Малая ядрышковая РНК SNORD15 - Small nucleolar RNA SNORD15

Малая ядрышковая РНК SNORD15
RF00067.jpg
Идентификаторы
СимволSNORD15
Альт. СимволыU15
РфамRF00067
Прочие данные
РНК типГен; мяРНК; snoRNA; CD-бокс
Домен (ы)Эукариоты
ИДТИТермин GO должен начинаться с GO: Термин GO должен начинаться с GO:
ТАКТАК: 0000593
PDB структурыPDBe

SNORD15 (также известен как U15) это некодирующая РНК (нкРНК) молекула, которая функционирует в модификации других малые ядерные РНК (мяРНК). Этот тип модифицирующей РНК обычно находится в ядрышко эукариотической клетки, которая является основным участком биогенеза мяРНК. Он известен как малая ядрышковая РНК (snoRNA) и также часто упоминается как направляющая РНК.

U15 принадлежит к C / D коробка класс snoRNA, которые содержат консервативные мотивы последовательности, известные как C-бокс (UGAUGA) и D-бокс (CUGA). Большинство членов семейства боксов C / D действуют в направлении сайт-специфичных 2'-O-метилирование субстратных РНК.[1] Предполагается, что U15 направляет 2'O-рибозное метилирование остатка 28S рибосомной РНК (рРНК) A3764.[2][3]

У человека есть две близкородственные копии мяРНК U15 (называемые SNORD15A и SNORD15B). Оба они кодируются в интронах рибосомальный белок S3.[4] В Xenopus laevis он расположен в интронах рибосомальный белок S1 [5]

snoR75 из Arabidopsis thaliana[6] и гомологи в рисе Oryza sativa и другие растения, альтернативно известные как U15, и, несмотря на значительно более короткую длину последовательности, по-видимому, являются родственными.[7]

Рекомендации

  1. ^ Galardi, S .; Fatica, A .; Бачи, А .; Scaloni, A .; Presutti, C .; Боццони, И. (октябрь 2002 г.). «Очищенные бокс-C / D snoRNP способны воспроизводить сайт-специфическое 2'-O-метилирование целевой РНК in vitro». Молекулярная и клеточная биология. 22 (19): 6663–6668. Дои:10.1128 / MCB.22.19.6663-6668.2002. ЧВК  134041. PMID  12215523.
  2. ^ Kiss-László Z, Генри Y, Bachellerie JP, Caizergues-Ferrer M, Kiss T (1996). «Сайт-специфическое метилирование рибозы прерибосомальной РНК: новая функция для малых ядрышковых РНК». Клетка. 85 (7): 1077–88. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 81308-2. PMID  8674114.
  3. ^ Лестрейд, Лоран; Вебер, Мишель Дж. (2006). "snoRNA-LBME-db, всеобъемлющая база данных человеческих H / ACA и C / D box snoRNAs". Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Приложение 1: Проблема с базой данных): D158 – D162. CiteSeerX  10.1.1.105.7552. Дои:10.1093 / nar / gkj002. ЧВК  1347365. PMID  16381836.
  4. ^ Tycowski KT, Shu MD, Steitz JA (1993). «Небольшая ядрышковая РНК процессируется из интрона гена человека, кодирующего рибосомный белок S3». Genes Dev. 7 (7A): 1176–90. Дои:10.1101 / gad.7.7a.1176. PMID  8319909.
  5. ^ Пеллиццони Л., Кросио С., Кампиони Н., Лорени Ф., Пьерандрей-Амальди П. (1994). «Различные формы мяРНК U15 кодируются в интронах гена рибосомного белка S1 Xenopus laevis». Нуклеиновые кислоты Res. 22 (22): 4607–13. Дои:10.1093 / nar / 22.22.4607. ЧВК  308507. PMID  7984408.
  6. ^ Барнече Ф., Гаспин С., Гайот Р., Эчеверрия М. (2001). «Идентификация 66 box C / D snoRNAs в Arabidopsis thaliana: обширные дупликации генов привели к появлению множества изоформ, предсказывающих новые сайты 2'-O-метилирования рибосомальной РНК». J. Mol. Биол. 311 (1): 57–73. Дои:10.1006 / jmbi.2001.4851. PMID  11469857.
  7. ^ Браун JW, Echeverria M, Qu LH и др. (2003). «База данных snoRNA растений». Нуклеиновые кислоты Res. 31 (1): 432–5. Дои:10.1093 / nar / gkg009. ЧВК  165456. PMID  12520043.

внешняя ссылка