Рибосомный белок - Ribosomal protein

Митохондриальный рибосомный белок L31
Идентификаторы
СимволL31
PfamPF09784
ИнтерПроIPR016340
PROSITEPDOC00880
SCOP21 мин. 90 / Объем / СУПФАМ

А рибосомальный белок (р-протеин или же rProtein[1][2][3]) является одним из белки что в сочетании с рРНК, составляют рибосомальный субъединицы, участвующие в клеточном процессе перевод. Большая часть знаний об этих органических молекулах пришла из изучения Кишечная палочка рибосомы. Все рибосомные белки были изолированы, и было произведено множество специфических антител. Эти вместе с электронная микроскопия и использование определенных реактивов позволило определить топографию белков в рибосоме. Кишечная палочка, другие бактерии и Археи имеют маленькую субъединицу 30S и большую субъединицу 50S, тогда как люди и дрожжи имеют малую субъединицу 40S и большую субъединицу 60S.[4] Эквивалентные субъединицы часто по-разному нумеруются у бактерий, архей, дрожжей и людей.[5] Совсем недавно почти полная (почти) атомная картина рибосомных белков появилась на основе последних данных крио-ЭМ высокого разрешения (включая PDB ID: 5AFI).

Сохранение

2016 год Дерево жизни с использованием 16 универсально сохраняемых рибосомальный белок последовательности[6]

Рибосомные белки являются одними из наиболее консервативных белков среди всех форм жизни.[5] Среди 40 белков, обнаруженных в различных малые рибосомальные субъединицы (RPS), 15 субъединиц универсально законсервированы у прокариот и эукариот. Однако 7 субъединиц обнаруживаются только у бактерий (S21, S6, S16, S18, S20, S21 и THX), а 17 субъединиц обнаруживаются только у архей и эукариот.[5] Обычно 22 белка обнаруживаются в малых субъединицах бактерий и 32 - в дрожжах, человеке и, скорее всего, в большинстве других видов эукариот. Двадцать семь (из 32) белков малых рибосомных субъединиц эукариот также присутствуют в архее (рибосомный белок не обнаруживается исключительно в архее), подтверждая, что они более тесно связаны с эукариотами, чем с эубактериями.[5]

Среди большая рибосомная субъединица (RPLs) 18 белков универсальны, то есть обнаруживаются как у бактерий, эукариот, так и у архей. 14 белков можно найти только в бактериях, а 27 белков - только у архей и эукариот. Опять же, у архей нет уникальных белков.[5]

Сущность

Несмотря на их высокую сохранность на протяжении миллиардов лет эволюции, отсутствие нескольких рибосомных белков у некоторых видов показывает, что рибосомные субъединицы добавлялись и терялись в ходе эволюции. Это также отражается в том факте, что некоторые рибосомные белки, по-видимому, не являются важными при удалении.[7] Например, в Кишечная палочка девять рибосомных белков (L15, L21, L24, L27, L29, L30, L34, S9 и S17) не являются необходимыми для выживания при удалении. Вместе с предыдущими результатами 22 из 54 Кишечная палочка гены рибосомных белков могут быть индивидуально удалены из генома.[8] Точно так же 16 рибосомных белков (L1, L9, L15, L22, L23, L28, L29, L32, L33.1, L33.2, L34, L35, L36, S6, S20 и S21) были успешно удалены в Bacillus subtilis. В сочетании с предыдущими сообщениями было показано, что 22 рибосомных белка не являются необходимыми для Б. subtilis, по крайней мере, для пролиферации клеток.[9]

сборка

В Кишечная палочка

Рибосома Кишечная палочка имеет около 22 белков в малой субъединице (помеченные от S1 до S22) и 33 белка в большой субъединице (несколько нелогично названные от L1 до L36). Все они различны, за тремя исключениями: один белок содержится в обеих субъединицах (S20 и L26), L7 и L12 представляют собой ацетилированные и метилированные формы одного и того же белка, а L8 представляет собой комплекс L7 / L12 и L10. Кроме того, известно, что L31 существует в двух формах: полной длиной 7,9 килодальтон (кДа) и фрагментированной 7,0 кДа. Вот почему количество белков в рибосоме составляет 56. За исключением S1 (с молекулярной массой 61,2 кДа), другие белки имеют массу от 4,4 до 29,7 кДа.[10]

Недавний de novo протеомические эксперименты, авторы которых охарактеризовали in vivo промежуточные продукты сборки рибосом и связанные факторы сборки из дикого типа кишечная палочка клетки с использованием подхода общей количественной масс-спектрометрии (qMS) подтвердили присутствие всех известных малых и больших компонентов субъединиц и идентифицировали в общей сложности 21 известный и потенциально новый фактор сборки рибосом, которые совместно локализуются с различными рибосомными частицами.[11]

Расположение в малой субъединице рибосомы

В небольшой (30S) субъединице Кишечная палочка рибосомы белки, обозначенные S4, S7, S8, S15, S17, S20, независимо связываются с 16S рРНК. После сборки этих первичных связывающих белков S5, S6, S9, S12, S13, S16, S18 и S19 связываются с растущей рибосомой. Эти белки также усиливают добавление S2, S3, S10, S11, S14 и S21. Связывание белков со спиральными соединениями важно для инициации правильной третичной складки РНК и организации общей структуры. Почти все белки содержат один или несколько глобулярных доменов. Более того, почти все они содержат длинные удлинения, которые могут связываться с РНК в далеко идущих регионах.[нужна цитата ] Дополнительная стабилизация происходит за счет основных остатков белков, поскольку они нейтрализуют отталкивание зарядов остова РНК. Белковые взаимодействия также существуют, чтобы удерживать структуру вместе за счет электростатических и водородных связей. Теоретические исследования указали на коррелированное влияние связывания с белками на сродство связывания в процессе сборки.[12]

У эукариот

Рибосомы, которые синтезируют протеом клеток, представляют собой сложные рибонуклеопротеиды, которые у эукариот содержат 79–80 белков и четыре рибосомные РНК (рРНК). Общие или специализированные. шапероны солюбилизировать рибосомные белки и облегчают их импорт в ядро. Сборка эукариотической рибосомы, по-видимому, управляется рибосомными белками in vivo, когда сборке также помогают шапероны. Большинство рибосомных белков собираются с рРНК котранскрипционно, становясь более стабильными по мере сборки, и активные сайты обеих субъединиц конструируются последними.[5]

Таблица рибосомальных белков

Кишечная палочка малая 30S субъединица

Подразделение №Название подразделенияКишечная палочка белокPfam семья с Кишечная палочка белокUniprot присоединение Кишечная палочка белок
1S1RS1_ECOLIPF00575P0AG67
2S2RS2_ECOLIPF00318P0A7V0
3S3RS3_ECOLIPF00189, PF07650P0A7V3
4S4RS4_ECOLIPF00163, PF01479P0A7V8
5S5RS5_ECOLIPF00333, PF03719P0A7W1
6S6RS6_ECOLIPF01250P02358
7S7RS7_ECOLIPF00177P02359
8S8RS8_ECOLIPF00410P0A7W7
9S9RS9_ECOLIPF00380P0A7X3
10S10RS10_ECOLIPF00338P0A7R5
11S11RS11_ECOLIPF00411P0A7R9
12S12RS12_ECOLIPF00164P0A7S3
13S13RS13_ECOLIPF00416P0A7S9
14S14RS14_ECOLIPF00253P0AG59
15S15RS15_ECOLIPF00312P0ADZ4
16S16RS16_ECOLIPF00886P0A7T3
27S17RS17_ECOLIPF00366P0AG63
28S18RS18_ECOLIPF01084P0A7T7
29S19RS19_ECOLIPF00203P0A7U3
20S20RS20_ECOLIPF01649P0A7U7
21S21RS21_ECOLIPF01165P68681
22S22RS22_ECOLIPF08136C8U8F3

Кишечная палочка большая 50S субъединица

Подразделение №Название подразделенияКишечная палочка белокPfam семья с Кишечная палочка белокUniprot присоединение Кишечная палочка белок
150S рибосомный белок L1RL1_ECOLIPF00687 Семейство рибосомных белков L1p / L10eP0A7L0
250S рибосомный белок L2RL2_ECOLIPF03947 Рибосомные белки L2, С-концевой доменP60422
250S рибосомный белок L2RL2_ECOLIPF00181 Рибосомные белки L2, РНК-связывающий доменP60422
350S рибосомный белок L3RL3_ECOLIPF00297 Рибосомный белок L3P60438
450S рибосомный белок L4RL4_ECOLIPF00573 Семейство рибосомных белков L4 / L1P60723
550S рибосомный белок L5RL5_ECOLIPF00281 Рибосомный белок L5P62399
550S рибосомный белок L5RL5_ECOLIPF00673 C-конец рибосомного семейства L5PP62399
650S рибосомный белок L6RL6_ECOLIPF00347 Рибосомный белок L6P0AG55
7/1250S рибосомный белок L7 / L12RL7_ECOLIPF16320 Домен димеризации рибосомного белка L7 / L12P0A7K2
850S рибосомный белок L7 / L12RL7_ECOLIPF00542 C-концевой домен рибосомного белка L7 / L12P0A7K2
950S рибосомный белок L9RL9_ECOLIPF03948 Рибосомный белок L9, С-концевой доменP0A7R1
950S рибосомный белок L9RL9_ECOLIPF01281 Рибосомный белок L9, N-концевой доменP0A7R1
1050S рибосомный белок L10RL10_ECOLIPF00466 Рибосомный белок L10P0A7J3
1150S рибосомный белок L11RL11_ECOLIPF03946 Рибосомный белок L11, N-концевой доменP0A7J7
1150S рибосомный белок L11RL11_ECOLIPF00298 Рибосомный белок L11, РНК-связывающий доменP0A7J7
1350S рибосомный белок L13RL13_ECOLIPF00572 Рибосомный белок L13P0AA10
1450S рибосомный белок L14RL14_ECOLIPF00238 Рибосомный белок L14p / L23eP0ADY3
1550S рибосомный белок L15RL15_ECOLIPF00828 Рибосомный белок L18e / L15P02413
1650S рибосомный белок L16RL16_ECOLIPF00252 Рибосомный белок L16p / L10eP0ADY7
1750S рибосомный белок L17RL17_ECOLIPF01196 Рибосомный белок L17P0AG44
1850S рибосомный белок L18RL18_ECOLIPF00861 Рибосомное семейство L18p / L5eP0C018
1950S рибосомный белок L19RL19_ECOLIPF01245 Рибосомный белок L19B1LPB3
2050S рибосомный белок L20RL20_ECOLIPF00453 Рибосомный белок L20P0A7L3
2150S рибосомный белок L21RL21_ECOLIPF00829 Рибосомный прокариотический белок L21P0AG48
2250S рибосомный белок L22RL22_ECOLIPF00237 Рибосомный белок L22p / L17eP61175
2350S рибосомный белок L23RL23_ECOLIPF00276 Рибосомный белок L23P0ADZ0
2450S рибосомный белок L24RL24_ECOLIPF00467 мотив KOWP60624
2550S рибосомный белок L25RL25_ECOLIPF01386 Рибосомное семейство L25pP68919
2750S рибосомный белок L27RL27_ECOLIPF01016 Рибосомный белок L27P0A7M0
2850S рибосомный белок L28RL28_ECOLIPF00830 Рибосомное семейство L28P0A7M2
2950S рибосомный белок L29RL29_ECOLIPF00831 Рибосомный белок L29P0A7M6
3050S рибосомный белок L30RL30_ECOLIPF00327 Рибосомный белок L30p / L7eP0AG51
3150S рибосомный белок L31RL31_ECOLIPF01197 Рибосомный белок L31P0A7M9
31B50S рибосомный белок L31 типа BRL31B_ECOLIPF01197 Рибосомный белок L31P0A7M9
3250S рибосомный белок L32RL32_ECOLIPF01783 Семейство рибосомных белков L32pC4ZS29
3350S рибосомный белок L33RL33_ECOLIPF00471 Рибосомный белок L33P0A7N9
3450S рибосомный белок L34RL34_ECOLIPF00468 Рибосомный белок L34P0A7P6
3550S рибосомный белок L35RL35_ECOLIPF01632 Рибосомный белок L35P0A7Q2
3650S рибосомный белок L36RL36_ECOLIPF00444 Рибосомный белок L36P0A7Q7

Малая субъединица 40S человека

Подразделение №Название подразделенияЧеловеческий белокPfam семья с человеческим белком
240S рибосомный белок S2RS2_HUMANPF03719 Рибосомный белок S5, С-концевой домен
240S рибосомный белок S2RS2_HUMANPF00333 Рибосомный белок S5, N-концевой домен
340S рибосомный белок S3RS3_HUMANPF00189 Рибосомный белок S3, С-концевой домен
3А40S рибосомный белок S3aRS3A_HUMANPF01015 Рибосомное семейство S3Ae
440S рибосомный белок S4, X изоформаRS4X_HUMANPF08071 RS4NT (NUC023) домен
440S рибосомный белок S4, X изоформаRS4X_HUMANPF01479 домен S4
440S рибосомный белок S4, X изоформаRS4X_HUMANPF00900 Семейство рибосом S4e
440S рибосомный белок S4, X изоформаRS4X_HUMANPF16121 40S рибосомный белок S4 С-конец
440S рибосомный белок S4, изоформа 1 YRS4Y1_HUMANPF08071 RS4NT (NUC023) домен
440S рибосомный белок S4, изоформа 1 YRS4Y1_HUMANPF00900 Семейство рибосом S4e
440S рибосомный белок S4, изоформа 1 YRS4Y1_HUMANPF16121 40S рибосомный белок S4 С-конец
440S рибосомный белок S4, изоформа 2 YRS4Y2_HUMANPF08071 RS4NT (NUC023) домен
440S рибосомный белок S4, изоформа 2 YRS4Y2_HUMANPF00900 Семейство рибосом S4e
440S рибосомный белок S4, изоформа 2 YRS4Y2_HUMANPF16121 40S рибосомный белок S4 С-конец
5Рибосомный белок 40S S5RS5_HUMANPF00177 Рибосомный белок S7p / S5e
640S рибосомный белок S6RS6_HUMANPF01092 Рибосомный белок S6e
740S рибосомный белок S7RS7_HUMANPF01251 Рибосомный белок S7e
840S рибосомный белок S8RS8_HUMANPF01201 Рибосомный белок S8e
940S рибосомный белок S9RS9_HUMANPF01479 домен S4
940S рибосомный белок S9RS9_HUMANPF00163 Рибосомный белок S4 / S9 N-концевой домен
1040S рибосомный белок S10RS10_HUMANPF03501 Плектин / домен S10
1140S рибосомный белок S11RS11_HUMANPF16205 Ribosomal_S17 N-концевой
1140S рибосомный белок S11RS11_HUMANPF00366 Рибосомный белок S17
1240S рибосомный белок S12RS12_HUMANPF01248 Рибосомный белок семейства L7Ae / L30e / S12e / Gadd45
1340S рибосомный белок S13RS13_HUMANPF08069 Рибосомный N-концевой домен S13 / S15
13Рибосомный белок 40S S13RS13_HUMANPF00312 Рибосомный белок S15
1440S рибосомный белок S14RS14_HUMANPF00411 Рибосомный белок S11
1540S рибосомный белок S15RS15_HUMANPF00203 Рибосомный белок S19
15АРибосомный белок 40S S15aRS15A_HUMANPF00410 Рибосомный белок S8
1640S рибосомный белок S16RS16_HUMANPF00380 Рибосомный белок S9 / S16
1740S рибосомный белок S17RS17_HUMANPF00833 Рибосомный S17
1840S рибосомный белок S18RS18_HUMANPF00416 Рибосомный белок S13 / S18
19Рибосомный белок 40S S19RS19_HUMANPF01090 Рибосомный белок S19e
20Рибосомный белок 40S S20RS20_HUMANPF00338 Рибосомный белок S10p / S20e
2140S рибосомный белок S21RS21_HUMANPF01249 Рибосомный белок S21e
2340S рибосомный белок S23RS23_HUMANPF00164 Рибосомный белок S12 / S23
2440S рибосомный белок S24RS24_HUMANPF01282 Рибосомный белок S24e
2540S рибосомный белок S25RS25_HUMANPF03297 S25 рибосомный белок
2640S рибосомный белок S26RS26_HUMANPF01283 Рибосомный белок S26e
2740S рибосомный белок S27RS27_HUMANPF01667 Рибосомный белок S27
2840S рибосомный белок S28RS28_HUMANPF01200 Рибосомный белок S28e
2940S рибосомный белок S29RS29_HUMANPF00253 Рибосомный белок S14p / S29e
3040S рибосомный белок S30RS30_HUMANPF04758 Рибосомный белок S30
АРибосомный белок 40S SARSSA_HUMANPF16122 40S рибосомный белок SA C-конец
АРибосомный белок 40S SARSSA_HUMANPF00318 Рибосомный белок S2
RACK1 / GNB2L1RACK1_HUMANPF00400 Рецептор для активированной C-киназы 1

Большая субъединица 60S человека

Подразделение №Название подразделенияЧеловеческий белокPfam семья с человеческим белком
360S рибосомный белок L3RL3_HUMANPF00297 Рибосомный белок L3
460S рибосомный белок L4RL4_HUMANPF00573 Семейство рибосомных белков L4 / L1
460S рибосомный белок L4RL4_HUMANPF14374 60S рибосомный белок L4
560S рибосомный белок L5RL5_HUMANPF00861 Рибосомное семейство L18p / L5e
560S рибосомный белок L5RL5_HUMANPF14204 С-концевой участок рибосомы L18
660S рибосомный белок L6RL6_HUMANPF01159 Рибосомный белок L6e
660S рибосомный белок L6RL6_HUMANPF03868 Рибосомный белок L6, N-концевой
7А60S рибосомный белок L7aRL7A_HUMANPF01248 Рибосомный белок семейства L7Ae / L30e / S12e / Gadd45
760S рибосомный белок L7RL7_HUMANPF00327 Рибосомный белок L30p / L7e
760S рибосомный белок L7RL7_HUMANPF08079 Рибосомный N-концевой домен L30
860S рибосомный белок L8RL8_HUMANPF00181 Рибосомные белки L2, РНК-связывающий домен
860S рибосомный белок L8RL8_HUMANPF03947 Рибосомные белки L2, C-конец
960S рибосомный белок L9RL9_HUMANPF00347 Рибосомный белок L6
960S рибосомный белок L9RL9_HUMANPF00347 Рибосомный белок L6
10А60S рибосомный белок L10aRL10A_HUMANPF00687 Семейство рибосомных белков L1p / L10e
1060S рибосомный белок L10RL10_HUMANPF00252 Рибосомный белок L16p / L10e
1160S рибосомный белок L11RL11_HUMANPF00281 Рибосомный белок L5
1160S рибосомный белок L11RL11_HUMANPF00673 C-конец рибосомного семейства L5P
1260S рибосомный белок L12RL12_HUMANPF00298 Рибосомный белок L11, РНК-связывающий домен
1260S рибосомный белок L12RL12_HUMANPF03946 Рибосомный белок L11, N-концевой
13А60S рибосомный белок L13aRL13A_HUMANPF00572 Рибосомный белок L13
1360S рибосомный белок L13RL13_HUMANPF01294 Рибосомный белок L13e
1460S рибосомный белок L14RL14_HUMANPF01929 Рибосомный белок L14
1560S рибосомный белок L15RL15_HUMANPF00827 Рибосомный L15
1760S рибосомный белок L17RL17_HUMANPF00237 Рибосомный белок L22p / L17e
18A60S рибосомный белок L18aRL18A_HUMANPF01775 Рибосомный домен белка L18ae / LX
1860S рибосомный белок L18RL18_HUMANPF00828 Рибосомальный_L18e
1960S рибосомный белок L19RL19_HUMANPF01280 Рибосомный белок L19e
2160S рибосомный белок L21RL21_HUMANPF01157 Рибосомный белок L21e
2260S рибосомный белок L22RL22_HUMANPF01776 Семейство рибосомных белков L22e
23А60S рибосомный белок L23aRL23A_HUMANPF00276 Рибосомный белок L23
23А60S рибосомный белок L23aRL23A_HUMANPF03939 Рибосомный белок L23, N-концевой
2360S рибосомный белок L23RL23_HUMANPF00238 Рибосомный белок L14p / L23e
2460S рибосомный белок L24RL24_HUMANPF01246 Рибосомный белок L24e
2660S рибосомный белок L26RL26_HUMANPF16906 Рибосомные белки L26 эукариот, L24P архей
27А60S рибосомный белок L27aRL27A_HUMANPF00828 Рибосомный белок L18e / L15
2760S рибосомный белок L27RL27_HUMANPF01777 Семейство рибосомных белков L27e
2860S рибосомный белок L28RL28_HUMANPF01778 Семейство рибосомных белков L28e
2960S рибосомный белок L29RL29_HUMANPF01779 Семейство рибосомных белков L29e
3060S рибосомный белок L30RL30_HUMANPF01248 Рибосомный белок семейства L7Ae / L30e / S12e / Gadd45
3160S рибосомный белок L31RL31_HUMANPF01198 Рибосомный белок L31e
3260S рибосомный белок L32RL32_HUMANPF01655 Рибосомный белок L32
3460S рибосомный белок L34RL34_HUMANPF01199 Рибосомный белок L34e
35A60S рибосомный белок L35aRL35A_HUMANPF01247 Рибосомный белок L35Ae
3560S рибосомный белок L35RL35_HUMANPF00831 Рибосомный белок L29
36A60S рибосомный белок L36aRL36A_HUMANPF00935 Рибосомный белок L44
3660S рибосомный белок L36RL36_HUMANPF01158 Рибосомный белок L36e
37A60S рибосомный белок L37aRL37A_HUMANPF01780 Семейство рибосомных белков L37ae
3760S рибосомный белок L37RL37_HUMANPF01907 Рибосомный белок L37e
3860S рибосомный белок L38RL38_HUMANPF01781 Семейство рибосомных белков L38e
3960S рибосомный белок L39RL39_HUMANPF00832 Рибосомный протеин L39
40Убиквитин-60S рибосомный белок L40RL40_HUMANPF01020 Рибосомное семейство L40e
4160S рибосомный белок L41RL41_HUMANPF05162 Рибосомный белок L41
P060S кислый рибосомный белок P0RLA0_HUMANPF00466 Рибосомный белок L10
P060S кислый рибосомный белок P0RLA0_HUMANPF00428 60-х годов Кислый рибосомный белок
P160S кислый рибосомный белок P1RLA1_HUMANPF00428 60-х годов Кислый рибосомный белок
P260S кислый рибосомный белок P2RLA2_HUMANPF00428 60-х годов Кислый рибосомный белок

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Салини Кониккат: События динамического ремоделирования управляют удалением последовательности спейсера ITS2 во время сборки 60S субъединиц рибосомы у S. cerevisiae. Диссертации Университета Карнеги-Меллона, февраль 2016 г.
  2. ^ Эльмар В. Вейлер, Lutz Nover (2008), [[1], п. 532, в Google Книги Allgemeine und molkulare Botanik] Проверять | url = ценить (помощь) (на немецком языке), Штутгарт: Георг Тиме Верлаг, стр. 532, г. ISBN  978-3-13-152791-2
  3. ^ Хесус де ла Крус, Катрин Карбштейн, Джон Л. Вулфорд младший (2015), «Функции рибосомных белков в сборке эукариотических рибосом in vivo», Ежегодный обзор биохимии (на немецком), 84, стр. 93–129, Дои:10.1146 / annurev-biochem-060614-033917, ЧВК  4772166, PMID  25706898CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  4. ^ Роднина М.В., Винтермейер В. (апрель 2011 г.). «Рибосома как молекулярная машина: механизм движения тРНК-мРНК при транслокации». Сделки Биохимического Общества. 39 (2): 658–62. Дои:10.1042 / BST0390658. PMID  21428957.
  5. ^ а б c d е ж Ban N, Beckmann R, Cate JH, Dinman JD, Dragon F, Ellis SR, Lafontaine DL, Lindahl L, Liljas A, Lipton JM, McAlear MA, Moore PB, Noller HF, Ortega J, Panse VG, Ramakrishnan V, Spahn CM , Steitz TA, Tchorzewski M, Tollervey D, Warren AJ, Williamson JR, Wilson D, Yonath A, Yusupov M (февраль 2014 г.). «Новая система наименования рибосомных белков». Текущее мнение в структурной биологии. 24: 165–9. Дои:10.1016 / j.sbi.2014.01.002. ЧВК  4358319. PMID  24524803.
  6. ^ Hug, Laura A .; Бейкер, Бретт Дж .; Анантараман, Картик; Браун, Кристофер Т .; Probst, Alexander J .; Кастель, Синди Дж .; Баттерфилд, Кристина Н .; Hernsdorf, Alex W .; Амано, Юки; Исэ, Котаро; Сузуки, Йохей; Дудек, Наташа; Relman, David A .; Finstad, Kari M .; Амундсон, Рональд; Томас, Брайан Ч .; Банфилд, Джиллиан Ф. (11 апреля 2016 г.). «Новый взгляд на древо жизни». Природная микробиология. 1 (5): 16048. Дои:10.1038 / nmicrobiol.2016.48. PMID  27572647.
  7. ^ Гао, Ф; Луо, Н; Zhang, C.T .; Чжан, Р. (2015). «Анализ существенности генов на основе DEG 10, обновленной базы данных основных генов». Сущность гена. Методы молекулярной биологии. 1279. С. 219–33. Дои:10.1007/978-1-4939-2398-4_14. ISBN  978-1-4939-2397-7. PMID  25636622.
  8. ^ Сёдзи С., Дамбахер К.М., Шаяни З., Уильямсон Дж. Р., Шульц П. Г. (2011). «Систематическая хромосомная делеция генов бактериальных рибосомных белков». J. Mol. Биол. 413 (4): 751–61. Дои:10.1016 / j.jmb.2011.09.004. ЧВК  3694390. PMID  21945294.
  9. ^ Аканума Г., Нанамия Х., Натори Й., Яно К., Сузуки С., Омата С., Ишизука М., Секин Ю., Кавамура Ф. (2012). «Инактивация генов рибосомных белков в Bacillus subtilis показывает важность каждого рибосомного белка для пролиферации и дифференцировки клеток». J. Bacteriol. 194 (22): 6282–91. Дои:10.1128 / JB.01544-12. ЧВК  3486396. PMID  23002217.
  10. ^ Арнольд Р.Дж., Рейли Дж. П. (апрель 1999 г.). «Наблюдение за рибосомными белками Escherichia coli и их посттрансляционными модификациями с помощью масс-спектрометрии». Аналитическая биохимия. 269 (1): 105–12. Дои:10.1006 / abio.1998.3077. PMID  10094780.
  11. ^ Чен С.С., Уильямсон-младший (февраль 2013 г.). "Характеристика ландшафта биогенеза рибосом в Кишечная палочка с использованием количественной масс-спектрометрии ». Журнал молекулярной биологии. 425 (4): 767–79. Дои:10.1016 / j.jmb.2012.11.040. ЧВК  3568210. PMID  23228329.
  12. ^ Hamacher K, Trylska J, McCammon JA (февраль 2006 г.). «Карта зависимости белков в малой рибосомной субъединице». PLOS вычислительная биология. 2 (2): e10. Bibcode:2006PLSCB ... 2 ... 10 ч. Дои:10.1371 / journal.pcbi.0020010. ЧВК  1364506. PMID  16485038.

дальнейшее чтение

внешняя ссылка