хроматографических пиков.
ProtMax	бесплатное ПО	ProtMAX[34] это программный инструмент для анализа наборов данных масс-спектрометрии протеомики дробовика, разработанный Фолькером Эгельхофером из Венского университета.
Спектронавт	проприетарный	Коммерческое программное обеспечение для количественной протеомики, разработанное Biognosys AG (Шлирен, Швейцария) на основе алгоритма mProphet[35] что позволяет целенаправленно анализировать независимый сбор данных (DIA) наборы данных для количественного определения пептидов без меток, также называемого сбором SWATH.[36]
Горизонт	Открытый исходный код	Клиентское программное обеспечение для Windows с открытым исходным кодом (Apache 2.0), разработанное в лаборатории MacCoss Вашингтонского университета[37] который поддерживает создание мониторинга выбранных реакций (SRM) / мониторинга множественных реакций (MRM), мониторинга параллельных реакций (PRM - Target MS / MS), сбора данных независимо от данных (DIA / SWATH) и целевого DDA с помощью количественных методов MS1 и анализа полученного масс-спектрометра данные.
Программное обеспечение SWATH 2.0	проприетарный	Инструмент обработки коммерческого программного обеспечения в PeakView, который позволяет целенаправленно обрабатывать данные Данные сбора SWATH. Используя библиотеку белков / пептидных ионов, генерируют ионные хроматограммы с экстракцией ионных фрагментов (XIC), оценивают и количественно определяют пептиды из библиотеки. После анализа частоты ложных открытий (FDR) результаты фильтруются, и количественные данные о пептидах / белках могут быть экспортированы для статистического анализа.
BACIQ	Открытый исходный код	BACIQ - это математически строгий подход, который объединяет интенсивности пептидов и соответствие измерения пептидов в доверительные интервалы для соотношений белков (BACIQ). Основными преимуществами BACIQ являются: 1) он устраняет необходимость порогового значения сообщаемого пептидного сигнала на основе произвольного отсечения, тем самым сообщая больше измерений из данного эксперимента; 2) доверие может быть присвоено без повторов; 3) для повторных экспериментов BACIQ обеспечивает доверительные интервалы для объединения, а не пересечения количественно определенных белков; 4) для повторных экспериментов доверительные интервалы BACIQ более предсказуемы, чем доверительные интервалы, основанные на согласовании измерения белка.

Другое ПО

имя	Тип	Описание
ЗДРАВСТВУЙквант	Открытый исходный код	Модель из первых принципов и алгоритм для количественной оценки стехиометрии протеоформ на основе восходящих данных.[38]
TopFD	Открытый исходный код	TopFD (Нисходящее масс-спектральное обнаружение) - это программный инструмент для нисходящей спектральной деконволюции, преемник MS-Deconv. Он группирует нисходящие спектральные пики в изотопомерные оболочки и конвертирует изотопомерные оболочки в моноизотопные нейтральные массы. Кроме того, он извлекает свойства протеоформ из данных ЖХ-МС или КЭ-МС.
ArtIST от Clover Biosoft	проприетарный	(Искусственный интеллект Straing Typing) MALDI-TOF MS-анализ данных и инструменты обнаружения биомаркеров, основанные на алгоритмах искусственного интеллекта и машинного обучения. ArtIST - это онлайн-сервис.
Продвинутая разработка химии	проприетарный	Коммерческие решения для интерпретации данных MS и xC / MS с сопоставлением спектра / структуры, идентификации известных и неизвестных метаболитов, а также для идентификации соединений посредством спектрального сравнения.
Аналитик	проприетарный	Программное обеспечение AB Sciex, подразделения The Danaher Corporation.
AnalyzerPro	проприетарный	Независимое от производителя программное обеспечение от SpectralWorks для обработки данных масс-спектрометрии. Он может обрабатывать данные как ГХ-МС, так и ЖХ-МС с использованием качественной и количественной обработки данных и используется в метаболомике с помощью MatrixAnalyzer для сравнения нескольких наборов данных. Недавно расширен и включает инструменты статистического анализа и визуализации (PCA). AnalyzerPro XD - это 64-битная версия, которая включает поддержку двухмерной обработки данных, такой как GCxGC-MS.
CFM-ID	Открытый исходный код	Программное обеспечение для in-silico предсказания спектров ESI-MS / MS, аннотации спектров MS / MS и идентификации соединений на основе спектра MS / MS. Разработано в Wishartlab[39][40][41][42]
Хромелеон	проприетарный	Программное обеспечение от Thermo Fisher Scientific используется с масс-спектрометрическими приборами, а также с приборами для хроматографии.
Crosslinx	Открытый исходный код	Определите сшитые пептиды из файлов mzML. Скрипт Python или автономные исполняемые файлы для Linux и Windows. Возможно для больших баз данных с двухэтапным подходом.[43]
DeNovoGUI	Открытый исходный код	Программное обеспечение с графическим пользовательским интерфейсом для запуска параллельных версий свободно доступных программных инструментов для секвенирования de novo Novor и PepNovo +.[44]
Изотоп	Открытый исходный код	Программное обеспечение для архивирования, систематизации и анализа данных масс-спектрометра. В настоящее время ориентирована на концентрированный CO2 анализ, но также полезен для большого количества CO2 работать и расширяться до других изотопных систем.
[Эль-МАВЕН]	Открытый исходный код	Настольное программное обеспечение от Elucidata для обработки меченых данных ЖХ-МС, ГХ-МС и ЖХ-МС / МС в открытых форматах (mzXML, mzML, CDF). Программное обеспечение имеет графический интерфейс и интерфейс командной строки с интеграцией с облачной платформой для хранения и дальнейшего анализа, такого как относительный поток и количественная оценка.[45]
ESIprot		Обеспечивает определение зарядового состояния и расчет молекулярной массы для данных масс-спектрометрии (МС) с ионизацией электрораспылением (ESI) низкого разрешения (МС) белков.[46]
Экспрессионист	проприетарный	Корпоративное программное решение от Genedata для обработки, анализа и представления данных масс-спектрометрии в таких областях применения, как определение характеристик биотерапевтических средств, мониторинг качества и связанные с ними приложения для протеомики и метаболомики.
Знаю все это Программное обеспечение для спектроскопии и библиотека масс-спектров	проприетарный	Программное обеспечение от Wiley с решениями для масс-спектрометрии, включая: спектральный анализ, поиск в базе данных (спектр, структура, пик, свойства и т. д.), обработку, создание базы данных (МС или несколько методов, включая ИК, Раман, ЯМР, УФ, хроматограммы), спектральное вычитание, а также инструменты для отчетности и ChemWindow чертеж конструкции.
LabSolutions ЖХМС	проприетарный	Программное обеспечение от Shimadzu Corporation используется с масс-спектрометрией и приборами ВЭЖХ.
Масса ++	Открытый исходный код	Программное обеспечение для анализа масс-спектрометрии, которое может импортировать и экспортировать файлы с открытыми форматами (mzXML, mzML) и загружать некоторые форматы поставщиков приборов; пользователи могут разрабатывать и добавлять оригинальные функции как плагины Mass ++.
MassBank.jp	интернет сайт	веб-сайт Института перспективных биологических наук в Университет Кейо, Цуруока Город, Ямагата, Япония с масс-спектрометрическими данными для органических соединений.
MassBank.eu	интернет сайт	Европейский сервер MassBank. Веб-сайт поддерживается и размещается на Центр экологических исследований им. Гельмгольца (Лейпциг, Германия)
MassBank	Открытый исходный код	Веб-сайт разработки MassBank и RMassBank предоставлен консорциумом MassBank. Данные MassBank доступны по лицензии Creative Commons.
MassCenter	проприетарный	Программное обеспечение от JEOL используется с масс-спектрометрическими приборами.
Массовая граница	проприетарный	Программное обеспечение от HighChem используется для интерпретации и управления масс-спектрами малых молекул.
MassLynx	проприетарный	Программное обеспечение от Waters Corporation.
MassMap	проприетарный	Универсальный программный комплекс для автоматической оценки данных МС MassMap GmbH & Co. KG, подходит для данных ЖХ / МС и ГХ / МС всех видов молекул, анализа неповрежденных масс-спектров белков, анализа общих экспериментов HDX и анализа фрагментов HDX пептидов с определенным методом для идентификации неожиданных / неизвестных компоненты даже в очень сложных смесях.
Массой до	Открытый исходный код	Утилита для протеомики, предназначенная для поддержки предварительной обработки и анализа данных масс-спектрометрии MALDI-TOF, которая загружает данные из файлов mzML, mzXML и CSV и позволяет пользователям применять коррекцию базовой линии, нормализацию, сглаживание, обнаружение пиков и сопоставление пиков. Кроме того, он позволяет применять различные методы машинного обучения и статистические методы к предварительно обработанным данным для обнаружения биомаркеров, неконтролируемой кластеризации и контролируемой классификации образцов.[47]
massXpert	GPL с открытым исходным кодом	Программное обеспечение на основе графического интерфейса пользователя (GUI) для моделирования и анализа масс-спектрометрических данных, полученных на известных последовательностях биополимеров.[48] Преемник polyxmass. Программа msxpertsuite.org программный комплекс.
матчи	Открытый исходный код	Библиотека Python для импорта, очистки, обработки и количественного сравнения спектров МС / МС. Разработано в Нидерландский центр электронной науки.[49]
База данных и технологическая платформа МЕТЛИН	проприетарный	Созданный в 2003 году, METLIN теперь включает более миллиона молекул, включая липиды, стероиды, метаболиты растений и бактерий, малые пептиды, углеводы, экзогенные лекарства / метаболиты, метаболиты центрального углерода и токсические вещества. Метаболиты и другие малые молекулы были индивидуально проанализированы для получения как эмпирических, так и in silico данных МС / МС.
mineXpert	GPL с открытым исходным кодом	Программное обеспечение на основе графического пользовательского интерфейса для визуализации / анализа масс-спектральных данных. Поддерживает масс-спектрометрию ионной подвижности. [50]. Программа msxpertsuite.org программный комплекс.
мМасса	Открытый исходный код	Мультиплатформенный пакет инструментов для анализа и интерпретации масс-спектрометрических данных, написанный на Python (больше не развито).
Молана		MolAna была разработана Phenomenome Discoveries Inc (PDI) для использования в молекулярном анализаторе 3Q компании IONICS Mass Spectrometry Group. Тройной квадрупольный масс-спектрометр
ms2mz	бесплатное ПО	Утилита для преобразования файлов масс-спектрометрических форматов, например для преобразования проприетарных двоичных файлов в файлы списка пиков MGF для подготовки файлов для загрузки в Proteome Cluster.
MSGraph	Открытый исходный код
MSight	бесплатное ПО	Программное обеспечение для масс-спектрометрической визуализации, разработанное Швейцарский институт биоинформатики.[51]
MSiReader	бесплатное ПО	Не зависящий от производителя интерфейс, созданный на платформе Matlab, предназначен для просмотра и анализа данных масс-спектрометрических изображений (MSI).[52] Matlab не требуется для использования MSiReader.
mspire	Открытый исходный код	Набор инструментов для разработчиков масс-спектрометрии и информатики, написанный на ruby, который включает в себя считывающее / записывающее устройство mzML, расщепление in-silico и расчет изотопных структур и т. Д .; субмодули, такие как mspire-lipidomics, mspire-sequest и mspire-simulator, расширяют функциональность.[53]
MSqRob	Открытый исходный код	Пакет R с графическим пользовательским интерфейсом для надежного дифференциального анализа численности количественных протеомных данных без меток.[54][55][56]
Multimaging	проприетарный	Программное обеспечение для масс-спектрометрической визуализации, предназначенное для нормализации, проверки и интерпретации МС-изображений.
multiMS-toolbox	Открытый исходный код	ms-alone и multiMS-toolbox - это набор инструментов для извлечения пиков данных масс-спектрометрии и статистического анализа.
mzCloud	интернет сайт	Интернет-база данных масс-спектров, которая включает в себя набор данных тандемной масс-спектрометрии с высоким и низким разрешением, полученных при различных экспериментальных условиях.
MZmine 2	Открытый исходный код	Программное обеспечение с открытым исходным кодом для обработки данных масс-спектрометрии с основным упором на данные ЖХ-МС.
OmicsHub Proteomics		OmicsHub Proteomics сочетает в себе LIMS для управления информацией массовых спецификаций с функциями анализа данных на одной платформе.
OpenChrom	Открытый исходный код	Программное обеспечение для хроматографии и масс-спектрометрии, которое может быть расширено с помощью плагинов и доступно для нескольких операционных систем (Microsoft Windows, Linux, Unix, Mac OS X) и архитектур процессоров (x86, x86_64, ppc). с конвертерами для собственного доступа к различным файлам данных, например конвертеры для форматов файлов mzXML, netCDF, Agilent, Finnigan и Varian.
ОРИГАМИ	Открытый исходный код	Программный пакет для анализа наборов данных масс-спектрометрии и масс-спектрометрии ионной подвижности. ORIGAMI изначально был разработан для улучшения рабочих процессов анализа активированных наборов данных IM-MS / развертки, вызванной столкновениями (CIU), и обеспечения бесшовной визуализации результатов.Недавно ORIGAMI был изменен, чтобы в большей степени воспринимать результаты, не относящиеся к MS, и позволяет визуализировать результаты из других источников, а также позволяет экспортировать все результаты в интерактивном формате, где пользователь может поделиться любым набором данных и визуализировать его в интернет-браузере.[57]
PatternLab	бесплатное ПО	Программное обеспечение для пост-анализа результатов поиска в базе данных SEQUEST, ProLuCID или Comet, отфильтрованных с помощью DTASelect или Census.[58]
pyOpenMS	Открытый исходный код	pyOpenMS - это библиотека Python с открытым исходным кодом для масс-спектрометрии, специально для анализа данных протеомики и метаболомики в Python.
SIM-XL	бесплатное ПО	Машина для определения спектра для сшитых пептидов (SIM-XL) - это быстрая и чувствительная поисковая машина XL, которая является частью PatternLab для среды протеомики и предназначена для анализа данных тандемной масс-спектрометрии, полученных из сшитых пептидов.[59]
Павлин	Открытый исходный код	Приложение для Mac OS X разработано Йохан Кул которые можно использовать для интерпретации файлов данных газовой хроматографии / масс-спектрометрии (ГХ / МС).
PeakInvestigator	проприетарный	Эффективное улучшение разрешения в 3-4 раза при постобработке исходных данных профиля, выводимых из массовых спецификаций. Усовершенствованное программное обеспечение Veritomyx для обработки сигналов для обнаружения пиков, деконволюции и центроида необработанных данных масс-спектрометрии выявляет несколько пиков, скрытых в перекрывающихся данных. Примечательные особенности: улучшение на порядок точности массы и содержания для деконволюционных пиков; локальная динамическая базовая линия; усовершенствованный алгоритм пороговой обработки увеличивает чувствительность в широком динамическом диапазоне; статистически управляемый и полностью автоматизированный (без изменений от пользователя к пользователю). Более полные и точные результирующие списки масс позволяют более быстрое и экономичное последующее определение правильных биомолекулярных идентификаций.
Pinnacle	Проприетарный	От всестороннего количественного определения многих тысяч белков в сотнях образцов с использованием DDA, DIA, PRM или SRM с полностью интегрированной статистикой и биологической интерпретацией до полной процедуры идентификации N-связанных гликопротеинов и очень глубокого анализа характеристик белков, включая картирование пептидов, поиск устойчивых к ошибкам и анализ дисульфидов - все это доступно в одном программном обеспечении. Анализ сотен образцов создает большие проблемы с вариациями ЖХ и МС в течение нескольких месяцев после сбора данных, и программное обеспечение может автоматически исправить это. Возможности визуализации, редактирования и аннотации могут быть настроены для работы на высоком уровне белков или на гораздо более низком уровне переходов или изотопов.
PIQMIe	сеть	Proteomics Identification / Quantitations Data Management and Integration Service - это веб-инструмент, который помогает в надежном и масштабируемом управлении данными, анализе и визуализации полуколичественных (СИЛАК ) протеомические эксперименты.[60]
ПОТАМО	Открытый исходный код	Веб-приложение, которое предоставляет рассчитанные данные масс-спектрометрии независимо от оборудования, ориентированного на хорошо известное семейство белков гистонов, чьи PTMs, как полагают, играют решающую роль в регуляции генов; вычисляет вид, количество и комбинации возможных PTM, соответствующих данной пептидной последовательности и данной массе.
ProMass	проприетарный	ProMass - это автоматизированный пакет программного обеспечения для деконволюции биомолекул и составления отчетов, который используется для обработки данных ESI / LC / MS или отдельных масс-спектров ESI. Он использует новый алгоритм деконволюции, ZNova, для получения деконволюционных масс-спектров без артефактов. ProMass в настоящее время доступен для платформ Thermo, Waters и Shimadzu. Он также доступен в "облегченном" формате на основе браузера под названием ProMass для Интернета, который не требует установки или загрузки программного обеспечения.
ПРОТРАЛЕР		Приложение для обработки данных ЖХ / МС, которое считывает необработанные данные поставщиков масс-спектрометрии (от множества хорошо известных производителей приборов) и создает списки триплетов {масса, время удерживания, интегральная интенсивность сигнала}, обобщая хроматограмму ЖХ / МС.
ProteoIQ	проприетарный	Программное обеспечение для пост-анализа результатов поиска в базе данных Mascot, SEQUEST или X! Tandem.[61][62][63]
Протеоматический	Бесплатное ПО	Конвейер обработки данных, созданный с целью оценки масс-спектрометрических протеомических экспериментов.[64]
ProteomicsИнструменты	Открытый исходный код	Программное обеспечение для пост-анализа результатов поиска по базам данных MASCOT, SEQUEST, Comet, XTandem, PFind, PeptidePhophet, MyriMatch, MSGF, OMSSA, MSAmanda или Percolator.[65]
ProteoWizard	Открытый исходный код	Библиотека ссылок и инструменты, которые представляют собой набор модульных и расширяемых кроссплатформенных инструментов и программных библиотек с открытым исходным кодом, которые облегчают анализ протеомических данных.
ProteoWorker	проприетарный	Облачное программное обеспечение для анализа данных протеомики, включая COMET, Peptide Prophet, ProteinProphet и обширные инструменты сортировки, фильтрации и аннотации данных.
Обеспечение	Открытый исходный код	Облачное программное обеспечение, написанное на р для анализа протеомических данных, созданных MaxQuant. Это программное обеспечение предназначено для анализа данных дифференциальной количественной оценки и предоставляет инструменты, а также варианты визуализации для облегчения анализа. Возможна обработка данных без меток и данных с тандемными массовыми метками.[66]
pymzML	Открытый исходный код	Python модуль для интерфейса данные mzML в Python на основе cElementTree с дополнительными инструментами для MS-информатики.[67]
Питеомика	Открытый исходный код	А Python структура для анализа данных протеомики.[68]
Quantem		Программное обеспечение для количественной оценки ESI-MS без аналитических стандартов. Разработано в Крувелаб, распространяется Quantem Analytics
Квантинетикс	проприетарный	Программное обеспечение для масс-спектрометрической визуализации, предназначенное для количественной оценки и нормализации изображений МС в различных типах исследований, которое совместимо с различными приборами MSI, включая Bruker, Sciex, Thermo и iMZML.
Надстройка Rational Numbers для Excel	проприетарный	Инструмент идентификации de novo, который работает с Microsoft Excel 2010, Excel 2013 и Excel 2016.
Рациональный поиск чисел	проприетарный	Идентификация малых молекул путем сравнения точных данных о фрагментации массы с базой данных из 250000 молекул, представленных в виде математических разделов
РЕГАТА		Приложение для сравнения списков ЖХ / МС, которое работает с ProTrawler (но принимает ввод в форме Excel / CSV), чтобы обеспечить среду для списков фильтрации и нормализации списков результатов ЖХ / МС {масса, время удерживания, интегрированная интенсивность}.
RemoteAnalyzer	проприетарный	Программное обеспечение от SpectralWorks для независимых от поставщиков решений на основе клиент / сервер с открытым доступом для обеспечения доступа и использования системы данных ЖХ-МС и ГХ-МС; поддержка управления приборами и обработки данных для оборудования различных производителей. Также поддерживает приборы ЯМР и обработку данных.
Строительные леса	проприетарный	Набор инструментов протеомики для анализа спектров, пептидов и белков в нескольких образцах.
ОС SCIEX	проприетарный	Программное обеспечение нового поколения от SCIEX управление масс-спектрометрами серии X и поддержка анализа данных, полученных с помощью пакета программного обеспечения Analyst.
Лаборатория SCiLS	проприетарный	Мультивендорное программное обеспечение для статистического анализа данных масс-спектрометрии.
SimGlycan	проприетарный	Предсказывает структуру гликанов и гликопептидов, используя данные масс-спектрометрии MS / MS.
SIMION	проприетарный	Программа моделирования ионной оптики
Спектролизер		Spectrolyzer - это программный пакет на базе Microsoft Windows, который предоставляет инструменты анализа биоинформатических данных для различных масс-спектрометров, которые фокусируются на поиске белковых биомаркеров и обнаружении белковых отклонений.
Спектромания	проприетарный	Программное обеспечение для анализа и визуализации масс-спектрометрических данных.[69]
Ставрокс	бесплатное ПО	Программное обеспечение для идентификации сшитых пептидов по масс-спектрометрическим данным, записанным на Ява которые можно использовать для широкого ряда сшивающих агентов и протеаз, используемых в эксперименте по сшиванию МС; он сравнивает теоретические комбинации пептид-пептидных поперечных связей для анализируемых белков с данными МС / МС.[70]
Швейцарские массовые счеты	Открытый исходный код	Swiss Mass Abacus - это калькулятор масс пептидов и гликопептидов. Он специально сделан таким же простым, как базовый калькулятор, выполняющий арифметические операции.
TOF-DS	проприетарный	Программное обеспечение от Markes International используется с времяпролетными масс-спектрометрами BenchTOF
ТурбоМасс	проприетарный	Программное обеспечение ГХ / МС от ПеркинЭлмер.
Транс-протеомный трубопровод (TPP)	Открытый исходный код	Trans-Proteomic Pipeline (TPP) - это набор интегрированных инструментов для протеомики MS / MS, который включает PeptideProphet для статистической проверки PSM с использованием результатов поисковой системы, iProphet для проверки отдельной пептидной последовательности с использованием результатов PeptideProphet (также может объединять результаты несколько поисковых систем) и ProteinProphet для идентификации и проверки белков с использованием результатов PeptideProphet ИЛИ iProphet. TPP также выполняет количественную оценку белков с помощью XPRESS (расчет относительных количеств пептидов и белков из меченных изотопами образцов МС / МС), ASAPRatio (автоматический статистический анализ отношения белков; альтернатива XPRESS) и Libra (количественная оценка образцов с изобарической меткой (например, iTraq, TMT и др.) для любого количества каналов). В настоящее время TPP поддерживает Sequest, Mascot, ProbID, X! Tandem, Comet, SpectraST, MSGF +, Inspect, MyriMatch и Phenyx. Разработано в Сиэтлский протеомный центр (SPC).[71] [72]
Универсальный калькулятор массы		Универсальный калькулятор массы (UMC) для Windows, написанный на C ++, представляет собой проприетарный набор инструментов для вычисления релевантной информации по формулам сумм, например распределение изотопов, разность масс, отклонения массы и информация о массе / изотопах элементов, степень дейтерирования.
VIPER		Анализ точной массы и хроматографический анализ времени удерживания характеристик ЖХ-МС (подход с точной массой и временной меткой).[73]
Xcalibur	проприетарный	Программное обеспечение от Thermo Fisher Scientific используется с масс-спектрометрическими приборами.
XCMS Онлайн (Облачный)	проприетарный	Свободно доступная и наиболее широко используемая платформа обработки метаболомных и липидомных данных с более чем 21000 пользователей по состоянию на 2017 год.

Смотрите также

• Формат данных масс-спектрометрии: для списка программ просмотра данных масс-спектрометрии и конвертеров формата.
• Список программ для предсказания структуры белков

использованная литература

1. Кри, Дункан; Плия, Проспер (ноябрь 2019 г.). «Влияние повышенной температуры на яичную скорлупу, порошок яичной скорлупы и порошковые растворы яичной скорлупы для кладочных работ». Журнал строительной техники. 26: 100852. Дои:10.1016 / j.jobe.2019.100852. ISSN  2352-7102.
2. ко, Цян; Сюнь, Ликунь; Лю, Сяовэнь (2016). «TopPIC: программный инструмент для нисходящей масс-спектрометрической идентификации и характеристики протеоформ». Биоинформатика. 32 (22): 3495–3497. Дои:10.1093 / биоинформатика / btw398. ISSN  1460-2059. ЧВК  5181555. PMID  27423895.
3. ко, Цян; Ву, Си; Толич, Никола; Паша-Толич, Лиляна; Лю Юньлун; Лю, Сяовэнь (2017). «Основанный на масс-графике подход для идентификации модифицированных протеоформ с использованием нисходящих тандемных масс-спектров». Биоинформатика. 33 (9): 1309–1316. Дои:10.1093 / биоинформатика / btw806. ISSN  1460-2059. ЧВК  5860502. PMID  28453668.
4. Кокс, Юрген; Нойхаузер, Надин; Михальски, Аннетт; Scheltema, Richard A .; Olsen, Jesper V .; Манн, Матиас (2011). «Андромеда: поисковая машина по пептидам, интегрированная в среду MaxQuant». Журнал протеомных исследований. 10 (4): 1794–1805. Дои:10.1021 / pr101065j. ISSN  1535-3893. PMID  21254760.
5. Берн, Маршалл; Цай, Юхан; Гольдберг, Дэвид (2007). «Пики поиска: гибрид de Novo-секвенирования и поиска в базе данных для идентификации белков с помощью тандемной масс-спектрометрии». Аналитическая химия. 79 (4): 1393–1400. Дои:10.1021 / ac0617013. PMID  17243770.
6. Берн, Маршалл; Гольдберг, Дэвид (2008). «Улучшенные функции ранжирования для идентификации белков и сайтов модификации». Журнал вычислительной биологии. 15 (7): 705–719. Дои:10.1089 / cmb.2007.0119. PMID  18651800.
7. Eng, Джимми К .; Jahan, Tahmina A .; Хупманн, Майкл Р. (2013). «Комета: инструмент поиска по базе данных MS / MS с открытым исходным кодом». Протеомика. 13 (1): 22–24. Дои:10.1002 / pmic.201200439. ISSN  1615-9853. PMID  23148064. S2CID  13533125.
8. Diament, Бенджамин Дж .; Благородный, Уильям Стаффорд (2011). «Ускоренный поиск SEQUEST для идентификации пептидов по тандемным масс-спектрам». Журнал протеомных исследований. 10 (9): 3871–3879. Дои:10.1021 / pr101196n. ISSN  1535-3893. ЧВК  3166376. PMID  21761931.
9. «Осмотр и MS-выравнивание».
10. Перкинс, Дэвид Н .; Паппин, Дэррил Дж. С .; Кризи, Дэвид М .; Коттрелл, Джон С. (1999). «Вероятностная идентификация белков путем поиска в базах данных последовательностей с использованием данных масс-спектрометрии». Электрофорез. 20 (18): 3551–67. Дои:10.1002 / (SICI) 1522-2683 (19991201) 20:18 <3551 :: AID-ELPS3551> 3.0.CO; 2-2. PMID  10612281.
11. Конг, Энди Т .; Leprevost, Felipe V .; Автономов, Дмитрий М .; Меллачеруву, Даттатрея; Несвижский, Алексей И. (2017). «MSFragger: сверхбыстрая и всесторонняя идентификация пептидов в протеомике на основе масс-спектрометрии». Природные методы. 14 (5): 513–520. Дои:10.1038 / nmeth.4256. ЧВК  5409104. PMID  28394336.
12. Табб, Дэвид Л .; Фернандо, Кристофер Дж .; Чемберс, Мэтью С. (2007). «MyriMatch: высокоточная тандемная масс-спектральная идентификация пептидов с помощью многомерного гипергеометрического анализа». Журнал протеомных исследований. 6 (2): 654–61. Дои:10.1021 / pr0604054. ЧВК  2525619. PMID  17269722.
13. Сабариш, Варатхараджан; Сингх, Гурприт (2013). «Анализатор липидов (ом) на основе масс-спектрометрии и молекулярная платформа: новое программное обеспечение для интерпретации и анализа данных масс-спектрометрии липидов с помощью электроспрея и / или лазерной десорбции / ионизации с использованием матрицы: пример из Mycobacterium tuberculosis». Журнал масс-спектрометрии. 48 (4): 465–477. Bibcode:2013JMSp ... 48..465S. Дои:10.1002 / jms.3163. ISSN  1096-9888. PMID  23584940.
14. "Поисковая система OMSSA ms / ms". Pubchem.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2011-09-27.
15. Geer, Lewis Y .; Марки, Сэнфорд П .; Ковалак, Джеффри А .; Вагнер, Лукас; Сюй, Мин; Maynard, Dawn M .; Ян, Сяоюй; Ши, Вэньяо; Брайант, Стивен Х. (2004). «Открытый алгоритм масс-спектрометрического поиска». Журнал протеомных исследований. 3 (5): 958–64. arXiv:q-bio / 0406002. Bibcode:2004q.bio ..... 6002G. Дои:10.1021 / pr0499491. PMID  15473683. S2CID  12218715.
16. Liang, C; Смит, JC; Хендри, Кристофер (2003). «Сравнительное исследование программных средств секвенирования пептидов для МС / МС».
17. Колиндж, Жак; Массело, Александр; Жирон, Марк; Дессинги, Тьерри; Маньен, Жером (2003). «OLAV: к высокопроизводительной тандемной масс-спектрометрической идентификации данных». Протеомика. 3 (8): 1454–63. Дои:10.1002 / pmic.200300485. PMID  12923771. S2CID  36666495.
18. Чжан, Чжо; Сунь, Шивэй; Чжу, Сяопэн; Чанг, Сухуа; Лю, Сяофэй; Ю, Чунгун; Бу, Донгбо; Чен, Runsheng (2006). «Новая схема оценки для идентификации пептидов путем поиска в базах данных последовательностей белков с использованием данных тандемной масс-спектрометрии». BMC Bioinformatics. 7 (1): 222. Дои:10.1186/1471-2105-7-222. ISSN  1471-2105. ЧВК  1463009. PMID  16638152.
19. Xu, T .; Парк, С.К .; Venable, J.D .; Wohlschlegel, J.A .; Дидрих, J.K .; Cociorva, D .; Лу, Б .; Liao, L .; Hewel, J .; Хан, X .; Wong, C.C.L .; Fonslow, B .; Delahunty, C .; Gao, Y .; Shah, H .; Йейтс, Дж. Р. (2015). «ProLuCID: улучшенный алгоритм, подобный SEQUEST, с повышенной чувствительностью и специфичностью». Журнал протеомики. 129: 16–24. Дои:10.1016 / j.jprot.2015.07.001. ISSN  1874-3919. ЧВК  4630125. PMID  26171723.
20. Шилов, Игнат В .; Сеймур, Шон Л .; Patel, Alpesh A .; Лобода, Алексей; Тан, Уилфред Х .; Китинг, Шон П .; Хантер, Кристи Л .; Nuwaysir, Lydia M .; Шеффер, Дэниел А. (2007). «Алгоритм Paragon, поисковая машина нового поколения, которая использует значения температуры последовательности и вероятности признаков для идентификации пептидов по тандемным масс-спектрам». Молекулярная и клеточная протеомика. 6 (9): 1638–1655. Дои:10.1074 / mcp.T600050-MCP200. ISSN  1535-9476. PMID  17533153. S2CID  7097773.
21. "Поисковая система RAId MS / MS". QMBP NCBI NLM NIH. Получено 2008-01-01.
22. Алвес, Гелио; Огурцов Алексей Юрьевич; Ю, И-Куо (2007). «RAId_DbS: идентификация пептидов с использованием поиска в базе данных с реалистичной статистикой». Биол Директ. 2: 25. Дои:10.1186/1745-6150-2-25. ЧВК  2211744. PMID  17961253.
23. Джимми К. Энг; Эшли Л. Маккормак; Джон Р. Йейтс, III (1994). «Подход к корреляции тандемных масс-спектральных данных пептидов с аминокислотными последовательностями в базе данных белков». J Am Soc масс-спектрометрия. 5 (11): 976–989. Дои:10.1016/1044-0305(94)80016-2. PMID  24226387. S2CID  18413192.
24. Гриковини, Милош; Тварошка, Игорь; Хирш, Ян; Дубен, Энтони Дж. (1991). «Ядерные эффекты overhauser и гибкость сахаридов: метил β-ксилобиозид». Исследование углеводов. 210: 13–20. Дои:10.1016 / 0008-6215 (91) 80109-Z. ISSN  0008-6215. PMID  1878875.
25. Новак, Иржи; Саксенберг, Тимо; Хокша, Давид; Скопал, Томас; Кольбахер, Оливер (2013). «О сравнении SimTandem с современными инструментами идентификации пептидов, эффективности фильтра масс-предшественников и работе с переменными модификациями». Журнал интегративной биоинформатики. 10 (3): 1–15. Дои:10.1515 / jib-2013-228. PMID  24231142. S2CID  22469656.
26. Бартельс, Кристиан (31 мая 1990 г.). «Быстрый алгоритм определения пептидов методом масс-спектроскопии». Биологическая масс-спектрометрия. 19 (6): 363–368. Дои:10.1002 / bms.1200190607. PMID  24730078.
27. Новак, Иржи; Лемр, Карел; Schug, Kevin A .; Гавличек, Владимир (2015). "CycloBranch: De Novo секвенирование нерибосомальных пептидов по точным масс-спектрам ионов продукта". Варенье. Soc. Масс-спектрометрия. 26 (10): 1780–1786. Bibcode:2015JASMS.tmp..155N. Дои:10.1007 / s13361-015-1211-1. PMID  26195308. S2CID  207470364.
28. thermo finnigan представляет denovox - Результаты поиска по HighBeam Business^{[мертвая ссылка ]}
29. Савицкий, Михаил М .; Nielsen, Michael L .; Кьельдсен, Франк; Зубарев, Роман А. (2005). "Подход к секвенированию Proteomics-Grade de Novo". Журнал протеомных исследований. 4 (6): 2348–54. Дои:10.1021 / pr050288x. PMID  16335984.
30. Ма, Бин (30 июня 2015 г.). "Novor: программное обеспечение для секвенирования пептидов de Novo в реальном времени". Журнал Американского общества масс-спектрометрии. 26 (11): 1885–1894. Bibcode:2015JASMS..26.1885M. Дои:10.1007 / s13361-015-1204-0. ЧВК  4604512. PMID  26122521.
31. Ма, Бин; Чжан, Кайчжун; Хендри, Кристофер; Лян, Чэнчжи; Ли, Мин; Доэрти-Кирби, Аманда; Лажуа, Жиль (2003). «ПИКС: мощное программное обеспечение для секвенирования пептидов novo методом тандемной масс-спектрометрии». Быстрые коммуникации в масс-спектрометрии. 17 (20): 2337–42. Bibcode:2003RCMS ... 17.2337M. Дои:10.1002 / RCM.1196. PMID  14558135.
32. Танну, Нилеш С; Хемби, Скотт Э (2007). «De novo анализ белковой последовательности Macaca mulatta». BMC Genomics. 8: 270. Дои:10.1186/1471-2164-8-270. ЧВК  1965481. PMID  17686166.
33. Röst HL, Sachsenberg T, Aiche S, Bielow C, Weisser H, Aicheler F, Andreotti S, Ehrlich HC, Gutenbrunner P, Kenar E, Liang X, Nahnsen S, Nilse L, Pfeuffer J, Rosenberger G, Rurik M, Schmitt U , Вейт Дж., Вальцер М., Войнар Д., Вольски В.Е., Шиллинг О., Чоудхари Дж. С., Мальмстрём Л., Эберсолд Р., Райнерт К., Кольбахер О. (2016). «OpenMS: гибкая программная платформа с открытым исходным кодом для анализа данных масс-спектрометрии» (PDF). Nat. Методы. 13 (9): 741–8. Дои:10.1038 / nmeth.3959. PMID  27575624. S2CID  873670.
34. Egelhofer V, Hoehenwarter W, Lyon D, Weckwerth W, Wienkoop S (2013). «Использование ProtMAX для создания выравниваний предшественников с высокой массой на основе безметочных количественных данных масс-спектрометрии, полученных в экспериментах по протеомике дробовика». Нат Проток. 8 (3): 595–601. Дои:10.1038 / nprot.2013.013. PMID  23449253. S2CID  29653992.
35. Reiter, L; и другие. (2011). «mProphet: автоматизированная обработка данных и статистическая проверка для крупномасштабных экспериментов SRM». Нат методы. 8 (5): 430–435. Дои:10.1038 / nmeth.1584. PMID  21423193. S2CID  205419625.
36. Закон, КП; Лим Ю.П. (2013). «Последние достижения в масс-спектрометрии: независимый анализ данных и мониторинг гиперреакций». Эксперт Rev Proteomics. 10 (6): 551–566. Дои:10.1586/14789450.2013.858022. PMID  24206228. S2CID  29969570.
37. Маклин, Б. (2010). "Skyline: редактор документов с открытым исходным кодом для создания и анализа целевых протеомических экспериментов". Биоинформатика. 26 (7): 966–968. Дои:10.1093 / биоинформатика / btq054. ЧВК  2844992. PMID  20147306.
38. Малиутов, Дмитрий; Чен, Тяньчи; Airoldi, Edoardo; Яффе, Джейкоб; Будник, Богдан; Славов, Николай (01.01.2019). «Количественная оценка гомологичных белков и протеоформ». Молекулярная и клеточная протеомика. 18 (1): 162–168. Дои:10.1074 / mcp.TIR118.000947. ISSN  1535-9476. ЧВК  6317479. PMID  30282776.
39. Аллен, Фелисити; Пон, Эллисон; Уилсон, Майкл; Greiner, Russ; Уишарт, Дэвид (2014). «CFM-ID: веб-сервер для аннотации, прогнозирования спектра и идентификации метаболитов по тандемным масс-спектрам». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (Проблема с веб-сервером): W94 – W99. Дои:10.1093 / нар / gku436. ЧВК  4086103. PMID  24895432.
40. Аллен, Фелисити; Greiner, Russ; Уишарт, Дэвид (2015). «Конкурентное моделирование фрагментации спектров ESI-MS / MS для предполагаемой идентификации метаболитов». Метаболомика. 11: 98–110. arXiv:1312.0264. Дои:10.1007 / s11306-014-0676-4. S2CID  256589.
41. Аллен, Фелисити; Пон, Эллисон; Greiner, Russ; Уишарт, Дэвид (2016). «Вычислительное прогнозирование масс-спектров электронной ионизации для помощи в идентификации соединений с помощью ГХ / МС». Аналитическая химия. 88 (15): 7689–7697. Дои:10.1021 / acs.analchem.6b01622. PMID  27381172.
42. Джумбу-Феунанг, Янник; Пон, Эллисон; Кару, Наама; Чжэн, Цзяминь; Ли, Карин; Арндт, Дэвид; Гаутам, Махешвор; Аллен, Фелисити; Уишарт, Дэвид С. (2019). «CFM-ID 3.0: значительно улучшенное прогнозирование ESI-MS / MS и идентификация соединений». Метаболиты. 9 (4): 72. Дои:10.3390 / metabo9040072. PMID  31013937. S2CID  129941603.
43. Ozawa, SI; Лысый, Т; Ониши, Т; Сюэ, Н; Мацумура, Т; Кубо, Р. Такахаши, H; Hippler, M; Такахаши, Y (октябрь 2018 г.). "Конфигурация десяти светоуборочных хлорофиллов а/б Субъединицы комплекса I в Хламидомонада Reinhardtii Фотосистема I. " Физиология растений. 178 (2): 583–595. Дои:10.1104 / стр.18.00749. ЧВК  6181050. PMID  30126869.
44. Мут, Тило; Вайльнбек, Лиза; Рапп, Эрдманн; Huber, Christian G .; Мартенс, Леннарт; Водель, Марк; Барснес, Харальд (2014). «DeNovoGUI: графический интерфейс пользователя с открытым исходным кодом для de Novo секвенирования тандемных масс-спектров». Журнал протеомных исследований. 13 (2): 1143–1146. Дои:10.1021 / pr4008078. ISSN  1535-3893. ЧВК  3923451. PMID  24295440.
45. Сахил; Шубхра Агравал; Джордж Сабу; Ришаб Гупта; Панкадж Кумар; Сайфул Б. Хан; Кайлаш Ядав; Наман Гупта; Рагхав Сегал (11.01.2019), ElucidataInc / ElMaven: v0.6.1, Дои:10.5281 / zenodo.2537593
46. Винклер, Роберт (2010). «ESIprot: универсальный инструмент для определения зарядового состояния и расчета молекулярной массы белков по данным масс-спектрометрии с ионизацией электрораспылением». Быстрые коммуникации в масс-спектрометрии. 24 (3): 285–94. Дои:10.1002 / RCM.4384. PMID  20049890.
47. Лопес-Фернандес, Х; Сантос, HM; Capelo, JL; Фдез-Риверола, Ф; Глез-Пенья, Д; Ребойро-Джато, М. (2015). "Mass-Up: универсальное открытое программное приложение для открытия знаний масс-спектрометрии MALDI-TOF". BMC Bioinformatics. 16: 318. Дои:10.1186 / s12859-015-0752-4. ЧВК  4595311. PMID  26437641.
48. Рускони, Ф. (2009). «massXpert 2: кроссплатформенная программная среда для моделирования химии полимеров и моделирования / анализа масс-спектрометрических данных». Биоинформатика. 25 (20): 2741–2. Дои:10.1093 / биоинформатика / btp504. PMID  19740912.
49. Хубер, Флориан; Верховен, Стефан; Мейер, Христиан; Spreeuw, Hanno; Вильянуэва, Эфраин; Гэн, Цуньлян; ван дер Хоофт, Джастин Дж. Дж .; Роджерс, Саймон; Беллум, Адам; Диблен, Фарук; Спаакс, Джурриан Х. (2020). «matchms - обработка и оценка сходства данных масс-спектрометрии». JOSS. 5 (52): 2411. Дои:10.21105 / joss.02411.
50. Рускони, Ф. (2019). "mineXpert: визуализация и анализ данных биологической масс-спектрометрии с полной поддержкой JavaScript" (PDF). J. Proteome Res. 18 (5): 2254–2259. Дои:10.1021 / acs.jproteome.9b00099. PMID  30950277.
51. Palagi, Patricia M .; Вальтер, Даниэль; Квадрони, Манфредо; Катрин, Себастьен; Берджесс, Дженнифер; Циммерманн-Ивол, Екатерина Г .; Санчес, Жан-Шарль; Бинц, Пьер-Ален; Hochstrasser, Denis F .; Аппель, Рон Д. (2005). «MSight: программное обеспечение для анализа изображений для жидкостной хроматографии-масс-спектрометрии». Протеомика. 5 (9): 2381–4. Дои:10.1002 / pmic.200401244. PMID  15880814. S2CID  33296427.
52. Робишо, Гийом; Garrard, Kenneth P .; Барри, Джереми А .; Муддиман, Дэвид К. (март 2013 г.). "MSiReader: интерфейс с открытым исходным кодом для просмотра и анализа файлов изображений MS с высокой разрешающей способностью на платформе Matlab". Журнал Американского общества масс-спектрометрии. 24 (5): 718–721. Bibcode:2013JASMS..24..718R. Дои:10.1007 / s13361-013-0607-z. ЧВК  3693088. PMID  23536269.
53. Prince, J. T .; Маркотт, Э. М. (2008). "Mspire: Масс-спектрометрическая протеомика в Ruby". Биоинформатика. 24 (23): 2796–2797. Дои:10.1093 / биоинформатика / btn513. ЧВК  2639276. PMID  18930952.
54. Goeminne, L.J.E .; Gevaert, K ​​.; Клемент, Л. (2016). «Робастная гребенчатая регрессия на уровне пептидов улучшает оценку, чувствительность и специфичность в зависящей от данных количественной безмаркированной протеомике дробовика». Молекулярная и клеточная протеомика. 15 (2): 657–668. Дои:10.1074 / mcp.M115.055897. ЧВК  4739679. PMID  26566788.
55. Goeminne, L.J.E .; Gevaert, K ​​.; Клемент, Л. (2018). «Экспериментальный дизайн и анализ данных в безметочной количественной протеомике ЖХ / МС: учебное пособие с MSqRob». Журнал протеомики. 171: 23–26. Дои:10.1016 / j.jprot.2017.04.004. PMID  28391044.
56. Goeminne, L.J.E .; Наклейка А .; Martens, M .; Gevaert, K ​​.; Клемент, Л. (2020). «MSqRob преодолевает недостающее препятствие: объединяет протеомику, основанную на интенсивности и подсчете». Аналитическая химия. XXXX (XX): 6278–6287. Дои:10.1021 / acs.analchem.9b04375. PMID  32227882.
57. Migas, Lukasz G .; Франция, Aidan P .; Беллина, Бруно; Барран, Пердита Э. (апрель 2018 г.). «ORIGAMI: набор программ для масс-спектрометрии подвижности активированных ионов (AIM-MS), применяемый к мультимерным белковым сборкам». Международный журнал масс-спектрометрии. 427: 20–28. Bibcode:2018IJMSp.427 ... 20M. Дои:10.1016 / j.ijms.2017.08.014. ISSN  1387-3806.
58. Карвалью, Пауло К.; Фишер, Джулиана С.Г .; Чен, Эмили I; Йейтс, Джон Р.; Барбоза, Валмир C (2008). «PatternLab для протеомики: инструмент для дифференциальной протеомики дробовика». BMC Bioinformatics. 9: 316. Дои:10.1186/1471-2105-9-316. ЧВК  2488363. PMID  18644148.
59. Lima, D. B .; De Lima, T. B .; Balbuena, T. S .; Невеш-Феррейра, А.Г .; Barbosa, V.C .; Gozzo, F.C .; Карвалью, П. С. (2015). «SIM-XL: мощный и удобный инструмент для анализа сшивания пептидов». Журнал протеомики. 129: 51–5. Дои:10.1016 / j.jprot.2015.01.013. HDL:11449/158584. PMID  25638023.
60. Кузняр, А .; Канаар, Р. (2014). «PIQMIe: веб-сервер для полуколичественного управления данными протеомики и анализа». Нуклеиновые кислоты Res. 42 (W1): W100 – W106. Дои:10.1093 / нар / gku478. ЧВК  4086067. PMID  24861615.
61. Уэтерли, Д. Б.; Этвуд Джа, 3-й; Миннинг, TA; Cavola, C; Tarleton, RL; Орландо, Р. (2005). «Эвристический метод для присвоения уровня ложного обнаружения для идентификации белков из результатов поиска в базе данных талисманов». Молекулярная и клеточная протеомика. 4 (6): 762–72. Дои:10.1074 / mcp.M400215-MCP200. PMID  15703444. S2CID  18408543.
62. Келлер, Эндрю; Несвижский, Алексей И .; Колкер, Юджин; Эберсольд, Руеди (2002). «Эмпирическая статистическая модель для оценки точности идентификации пептидов, сделанных с помощью MS / MS и поиска в базе данных». Аналитическая химия. 74 (20): 5383–92. Дои:10.1021 / ac025747h. PMID  12403597.
63. Несвижский А.И.; Келлер, А; Колкер, Э; Эберсольд, Р. (2003). «Статистическая модель для идентификации белков тандемной масс-спектрометрией». Аналитическая химия. 75 (17): 4646–58. Дои:10.1021 / ac0341261. PMID  14632076.
64. Шпехт, Майкл; Кульгерт, Себастьян; Фуфезан, Кристиан; Хипплер, Майкл (2011). «Протеомика на ходу: Proteomatic позволяет с легкостью создавать универсальные рабочие процессы для оценки данных МС / МС». Биоинформатика. 27 (8): 1183–1184. Дои:10.1093 / биоинформатика / btr081. PMID  21325302.
65. Шэн, Цюаньху; Дай, Джи; Ву, Ибо; Тан, Хайсю; Цзэн, Ронг (2012). «BuildSummary: использование группового подхода для повышения чувствительности идентификации пептидов / белков в протеомике дробовика». J Proteome Res. 11 (3): 1494–1502. Дои:10.1021 / pr200194p. PMID  22217156.
66. Галант, Джеймс; Heunis, Tiaan; Сэмпсон, Саманта; Горький, Уилберт (2020). «ProVision: веб-платформа для быстрого анализа протеомических данных, обрабатываемых MaxQuant». Биоинформатика. 36. Дои:10.1093 / биоинформатика / btaa620. PMID  32638008.
67. Лысый, Тилль; Барт, Йоханнес; Ниеуэс, Анна; Шпехт, Майкл; Хипплер, Майкл; Фуфезан, Кристиан (2012). «pymzML - модуль Python для высокопроизводительной биоинформатики по данным масс-спектрометрии». Биоинформатика. 28 (7): 1052–3. Дои:10.1093 / биоинформатика / bts066. PMID  22302572.
68. Голобородько, Антон; Левицкий, Лев; Иванов, Марк; Горшков, Михаил (2013). «Pyteomics - среда Python для исследовательского анализа данных и быстрого прототипирования программного обеспечения в протеомике». J Am Soc масс-спектрометрия. 24 (2): 301–4. Bibcode:2013JASMS..24..301G. Дои:10.1007 / s13361-012-0516-6. PMID  23292976. S2CID  22009929.
69. Зухт, Ханс-Дитер; Ламерц, Йенс; Хамения, Валерий; Шиллер, Карстен; Аппель, Аннетт; Таммен, Харальд; Крамери, Рето; Селле, Хартмут (2005). "Методология анализа данных для профилирования пептидов на основе LC-MALDI-MS". Комбинаторная химия и высокопроизводительный скрининг. 8 (8): 717–23. Дои:10.2174/138620705774962481. PMID  16464158.
70. Гётце, Майкл; Петтелькау Дж; Schaks S; Bosse K; Ihling CH; Krauth F; Fritzsche R; Kühn U; Синз А. (январь 2012 г.). «StavroX - программа для анализа сшитых продуктов в исследованиях взаимодействия белков». J Am Soc масс-спектрометрия. 23 (1): 76–87. Bibcode:2012JASMS..23 ... 76G. Дои:10.1007 / s13361-011-0261-2. PMID  22038510. S2CID  38037472.
71. Педриоли, Патрик Г. А. (2010). «Транс-протеомный трубопровод: трубопровод для протеомного анализа». Протеомная биоинформатика. Методы молекулярной биологии. 604. С. 213–238. Дои:10.1007/978-1-60761-444-9_15. ISBN  978-1-60761-443-2. PMID  20013374.
72. Deutsch, Eric W .; Мендоса, Луис; Штейнберг, Давид; Фарра, Терри; Лам, Генри; Тасман, Натали; Сунь, Чжи; Нильссон, Эрик; Пратт, Брайан; Празен, Брайан; Eng, Джимми К .; Мартин, Дэниел Б .; Несвижский, Алексей И .; Эберсольд, Руеди (2010). «Экскурсия по Транс-протеомному трубопроводу». Протеомика. 10 (6): 1150–1159. Дои:10.1002 / pmic.200900375. ISSN  1615-9853. ЧВК  3017125. PMID  20101611.
73. Monroe, M.E .; Толич, Н .; Jaitly, N .; Shaw, J. L .; Adkins, J. N .; Смит, Р. Д. (2007). «VIPER: расширенный пакет программного обеспечения для поддержки идентификации пептидов методом ЖХ-МС с высокой пропускной способностью». Биоинформатика. 23 (15): 2021–3. Дои:10.1093 / биоинформатика / btm281. PMID  17545182.

внешние ссылки

• Программное обеспечение для масс-спектрометрии в Керли