Порядок ветвления бактериальных типов (Ciccarelli et al., 2006) - Branching order of bacterial phyla (Ciccarelli et al., 2006)

Основная статья: Бактериальный тип

Есть несколько моделей Порядок ветвления бактериальных типов, один из них был предложен в 2006 году Чиккарелли. и другие. для своего проекта iTOL.[1]

Это дерево основано на конкатенированном наборе консервативного белка, а не на 16S рРНК (см. Порядок ветвления бактериальных типов (Woese, 1987) ).

«Неомура»
 

Домен Эукариоты (ядерный геном)

 
 

Домен Археи

 
 
ДоменБактерии
 

Фирмикуты

 
 
 
 
 

Актинобактерии

 
 
 

Планктомицеты

 
 

Спирохеты

 
 
 
 
 

Хламидии

 
 
 

Фибробактер

 
 
 

Хлоробий

 
 

Bacteroidetes

 
 
 
 
 
 
 
 
 

Фузобактерии

 
 
 

Aquifex

 
 

Thermotoga

 
 
 
 
 

Цианобактерии

 
 
 

Dehalococcoides (Хлорофлекси )

 
 

Deinococcus-Thermus

 
 
 
 
 
 

Протеобактерии субклад

 
 
 

Дельтапротеобактерии

 
 

Ацидобактерии

 
 
 
 
 
 

Расположение различных типов отличается от такового у 16S, но может быть связано с аттракцион длинной ветви и из-за ограниченного отбора проб (многие типы имеют единственного секвенированного представителя, тогда как Firmicutes и Proteobacteria избыточно представлены). Proteobacteria не является монофилетическим на этой филограмме, но это может быть ошибочным, учитывая большое количество литературы в пользу основных Acidobacteria. В отличие от деревьев 16S, самая глубокая ветвистая клады - это Фирмикуты. Тем не менее, последний общий предок был между Бактериями и Археями + Эукариями.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Ciccarelli, F.D .; Доеркс, Т; Фон Меринг, К. Криви, CJ; Snel, B; Борк, П. (2006). «К автоматической реконструкции высоко разрешенного Древа жизни». Наука. 311 (5765): 1283–1287. Bibcode:2006Научный ... 311.1283C. CiteSeerX  10.1.1.381.9514. Дои:10.1126 / science.1123061. PMID  16513982.