Длина нуклеосомного повтора - Nucleosome repeat length

В длина повтора нуклеосомы, (NRL) - среднее расстояние между центрами соседних нуклеосомы. NRL - важный физический хроматин свойство, определяющее его биологическую функцию. NRL можно определить в масштабе всего генома для хроматин в данном типе клеток и состоянии, или локально для достаточно большой области генома, содержащей несколько нуклеосомы.[1]

В хроматин соседний нуклеосомы разделены линкер ДНК и во многих случаях также линкером гистон H1 [2] а также негистоновые белки. Поскольку размер нуклеосомы обычно фиксирован (146–147 пар оснований), NRL в основном определяется размером линкерной области между нуклеосомами. В качестве альтернативы частичное развертывание ДНК с октамер гистонов или частичная разборка октамер гистонов может уменьшить эффективный размер нуклеосом и, таким образом, повлиять на NRL.

Предыдущие исследования, проведенные в 1970-х годах, показали, что в целом NRL различается для разных видов и даже для разных типов клеток одного и того же организма. Кроме того, в недавних публикациях сообщалось о вариациях NRL для разных участков генома одного и того же типа клеток.[3][4] В недавних работах сравнивали NRL вокруг сайтов начала транскрипции дрожжей (TSS) in vivo и для восстановленного хроматина на тех же участках. ДНК последовательности in vitro. Было показано, что упорядоченное позиционирование нуклеосом возникает только при наличии АТФ -зависимый ремоделирование хроматина.[5] Кроме того, сообщалось, что NRL, определенный вокруг TSS дрожжей, является инвариантным значением, универсальным для данного штамма дрожжей дикого типа, хотя оно может измениться, когда одно из ремоделиры хроматина пропал, отсутствует.[6] В общем, NRL зависит от последовательности ДНК, концентрации гистоны и негистоновые белки, а также дальнодействующие взаимодействия между нуклеосомами.[1] NRL определяет геометрические свойства массива нуклеосом и, следовательно, упаковку ДНК высшего порядка в хроматиновое волокно,[7] что может повлиять экспрессия гена.

Рекомендации

  1. ^ а б Бешнова Д.А., Черственный А.Г., Вайнштейн Ю., Тейф В.Б. (июль 2014 г.). «Регулирование длины нуклеосомного повтора in vivo с помощью последовательности ДНК, концентрации белка и дальнодействующих взаимодействий». PLOS Comput. Биол. 10 (2): e1003698. Bibcode:2014PLSCB..10E3698B. Дои:10.1371 / journal.pcbi.1003698. ЧВК  4081033. PMID  24992723.
  2. ^ Тома Ф., Коллер Т., Клуг А. (ноябрь 1979 г.). «Участие гистона H1 в организации нуклеосомы и солевой надстройки хроматина». J. Cell Biol. 83 (2, ч. 1): 403–27. Дои:10.1083 / jcb.83.2.403. ЧВК  2111545. PMID  387806.
  3. ^ Валуев А., Джонсон С.М., Бойд С.Д., Смит К.Л., Огонь А., Сидоу А. (2011). «Детерминанты организации нуклеосом в первичных клетках человека». Природа. 474 (7352): 516–520. Дои:10.1038 / природа10002. ЧВК  3212987. PMID  21602827.
  4. ^ Teif VB; Вайнштейн Ю. Caudron-Herger M; Mallm JP; Marth C; Höfer T; Риппе К. (21 октября 2012 г.). «Позиционирование нуклеосом по всему геному во время развития эмбриональных стволовых клеток». Нат Структ Мол Биол. 19 (11): 1185–92. Дои:10.1038 / nsmb.2419. PMID  23085715.
  5. ^ Чжан З., Виппо С.Дж., Уол М., Уорд Э., Корбер П., Пью Б.Ф. (2011). «Механизм упаковки для организации нуклеосом, воссозданный в геноме эукариот». Наука. 332 (6032): 977–80. Bibcode:2011Научный ... 332..977Z. Дои:10.1126 / science.1200508. ЧВК  4852979. PMID  21596991.
  6. ^ Хенниг Б.П., Бендрин К., Чжоу Ю., Фишер Т. (2012). «Ремоделиры хроматина Chd1 поддерживают организацию нуклеосом и подавляют криптическую транскрипцию». EMBO Rep. 13 (11): 997–1003. Дои:10.1038 / embor.2012.146. ЧВК  3492713. PMID  23032292.
  7. ^ Раус А., Сандин С., Родос Д. (2008). «Длина нуклеосомного повтора и стехиометрия линкерного гистона определяют структуру волокна хроматина». Proc Natl Acad Sci U S A. 105 (26): 8872–7. Bibcode:2008PNAS..105.8872R. Дои:10.1073 / pnas.0802336105. ЧВК  2440727. PMID  18583476.