UBE2D3 - UBE2D3

UBE2D3
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1X23, 2FUH, 3L1Z, 3РПГ, 3UGB, 4БВУ, 4Р8П, 4S3O, 5IFR
Идентификаторы
Псевдонимы	UBE2D3, E2 (17) KB3, UBC4 / 5, UBCH5C, убиквитин-конъюгированный фермент E2 D3
Внешние идентификаторы	OMIM: 602963 MGI: 1913355 ГомолоГен: 123914 Генные карты: UBE2D3
Номер ЕС	2.3.2.24
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 4 (человек)[1] Группа 4q24 Начните 102,794,383 бп[1] Конец 102,868,896 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 3 (мышь)[2] Группа 3 | 3 G3 Начните 135,438,149 бп[2] Конец 135,468,198 бп[2]
Генная онтология Молекулярная функция • трансферазная активность • связывание нуклеотидов • GO: 0001948 связывание с белками • Связывание АТФ • активность фермента, конъюгированного с убиквитином • активность убиквитин-протеинтрансферазы Сотовый компонент • цитозоль • эндосома • мембрана • клеточная мембрана • нуклеоплазма • эндосомная мембрана • внеклеточная экзосома Биологический процесс • положительное регулирование доставки белка в митохондрии • полиубиквитинирование белков • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • моноубиквитинирование белков • BMP сигнальный путь • клеточный ответ на стимул повреждения ДНК • убиквитинирование, связанное с белком K11 • TRIF-зависимый сигнальный путь толл-подобных рецепторов • убиквитинирование, связанное с белком K48 • процесс модификации клеточного белка • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II в ответ на гипоксию • Ремонт ДНК • аутоубиквитинирование белков • апоптотический процесс • убиквитинирование белков • убиквитин-зависимый белковый катаболический процесс • протеасомный убиквитин-зависимый белковый катаболический процесс • MyD88-независимый сигнальный путь толл-подобных рецепторов Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	7323	66105
Ансамбль	ENSG00000109332	ENSMUSG00000078578
UniProt	P61077	P61079
RefSeq (мРНК)	NM_001300795 NM_003340 NM_181886 NM_181887 NM_181888 NM_181889 NM_181890 NM_181891 NM_181892 NM_181893	NM_025356
RefSeq (белок)	NP_001287724 NP_003331 NP_871615 NP_871616 NP_871617 NP_871618 NP_871619 NP_871620 NP_871621 NP_871622	NP_079632 NP_001343523 NP_001343524 NP_001343525 NP_001343526 NP_001343527
Расположение (UCSC)	Chr 4: 102,79 - 102,87 Мб	Chr 3: 135,44 - 135,47 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Убиквитин-конъюгированный фермент E2 D3 это белок что у людей кодируется UBE2D3 ген.^[5][6]

Функция

Модификация белков убиквитином является важным клеточным механизмом нацеливания на аномальные или короткоживущие белки для деградации. Убиквитинирование включает по крайней мере три класса ферментов: ферменты, активирующие убиквитин, или E1, ферменты, конъюгирующие с убиквитином, или E2, и лигазы убиквитин-протеин, или E3. Этот ген кодирует член семейства E2-убиквитин-конъюгированных ферментов. Этот фермент участвует в убиквитинировании белка-супрессора опухолей р53, которое индуцируется убиквитин-протеин-лигазой E3. Для этого гена были обнаружены множественные варианты сплайсированных транскриптов, но полноразмерная природа некоторых вариантов не была определена.^[6]

Взаимодействия

UBE2D3 был показан взаимодействовать с участием NEDD4.^[7][8]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000109332 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000078578 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Дженсен Дж. П., Бейтс П. В., Ян М., Виерстра Р. Д., Вайсман А. М. (декабрь 1995 г.). «Идентификация семейства тесно связанных ферментов, конъюгирующих убиквитин человека». Журнал биологической химии. 270 (51): 30408–14. Дои:10.1074 / jbc.270.51.30408. PMID  8530467.
6. «Ген Entrez: UBE2D3 убиквитин-конъюгированный фермент E2D 3 (гомолог UBC4 / 5, дрожжи)».
7. Анан Т., Нагата Й, Кога Х, Хонда Й, Ябуки Н., Миямото С., Кувано А., Мацуда И., Эндо Ф, Сая Х, Накао М. (ноябрь 1998 г.). «Человеческая убиквитин-протеинлигаза Nedd4: экспрессия, субклеточная локализация и селективное взаимодействие с убиквитин-конъюгирующими ферментами». Гены в клетки. 3 (11): 751–63. Дои:10.1046 / j.1365-2443.1998.00227.x. PMID  9990509. S2CID  1653536.
8. Ван Х, Ши И, Ван Дж, Хуанг Дж, Цзян Х (сентябрь 2008 г.). «Решающая роль C-конца PTEN в противодействии NEDD4-1-опосредованному убиквитинированию и деградации PTEN». Биохимический журнал. 414 (2): 221–9. Дои:10.1042 / BJ20080674. PMID  18498243.

дальнейшее чтение

• Scheffner M, Huibregtse JM, Howley PM (сентябрь 1994 г.). «Идентификация человеческого фермента, конъюгированного с убиквитином, который опосредует E6-AP-зависимое убиквитинирование p53». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 91 (19): 8797–801. Дои:10.1073 / пнас.91.19.8797. ЧВК  44693. PMID  8090726.
• Rogakou EP, Pilch DR, Orr AH, Иванова VS, Bonner WM (март 1998 г.). «Двухцепочечные разрывы ДНК вызывают фосфорилирование гистона H2AX по серину 139». Журнал биологической химии. 273 (10): 5858–68. Дои:10.1074 / jbc.273.10.5858. PMID  9488723.
• Анан Т., Нагата Й, Кога Х, Хонда Й, Ябуки Н., Миямото С., Кувано А., Мацуда И., Эндо Ф, Сая Х, Накао М. (ноябрь 1998 г.). «Человеческая убиквитин-протеинлигаза Nedd4: экспрессия, субклеточная локализация и селективное взаимодействие с убиквитин-конъюгирующими ферментами». Гены в клетки. 3 (11): 751–63. Дои:10.1046 / j.1365-2443.1998.00227.x. PMID  9990509. S2CID  1653536.
• Гонен Х., Беркович Б., Ориан А., Каррано А., Такидзава С., Яманака К., Пагано М., Иваи К., Цехановер А. (май 1999 г.). «Идентификация белков-носителей убиквитина, E2, участвующих в индуцированной сигналом конъюгации и последующей деградации IkappaBalpha». Журнал биологической химии. 274 (21): 14823–30. Дои:10.1074 / jbc.274.21.14823. PMID  10329681.
• Ориан А., Гонен Х., Беркович Б., Фаджерман И., Эйтан Э, Исраэль А., Меркурио Ф, Иваи К., Шварц А. Л., Цехановер А. (июнь 2000 г.). «SCF (бета) (- TrCP) опосредованный убиквитинлигазой процессинг NF-kappaB p105 требует фосфорилирования его С-конца киназой IkappaB». Журнал EMBO. 19 (11): 2580–91. Дои:10.1093 / emboj / 19.11.2580. ЧВК  212749. PMID  10835356.
• Коулман К.С., Пегг А.Е. (август 2001 г.). «Аналоги полиаминов ингибируют убиквитинирование спермидина / спермин N1-ацетилтрансферазы и предотвращают его нацеливание на протеасому для деградации». Биохимический журнал. 358 (Pt 1): 137–45. Дои:10.1042/0264-6021:3580137. ЧВК  1222041. PMID  11485561.
• Чен А., Клейман Ф. Е., Мэнли Дж. Л., Оучи Т., Пан З. К. (июнь 2002 г.). «Аутоубиквитинирование убиквитинлигазы BRCA1 * BARD1 RING». Журнал биологической химии. 277 (24): 22085–92. Дои:10.1074 / jbc.M201252200. PMID  11927591.
• Обин М., Ли Б.М., Мейнке Г., Бом А., Ли Р.Х., Годет Р., Хопп Дж. А., Аршавский В.Ю., Уиллардсон Б.М., Тейлор А. (ноябрь 2002 г.). "Убиквитилирование комплекса субъединиц трансдуцина бета-гамма. Регулирование фосдуцином". Журнал биологической химии. 277 (46): 44566–75. Дои:10.1074 / jbc.M205308200. PMID  12215439.
• Takeyama K, Aguiar RC, Gu L, He C, Freeman GJ, Kutok JL, Aster JC, Shipp MA (июнь 2003 г.). «БАЛ-связывающий белок BBAP и родственные члены семейства Deltex проявляют активность убиквитин-протеин-изопептид-лигазы». Журнал биологической химии. 278 (24): 21930–7. Дои:10.1074 / jbc.M301157200. PMID  12670957.
• Брзович П.С., Киф Дж. Р., Нишикава Х., Миямото К., Фокс Д., Фукуда М., Охта Т., Клевит Р. (май 2003 г.). «Связывание и распознавание в сборке активного комплекса убиквитин-лигаза BRCA1 / BARD1». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 100 (10): 5646–51. Дои:10.1073 / pnas.0836054100. ЧВК  156255. PMID  12732733.
• Тан ED, Ван CY, Xiong Y, Guan KL (сентябрь 2003 г.). «Роль существенного модификатора NF-kappaB / киназы-гамма IkappaB (NEMO / IKKgamma) в активации комплекса киназы IkappaB фактором некроза опухоли альфа». Журнал биологической химии. 278 (39): 37297–305. Дои:10.1074 / jbc.M303389200. PMID  12867425.
• Субраманиам В., Ли Х., Вонг М., Китчинг Р., Аттисано Л., Врана Дж., Зубовиц Дж., Бургер А.М., Сет А. (октябрь 2003 г.). «Белок RING-H2 RNF11 сверхэкспрессируется при раке груди и является мишенью для лигазы Smurf2 E3». Британский журнал рака. 89 (8): 1538–44. Дои:10.1038 / sj.bjc.6601301. ЧВК  2394340. PMID  14562029.
• Ленер Б., Семпл Д.И., Браун С.Е., Советник Д., Кэмпбелл Р.Д., Сандерсон К.М. (январь 2004 г.). «Анализ высокопроизводительной двугибридной дрожжевой системы и ее использование для прогнозирования функции внутриклеточных белков, кодируемых в области III класса MHC человека». Геномика. 83 (1): 153–67. Дои:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID  14667819.
• Saville MK, Sparks A, Xirodimas DP, Wardrop J, Stevenson LF, Bourdon JC, Woods YL, Lane DP (октябрь 2004 г.). «Регулирование р53 убиквитин-конъюгированными ферментами UbcH5B / C in vivo». Журнал биологической химии. 279 (40): 42169–81. Дои:10.1074 / jbc.M403362200. PMID  15280377.
• Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кишикава Т., Дрикот А., Ли Н., Беррис Г. Ф., Гиббонс Ф. Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон К., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белка и белка человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Дои:10.1038 / природа04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.
• Кимура К., Вакамацу А., Судзуки Ю., Ота Т., Нисикава Т., Ямасита Р., Ямамото Дж., Секин М., Цуритани К., Вакагури Х., Исии С., Сугияма Т., Сайто К., Исоно Ю., Ирие Р., Кушида Н., Йонеяма Т. , Otsuka R, Kanda K, Yokoi T, Kondo H, Wagatsuma M, Murakawa K, Ishida S, Ishibashi T, Takahashi-Fujii A, Tanase T, Nagai K, Kikuchi H, Nakai K, Isogai T, Sugano S (январь 2006 г. ). «Диверсификация транскрипционной модуляции: широкомасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов генов человека». Геномные исследования. 16 (1): 55–65. Дои:10.1101 / гр. 4039406. ЧВК  1356129. PMID  16344560.